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定量生物学

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2025年10月20日, 星期一 (展示 10 之 10 条目 )

[1] arXiv:2510.15828 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: GENESIS:情景语义交互的生成模型
标题: GENESIS: A Generative Model of Episodic-Semantic Interaction
Marco D'Alessandro, Leo D'Amato, Mikel Elkano, Mikel Uriz, Giovanni Pezzulo
评论: 17页,6图
主题: 神经与认知 (q-bio.NC) ; 人工智能 (cs.AI)
[2] arXiv:2510.15826 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 量化迈阿密戴德县长期基孔肯雅热持续的风险
标题: Quantifying the Risk of Long Term Chikungunya Persistence in Miami Dade County
Antonio Gondim, Leonardo Schultz, Xi Huo, Shigui Ruan
主题: 种群与进化 (q-bio.PE)
[3] arXiv:2510.15811 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 肥料促进,杀虫剂稳定:解决农业中富营养化的悖论
标题: Fertilizers Fuel, Insecticides Stabilize: Resolving the Paradox of Enrichment in Agriculture
Vaibhava Srivastava, Jason R. Rohr, Rana D. Parshad
主题: 种群与进化 (q-bio.PE)
[4] arXiv:2510.15745 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 2025年大脑模拟报告状态
标题: State of Brain Emulation Report 2025
Niccolò Zanichelli, Maximilian Schons, Isaak Freeman, Philip Shiu, Anton Arkhipov
主题: 神经与认知 (q-bio.NC)
[5] arXiv:2510.14997 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 机器学习算法在预测糖尿病患者肾病和心脏病早期检测中的评估与实现
标题: Evaluation and Implementation of Machine Learning Algorithms to Predict Early Detection of Kidney and Heart Disease in Diabetic Patients
Syed Ibad Hasnain
评论: 这篇论文是在达拉克什安·萨利姆教授的指导下完成的。我深深感谢她在我的研究生学习期间给予的指导和帮助。
主题: 其他定量生物学 (q-bio.OT) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG)
[6] arXiv:2510.14989 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 带有硬结构约束的蛋白质设计的约束扩散
标题: Constrained Diffusion for Protein Design with Hard Structural Constraints
Jacob K. Christopher, Austin Seamann, Jingyi Cui, Sagar Khare, Ferdinando Fioretto
主题: 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG)
[7] arXiv:2510.14984 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: $\textit{Less In More Out}$的力学:建模基于织物的软体机器人心脏
标题: The mechanics of $\textit{Less In More Out}$: modeling fabric-based soft robotic hearts
Marin Lauber, Mathias Peirlinck
主题: 组织与器官 (q-bio.TO) ; 计算物理 (physics.comp-ph)
[8] arXiv:2510.15542 (交叉列表自 cs.NE) [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: SpikeFit:面向神经形态硬件的脉冲网络最优部署
标题: SpikeFit: Towards Optimal Deployment of Spiking Networks on Neuromorphic Hardware
Ivan Kartashov, Mariia Pushkareva, Iakov Karandashev
评论: 13页,2图。正在进行中
主题: 神经与进化计算 (cs.NE) ; 机器学习 (cs.LG) ; 神经与认知 (q-bio.NC)
[9] arXiv:2510.15478 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 在生理氧和盐条件下,超高速率辐射的DNA的保留
标题: Sparing of DNA irradiated with Ultra-High Dose-Rates under Physiological Oxygen and Salt conditions
Marc Benjamin Hahn (1), Sepideh Aminzadeh-Gohari (2), Anna Grebinyk (2), Matthias Gross (2), Andreas Hoffmann (2), Xiangkun Li (2), Anne Oppelt (2), Chris Richard (2), Felix Riemer (2), Frank Stephan (2), Elif Tarakci (2), Daniel Villani (2) ((1) Institut für Chemie, Universität Potsdam, Karl-Liebknecht-Str. 24-25, 14476 Potsdam, Germany, (2) Deutsches Elektronen-Synchrotron, DESY, Platanenallee 6, 15738 Zeuthen, Germany)
评论: 34页,12图
主题: 生物物理 (physics.bio-ph) ; 化学物理 (physics.chem-ph) ; 医学物理 (physics.med-ph) ; 生物大分子 (q-bio.BM)
[10] arXiv:2510.15127 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 通过进化博弈论框架在临床重症监护环境中导航机械通气的后果
标题: Navigating the consequences of mechanical ventilation in clinical intensive care settings through an evolutionary game-theoretic framework
David J. Albers, Tell D. Bennett, Jana de Wiljes, Bradford J. Smith, Peter D. Sottile, J.N. Stroh
主题: 机器学习 (cs.LG) ; 优化与控制 (math.OC) ; 定量方法 (q-bio.QM)

2025年10月17日, 星期五 (展示 24 之 24 条目 )

[11] arXiv:2510.14917 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 累积量、矩和选择:进化与统计之间的联系
