基因组学

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2025年07月17日， 星期四 (展示 2 之 2 条目 )

[1] arXiv:2507.11950 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： RNAMunin：一种用于非编码RNA发现的深度机器学习模型 显示英文标题

标题： RNAMunin: A Deep Machine Learning Model for Non-coding RNA Discovery

Lauren Lui, Torben Nielsen

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 机器学习 (cs.LG)

[2] arXiv:2507.11588 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： SToFM：空间转录组学的多尺度基础模型 显示英文标题

标题： SToFM: a Multi-scale Foundation Model for Spatial Transcriptomics

Suyuan Zhao, Yizhen Luo, Ganbo Yang, Yan Zhong, Hao Zhou, Zaiqing Nie

评论： 被ICML 2024接受

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG)

2025年07月16日， 星期三 (展示 1 之 1 条目 )

[3] arXiv:2507.11313 (交叉列表自 stat.ME) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 带有变薄距离的树推断 显示英文标题

标题： Tree inference with varifold distances

Elodie Maignant, Tim Conrad, Christoph von Tycowicz

主题： 方法论 (stat.ME) ; 微分几何 (math.DG) ; 基因组学 (q-bio.GN)

2025年07月15日， 星期二 (展示 5 之 5 条目 )

[4] arXiv:2507.09967 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： SimOmics：多变量和多组学数据的仿真工具包 显示英文标题

标题： SimOmics: A Simulation Toolkit for Multivariate and Multi-Omics Data

Kaitao Lai

评论： 4页，1图

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[5] arXiv:2507.09378 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于注意力的核苷酸分析的上下文感知正则化与马尔可夫集成 显示英文标题

标题： Context-Aware Regularization with Markovian Integration for Attention-Based Nucleotide Analysis

Mohammadsaleh Refahi, Mahdi Abavisani, Bahrad A. Sokhansanj, James R. Brown, Gail Rosen

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 人工智能 (cs.AI)

[6] arXiv:2507.10039 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 面向将大型语言模型应用于补充单细胞基础模型 显示英文标题

标题： Towards Applying Large Language Models to Complement Single-Cell Foundation Models

Steven Palayew, Bo Wang, Gary Bader

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[7] arXiv:2507.09890 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 软图聚类用于单细胞RNA测序数据 显示英文标题

标题： Soft Graph Clustering for single-cell RNA Sequencing Data

Ping Xu, Pengfei Wang, Zhiyuan Ning, Meng Xiao, Min Wu, Yuanchun Zhou

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[8] arXiv:2507.09754 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 可解释的人工智能在基因组学中的应用：使用专家混合模型预测转录因子结合位点 显示英文标题

标题： Explainable AI in Genomics: Transcription Factor Binding Site Prediction with Mixture of Experts

Aakash Tripathi, Ian E. Nielsen, Muhammad Umer, Ravi P. Ramachandran, Ghulam Rasool

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 基因组学 (q-bio.GN)

2025年07月14日， 星期一 (展示 4 之 4 条目 )

[9] arXiv:2507.08062 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： AMRScan：一种混合R和Nextflow工具包，用于从测序数据中快速检测抗菌素耐药基因 显示英文标题

标题： AMRScan: A hybrid R and Nextflow toolkit for rapid antimicrobial resistance gene detection from sequencing data

Kaitao Lai

评论： 3页

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[10] arXiv:2507.08060 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： MicroTrace：一种用于爆发检测中基于SNP的病原体聚类的轻量级R工具 显示英文标题

标题： MicroTrace: A Lightweight R Tool for SNP-Based Pathogen Clustering in Outbreak Detection

Kaitao Lai

评论： 3页

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[11] arXiv:2507.08058 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： HybridQC：用于单细胞RNA测序数据的机器学习增强质量控制 显示英文标题

标题： HybridQC: Machine Learning-Augmented Quality Control for Single-Cell RNA-seq Data

Kaitao Lai

评论： 3页，1图

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[12] arXiv:2507.08043 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基因组的拓扑序列分析：类别方法 显示英文标题

标题： Topological Sequence Analysis of Genomes: Category Approaches

Jian Liu, Li Shen, Mushal Zia, Guo-Wei Wei

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 代数拓扑 (math.AT)