生物大分子

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2025年09月05日， 星期五

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2025年09月04日， 星期四 (展示 2 之 2 条目 )

[1] arXiv:2509.03084 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： SurGBSA：从分子动力学模拟中学习表示 显示英文标题

标题： SurGBSA: Learning Representations From Molecular Dynamics Simulations

Derek Jones, Yue Yang, Felice C. Lightstone, Niema Moshiri, Jonathan E. Allen, Tajana S. Rosing

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[2] arXiv:2509.03487 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： SafeProtein：蛋白质基础模型的对抗测试框架和基准 显示英文标题

标题： SafeProtein: Red-Teaming Framework and Benchmark for Protein Foundation Models

Jigang Fan, Zhenghong Zhou, Ruofan Jin, Le Cong, Mengdi Wang, Zaixi Zhang

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 密码学与安全 (cs.CR) ; 生物大分子 (q-bio.BM) ; 定量方法 (q-bio.QM)

2025年09月03日， 星期三 (展示 4 之 4 条目 )

[3] arXiv:2509.02196 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 超越集成方法：在学习的潜在空间中模拟全原子蛋白质动力学 显示英文标题

标题： Beyond Ensembles: Simulating All-Atom Protein Dynamics in a Learned Latent Space

Aditya Sengar, Ali Hariri, Pierre Vandergheynst, Patrick Barth

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI)

[4] arXiv:2509.02060 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于掩码条件生成建模的形态特异性肽发现 显示英文标题

标题： Morphology-Specific Peptide Discovery via Masked Conditional Generative Modeling

Nuno Costa, Julija Zavadlav

评论： 17页，4图，2表

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[5] arXiv:2509.01550 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： OTMol：通过最优传输的鲁棒分子结构比较 显示英文标题

标题： OTMol: Robust Molecular Structure Comparison via Optimal Transport

Xiaoqi Wei, Xuhang Dai, Yaqi Wu, Yanxiang Zhao, Yingkai Zhang, Zixuan Cang

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 优化与控制 (math.OC)

[6] arXiv:2509.01038 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 用多尺度高斯学习残基水平的蛋白质动力学 显示英文标题

标题： Learning residue level protein dynamics with multiscale Gaussians

Mihir Bafna, Bowen Jing, Bonnie Berger

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

2025年09月01日， 星期一 (展示 3 之 3 条目 )

[7] arXiv:2508.21350 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 隐花色素中的量子罗盘机制 显示英文标题

标题： The Quantum Compass Mechanism in Cryptochromes

Zou Chengye, Liu Ya-jun, Wang Beibei

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 化学物理 (physics.chem-ph)

[8] arXiv:2508.21076 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： Pep2Prob基准：基于MS$^2$的片段离子概率预测 显示英文标题

标题： Pep2Prob Benchmark: Predicting Fragment Ion Probability for MS$^2$-based Proteomics

Hao Xu, Zhichao Wang, Shengqi Sang, Pisit Wajanasara, Nuno Bandeira

评论： 数据集可在HuggingFace上获得： https://huggingface.co/datasets/bandeiralab/Pep2Prob

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG)

[9] arXiv:2508.21082 (交叉列表自 q-bio.QM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： ImmunoAI：使用热力学-流体力学描述符和三维几何界面拓扑的梯度提升机器学习加速抗体发现 显示英文标题

标题： ImmunoAI: Accelerated Antibody Discovery Using Gradient-Boosted Machine Learning with Thermodynamic-Hydrodynamic Descriptors and 3D Geometric Interface Topology

Shawnak Shivakumar, Matthew Sandora

评论： 6页，被IEEE国际电气、计算机、通信和机电工程会议（ICECCME）'25接受

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

2025年08月29日， 星期五

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