标题: Cumulants, Moments and Selection: The Connection Between Evolution and Statistics
Hasan Ahmed, Deena Goodgold, Khushali Kothari, Rustom Antia
主题: 种群与进化 (q-bio.PE)
[12] arXiv:2510.14601 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 任务执行中大脑反应沿感觉运动-关联轴的非线性偏移
标题: Nonlinear shift along the sensorimotor-association-axis in brain responses to task performance
Fan Cao, Yuqi Yuan, Xiaohui Yan, Bohan Zhang, Kyle Perkins
主题: 神经与认知 (q-bio.NC)
[13] arXiv:2510.14486 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 语义表示在生物启发的交叉监督神经网络集合中出现
标题: Semantic representations emerge in biologically inspired ensembles of cross-supervising neural networks
Roy Urbach, Elad Schneidman
评论: 29页,8图,2个补充图
主题: 神经与认知 (q-bio.NC) ; 人工智能 (cs.AI)
[14] arXiv:2510.14481 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 细胞水平上的病毒种群动力学,考虑复制周期
标题: Viral population dynamics at the cellular level, considering the replication cycle
Seong Jun Park
主题: 种群与进化 (q-bio.PE) ; 定量方法 (q-bio.QM)
[15] arXiv:2510.14382 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: “什么”和“何时”预测在储层脉冲网络中通过误差调制可塑性进行联合编码
标题: Joint encoding of "what" and "when" predictions through error-modulated plasticity in reservoir spiking networks
Yohei Yamada, Zenas C. Chao
主题: 神经与认知 (q-bio.NC)
[16] arXiv:2510.14282 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 可进化化学感受器:迈向自主与进化的整合
标题: Evolvable Chemotons: Toward the Integration of Autonomy and Evolution
Kazuya Horibe, Daichi G. Suzuki
评论: 被接受为ALIFE 2025的最新摘要
主题: 种群与进化 (q-bio.PE)
[17] arXiv:2510.14227 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 感觉运动依赖关系与认知的感觉运动方法
标题: Sensorimotor Contingencies and The Sensorimotor Approach to Cognition
Denizhan Pak
主题: 神经与认知 (q-bio.NC)
[18] arXiv:2510.14188 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 使用信息几何表征脑电中的高阶交互作用
标题: Using Information Geometry to Characterize Higher-Order Interactions in EEG
Eric Albers, Paul Marriott, Masami Tatsuno
主题: 神经与认知 (q-bio.NC) ; 定量方法 (q-bio.QM)
[19] arXiv:2510.13932 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: SUND:使用非线性动态模型进行仿真 - 用于以模块化方式模拟多级、时间动态系统的工具箱
标题: SUND: simulation using nonlinear dynamic models - a toolbox for simulating multi-level, time-dynamic systems in a modular way
Henrik Podéus (1), Gustav Magnusson (2), Sasan Keshmiri (1), Kajsa Tunedal (1, 2), Nicolas Sundqvist (1), William Lövfors (1), Gunnar Cedersund (1, 2, 3) ((1) Department of Biomedical Engineering, Linköping University, Linköping, Sweden, (2) Center for Medical Image Science and Visualization (CMIV), Linköping University, Linköping, Sweden, (3) School of Medical Sciences and Inflammatory Response and Infection Susceptibility Centre (iRiSC), Faculty of Medicine and Health, Örebro, Sweden)
评论: 6页,1图,软件论文。最后两位作者对本工作贡献相同。Gunnar Cedersund是通讯作者
主题: 定量方法 (q-bio.QM)
[20] arXiv:2510.13911 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 口腔GPT:一种用于口腔黏膜疾病诊断和描述的两阶段视觉-语言模型
标题: OralGPT: A Two-Stage Vision-Language Model for Oral Mucosal Disease Diagnosis and Description
Jia Zhang, Bodong Du, Yitong Miao, Dongwei Sun, Xiangyong Cao
主题: 定量方法 (q-bio.QM)
[21] arXiv:2510.13897 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 双注意力ResNet在DCE-MRI的HER2预测中优于Transformer
标题: Dual-attention ResNet outperforms transformers in HER2 prediction on DCE-MRI
Naomi Fridman, Anat Goldstein
主题: 定量方法 (q-bio.QM) ; 人工智能 (cs.AI)
[22] arXiv:2510.13896 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: GenCellAgent:通过大型语言模型代理实现可推广的、无需训练的细胞图像分割
标题: GenCellAgent: Generalizable, Training-Free Cellular Image Segmentation via Large Language Model Agents
Xi Yu, Yang Yang, Qun Liu, Yonghua Du, Sean McSweeney, Yuewei Lin
评论: 43页
主题: 定量方法 (q-bio.QM) ; 人工智能 (cs.AI) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 多智能体系统 (cs.MA)
[23] arXiv:2510.13894 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 贝叶斯还是海森堡:谁(谁)在统治?
