基因组学

2025年01月 的作者和标题

[1] arXiv:2501.02028 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 从技术条件的角度选择ChIP-seq归一化方法 显示英文标题

标题： Selecting ChIP-seq Normalization Methods from the Perspective of their Technical Conditions

Sara Colando, Danae Schulz, Johanna Hardin

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 应用 (stat.AP)

[2] arXiv:2501.02045 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： METAGENE-1：用于疫情监测的宏基因组基础模型 显示英文标题

标题： METAGENE-1: Metagenomic Foundation Model for Pandemic Monitoring

Ollie Liu, Sami Jaghouar, Johannes Hagemann, Shangshang Wang, Jason Wiemels, Jeff Kaufman, Willie Neiswanger

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 人工智能 (cs.AI) ; 计算与语言 (cs.CL) ; 机器学习 (cs.LG)

[3] arXiv:2501.02284 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： $α$-卫星重复数组的起源来自线粒体分子化石——在核基因组中的顺序插入、扩展和进化 显示英文标题

标题： Origin of $α$-satellite repeat arrays from mitochondrial molecular fossils -- sequential insertion, expansion, and evolution in the nuclear genome

Yihang Zhou

评论： 这篇文章需要进一步改进

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[4] arXiv:2501.02401 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： iTARGET：可解释的定制年龄回归用于分组表观遗传特征 显示英文标题

标题： iTARGET: Interpretable Tailored Age Regression for Grouped Epigenetic Traits

Zipeng Wu, Daniel Herring, Fabian Spill, James Andrews

评论： 将发表于IEEE BIBM 2024。稿件包括对方法学的全面描述以及与传统表观遗传时钟和机器学习模型的比较。作为表观遗传学和衰老研究持续研究的一部分，已提交至arXiv。

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 人工智能 (cs.AI)

[5] arXiv:2501.03923 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 可解释的人工智能模型揭示单细胞RNA测序数据中的疾病相关机制 显示英文标题

标题： Explainable AI model reveals disease-related mechanisms in single-cell RNA-seq data

Mohammad Usman, Olga Varea, Petia Radeva, Josep Canals, Jordi Abante, Daniel Ortiz

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 机器学习 (cs.LG)

[6] arXiv:2501.04181 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于深度学习的特征发现用于解码儿童高级别胶质瘤单细胞转录组学中的表型可塑性 显示英文标题

标题： Deep Learning-based Feature Discovery for Decoding Phenotypic Plasticity in Pediatric High-Grade Gliomas Single-Cell Transcriptomics

Abicumaran Uthamacumaran

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[7] arXiv:2501.04718 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于知识引导的无标签单细胞RNA测序数据生物标志物识别：强化学习视角 显示英文标题

标题： Knowledge-Guided Biomarker Identification for Label-Free Single-Cell RNA-Seq Data: A Reinforcement Learning Perspective

Meng Xiao, Weiliang Zhang, Xiaohan Huang, Hengshu Zhu, Min Wu, Xiaoli Li, Yuanchun Zhou

评论： 20页。arXiv管理员备注：与arXiv:2406.07418存在大量文本重叠

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 人工智能 (cs.AI)

[8] arXiv:2501.04822 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 经过整理的位点原位编辑（cliPE）用于可访问的多重变异效应分析（MAVEs） 显示英文标题

标题： Curated loci prime editing (cliPE) for accessible multiplexed assays of variant effect (MAVEs)

Carina G Biar, Nicholas Bodkin, Gemma L Carvill, Jeffrey D Calhoun

评论： 28页，2图

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[9] arXiv:2501.04869 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 卵巢癌贝伐珠单抗反应者的转录组特征 显示英文标题

标题： Transcriptome signature for the identification of bevacizumab responders in ovarian cancer

Olga Zolotareva, Karen Legler, Olga Tsoy, Anna Esteve, Alexey Sergushichev, Vladimir Sukhov, Jan Baumbach, Kathrin Eylmann, Minyue Qi, Malik Alawi, Stefan Kommoss, Barbara Schmalfeldt, Leticia Oliveira-Ferrer

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[10] arXiv:2501.07737 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 以遗传语言模型进行多兆碱基规模的基因组解释 显示英文标题

