定量生物学

2006年09月 的作者和标题

[1] arXiv:q-bio/0609001 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 用于计算生物学中一类匹配问题的拉格朗日方法 显示英文标题

标题： Lagrangian Approaches for a class of Matching Problems in Computational Biology

Nicola Yanev (IRISA / INRIA Rennes), Rumen Andonov (IRISA / INRIA Rennes), Philippe Veber (IRISA / INRIA Rennes), Stefan Balev (LIH EA3219)

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[2] arXiv:q-bio/0609002 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 生态网络通过途径增殖的功能整合 显示英文标题

标题： Functional Integration of Ecological Networks through Pathway Proliferation

Stuart R. Borrett, Brian D. Fath, Bernard C. Patten

评论： 29页，2图，3表，提交至《理论生物学杂志》

期刊参考： 《理论生物学杂志》245: 98-111

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[3] arXiv:q-bio/0609003 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 最大频率基因树：一种简化的大规模基因组方法，以解决分子系统发育中的不一致问题 显示英文标题

标题： Maximum-frequency gene tree: a simplified genome-scale approach to overcoming incongruence in molecular phylogenies

Yunfeng Shan, Xiu-Qing Li

评论： 10页，5张图，进化 2006年7月23日至27日 纽约州立大学石溪分校，美国纽约州

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[4] arXiv:q-bio/0609004 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 全基因组EST数据挖掘方法解决分子系统发育的不一致问题 显示英文标题

标题： Genome-wide EST data mining approaches to resolving incongruence of molecular phylogenies

Yunfeng Shan

评论： 13页，7图

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[5] arXiv:q-bio/0609005 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 为什么互惠网络中的嵌套性？ 显示英文标题

标题： Why Nestedness in Mutualistic Networks?

E. Burgos, H. Ceva, R. Perazzo, M. Devoto, D. Medan, M. Zimmermann, A. M. Delbue

评论： 理论生物学杂志（已接受，2007）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[6] arXiv:q-bio/0609006 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 搜索记忆，数独，隐式校验位，以及非始终正确的快速神经计算的迭代使用 显示英文标题

标题： Searching for memories, Sudoku, implicit check-bits, and the iterative use of not-always-correct rapid neural computation

J. J. Hopfield

评论： 42页

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[7] arXiv:q-bio/0609007 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 人体运动中能量消耗的简单模型 显示英文标题

标题： A simple model of energy expenditure in human locomotion

F. Romeo

评论： 13页，5图，提交至EPJ B

期刊参考： 巴西物理教学杂志，第31卷，第4期，4306（2009）

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[8] arXiv:q-bio/0609008 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在动态网络中发现功能社区 显示英文标题

标题： Discovering Functional Communities in Dynamical Networks

Cosma Rohilla Shalizi, Marcelo F. Camperi, Kristina Lisa Klinkner

评论： 18页，4图，Springer《计算机科学讲座笔记》格式。即将发表于“统计网络分析：模型、问题与新方向”研讨会论文集，2006年ICML会议。版本2：小的澄清，拼写错误修正，新增参考文献

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 数据分析、统计与概率 (physics.data-an) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[9] arXiv:q-bio/0609009 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 表型空间中的中性进化：具有突变但没有选择的繁殖 显示英文标题

标题： Neutral Evolution as Diffusion in phenotype space: reproduction with mutation but without selection

Daniel John Lawson, Henrik Jeldtoft Jensen

评论： 4页，2图。本文现在代表已发表的文章

期刊参考： 物理评论快报 98, 098102 (2007)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[10] arXiv:q-bio/0609010 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 三种物种竞争的解析行为 显示英文标题

标题： Analytic Behaviour of Competition among Three Species

PGL Leach, J Miritzis

评论： 14页，即将发表于《非线性数学物理杂志》

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[11] arXiv:q-bio/0609011 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 形态发生素在上皮中的运输 显示英文标题

标题： Morphogen Transport in Epithelia

T. Bollenbach, K. Kruse, P. Pantazis, M. Gonzalez-Gaitan, F. Julicher

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[12] arXiv:q-bio/0609012 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 物种-面积关系对于幂律物种丰富度分布 显示英文标题

标题： Species-area relationship for power-law species abundance distribution

Haruyuki Irie, Kei Tokita

评论： 8页，1图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[13] arXiv:q-bio/0609013 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 生物共进化简单模型中的复杂行为 显示英文标题

标题： Complex Behavior in Simple Models of Biological Coevolution

Per Arne Rikvold

评论： 8页，5图

期刊参考： 国际现代物理杂志C 20, 1387-1397 (2009)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO)

