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电气工程与系统科学 > 图像与视频处理

arXiv:2501.05945 (eess)
[提交于 2025年1月10日 ]

标题: 可重复的样本级推理在计算病理学中

标题: Reusable specimen-level inference in computational pathology

Authors:Jakub R. Kaczmarzyk, Rishul Sharma, Peter K. Koo, Joel H. Saltz
摘要: 基于基础模型的计算病理学已显示出在标本级任务中的巨大潜力,并且越来越容易被研究人员使用。 然而,基于这些基础模型构建的标本级模型仍然大多不可用,这阻碍了它们更广泛的应用和影响。 为了解决这一差距,我们开发了SpinPath,这是一个工具包,旨在通过提供一系列预训练的标本级模型、基于Python的推理引擎和基于JavaScript的推理平台,使标本级深度学习民主化。 我们在九个基础模型的转移检测任务中展示了SpinPath的实用性。 SpinPath可能促进可重复性,简化实验,并加速标本级深度学习在计算病理学研究中的采用。
摘要: Foundation models for computational pathology have shown great promise for specimen-level tasks and are increasingly accessible to researchers. However, specimen-level models built on these foundation models remain largely unavailable, hindering their broader utility and impact. To address this gap, we developed SpinPath, a toolkit designed to democratize specimen-level deep learning by providing a zoo of pretrained specimen-level models, a Python-based inference engine, and a JavaScript-based inference platform. We demonstrate the utility of SpinPath in metastasis detection tasks across nine foundation models. SpinPath may foster reproducibility, simplify experimentation, and accelerate the adoption of specimen-level deep learning in computational pathology research.
主题: 图像与视频处理 (eess.IV) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV); 组织与器官 (q-bio.TO)
引用方式: arXiv:2501.05945 [eess.IV]
  (或者 arXiv:2501.05945v1 [eess.IV] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.2501.05945
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI

提交历史

来自: Jakub Kaczmarzyk [查看电子邮件]
[v1] 星期五, 2025 年 1 月 10 日 13:15:37 UTC (1,762 KB)
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