标题： Multi-megabase scale genome interpretation with genetic language models

Frederik Träuble, Lachlan Stuart, Andreas Georgiou, Pascal Notin, Arash Mehrjou, Ron Schwessinger, Mathieu Chevalley, Kim Branson, Bernhard Schölkopf, Cornelia van Duijn, Debora Marks, Patrick Schwab

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 机器学习 (cs.LG)

[11] arXiv:2501.08363 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： TopoLa：通过拓扑编码的潜在双曲几何增强单细胞和空间组学细胞表示的通用框架 显示英文标题

标题： TopoLa: A Universal Framework to Enhance Cell Representations for Single-cell and Spatial Omics through Topology-encoded Latent Hyperbolic Geometry

Kai Zheng, Shaokai Wang, Yunpei Xu, Qiming Lei, Qichang Zhao, Xiao Liang, Qilong Feng, Yaohang Li, Min Li, Jinhui Xu, Jianxin Wang

评论： 116页，53图

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[12] arXiv:2501.11217 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： CoverM：宏基因组学的读段比对统计信息 显示英文标题

标题： CoverM: Read alignment statistics for metagenomics

Samuel T. N. Aroney (1), Rhys J. P. Newell (1), Jakob N. Nissen (2), Antonio Pedro Camargo (3 and 4), Gene W. Tyson (1), Ben J. Woodcroft (1) ((1) Centre for Microbiome Research, School of Biomedical Sciences, Queensland University of Technology, (2) The Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research, University of Copenhagen, (3) Departamento de Genética e Evolução, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, (4) DOE Joint Genome Institute, Lawrence Berkeley National Laboratory)

评论： 7页，1图

期刊参考： 生物信息学，第41卷，第4期，2025年4月，btaf147

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[13] arXiv:2501.11831 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 椰枣果大小性状的基因组分析及通过GWAS鉴定候选基因 显示英文标题

标题： Genomic Analysis of Date Palm Fruit Size Traits and Identification of Candidate Genes through GWAS

Shameem Younuskunju, Yasmin A. Mohamoud, Lisa Sara Mathew, Klaus F. X. Mayer, Karsten Suhre, Joel A. Malek

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[14] arXiv:2501.15472 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 巨猎人：使用强化学习和蒙特卡洛树搜索在宏基因组数据中准确检测巨型病毒 显示英文标题

标题： GiantHunter: Accurate detection of giant virus in metagenomic data using reinforcement-learning and Monte Carlo tree search

Fuchuan Qu, Cheng Peng, Jiaojiao Guan, Donglin Wang, Yanni Sun, Jiayu Shang

评论： 15页，7图

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[15] arXiv:2501.16405 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： DepoRanker：一种使用机器学习预测克雷伯氏菌解聚酶的网络工具 显示英文标题

标题： DepoRanker: A Web Tool to predict Klebsiella Depolymerases using Machine Learning

George Wright, Slawomir Michniewski, Eleanor Jameson, Fayyaz ul Amir Afsar Minhas

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 机器学习 (cs.LG)

[16] arXiv:2501.18650 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过具有松弛边缘约束的最优传输构建细胞类型分类学 显示英文标题

标题： Constructing Cell-type Taxonomy by Optimal Transport with Relaxed Marginal Constraints

Sebastian Pena, Lin Lin, Jia Li

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 机器学习 (cs.LG) ; 机器学习 (stat.ML)

[17] arXiv:2501.18794 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基因优先排序的综述与大型语言模型的改进策略 显示英文标题

标题： Survey and Improvement Strategies for Gene Prioritization with Large Language Models

Matthew Neeley, Guantong Qi, Guanchu Wang, Ruixiang Tang, Dongxue Mao, Chaozhong Liu, Sasidhar Pasupuleti, Bo Yuan, Fan Xia, Pengfei Liu, Zhandong Liu, Xia Hu

评论： 11页，4张图，10页的补充图

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 人工智能 (cs.AI)

[18] arXiv:2501.01462 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 泛感染基础框架实现多种病原体预测 显示英文标题

标题： Pan-infection Foundation Framework Enables Multiple Pathogen Prediction

Lingrui Zhang, Haonan Wu, Nana Jin, Chenqing Zheng, Jize Xie, Qitai Cai, Jun Wang, Qin Cao, Xubin Zheng, Jiankun Wang, Lixin Cheng

