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统计学 > 应用

arXiv:1402.0136v2 (stat)
[提交于 2014年2月1日 (v1) ,最后修订 2014年10月29日 (此版本, v2)]

标题: IsoDOT以高灵敏度和特异性检测与分类或连续协变量相关的RNA异构表达/使用。

标题: IsoDOT Detects Differential RNA-isoform Expression/Usage with respect to a Categorical or Continuous Covariate with High Sensitivity and Specificity

Authors:Wei Sun, Yufeng Liu, James J. Crowley, Ting-Huei Chen, Hua Zhou, Haitao Chu, Shunping Huang, Pei-Fen Kuan, Yuan Li, Darla Miller, Ginger Shaw, Yichao Wu, Vasyl Zhabotynsky, Leonard McMillan, Fei Zou, Patrick F. Sullivan, Fernando Pardo-Manuel de Villena
摘要: 我们开发了一种名为IsoDOT的统计方法,用于使用RNA-seq数据评估可变剪接异构体表达(DIE)和可变剪接异构体使用(DIU)。此处的异构体使用指的是给定相应基因总表达量时的相对异构体表达量。IsoDOT执行两项现有方法无法完成的任务:针对连续协变量测试DIE/DIU,以及针对一个病例与一个对照测试DIE/DIU。后一项任务在实践中并非罕见情况,例如比较个体的父源与母源等位基因,或者比较癌症患者的肿瘤与正常样本。模拟研究表明,IsoDOT具有高灵敏度和特异性。我们将IsoDOT应用于研究氟哌啶醇治疗对小鼠转录组的影响,并鉴定出一组异构体使用受氟哌啶醇治疗影响的基因。
摘要: We have developed a statistical method named IsoDOT to assess differential isoform expression (DIE) and differential isoform usage (DIU) using RNA-seq data. Here isoform usage refers to relative isoform expression given the total expression of the corresponding gene. IsoDOT performs two tasks that cannot be accomplished by existing methods: to test DIE/DIU with respect to a continuous covariate, and to test DIE/DIU for one case versus one control. The latter task is not an uncommon situation in practice, e.g., comparing paternal and maternal allele of one individual or comparing tumor and normal sample of one cancer patient. Simulation studies demonstrate the high sensitivity and specificity of IsoDOT. We apply IsoDOT to study the effects of haloperidol treatment on mouse transcriptome and identify a group of genes whose isoform usages respond to haloperidol treatment.
主题: 应用 (stat.AP) ; 定量方法 (q-bio.QM); 方法论 (stat.ME)
引用方式: arXiv:1402.0136 [stat.AP]
  (或者 arXiv:1402.0136v2 [stat.AP] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.1402.0136
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI

提交历史

来自: Wei Sun [查看电子邮件]
[v1] 星期六, 2014 年 2 月 1 日 23:21:17 UTC (2,197 KB)
[v2] 星期三, 2014 年 10 月 29 日 14:09:32 UTC (3,259 KB)
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