数学软件

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[1] arXiv:2404.05563 (替换) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 预定义软件环境运行时作为可重复性的一种度量 显示英文标题

标题： Predefined Software Environment Runtimes As A Measure For Reproducibility

Aaruni Kaushik

主题： 数学软件 (cs.MS)

作为数学研究数据倡议（MaRDI）的一部分，我们开发了一种方法，通过我们开发的程序MaPS：MaRDI打包系统，将软件包保存到一个易于部署和使用的沙箱环境，我们称之为“运行时”。 该程序依赖于Linux用户命名空间，将库环境与主机系统隔离，使沙箱软件可以在其他系统上轻松重复使用。 此外，覆盖文件系统使本地编辑持久化。 该项目将有助于研究论文的可重复性工作：包括数学和其他学科的研究论文。 作为概念验证，我们为OSCAR计算机代数系统、用于多面体几何研究的polymake软件以及VIBRANT病毒识别通过迭代注释提供了运行时。 该软件处于预发布状态：创建、部署和执行运行时的界面已经确定，而用于轻松发布运行时的界面正在积极开发中。 因此，我们建议在研究论文中发布预定义的、可分发的软件环境运行时，以努力使基于软件结果的研究具有可重复性。 显示英文摘要

As part of Mathematical Research Data Initiative (MaRDI), we have developed a way to preserve a software package into an easy to deploy and use sandbox environment we call a "runtime", via a program we developed called MaPS : MaRDI Packaging System. The program relies on Linux user namespaces to isolate a library environment from the host system, making the sandboxed software reproducible on other systems, with minimal effort. Moreover an overlay filesystem makes local edits persistent. This project will aid reproducibility efforts of research papers: both mathematical and from other disciplines. As a proof of concept, we provide runtimes for the OSCAR Computer Algebra System, polymake software for research in polyhedral geometry, and VIBRANT Virus Identification By iteRative ANnoTation. The software is in a prerelease state: the interface for creating, deploying, and executing runtimes is final, and an interface for easily publishing runtimes is under active development. We thus propose publishing predefined, distributable software environment runtimes along with research papers in an effort to make research with software based results reproducible.