[14] arXiv:q-bio/0609014 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白质相互作用的动态重布线：转激活的例子 显示英文标题

标题： Dynamic re-wiring of protein interaction: The case of transactivation

Gabriele Scheler

评论： 4页；在NIPS 2004研讨会中发表

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[15] arXiv:q-bio/0609015 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 酵母中依赖支架的交配途径动态研究 显示英文标题

标题： Dynamic Studies of Scaffold-dependent Mating Pathway in Yeast

Danying Shao, Wen Zheng, Wenjun Qiu, Qi Ouyang, Chao Tang

评论： 36页，9图

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[16] arXiv:q-bio/0609016 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 有向网络中的动态行为 显示英文标题

标题： Dynamic behaviors in directed networks

Sung Min Park, Beom Jun Kim

期刊参考： 物理评论E 74，026114（2006）

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[17] arXiv:q-bio/0609017 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： MHC II基因的表达 显示英文标题

标题： Expression of MHC II genes

G. Drozina (UCSF), J. Kohoutek (UCSF), N. Jabrane-Ferrat (UCSF, IPBS), B. M. Peterlin (UCSF)

期刊参考： 微生物学和免疫学的当前话题。290 (2005) 页码 147-70，访问号 16480042

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[18] arXiv:q-bio/0609018 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基因簇分析方法可靠地识别水平转移的基因并揭示它们在操纵子形成中的作用 显示英文标题

标题： Gene cluster analysis method reliably identifies horizontally transferred genes and reveals their involvement in operon formation

Keiichi Homma, Satoshi Fukuchi, Yoji Nakamura, Takashi Gojobori, Ken Nishikawa

评论： 22页，7图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[19] arXiv:q-bio/0609019 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种生物膜的多尺度模型作为衰老结构流体 显示英文标题

标题： A Multiscale Model of Biofilm as a Senescence-Structured Fluid

Bruce P. Ayati, Isaac Klapper

期刊参考： 多尺度建模与仿真，第6卷，第2期，第347-365页，2007

主题： 细胞行为 (q-bio.CB)

[20] arXiv:q-bio/0609020 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 入侵与固定的概率动力学 显示英文标题

标题： Stochastic Dynamics of Invasion and Fixation

Arne Traulsen, Martin A. Nowak, Jorge M. Pacheco

期刊参考： 物理评论E 74，011909，2006

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[21] arXiv:q-bio/0609021 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 随机性与进化稳定性 显示英文标题

标题： Stochasticity and evolutionary stability

Arne Traulsen, Jorge M. Pacheco, Lorens A. Imhof

期刊参考： 物理评论E 74，021905，2006

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[22] arXiv:q-bio/0609022 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 重新考虑基因组词频的重要性 显示英文标题

标题： Reconsidering the significance of genomic word frequency

Miklós Csűrös, Laurent Noé, Gregory Kucherov

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[23] arXiv:q-bio/0609023 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 生物兴奋性的进化分析 显示英文标题

标题： Evolutionary Analysis of Biological Excitability

Ashok Palaniappan, Eric Jakobsson

评论： 对乔姆斯基语言学的贡献

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 细胞行为 (q-bio.CB) ; 基因组学 (q-bio.GN) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[24] arXiv:q-bio/0609024 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于树模式的分子图核 显示英文标题

标题： Graph kernels based on tree patterns for molecules

Pierre Mahé (CB), Jean-Philippe Vert (CB)

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[25] arXiv:q-bio/0609025 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白酶酶超家族中的收敛动力学 显示英文标题

标题： Convergent dynamics in the protease enzymatic superfamily

Vincenzo Carnevale, Simone Raugei, Cristian Micheletti, Paolo Carloni

评论： 13页，6图

期刊参考： J. 美国化学会志 128, 9766-9772 (2006)

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[26] arXiv:q-bio/0609026 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： B细胞突触形成的机制由随机模拟预测 显示英文标题

标题： Mechanisms of B cell Synapse Formation Predicted by Stochastic Simulation

Philippos K. Tsourkas, Nicole Baumgarth, Scott I. Simon, Subhadip Raychaudhuri

评论： 35页，11图；附加材料已添加

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[27] arXiv:q-bio/0609027 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 共同进化。 扩展普利高津定理 显示英文标题

标题： Coevolution. Extending Prigogine Theorem

Antonio Leon

评论： 16页，9幅图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 动力系统 (math.DS)