评论： 15页，8图

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[19] arXiv:2501.06805 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 一种使用多视图特征选择方法和集成分类器的泛癌分类模型 显示英文标题

标题： A Pan-cancer Classification Model using Multi-view Feature Selection Method and Ensemble Classifier

Tareque Mohmud Chowdhury, Farzana Tabassum, Sabrina Islam, Abu Raihan Mostofa Kamal

评论： 20页，5图，9表

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[20] arXiv:2501.10004 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 静态三维结构在间期染色体中决定远端位点对之间的快速动力学 显示英文标题

标题： Static Three-Dimensional Structures Determine Fast Dynamics Between Distal Loci Pairs in Interphase Chromosomes

Guang Shi, Sucheol Shin, D. Thirumalai

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 生物大分子 (q-bio.BM) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[21] arXiv:2501.11760 (交叉列表自 q-bio.QM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于随机游走的scRNA-seq数据超图表示用于改进聚类 显示英文标题

标题： Hypergraph Representations of scRNA-seq Data for Improved Clustering with Random Walks

Wan He, Daniel I. Bolnick, Samuel V. Scarpino, Tina Eliassi-Rad

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 基因组学 (q-bio.GN) ; 应用 (stat.AP) ; 机器学习 (stat.ML)

[22] arXiv:2501.13583 (交叉列表自 stat.AP) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于效应量的基因表达数据通路元分析 显示英文标题

标题： Effect Size-Driven Pathway Meta-Analysis for Gene Expression Data

Juan Antonio Villatoro-García, Pablo Pedro Jurado-Bascón, Pedro Carmona-Sáez

评论： 22页，4图，7表

主题： 应用 (stat.AP) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[23] arXiv:2501.14248 (交叉列表自 q-bio.QM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 归一化和选择非差异表达基因可改善跨平台转录组数据的机器学习建模 显示英文标题

标题： Normalization and selecting non-differentially expressed genes improve machine learning modelling of cross-platform transcriptomic data

Fei Deng (1), Catherine H Feng (1 and 2), Nan Gao (3 and 4), Lanjing Zhang (1, 4, 5 and 6) ((1) Department of Chemical Biology, Ernest Mario School of Pharmacy, Rutgers University, Piscataway, NJ, (2) Harvard University, Cambridge, MA, (3) Department of Biological Sciences, School of Arts & Sciences, Rutgers University, Newark, NJ, (4) Department of Pharmacology, Physiology, and Neuroscience, New Jersey Medical School, Rutgers University, Newark, NJ, (5) Department of Pathology, Princeton Medical Center, Plainsboro, NJ, (6) Rutgers Cancer Institute of New Jersey, New Brunswick, NJ.)

评论： 35页，5幅图，2张表格

期刊参考： 《人工智能译文》2025, 1(1), 5

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 基因组学 (q-bio.GN) ; 计算 (stat.CO) ; 方法论 (stat.ME)

[24] arXiv:2501.17998 (交叉列表自 cs.DC) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： MirLibSpark：用于多库功能注释的可扩展NGS植物微RNA预测流程 显示英文标题

标题： MirLibSpark: A Scalable NGS Plant MicroRNA Prediction Pipeline for Multi-Library Functional Annotation

Chao-Jung Wu, Amine M. Remita, Abdoulaye Baniré Diallo

评论： 13页，4图，2表，发表于会议论文集

期刊参考： 第10届ACM国际生物信息学、计算生物学和健康信息学会议论文集（ACM-BCB）第669-674页，2019年

主题： 分布式、并行与集群计算 (cs.DC) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[25] arXiv:2501.19030 (交叉列表自 q-bio.MN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 以网络为中心的框架，用于增强冠状动脉疾病中的基因-疾病关联研究 显示英文标题

标题： A network-driven framework for enhancing gene-disease association studies in coronary artery disease

Gutama Ibrahim Mohammad, Johan LM Björkegren, Tom Michoel

评论： 22页，6图，4表；代码可在https://github.com/guutama/GRN-TWAS获取

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 基因组学 (q-bio.GN) ; 定量方法 (q-bio.QM)