生物大分子

2025年03月 的作者和标题

[1] arXiv:2503.00165 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 利用序列纯化进行AlphaFold2的多个构象状态的准确预测 显示英文标题

标题： Leveraging Sequence Purification for Accurate Prediction of Multiple Conformational States with AlphaFold2

Enming Xing, Junjie Zhang, Shen Wang, Xiaolin Cheng

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[2] arXiv:2503.00913 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 将计算蛋白质设计应用于治疗性抗体发现——现状与展望 显示英文标题

标题： Applying computational protein design to therapeutic antibody discovery -- current state and perspectives

Weronika Bielska, Igor Jaszczyszyn, Pawel Dudzic, Bartosz Janusz, Dawid Chomicz, Sonia Wrobel, Victor Greiff, Ryan Feehan, Jared Adolf-Bryfogle, Konrad Krawczyk

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[3] arXiv:2503.01376 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过与大型语言模型合作，推动基于结构的药物设计的边界 显示英文标题

标题： Pushing the boundaries of Structure-Based Drug Design through Collaboration with Large Language Models

Bowen Gao, Yanwen Huang, Yiqiao Liu, Wenxuan Xie, Wei-Ying Ma, Ya-Qin Zhang, Yanyan Lan

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[4] arXiv:2503.02058 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： RiboGen：具有等变多流的RNA序列和结构联合生成 显示英文标题

标题： RiboGen: RNA Sequence and Structure Co-Generation with Equivariant MultiFlow

Dana Rubin, Allan dos Santos Costa, Manvitha Ponnapati, Joseph Jacobson

评论： 6页

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[5] arXiv:2503.03503 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 协作专家大语言模型引导的多目标分子优化 显示英文标题

标题： Collaborative Expert LLMs Guided Multi-Objective Molecular Optimization

Jiajun Yu, Yizhen Zheng, Huan Yee Koh, Shirui Pan, Tianyue Wang, Haishuai Wang

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG)

[6] arXiv:2503.03989 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过全原子随机流将蛋白质动力学整合到基于结构的药物设计中 显示英文标题

标题： Integrating Protein Dynamics into Structure-Based Drug Design via Full-Atom Stochastic Flows

Xiangxin Zhou, Yi Xiao, Haowei Lin, Xinheng He, Jiaqi Guan, Yang Wang, Qiang Liu, Feng Zhou, Liang Wang, Jianzhu Ma

评论： 被ICLR 2025接收

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[7] arXiv:2503.04200 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： DeepSilencer：一种预测siRNA敲低效率的新深度学习模型 显示英文标题

标题： DeepSilencer: A Novel Deep Learning Model for Predicting siRNA Knockdown Efficiency

Wangdan Liao, Weidong Wang

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[8] arXiv:2503.05025 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： ProtComposer：具有三维椭球体的组合蛋白质结构生成 显示英文标题

标题： ProtComposer: Compositional Protein Structure Generation with 3D Ellipsoids

Hannes Stark, Bowen Jing, Tomas Geffner, Jason Yim, Tommi Jaakkola, Arash Vahdat, Karsten Kreis

评论： 作为会议论文发表，并在ICLR 2025上做口头报告（前1.8%）

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[9] arXiv:2503.05738 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于主链几何结构的蛋白质构象系综学习 显示英文标题

标题： Learning conformational ensembles of proteins based on backbone geometry

Nicolas Wolf, Leif Seute, Vsevolod Viliuga, Simon Wagner, Jan Stühmer, Frauke Gräter

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 机器学习 (cs.LG) ; 计算物理 (physics.comp-ph)

[10] arXiv:2503.06123 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 电针治疗高位脊髓损伤后逼尿肌膀胱颈失协调的机制蛋白质组学 显示英文标题

标题： Mechanism of Electricacupuncture Treating Detrusor Bladder Neck Dyscoordination After Suprasacral Spinal Cord Injury by Proteomics

Liya Tang, Qirui Qu, Yiying Long, Xia Wu, Jincan Liu, Ming Xu, Hong Zhang, Lu Zhou, Qiong Liu, Kun Ai

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[11] arXiv:2503.08115 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 标准的线圈或球状相无法描述结构化蛋白质和固有无序蛋白质的变性状态 显示英文标题

标题： The standard coil or globule phases cannot describe the denatured state of structured proteins and intrinsically disordered proteins

F. Righini, G. Potel, R. Capelli, G. Tiana

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[12] arXiv:2503.08179 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： ProtTeX：使用大型语言模型进行蛋白质的结构上下文推理与编辑 显示英文标题

标题： ProtTeX: Structure-In-Context Reasoning and Editing of Proteins with Large Language Models