[28] arXiv:q-bio/0609028 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 有信息的系统作为生命体：信息的物理理论展望 显示英文标题

标题： Living beings as informed systems: towards a physical theory of information

Antonio Leon

评论： 19页，1图

期刊参考： 《生物系统杂志》. 1996. 第4卷. 第565-584页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[29] arXiv:q-bio/0609029 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： RNA的机械展开：从发夹结构到具有内部多环的结构 显示英文标题

标题： Mechanical unfolding of RNA: From hairpins to structures with internal multiloops

Changbong Hyeon, D. Thirumalai

评论： 26页，6图，生物物理杂志（待发表）

期刊参考： 生物物理杂志 第92卷（2007年）731-743

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[30] arXiv:q-bio/0609030 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从膜电位计算事件触发的平均突触传导率 显示英文标题

标题： Calculating event-triggered average synaptic conductances from the membrane potential

Martin Pospischil, Zuzanna Piwkowska, Michelle Rudolph, Thierry Bal, Alain Destexhe

评论： 10页，8图；最终版本发表于《神经生理学杂志》

期刊参考： 神经生理学杂志，97：2544--2552（2007）

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[31] arXiv:q-bio/0609031 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 噬菌体-细菌共进化网络模型 显示英文标题

标题： Network Models of Phage-Bacteria Coevolution

Martin Rosvall, Ian B. Dodd, Sandeep Krishna, Kim Sneppen (Niels Bohr Institute, Copenhagen, Denmark)

评论： 8页，6图

期刊参考： 物理评论E 74，066105（2006）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 其他凝聚态物理 (cond-mat.other)

[32] arXiv:q-bio/0609032 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 快速猎物进化对捕食者-猎物循环的影响 显示英文标题

标题： Effects of rapid prey evolution on predator-prey cycles

Laura E. Jones, Stephen P. Ellner

评论： 35页，8图

期刊参考： J. 数学生物学（55） 541-573（2007）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[33] arXiv:q-bio/0609033 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 埃大肠杆菌和酵母转录调控网络的比较研究：导致边缘动态稳定性的结构特征 显示英文标题

标题： Comparative study of the transcriptional regulatory networks of E. coli and yeast: Structural characteristics leading to marginal dynamic stability

Deok-Sun Lee, Heiko Rieger

评论： 7页，5图

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[34] arXiv:q-bio/0609034 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 合作与沟通技能的进化作为环境波动的结果 显示英文标题

标题： Evolution of cooperation and communication skills as a consequence of environment fluctuations

Alex Feigel

评论： 社会系统动力学，决策理论和博弈论

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[35] arXiv:q-bio/0609035 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： RNA结构的尺寸、形状和柔性 显示英文标题

标题： Size, shape, and flexibility of RNA structures

Changbong Hyeon, Ruxandra I. Dima, D. Thirumalai

评论： 28页，8张图，即将发表于《J. Chem. Phys.》

期刊参考： J. 化学物理，第125卷，194905 (2006)

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[36] arXiv:q-bio/0609036 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用图论概念来理解复杂系统的组织结构 显示英文标题

标题： Using graph concepts to understand the organization of complex systems

Claire Christensen, Reka Albert

评论： v(1) 38页，7图，将发表在《国际混沌与分岔杂志》v(2) 行距已更改；现在23页，7图，将发表在《国际混沌与分岔杂志》的特刊“复杂网络的结构与动力学”中（第17卷第7期，2007年7月），由S. Boccaletti和V. Latora编辑

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[37] arXiv:q-bio/0609037 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 氨基酸出现和组成比较用于预测蛋白质折叠 显示英文标题

标题： Comparison of amino acid occurrence and composition for predicting protein folds

Y-h. Taguchi, M. Michael Gromiha

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[38] arXiv:q-bio/0609038 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 混合模型的系统发育：最大似然法的稳健性与不可识别分布 显示英文标题

标题： Phylogeny of Mixture Models: Robustness of Maximum Likelihood and Non-identifiable Distributions

Daniel Stefankovic, Eric Vigoda

评论： 3个图表

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[39] arXiv:q-bio/0609039 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 空间随机捕食者-被捕食者模型 显示英文标题

标题： Spatial stochastic predator-prey models

Mauro Mobilia, Ivan T. Georgiev, Uwe C. Tauber

评论： 5页，2图。研讨会“生物科学中的随机模型”（2006年5月29日至6月2日在华沙）的论文集，用于巴拿赫中心出版物

期刊参考： 巴拿赫中心出版物 第80卷，253-257 (2008)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO)

