统计学 > 应用
[提交于 2014年2月1日
(v1)
,最后修订 2014年10月29日 (此版本, v2)]
标题: IsoDOT以高灵敏度和特异性检测与分类或连续协变量相关的RNA异构表达/使用。
标题: IsoDOT Detects Differential RNA-isoform Expression/Usage with respect to a Categorical or Continuous Covariate with High Sensitivity and Specificity
摘要: 我们开发了一种名为IsoDOT的统计方法,用于使用RNA-seq数据评估可变剪接异构体表达(DIE)和可变剪接异构体使用(DIU)。此处的异构体使用指的是给定相应基因总表达量时的相对异构体表达量。IsoDOT执行两项现有方法无法完成的任务:针对连续协变量测试DIE/DIU,以及针对一个病例与一个对照测试DIE/DIU。后一项任务在实践中并非罕见情况,例如比较个体的父源与母源等位基因,或者比较癌症患者的肿瘤与正常样本。模拟研究表明,IsoDOT具有高灵敏度和特异性。我们将IsoDOT应用于研究氟哌啶醇治疗对小鼠转录组的影响,并鉴定出一组异构体使用受氟哌啶醇治疗影响的基因。
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