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凝聚态物理 > 软凝聚态物理

arXiv:2409.10158v1 (cond-mat)
[提交于 2024年9月16日 ]

标题: 具有平行对齐单链和周期性碱基序列的伪RNA作为新的普适性类

标题: Pseudo-RNA with parallel aligned single-strands and periodic base sequence as a new universality class

Authors:R. Dengler
摘要: 我们研究了一种针对具有周期性碱基序列 GCGCG... 的 RNA 类聚合物的场论,其中只有方向一致的单链才能形成双链。 该场论来源于一个包含排斥体积效应、碱基序列和温度依赖的复性/变性过程的格点模型。 人工的方向性导致了一个新的普适类,与传统的分支聚合物和 Lee-Yang 场论无关。 这个普适类对自然配对是不稳定的,其中方向相反的单链形成双链。 变性/复性转变是在两个$\varphi_{n=0}^{4}$临界点和新普适类的临界点之间的连续交叉。
摘要: We investigate a field theory for RNA-like polymers with periodic base sequence GCGCG..., where only single-strands aligned in the same direction form double strands. The field theory is derived from a lattice model that incorporates excluded volume effects, base sequence, and temperature dependent renaturation/denaturation. The artificial directionality leads to a novel universality class, not related to conventional branched polymers and Lee-Yang field theory. This universality class is unstable against natural pairing, where oppositely aligned single-strands form double strands. The denaturation/renaturation transition is a continuous crossover between two $\varphi_{n=0}^{4}$ critical points and the critical point of the new universality class.
主题: 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech); 生物物理 (physics.bio-ph)
引用方式: arXiv:2409.10158 [cond-mat.soft]
  (或者 arXiv:2409.10158v1 [cond-mat.soft] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.2409.10158
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI

提交历史

来自: Richard Dengler [查看电子邮件]
[v1] 星期一, 2024 年 9 月 16 日 10:43:36 UTC (73 KB)
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