生物大分子

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2025年06月02日， 星期一 (展示 3 之 3 条目 )

[1] arXiv:2505.24394 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 优化血小板纯化方法：提升临床应用的蛋白质组学研究 显示英文标题

标题： Refining Platelet Purification Methods: Enhancing Proteomics for Clinical Applications

Vibecke Markhus, Katarina Fritz-Wallace, Olav Mjaavatten, Einar K. Kristoffersen, Dorota Goplen, Frode Selheim

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[2] arXiv:2505.24203 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 与物理反馈对齐蛋白质构象集合生成 显示英文标题

标题： Aligning Protein Conformation Ensemble Generation with Physical Feedback

Jiarui Lu, Xiaoyin Chen, Stephen Zhewen Lu, Aurélie Lozano, Vijil Chenthamarakshan, Payel Das, Jian Tang

评论： 作为ICML 2025会议论文发表

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[3] arXiv:2505.23987 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 可控多属性多目标分子优化的大语言模型 显示英文标题

标题： Large Language Models for Controllable Multi-property Multi-objective Molecule Optimization

Vishal Dey, Xiao Hu, Xia Ning

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 计算与语言 (cs.CL) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

2025年05月30日， 星期五 (展示 3 之 3 条目 )

[4] arXiv:2505.23354 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 用原子基础模型表示局部蛋白质环境 显示英文标题

标题： Representing local protein environments with atomistic foundation models

Meital Bojan, Sanketh Vedula, Advaith Maddipatla, Nadav Bojan Sellam, Federico Napoli, Paul Schanda, Alex M. Bronstein

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI)

[5] arXiv:2505.22674 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： PSBench：用于估算蛋白质复合物结构模型准确性的大规模基准测试 显示英文标题

标题： PSBench: a large-scale benchmark for estimating the accuracy of protein complex structural models

Pawan Neupane, Jian Liu, Jianlin Cheng

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG)

[6] arXiv:2505.22869 (交叉列表自 cs.CV) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： CFP-Gen：通过扩散语言模型的组合功能蛋白生成 显示英文标题

标题： CFP-Gen: Combinatorial Functional Protein Generation via Diffusion Language Models

Junbo Yin, Chao Zha, Wenjia He, Chencheng Xu, Xin Gao

评论： 已被ICML 2025录用。代码见 https://github.com/yinjunbo/cfpgen

主题： 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

2025年05月29日， 星期四 (展示 1 之 1 条目 )

[7] arXiv:2505.21873 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： HelixDesign-Binder：一种基于HelixFold3的可扩展生产级结合剂设计平台 显示英文标题

标题： HelixDesign-Binder: A Scalable Production-Grade Platform for Binder Design Built on HelixFold3

Jie Gao, Jun Li, Jing Hu, Shanzhuo Zhang, Kunrui Zhu, Yueyang Huang, Xiaonan Zhang, Xiaomin Fang

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI) ; 定量方法 (q-bio.QM)

2025年05月28日， 星期三 (展示 3 之 3 条目 )

[8] arXiv:2505.20913 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： TumorHoPe2：肿瘤归巢肽的更新数据库 显示英文标题

标题： TumorHoPe2: An updated database for Tumor Homing Peptides

Diksha Kashyap, Devanshi Gupta, Naman Kumar Mehta, Gajendra P. S. Raghava

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[9] arXiv:2505.21452 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过谐波SDE与原子-键建模设计环肽 显示英文标题

标题： Designing Cyclic Peptides via Harmonic SDE with Atom-Bond Modeling

Xiangxin Zhou, Mingyu Li, Yi Xiao, Jiahan Li, Dongyu Xue, Zaixiang Zheng, Jianzhu Ma, Quanquan Gu

评论： 被ICML 2025接受

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[10] arXiv:2505.20346 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： PDFBench：一种基于功能的全新蛋白质设计基准 显示英文标题

标题： PDFBench: A Benchmark for De novo Protein Design from Function

Jiahao Kuang, Nuowei Liu, Changzhi Sun, Tao Ji, Yuanbin Wu

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

2025年05月27日， 星期二 (展示 5 之 5 条目 )

[11] arXiv:2505.18566 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白质中的原子密度分布：结构和功能意义 显示英文标题

标题： Atomic Density Distributions in Proteins: Structural and Functional Implications

Sotirios Touliopoulos, Nicholas M. Glykos

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[12] arXiv:2505.20036 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 超越简单的拼接：公平评估PLM架构在多链蛋白质-蛋白质相互作用预测中的性能 显示英文标题

标题： Beyond Simple Concatenation: Fairly Assessing PLM Architectures for Multi-Chain Protein-Protein Interactions Prediction

Hazem Alsamkary, Mohamed Elshaffei, Mohamed Soudy, Sara Ossman, Abdallah Amr, Nehal Adel Abdelsalam, Mohamed Elkerdawy, Ahmed Elnaggar

评论： 15页，4个图

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[13] arXiv:2505.19127 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 活性物质在循环拉伸下的行为：微管排列和束集的建模 显示英文标题

标题： Active Matter under Cyclic Stretch: Modeling Microtubule Alignment and Bundling

Takumi Tagaki, Seiya Nishikawa, Shuji Ishihara

评论： 6页，4个图

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物大分子 (q-bio.BM) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[14] arXiv:2505.18966 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 动态蛋白质词汇表的蛋白质设计 显示英文标题

标题： Protein Design with Dynamic Protein Vocabulary

Nuowei Liu, Jiahao Kuang, Yanting Liu, Changzhi Sun, Tao Ji, Yuanbin Wu, Man Lan

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[15] arXiv:2505.18470 (交叉列表自 cs.AI) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用生成式人工智能的化学分类程序合成 显示英文标题

标题： Chemical classification program synthesis using generative artificial intelligence

Christopher J. Mungall, Adnan Malik, Daniel R. Korn, Justin T. Reese, Noel M. O'Boyle, Noel, Janna Hastings

主题： 人工智能 (cs.AI) ; 生物大分子 (q-bio.BM)