分子网络

2025年01月 的作者和标题

[1] arXiv:2501.02634 (交叉列表自 q-bio.MN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 异步布尔网络模型的最优推断 显示英文标题

标题： Optimal Inference of Asynchronous Boolean Network Models

Guy Karlebach

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[2] arXiv:2501.12233 (交叉列表自 q-bio.MN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 当代数拓扑遇见系统生物学：关于复杂化学反应网络中Gröbner基结构的猜想 显示英文标题

标题： When algebra twinks system biology: a conjecture on the structure of Gröbner bases in complex chemical reaction networks

Paola Ferrari, Sara Sommariva, Michele Piana, Federico Benvenuto, Matteo Varbaro

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 环与代数 (math.RA)

[3] arXiv:2501.12519 (交叉列表自 q-bio.MN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 代谢控制分析中的求和定理和连通性定理的简单证明 显示英文标题

标题： Simple Proofs of the Summation and Connectivity Theorems in Metabolic Control Analysis

Weijiu Liu

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[4] arXiv:2501.15208 (交叉列表自 q-bio.MN) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过基于量子行走的网络分析推进对长期新冠病理生理学的理解 显示英文标题

标题： Advancing Understanding of Long COVID Pathophysiology Through Quantum Walk-Based Network Analysis

Jaesub Park, Woochang Hwang, Seokjun Lee, Hyun Chang Lee, Méabh MacMahon, Matthias Zilbauer, Namshik Han

评论： 25页，6图和3表

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[5] arXiv:2501.16052 (交叉列表自 q-bio.MN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 在多尺度设置中翻译和评估单细胞布尔网络干预 显示英文标题

标题： Translating and evaluating single-cell Boolean network interventions in the multiscale setting

John Metzcar, Katie Pletz, Heber L. Rocha, Jordan C Rozum

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 细胞行为 (q-bio.CB) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[6] arXiv:2501.16676 (交叉列表自 q-bio.MN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过有效信息分解量化系统-环境协同信息 显示英文标题

标题： Quantifying system-environment synergistic information by effective information decomposition

Mingzhe Yang, Linli Pan, Jiang Zhang

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO)

[7] arXiv:2501.19030 (交叉列表自 q-bio.MN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 以网络为中心的框架，用于增强冠状动脉疾病中的基因-疾病关联研究 显示英文标题

标题： A network-driven framework for enhancing gene-disease association studies in coronary artery disease

Gutama Ibrahim Mohammad, Johan LM Björkegren, Tom Michoel

评论： 22页，6图，4表；代码可在https://github.com/guutama/GRN-TWAS获取

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 基因组学 (q-bio.GN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[8] arXiv:2501.00767 (交叉列表自 q-bio.PE) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 传染病通过对MHC/HLA变异施加密度依赖性死亡率，可以解释平衡选择和MHC/HLA多态性 显示英文标题

标题： Infectious diseases, imposing density-dependent mortality on MHC/HLA variation, can account for balancing selection and MHC/HLA polymorphism

D. P. L. Green

评论： 45页，16图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[9] arXiv:2501.00983 (交叉列表自 cond-mat.dis-nn) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 非互惠霍普菲尔德网络中的临界动力学和循环记忆检索 显示英文标题

标题： Critical Dynamics and Cyclic Memory Retrieval in Non-reciprocal Hopfield Networks

Shuyue Xue, Mohammad Maghrebi, George I. Mias, Carlo Piermarocchi

主题： 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[10] arXiv:2501.02019 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于约束的贝叶斯结构学习算法的基准测试：网络拓扑的作用 显示英文标题

标题： Benchmarking Constraint-Based Bayesian Structure Learning Algorithms: Role of Network Topology

Radha Nagarajan, Marco Scutari

评论： 8页，4图

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[11] arXiv:2501.02409 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 受扰动下用于基因调控网络发现的可解释神经常微分方程 显示英文标题

标题： Interpretable Neural ODEs for Gene Regulatory Network Discovery under Perturbations

Zaikang Lin, Sei Chang, Aaron Zweig, Minseo Kang, Elham Azizi, David A. Knowles

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 分子网络 (q-bio.MN) ; 方法论 (stat.ME)

[12] arXiv:2501.03235 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 由DNA组成的神经网络 显示英文标题

标题： Neural networks consisting of DNA

Michael te Vrugt

评论： 书籍章节，即将出版于：《人工智能与智能物质》，施普林格出版社，查姆

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 人工智能 (cs.AI) ; 神经与进化计算 (cs.NE) ; 生物大分子 (q-bio.BM) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[13] arXiv:2501.09087 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 在复杂生物分子网络中的首次通过时间涨落定理 显示英文标题

标题： On the First-Passage Time Fluctuation Theorem in Complex Biomolecular Networks

D. Evan Piephoff, Jianshu Cao

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 化学物理 (physics.chem-ph) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[14] arXiv:2501.11271 (交叉列表自 q-bio.CB) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 在协调组织发育模型中结合随机基因表达、信号介导的细胞间相互作用和调控的细胞增殖 显示英文标题

标题： Incorporating stochastic gene expression, signaling-mediated intercellular interactions, and regulated cell proliferation in models of coordinated tissue development

Casey O. Barkan, Tom Chou

评论： 14页，5图

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 分子网络 (q-bio.MN) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[15] arXiv:2501.12309 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 面向边缘中心应用的混合监督与自监督图神经网络 显示英文标题

标题： A Hybrid Supervised and Self-Supervised Graph Neural Network for Edge-Centric Applications

Eugenio Borzone, Leandro Di Persia, Matias Gerard

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[16] arXiv:2501.14469 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 佩斯蒂-基因：释放生成分子方法用于毒性感知的农药设计 显示英文标题

标题： Pesti-Gen: Unleashing a Generative Molecule Approach for Toxicity Aware Pesticide Design

Taehan Kim, Wonduk Seo

评论： 被RECOMB 2025海报展示接收

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 生物大分子 (q-bio.BM) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[17] arXiv:2501.16799 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 发育基因调控的空间和时间尺度的桥梁 显示英文标题

标题： Bridging spatial and temporal scales of developmental gene regulation

Andrés H. Cardona, Márcia Mesquita Peixoto, Tohn Borjigin, Thomas Gregor

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 分子网络 (q-bio.MN)