[40] arXiv:q-bio/0609040 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 细胞增殖模型中的衰老与不朽 显示英文标题

标题： Aging and Immortality in a Cell Proliferation Model

T. Antal, K.B. Blagoev, S.A. Trugman, S. Redner

评论： 6页，1图，2栏revtex4格式；版本2：最终发表形式；包含对审稿人意见的各种改进

期刊参考： 《理论生物学杂志》248，411-417（2007）

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[41] arXiv:q-bio/0609041 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白质中疏水性、亲水性和带电氨基酸的网络 显示英文标题

标题： Hydrophobic, hydrophilic and charged amino acids' networks within Protein

Md. Aftabuddin, S. Kundu

评论： 通讯作者：苏迪普·昆杜

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[42] arXiv:q-bio/0609042 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基因调控通量：大肠杆菌的铁稳态 显示英文标题

标题： Genetic Regulation of Fluxes: Iron Homeostasis of Escherichia coli

Szabolcs Semsey (1), Anna M. C. Andersson (1), Sandeep Krishna (1), Mogens H Jensen (1), Eric Massé (2*), Kim Sneppen (1*) ((1) Center for Models of Life, Niels Bohr Institute, Copenhagen, Denmark (2) Départment de Biochimie, Université de Sherbrooke, Sherbrooke, Québec, Canada)

评论： 8页，4图

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[43] arXiv:q-bio/0609043 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 核孔复合体运输的效率、选择性和鲁棒性 显示英文标题

标题： Efficiency, selectivity and robustness of the nuclear pore complex transport

A. Zilman, S. DiTalia, B. T. Chait, M. P Rout, M. O. Magnasco

评论： 38页，六幅图

主题： 细胞行为 (q-bio.CB)

[44] arXiv:q-bio/0609044 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 大分子组装网络的随机动力学 显示英文标题

标题： Stochastic dynamics of macromolecular-assembly networks

Leonor Saiz, Jose M. G. Vilar

评论： 开放获取文章可在 http://www.nature.com/msb/journal/v2/n1/full/msb4100061.html 查看

期刊参考： 自然/EMBO分子系统生物学 2，文章编号 msb4100061，第 2006.0024 页（2006）

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[45] arXiv:q-bio/0609045 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： DNA环化：其后果及其控制 显示英文标题

标题： DNA looping: the consequences and its control

Leonor Saiz, Jose M. G. Vilar

期刊参考： 当前结构生物学进展 16, 344-350 (2006)

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[46] arXiv:q-bio/0609046 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一个针对一般基因型的包含重组的突变-选择模型 显示英文标题

标题： A mutation-selection model for general genotypes with recombination

Steven N. Evans, David Steinsaltz, Kenneth W. Wachter

评论： 133页；4幅图。大幅修订。第7章和第8章的主要收敛结果重写。第4章新增关于重组的讨论，并配有图表。结果有所改进：有界适应度成本被Lipschitz取代；初始状态更一般化；对具有无限质量的突变强度给出了一些结果。增加了索引和符号注释表。部分符号重写以保持一致。

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 概率 (math.PR)

[47] arXiv:q-bio/0609047 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 由空间色噪声驱动的比率依赖捕食者-被捕食者模型中规则空间模式的形成 显示英文标题

标题： Formation of regular spatial patterns in ratio-dependent predator-prey model driven by spatial colored-noise

Quan-Xing Liu, Zhen Jin

评论： 4页和3图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[48] arXiv:q-bio/0609048 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 结构相似性增强蛋白质的相互作用倾向 显示英文标题

标题： Structural similarity enhances interaction propensity of proteins

D. B. Lukatsky, B. E. Shakhnovich, J. Mintseris, E. I. Shakhnovich

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[49] arXiv:q-bio/0609049 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于氧化还原电位测量的龙舌兰发酵参数实时估计算法 显示英文标题

标题： An algorithm for real-time estimation of Mezcal fermentation parameters based on redox potential measurements

P. Escalante-Minakata, V. Ibarra-Junquera, H.C. Rosu, A. De Leon-Rodriguez, R. Gonzalez-Garcia

评论： 13页，5图，已更正错误

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[50] arXiv:q-bio/0609050 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 生物网络的贝叶斯分析：聚类、基序、跨物种相关性 显示英文标题

标题： Bayesian analysis of biological networks: clusters, motifs, cross-species correlations

Johannes Berg, Michael Lässig

评论： 12页，即将发表于《生物网络数据的统计与进化分析》，M. Stumpf和C. Wiuf（编辑）

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 定量方法 (q-bio.QM)