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数学 > 动力系统

arXiv:2507.02709v1 (math)
[提交于 2025年7月3日 ]

标题: XPPLORE:在 MATLAB 中导入、可视化和分析 XPPAUT 数据

标题: XPPLORE: Import, visualize, and analyze XPPAUT data in MATLAB

Authors:Matteo Martin, Anna Kishida Thomas, George Bard Ermentrout
摘要: 对常微分方程(ODE)动力系统,特别是在数学生物学和神经科学等应用学科中的分析,通常需要针对特定模型问题的灵活计算工作流程。XPPAUT 是一个广泛使用的工具,结合了数值积分和延续方法。各种 XPPAUT 工具箱已经出现以定制分析,然而,它们通常依赖于摘要的 '.dat' 文件,无法解析包含详细延续数据(例如周期轨道和边界值问题解)的更信息丰富的 '.auto' 文件。我们提出了 XPPLORE,这是一个用户友好且结构化的 MATLAB 工具箱,通过处理 '.auto' 文件克服了这一限制。这款免费软件能够对延续结果进行后处理,促进如流形重构和平均等分析,并支持创建适合科学出版物的高质量可视化效果。本文介绍了 XPPLORE 的核心数据结构,并展示了该软件的探索能力,突出了其作为可定制且易于访问的扩展工具对于从事基于 ODE 的动力系统研究的研究人员的价值。
摘要: The analysis of ordinary differential equation (ODE) dynamical systems, particularly in applied disciplines such as mathematical biology and neuroscience, often requires flexible computational workflows tailored to model-specific questions. XPPAUT is a widely used tool combining numerical integration and continuation methods. Various XPPAUT toolboxes have emerged to customize analyses, however, they typically rely on summary '.dat' files and cannot parse the more informative '.auto' files, which contain detailed continuation data, e.g. periodic orbits and boundary value problem solutions. We present XPPLORE, a user-friendly and structured MATLAB toolbox overcoming this limitation through the handling of '.auto' files. This free software enables post-processing of continuation results, facilitates analyses such as manifold reconstruction and averaging, and it supports the creation of high-quality visualizations suitable for scientific publications. This paper introduces the core data structures of XPPLORE and demonstrates the software's exploration capabilities, highlighting its value as a customizable and accessible extension for researchers working with ODE-based dynamical systems.
评论: 36页,15图
主题: 动力系统 (math.DS)
引用方式: arXiv:2507.02709 [math.DS]
  (或者 arXiv:2507.02709v1 [math.DS] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.2507.02709
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI

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来自: Anna Thomas [查看电子邮件]
[v1] 星期四, 2025 年 7 月 3 日 15:26:20 UTC (952 KB)
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