Zicheng Ma, Chuanliu Fan, Zhicong Wang, Zhenyu Chen, Xiaohan Lin, Yanheng Li, Shihao Feng, Jun Zhang, Ziqiang Cao, Yi Qin Gao

评论： 26页，9图

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI)

[13] arXiv:2503.08764 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于稀疏自编码器的可解释蛋白质结构预测 显示英文标题

标题： Towards Interpretable Protein Structure Prediction with Sparse Autoencoders

Nithin Parsan, David J. Yang, John J. Yang

评论： 发表于 GEMBio ICLR 2025 工作坊

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG)

[14] arXiv:2503.09085 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 可微折叠用于最近邻模型优化 显示英文标题

标题： Differentiable Folding for Nearest Neighbor Model Optimization

Ryan K. Krueger, Sharon Aviran, David H. Mathews, Jeffrey Zuber, Max Ward

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[15] arXiv:2503.09979 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 硅是植物合成生物学的下一个前沿领域 显示英文标题

标题： Silicon is the next frontier in plant synthetic biology

Aniruddha Acharya, Kaitlin Hopkins, Tatum Simms

评论： 20页，5图，1表

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[16] arXiv:2503.10489 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 超越原子：通过三维空间建模增强分子预训练表示 显示英文标题

标题： Beyond Atoms: Enhancing Molecular Pretrained Representations with 3D Space Modeling

Shuqi Lu, Xiaohong Ji, Bohang Zhang, Lin Yao, Siyuan Liu, Zhifeng Gao, Linfeng Zhang, Guolin Ke

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[17] arXiv:2503.13522 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 用于蛋白质结构预测与设计的深度学习方法 显示英文标题

标题： Advanced Deep Learning Methods for Protein Structure Prediction and Design

Yichao Zhang, Ningyuan Deng, Xinyuan Song, Ziqian Bi, Tianyang Wang, Zheyu Yao, Keyu Chen, Ming Li, Qian Niu, Junyu Liu, Benji Peng, Sen Zhang, Ming Liu, Li Zhang, Xuanhe Pan, Jinlang Wang, Pohsun Feng, Yizhu Wen, Lawrence KQ Yan, Hongming Tseng, Yan Zhong, Yunze Wang, Ziyuan Qin, Bowen Jing, Junjie Yang, Jun Zhou, Chia Xin Liang, Junhao Song

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG)

[18] arXiv:2503.13789 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 以通用神经网络势模拟碳酸酐酶 II 显示英文标题

标题： Carbonic anhydrase II simulated with a universal neural network potential

Timothy T. Duignan

评论： 18页，8图

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 中尺度与纳米尺度物理 (cond-mat.mes-hall) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[19] arXiv:2503.16996 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 一种能量自适应弹性等变Transformer框架用于蛋白质结构表示 显示英文标题

标题： An Energy-Adaptive Elastic Equivariant Transformer Framework for Protein Structure Representation

Zhongyue Zhang, Runze Ma, Yanjie Huang, Shuangjia Zheng

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[20] arXiv:2503.17007 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： RiboFlow：通过协同流匹配的条件从头开始RNA共同设计 显示英文标题

标题： RiboFlow: Conditional De Novo RNA Co-Design via Synergistic Flow Matching

Runze Ma, Zhongyue Zhang, Zichen Wang, Chenqing Hua, Jiahua Rao, Zhuomin Zhou, Shuangjia Zheng

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[21] arXiv:2503.17368 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 非规范交联干扰进化蛋白质结构模型 显示英文标题

标题： Non-Canonical Crosslinks Confound Evolutionary Protein Structure Models

Romain Lacombe

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI)

[22] arXiv:2503.19273 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： mRNA 折叠算法用于结构和密码子优化 显示英文标题

标题： mRNA Folding Algorithms for Structure and Codon Optimization

Max Ward, Mary Richardson, Mihir Metkar

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[23] arXiv:2503.19821 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： IgCraft：一种用于抗体发现和工程的通用序列生成框架 显示英文标题

标题： IgCraft: A versatile sequence generation framework for antibody discovery and engineering

Matthew Greenig, Haowen Zhao, Vladimir Radenkovic, Aubin Ramon, Pietro Sormanni

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[24] arXiv:2503.20513 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于主子流形的聚类和多尺度RNA校正方法 显示英文标题

标题： A Principal Submanifold-based Approach for Clustering and Multiscale RNA Correction

Menghao Wu, Zhigang Yao

评论： 28页，15图

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 定量方法 (q-bio.QM) ; 应用 (stat.AP)

[25] arXiv:2503.20977 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 几何组合学能否改进RNA分支预测？ 显示英文标题

标题： Can geometric combinatorics improve RNA branching predictions?

Svetlana Poznanović, Owen Cardwell, Christine Heitsch

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)