标题: Bayes or Heisenberg: Who(se) Rules?
Volker Tresp Hang Li, Federico Harjes, Yunpu Ma
主题: 神经与认知 (q-bio.NC) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG) ; 量子物理 (quant-ph)
[24] arXiv:2510.13886 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 基于物理信息的自编码器用于DSC-MRI灌注后处理:胶质瘤分级的应用
标题: Physics-Informed autoencoder for DSC-MRI Perfusion post-processing: application to glioma grading
Pierre Fayolle, Alexandre Bône, Noëlie Debs, Mathieu Naudin, Pascal Bourdon, Remy Guillevin, David Helbert
评论: 5页,5图,IEEE ISBI 2025,休斯顿,德克萨斯州,美国
主题: 定量方法 (q-bio.QM) ; 人工智能 (cs.AI) ; 图像与视频处理 (eess.IV) ; 信号处理 (eess.SP)
[25] arXiv:2510.13883 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 大型语言模型代理实现微孔微流控的自主设计与图像分析
标题: Large Language Model Agents Enable Autonomous Design and Image Analysis of Microwell Microfluidics
Dinh-Nguyen Nguyen, Sadia Shakil, Raymond Kai-Yu Tong, Ngoc-Duy Dinh
主题: 神经与认知 (q-bio.NC) ; 多智能体系统 (cs.MA)
[26] arXiv:2510.13845 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 多模态大语言模型中的具体实现
标题: Embodiment in multimodal large language models
Akila Kadambi, Lisa Aziz-Zadeh, Antonio Damasio, Marco Iacoboni, Srini Narayanan
主题: 神经与认知 (q-bio.NC)
[27] arXiv:2510.13841 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 基于脑部MRI分类自闭症的混合深度学习方法
标题: Hybrid Deep Learning Approaches for Classifying Autism from Brain MRI
Ashley Chen
评论: 25页,13图,4表,19参考文献
主题: 神经与认知 (q-bio.NC) ; 机器学习 (cs.LG)
[28] arXiv:2510.13826 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 面向神经认知启发的智能:从人工智能的结构模仿到类人功能认知
标题: Towards Neurocognitive-Inspired Intelligence: From AI's Structural Mimicry to Human-Like Functional Cognition
Noorbakhsh Amiri Golilarz, Hassan S. Al Khatib, Shahram Rahimi
主题: 神经与认知 (q-bio.NC) ; 人工智能 (cs.AI)
[29] arXiv:2510.13816 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: GQVis:用于生成式人工智能的基因组数据问题和可视化数据集
标题: GQVis: A Dataset of Genomics Data Questions and Visualizations for Generative AI
Skylar Sargent Walters, Arthea Valderrama, Thomas C. Smits, David Kouřil, Huyen N. Nguyen, Sehi L'Yi, Devin Lange, Nils Gehlenborg
主题: 基因组学 (q-bio.GN) ; 人工智能 (cs.AI) ; 人机交互 (cs.HC) ; 机器学习 (cs.LG)
[30] arXiv:2510.13815 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 一种用于儿科癫痫严重程度的双特征定量脑电图指数:在CHB-MIT上的外部预验证及向Dravet队列的路线图
标题: A Two-Feature Quantitative EEG Index of Pediatric Epilepsy Severity: External Pre-Validation on CHB-MIT and Roadmap to Dravet Cohorts
Khartik Uppalapati, Bora Yimenicioglu, Shakeel Abdulkareem, Bhavya Uppalapati, Viraj Kamath, Adan Eftekhari, Pranav Ayyappan
主题: 神经与认知 (q-bio.NC)
[31] arXiv:2510.14787 (交叉列表自 eess.SY) [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 一种人类-媒介易感-感染-易感模型,用于分析和控制媒介传播疾病的发展
标题: A Human-Vector Susceptible--Infected--Susceptible Model for Analyzing and Controlling the Spread of Vector-Borne Diseases
Lorenzo Zino, Alessandro Casu, Alessandro Rizzo
评论: 将发表在2025年欧洲控制会议(ECC)的论文集上
主题: 系统与控制 (eess.SY) ; 优化与控制 (math.OC) ; 种群与进化 (q-bio.PE)
[32] arXiv:2510.14455 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 编码器作为编辑器:代码驱动的可解释分子优化
