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凝聚态物理 > 软凝聚态物理

arXiv:2412.04175 (cond-mat)
[提交于 2024年12月5日 ]

标题: 部分活跃聚合物的构象、动力学和环化动力学

标题: Conformations, Dynamics, and Looping Kinetics of Partially Active Polymers

Authors:Koushik Goswami, Norman Hsia, Cheng-Hung Chang, Hong-Yan Shih
摘要: 我们研究了部分活跃的Rouse链的构象和动力学特性,其中活性局限于特定的片段,该片段位于链的不同位置并跨越任何给定的长度。 通过分析方法和模拟,我们揭示了活性片段的位置和大小如何影响聚合物的膨胀模式。 同样,我们观察到沿聚合物两点之间的均方距离以及标记点的均方位移显著受到局部活性的影响。 此外,再配置和环化动力学表现出异常的标度行为,尤其是在中间链长的情况下,捕捉到了活性运动持续性与聚合物松弛动力学之间的相互作用。 我们的模型与活性在空间上变化的活性生物聚合系统相关,为探索更真实的染色质行为模型提供了基础,特别是那些包含异质性活性的模型。
摘要: We investigate the conformational and dynamical properties of a partially active Rouse chain, where activity is localized within a specific segment, positioned at various locations along the chain and spanning any given length. Through analytical methods and simulations, we reveal how the location and size of the active segment influence polymer swelling patterns. Likewise, we observe that the mean squared distance between two points along the polymer, as well as the mean squared displacement of a tagged point, are notably affected by the local activity. In addition, the reconfiguration and looping dynamics show anomalous scaling behaviors, particularly in intermediate chain lengths, capturing the interplay between persistence of active motion and polymer relaxation dynamics. Our model, relevant to spatially varying activity observed in active biopolymeric systems, provides a basis for exploring more realistic models of chromatin behavior, especially those incorporating heterogeneous activity.
主题: 软凝聚态物理 (cond-mat.soft)
引用方式: arXiv:2412.04175 [cond-mat.soft]
  (或者 arXiv:2412.04175v1 [cond-mat.soft] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.2412.04175
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI

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来自: Koushik Goswami [查看电子邮件]
[v1] 星期四, 2024 年 12 月 5 日 14:12:00 UTC (4,994 KB)
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