Skip to main content
CenXiv.org
此网站处于试运行阶段,支持我们!
我们衷心感谢所有贡献者的支持。
贡献
赞助
cenxiv logo > cond-mat > arXiv:2506.21792

帮助 | 高级搜索

凝聚态物理 > 软凝聚态物理

arXiv:2506.21792 (cond-mat)
[提交于 2025年6月26日 ]

标题: 液滴生长,奥斯特瓦尔德规则,以及融合在肌动蛋白中的秩序出现

标题: Droplet growth, Ostwald's rule, and emergence of order in Fused in Sarcoma

Authors:Farkhad Maksudov (1), Mauro L. Mugnai (2), Laura Dominguez (1 and 3), Dmitrii Makarov (1 and 4), D. Thirumalai (1) ((1) Department of Chemistry, The University of Texas at Austin, (2) Institute of Soft Matter Synthesis and Metrology, Georgetown University, Washington, (3) Departamento de Fisicoquimica, Facultad de Quimica, Universidad Nacional Autonoma de Mexico, Coyoacan, CDMX, Mexico, (4) Oden Institute for Computational Engineering and Sciences, University of Texas at Austin, Austin)
摘要: FUS-LC(由214个残基组成)的低复杂度区域发生相分离,形成致密的液态相,该相早期形成并缓慢成熟,在长时间尺度上达到有序的凝胶状状态。 成熟后,核心-1(由N端的57个残基(39-95)组成)变得结构化,导致非多态性纤维的形成。 截短的FUS-LC-C(残基110-214)构建体形成一种纤维,其中核心-2(残基112-150)采用$\beta$-片层结构。 使用FUS-LC的粗粒度单体SOP-IDP模型模拟,我们预测C端(核心-3)的残基155-190迅速形成,随后是核心-2,最后是核心-1。 核心的形成时间尺度及其稳定性呈反比关系,这符合奥斯特瓦尔德阶段规则的预期。 无偏见的多链模拟显示,两相中的化学势相等,计算出的致密相和稀释相的密度与实验结果一致。 通过成核机制形成的致密相,随着时间推移通过类似于奥斯特瓦尔德熟化的过程粗化。 AlphaFold对核心-3结构的预测和模拟显示,$\beta$-链在液滴形成早期出现在核心-3区域,并驱动FUS-LC组装的启动。 这里介绍的技术是通用的,可以用于研究其他IDPs(如TDP-43)的组装,因为TDP-43与FUS-LC有许多相似之处。
摘要: The low complexity domain of Fused in Sarcoma (FUS-LC consisting of 214 residues) undergoes phase separation, resulting in a dense liquid-like phase that forms early and slowly matures to reach ordered gel-like state on long time scales. Upon maturation, core-1, comprising of the 57 residues (39-95) in the N-terminus become structured, resulting in the formation of a non-polymorphic fibril. The truncated FUS-LC-C (residues 110-214) construct forms a fibril in which core-2 (residues 112-150) adopts a $\beta$-sheet structure. Using coarse-grained monomer SOP-IDP model simulations of FUS-LC, we predict that residues 155-190 in the C-terminal (core-3) form rapidly, followed by core-2, and finally core-1. The time scale of formation of the cores and their stabilities are inversely correlated, as anticipated by the Ostwald's rule of stages. Unbiased multichain simulations show that the chemical potentials in the two phases are equal and the calculated densities of the dense and dilute phases are in agreement with experiments. The dense phase, which forms by a nucleation mechanism, coarsens over time by a process that is reminiscent of Ostwald ripening. AlphaFold predictions of the core-3 structure and the simulations show that $\beta$-strand emerges in the core-3 region early during the droplet formation, and drives the initiation of FUS-LC assembly. The techniques introduced here are general and could be used to probe assembly of other IDPs such as TDP-43, which shares many features with FUS-LC.
主题: 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物大分子 (q-bio.BM)
引用方式: arXiv:2506.21792 [cond-mat.soft]
  (或者 arXiv:2506.21792v1 [cond-mat.soft] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.2506.21792
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI

提交历史

来自: Farkhad Maksudov [查看电子邮件]
[v1] 星期四, 2025 年 6 月 26 日 22:23:04 UTC (7,822 KB)
全文链接:

获取论文:

    查看标题为《》的 PDF
  • 查看中文 PDF
  • 查看 PDF
  • HTML(实验性)
  • TeX 源代码
  • 其他格式
许可图标 查看许可
当前浏览上下文:
q-bio.BM
< 上一篇   |   下一篇 >
新的 | 最近的 | 2025-06
切换浏览方式为:
cond-mat
cond-mat.soft
q-bio

参考文献与引用

  • NASA ADS
  • 谷歌学术搜索
  • 语义学者
a 导出 BibTeX 引用 加载中...

BibTeX 格式的引用

×
数据由提供:

收藏

BibSonomy logo Reddit logo

文献和引用工具

文献资源探索 (什么是资源探索?)
连接的论文 (什么是连接的论文?)
Litmaps (什么是 Litmaps?)
scite 智能引用 (什么是智能引用?)

与本文相关的代码,数据和媒体

alphaXiv (什么是 alphaXiv?)
CatalyzeX 代码查找器 (什么是 CatalyzeX?)
DagsHub (什么是 DagsHub?)
Gotit.pub (什么是 GotitPub?)
Hugging Face (什么是 Huggingface?)
带有代码的论文 (什么是带有代码的论文?)
ScienceCast (什么是 ScienceCast?)

演示

复制 (什么是复制?)
Hugging Face Spaces (什么是 Spaces?)
TXYZ.AI (什么是 TXYZ.AI?)

推荐器和搜索工具

影响之花 (什么是影响之花?)
核心推荐器 (什么是核心?)
IArxiv 推荐器 (什么是 IArxiv?)
  • 作者
  • 地点
  • 机构
  • 主题

arXivLabs:与社区合作伙伴的实验项目

arXivLabs 是一个框架,允许合作伙伴直接在我们的网站上开发和分享新的 arXiv 特性。

与 arXivLabs 合作的个人和组织都接受了我们的价值观,即开放、社区、卓越和用户数据隐私。arXiv 承诺这些价值观,并且只与遵守这些价值观的合作伙伴合作。

有一个为 arXiv 社区增加价值的项目想法吗? 了解更多关于 arXivLabs 的信息.

这篇论文的哪些作者是支持者? | 禁用 MathJax (什么是 MathJax?)
  • 关于
  • 帮助
  • contact arXivClick here to contact arXiv 联系
  • 订阅 arXiv 邮件列表点击这里订阅 订阅
  • 版权
  • 隐私政策
  • 网络无障碍帮助
  • arXiv 运营状态
    通过...获取状态通知 email 或者 slack

京ICP备2025123034号