标题: Coder as Editor: Code-driven Interpretable Molecular Optimization
Wenyu Zhu, Chengzhu Li, Xiaohe Tian, Yifan Wang, Yinjun Jia, Jianhui Wang, Bowen Gao, Ya-Qin Zhang, Wei-Ying Ma, Yanyan Lan
主题: 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM)
[33] arXiv:2510.14311 (交叉列表自 math.AP) [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 传播速度的行波扩散Lotka-Volterra系统强竞争
标题: Propagation speed of traveling waves for diffusive Lotka-Volterra system with strong competition
Ken-Ichi Nakamura, Toshiko Ogiwara
评论: 15页,2图
主题: 偏微分方程分析 (math.AP) ; 种群与进化 (q-bio.PE)
[34] arXiv:2510.14143 (交叉列表自 cs.CV) [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 三次方:CUDA加速的三维生物图像计算
标题: cubic: CUDA-accelerated 3D Bioimage Computing
Alexandr A. Kalinin, Anne E. Carpenter, Shantanu Singh, Matthew J. O'Meara
评论: 被ICCV 2025生物图像计算研讨会接收
主题: 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 定量方法 (q-bio.QM)

2025年10月16日, 星期四 (展示 首先 17 之 16 条目 )

[35] arXiv:2510.13688 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 基于雅可比矩阵的非线性神经编码模型解释
标题: Jacobian-Based Interpretation of Nonlinear Neural Encoding Model
Xiaohui Gao, Haoran Yang, Yue Cheng, Mengfei Zuo, Yiheng Liu, Peiyang Li, Xintao Hu
主题: 神经与认知 (q-bio.NC)
[36] arXiv:2510.13520 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: qLOOK:用于qPCR实验数字存储和可重复分析的最小信息系统
标题: qLOOK: A Minimal Information System for Digital Storage and Reproducible Analysis of qPCR experiments
Mirco Castoldi
评论: 10页,3图
主题: 定量方法 (q-bio.QM)
[37] arXiv:2510.13270 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 系统发育树中的幂律与偏好凝聚过程
标题: Power-laws in phylogenetic trees and the preferential coalescent
Stephan Kleinbölting, Nigel Goldenfeld, Johannes Berg
评论: 7页
主题: 种群与进化 (q-bio.PE) ; 其他统计 (stat.OT)
[38] arXiv:2510.13156 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 共振与放电神经元中从中心产生的尖峰振荡的分岔
标题: Bifurcation of spiking oscillations from a center in resonate-and-fire neurons
Oleg Makarenkov, Marianne Bezaire, Michael Hasselmo
评论: 19页,14图
主题: 神经与认知 (q-bio.NC) ; 动力系统 (math.DS)
[39] arXiv:2510.13127 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 基于AlphaFold的环肽精确设计
标题: Precision Design of Cyclic Peptides using AlphaFold
Cheuk Sau Au (Hong Kong University of Science and Technology)
主题: 生物大分子 (q-bio.BM)
[40] arXiv:2510.13118 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: Omni-QALAS:用于同时T1、T2和髓鞘水成像的优化多参数成像
标题: Omni-QALAS: Optimized Multiparametric Imaging for Simultaneous T1, T2 and Myelin Water Mapping
Shizhuo Li, Unay Dorken Gallastegi, Shohei Fujita, Yuting Chen, Pengcheng Xu, Yangsean Choi, Borjan Gagoski, Huihui Ye, Huafeng Liu, Berkin Bilgic, Yohan Jun
主题: 定量方法 (q-bio.QM)
[41] arXiv:2510.13017 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 使用瞬时相遇率来量化领地组织的空间模式
标题: Using transient encounter rates to quantify spatial patterns of home-range organization
Anudeep Surendran, Justin M. Calabrese, William F. Fagan, Ricardo Martinez-Garcia
评论: 24页,正文中有5幅图
主题: 种群与进化 (q-bio.PE)
[42] arXiv:2510.12976 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 无似然推断系统发育树后验分布
