Skip to main content
CenXiv.org
此网站处于试运行阶段,支持我们!
我们衷心感谢所有贡献者的支持。
贡献
赞助
cenxiv logo > cs > arXiv:2505.00650v1

帮助 | 高级搜索

计算机科学 > 机器学习

arXiv:2505.00650v1 (cs)
[提交于 2025年5月1日 ]

标题: OmicsCL:无监督对比学习在癌症亚型发现和生存分层中的应用

标题: OmicsCL: Unsupervised Contrastive Learning for Cancer Subtype Discovery and Survival Stratification

Authors:Atahan Karagoz
摘要: 无监督学习从多组学数据中识别疾病亚型为推进个性化医学提供了显著机会。 我们介绍了OmicsCL,一个模块化的对比学习框架,该框架联合嵌入了不同类型的组学模态(如基因表达、DNA甲基化和miRNA表达)到一个统一的潜在空间。 我们的方法结合了一个生存感知对比损失,鼓励模型学习与生存相关模式对齐的表示,而无需依赖标记的结果。 在TCGA BRCA数据集上评估时,OmicsCL揭示了临床上有意义的聚类,并在患者生存方面实现了强大的无监督一致性。 该框架在超参数配置中表现出鲁棒性,并且可以调整以优先考虑亚型一致性或生存分层。 消融研究确认,整合生存感知损失显著增强了学习表示的预测能力。 这些结果强调了对比目标在高维异质组学数据中发现生物学洞见的前景。
摘要: Unsupervised learning of disease subtypes from multi-omics data presents a significant opportunity for advancing personalized medicine. We introduce OmicsCL, a modular contrastive learning framework that jointly embeds heterogeneous omics modalities-such as gene expression, DNA methylation, and miRNA expression-into a unified latent space. Our method incorporates a survival-aware contrastive loss that encourages the model to learn representations aligned with survival-related patterns, without relying on labeled outcomes. Evaluated on the TCGA BRCA dataset, OmicsCL uncovers clinically meaningful clusters and achieves strong unsupervised concordance with patient survival. The framework demonstrates robustness across hyperparameter configurations and can be tuned to prioritize either subtype coherence or survival stratification. Ablation studies confirm that integrating survival-aware loss significantly enhances the predictive power of learned embeddings. These results highlight the promise of contrastive objectives for biological insight discovery in high-dimensional, heterogeneous omics data.
评论: 代码可在以下地址获取:https://github.com/Atahanka/OmicsCL
主题: 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI); 基因组学 (q-bio.GN); 定量方法 (q-bio.QM)
引用方式: arXiv:2505.00650 [cs.LG]
  (或者 arXiv:2505.00650v1 [cs.LG] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.2505.00650
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI

提交历史

来自: Atahan Karag√∂z BSc [查看电子邮件]
[v1] 星期四, 2025 年 5 月 1 日 16:51:48 UTC (166 KB)
全文链接:

获取论文:

    查看标题为《》的 PDF
  • 查看中文 PDF
  • 查看 PDF
  • HTML(实验性)
  • TeX 源代码
  • 其他格式
许可图标 查看许可
当前浏览上下文:
cs.LG
< 上一篇   |   下一篇 >
新的 | 最近的 | 2025-05
切换浏览方式为:
cs
cs.AI
q-bio
q-bio.GN
q-bio.QM

参考文献与引用

  • NASA ADS
  • 谷歌学术搜索
  • 语义学者
a 导出 BibTeX 引用 加载中...

BibTeX 格式的引用

×
数据由提供:

收藏

BibSonomy logo Reddit logo

文献和引用工具

文献资源探索 (什么是资源探索?)
连接的论文 (什么是连接的论文?)
Litmaps (什么是 Litmaps?)
scite 智能引用 (什么是智能引用?)

与本文相关的代码,数据和媒体

alphaXiv (什么是 alphaXiv?)
CatalyzeX 代码查找器 (什么是 CatalyzeX?)
DagsHub (什么是 DagsHub?)
Gotit.pub (什么是 GotitPub?)
Hugging Face (什么是 Huggingface?)
带有代码的论文 (什么是带有代码的论文?)
ScienceCast (什么是 ScienceCast?)

演示

复制 (什么是复制?)
Hugging Face Spaces (什么是 Spaces?)
TXYZ.AI (什么是 TXYZ.AI?)

推荐器和搜索工具

影响之花 (什么是影响之花?)
核心推荐器 (什么是核心?)
IArxiv 推荐器 (什么是 IArxiv?)
  • 作者
  • 地点
  • 机构
  • 主题

arXivLabs:与社区合作伙伴的实验项目

arXivLabs 是一个框架,允许合作伙伴直接在我们的网站上开发和分享新的 arXiv 特性。

与 arXivLabs 合作的个人和组织都接受了我们的价值观,即开放、社区、卓越和用户数据隐私。arXiv 承诺这些价值观,并且只与遵守这些价值观的合作伙伴合作。

有一个为 arXiv 社区增加价值的项目想法吗? 了解更多关于 arXivLabs 的信息.

这篇论文的哪些作者是支持者? | 禁用 MathJax (什么是 MathJax?)
  • 关于
  • 帮助
  • contact arXivClick here to contact arXiv 联系
  • 订阅 arXiv 邮件列表点击这里订阅 订阅
  • 版权
  • 隐私政策
  • 网络无障碍帮助
  • arXiv 运营状态
    通过...获取状态通知 email 或者 slack

京ICP备2025123034号