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[提交于 2024年12月31日
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标题: GAN-TAT:一种在可药物基因识别中使用蛋白质相互作用网络的新框架
标题: GAN-TAT: A Novel Framework Using Protein Interaction Networks in Druggable Gene Identification
摘要: 识别可药物基因对于开发有效的药物至关重要。 随着大量高质量数据的可用性,计算方法已成为重要的工具。 蛋白质相互作用网络(PIN)很有价值,但由于其高维性和稀疏性,实现起来具有挑战性。 以前的方法依赖于间接整合,导致分辨率损失。 本研究提出了GAN-TAT,一种利用先进图嵌入技术ImGAGN的框架,直接整合PIN用于可药物基因推断工作。 在三个Pharos数据集上测试,GAN-TAT在Tclin上达到了0.951的最高AUC-ROC分数。 进一步评估表明,GAN-TAT的预测得到了临床证据的支持,突显了其在药基因组学中的潜在实际应用。 这项研究代表了一种方法论上的尝试,直接利用PIN,拓展了开发药物靶点的潜在新解决方案。 GAN-TAT的源代码可在(https://github.com/george-yuanji-wang/GAN-TAT)获取。
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