标题: Likelihood-free inference of phylogenetic tree posterior distributions
Luc Blassel, Bastien Boussau, Nicolas Lartillot, Laurent Jacob
评论: 13页,2图
主题: 种群与进化 (q-bio.PE) ; 定量方法 (q-bio.QM)
[43] arXiv:2510.12842 [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: Protenix-Mini+:具有可扩展Pairformer的高效结构预测模型
标题: Protenix-Mini+: efficient structure prediction model with scalable pairformer
Bo Qiang, Chengyue Gong, Xinshi Chen, Yuxuan Zhang, Wenzhi Xiao
主题: 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (cs.LG)
[44] arXiv:2510.12840 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: ST2HE:一种用于高分辨率空间转录组数据虚拟组织学和注释的跨平台框架
标题: ST2HE: A Cross-Platform Framework for Virtual Histology and Annotation of High-Resolution Spatial Transcriptomics Data
Zhentao Liu, Arun Das, Wen Meng, Yu-Chiao Chiu, Shou-Jiang Gao, Yufei Huang
评论: 36页,5图,1表
主题: 定量方法 (q-bio.QM)
[45] arXiv:2510.13768 (交叉列表自 cs.CV) [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 使用平坦图对功能磁共振成像进行视觉变压器扩展
标题: Scaling Vision Transformers for Functional MRI with Flat Maps
Connor Lane, Daniel Z. Kaplan, Tanishq Mathew Abraham, Paul S. Scotti
评论: 神经科学与人工智能会议2025研讨会,用于大脑和身体的基础模型;代码:https://github.com/MedARC-AI/fmri-fm;Discord:https://discord.gg/tVR4TWnRM9
主题: 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 人工智能 (cs.AI) ; 神经与认知 (q-bio.NC)
[46] arXiv:2510.13672 (交叉列表自 stat.AP) [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 巴西累西腓登革热的分层贝叶斯建模(2015-2024):空间粒度和数据质量在流行病风险制图中的作用
标题: Hierarchical Bayesian Modeling of Dengue in Recife, Brazil (2015-2024): The Role of Spatial Granularity and Data Quality for Epidemiological Risk Mapping
Marcílio Ferreira dos Santos, Andreza dos Santos Rodrigues de Melo
评论: 12页,12图,8表
主题: 应用 (stat.AP) ; 定量方法 (q-bio.QM) ; 方法论 (stat.ME)
[47] arXiv:2510.13658 (交叉列表自 physics.med-ph) [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 球面放射组学 - 胶质母细胞瘤异质性影像基因组分析的新方法
标题: Spherical Radiomics - A Novel Approach to Glioblastoma Radiogenomic Analysis of Heterogeneity
Haotian Feng, Ke Sheng
主题: 医学物理 (physics.med-ph) ; 定量方法 (q-bio.QM)
[48] arXiv:2510.13519 (交叉列表自 math.DS) [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 数据驱动的循环神经网络降阶建模
标题: Data-Driven Reduced Modeling of Recurrent Neural Networks
Alice Marraffa, Renate Krause, Valerio Mante, George Haller
主题: 动力系统 (math.DS) ; 神经与认知 (q-bio.NC)
[49] arXiv:2510.13480 (交叉列表自 physics.optics) [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 一种针对免疫球蛋白A的定量全息凝聚试验
标题: A Quantitative Holographic Agglutination Assay for Immunoglobulin A
Rushna Quddus, Kent Kirshenbaum, David G. Grier
评论: 13页,4图
主题: 光学 (physics.optics) ; 医学物理 (physics.med-ph) ; 定量方法 (q-bio.QM)
[50] arXiv:2510.13431 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]
标题: 基于稀疏生物数据的膀胱癌适应性细胞治疗建模使用PINNs
标题: Modeling Adoptive Cell Therapy in Bladder Cancer from Sparse Biological Data using PINNs
Kayode Olumoyin, Katarzyna Rejniak
主题: 机器学习 (cs.LG) ; 细胞行为 (q-bio.CB) ; 种群与进化 (q-bio.PE)
总共 111 条目 : 1-50 51-100 101-111
显示最多 50 每页条目: 较少 | 更多 | 所有
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