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物理学 > 生物物理

arXiv:2510.26949 (physics)
[提交于 2025年10月30日 ]

标题: 蛋白质-蛋白质相互作用网络对膜相变可能非常敏感

标题: Protein-protein interaction networks can be highly sensitive to the membrane phase transition

Authors:Taylor Schaffner, Benjamin B. Machta
摘要: 许多蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络发生在流体 yet 结构化的质膜中。 脂质域,有时称为微区,已被认为参与各种膜结合信号过程的功能。 在这里,我们提出一个模型和一个蒙特卡洛模拟框架,以研究由于对膜临界性扰动而产生的域大小变化如何导致组件之间相互作用速率的变化,从而导致结果的改变。 对于简单的PPI网络,我们表明,活性在膜相变的临界点附近对热力学参数非常敏感。 当蛋白质-蛋白质相互作用改变某些组件的分配时,我们的系统有时会形成非平衡的域,我们称之为口袋,这是由热力学相互作用和动力学排序的混合驱动的。 更普遍地,我们预测,在临界点附近,许多不同的PPI网络的结果将对影响临界行为的扰动高度敏感。
摘要: Many protein-protein interaction (PPI) networks take place in the fluid yet structured plasma membrane. Lipid domains, sometimes termed rafts, have been implicated in the functioning of various membrane-bound signaling processes. Here, we present a model and a Monte Carlo simulation framework to investigate how changes in the domain size that arise from perturbations to membrane criticality can lead to changes in the rate of interactions among components, leading to altered outcomes. For simple PPI networks, we show that the activity can be highly sensitive to thermodynamic parameters near the critical point of the membrane phase transition. When protein-protein interactions change the partitioning of some components, our system sometimes forms out of equilibrium domains we term pockets, driven by a mixture of thermodynamic interactions and kinetic sorting. More generally, we predict that near the critical point many different PPI networks will have their outcomes depend sensitively on perturbations that influence critical behavior.
主题: 生物物理 (physics.bio-ph) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech); 亚细胞过程 (q-bio.SC)
引用方式: arXiv:2510.26949 [physics.bio-ph]
  (或者 arXiv:2510.26949v1 [physics.bio-ph] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.2510.26949
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI

提交历史

来自: Taylor Schaffner [查看电子邮件]
[v1] 星期四, 2025 年 10 月 30 日 19:03:53 UTC (2,097 KB)
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