定量生物学

2009年10月 的作者和标题

[1] arXiv:0910.0143 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 复杂形成和解离在大型蛋白质相互作用网络中的生成功能分析 显示英文标题

标题： Generating functional analysis of complex formation and dissociation in large protein interaction networks

A.C.C. Coolen, S. Rabello

评论： 14页，将在京都举行的IW-SMI-2009会议论文集（《物理会议系列》期刊）中发表

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[2] arXiv:0910.0219 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 无性大种群中的进化速度 显示英文标题

标题： The speed of evolution in large asexual populations

Su-Chan Park, Damien Simon, Joachim Krug

评论： 33页，10图

期刊参考： J. Stat. Phys. 138, 381 (2010)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[3] arXiv:0910.0297 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 杂食性既可以增强也可以减弱食物网中的扰动 显示英文标题

标题： Omnivory can both enhance and dampen perturbations in food webs

Iaroslav Ispolatov, Michael Doebeli

评论： 24页，12图

期刊参考： 理论生态学（2011）4：55

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[4] arXiv:0910.0387 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用简单的尺寸结构模型理解森林动态和人工林转换 显示英文标题

标题： Understanding forest dynamics and plantation transformation using a simple size-structured model

Tom Adams (1), Graeme Ackland (1), Glenn Marion (2), Colin Edwards (3) ((1) University of Edinburgh, (2) Biomathematics and Statistics Scotland, (3) Forest Research)

评论： 27页，6图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[5] arXiv:0910.0429 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 关于稀有密码子的聚类及其对翻译的影响 显示英文标题

标题： On the clustering of rare codons and its effect on translation

Lalit Ponnala

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[6] arXiv:0910.0509 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 布尔网络与广义渠道规则的稳定性 显示英文标题

标题： The Stability of Boolean Networks with Generalized Canalizing Rules

Andrew Pomerance, Michelle Girvan, Ed Ott

评论： 20页，3图

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[7] arXiv:0910.0789 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 像素复用用于高速多分辨率荧光成像 显示英文标题

标题： Pixel multiplexing for high-speed multi-resolution fluorescence imaging

Gil Bub, Matthias Tecza, Michiel Helmes, Peter Lee, Peter Kohl

评论： 3页，2图，已提交至《自然方法》

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[8] arXiv:0910.0835 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 模型化细菌鞭毛马达的转矩与速度、散粒噪声和旋转扩散 显示英文标题

标题： Modeling torque versus speed, shot noise, and rotational diffusion of the bacterial flagellar motor

Thierry Mora, Howard Yu, Ned S. Wingreen

期刊参考： 《物理评论快报》103, 248102 (2009)

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[9] arXiv:0910.0977 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白质结构比较中的最大团 显示英文标题

标题： Maximum Cliques in Protein Structure Comparison

Noël Malod-Dognin (INRIA - Irisa), Rumen Andonov (INRIA - Irisa), Nicola Yanev

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[10] arXiv:0910.1068 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 空间生态模型中的灾难性相变和早期预警 显示英文标题

标题： Catastrophic Phase Transitions and Early Warnings in a Spatial Ecological Model

Ariel Fernandez, Hugo Fort

期刊参考： J. 统计力学 (2009) P09014

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[11] arXiv:0910.1167 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用快速组LARS的多个aCGH轮廓联合分割 显示英文标题

标题： Joint segmentation of many aCGH profiles using fast group LARS

Kevin Bleakley (CBIO), Jean-Philippe Vert (CBIO)

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[12] arXiv:0910.1178 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 关于（薛定谔的）寻找生命新物理的探索 显示英文标题

标题： On (Schröedinger's) quest for new physics for life

Alfredo Iorio

评论： 9页，5页，第四届国际研讨会DICE2008

期刊参考： 物理学期刊：会议系列 174 (2009) 012036

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[13] arXiv:0910.1219 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 延迟在生物系统延迟随机模拟中的解释 显示英文标题

标题： On the Interpretation of Delays in Delay Stochastic Simulation of Biological Systems

Roberto Barbuti (University of Pisa), Giulio Caravagna (University of Pisa), Paolo Milazzo (University of Pisa), Andrea Maggiolo-Schettini (University of Pisa)

期刊参考： EPTCS 6，2009年，第17-29页

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE)

[14] arXiv:0910.1415 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 对细菌趋化性中随机波动和鞭毛数量之间联合相互作用的研究 显示英文标题

标题： A study on the combined interplay between stochastic fluctuations and the number of flagella in bacterial chemotaxis

Daniela Besozzi, Paolo Cazzaniga, Matteo Dugo, Dario Pescini, Giancarlo Mauri

期刊参考： EPTCS 6，2009年，第47-62页

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE)

[15] arXiv:0910.1418 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 用SCLS模拟铵转运蛋白 显示英文标题

标题： Modelling an Ammonium Transporter with SCLS

Mario Coppo (Dipartimento di Informatica, Universitá di Torino), Ferruccio Damiani (Dipartimento di Informatica, Universitá di Torino), Elena Grassi (Molecular Biotechnology Center, Dipartimento di Genetica, Biologia e Biochimica and Dipartimento di Informatica, Universitá di Torino), Mike Guether (Dipartimento di Biologia Vegetale, Università di Torino), Angelo Troina (Dipartimento di Informatica, Universitá di Torino)

期刊参考： EPTCS 6，2009年，第77-92页

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[16] arXiv:0910.1577 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 分级响应到二元响应在激活子-抑制子系统中的转换 显示英文标题

标题： Conversion of graded to binary response in an activator-repressor system

Rajesh Karmakar

评论： 12页，已接受发表于《物理评论E》

期刊参考： 物理评论E 81, 021905 (2010)

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[17] arXiv:0910.1637 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用小RNA量化mRNA的合成和降解速率 显示英文标题

标题： Quantifying mRNA synthesis and decay rates using small RNAs

Vlad Elgart, Tao Jia, Rahul Kulkarni

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 分子网络 (q-bio.MN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[18] arXiv:0910.1736 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 富含精氨酸的肽破坏细胞膜，与细胞穿透肽的孔形成转位机制一致 显示英文标题

标题： Arginine-rich peptides destabilize the plasma membrane, consistent with a pore formation translocation mechanism of cell penetrating peptides

H. D. Herce, A. E. Garcia, J. Litt, R. S. Kane, P. Martin, N. Enrique, A. Rebolledo, V. Milesi

评论： 这是已发表文稿的扩展版本，在出版前必须缩短以符合期刊要求的页数。

期刊参考： 生物物理杂志，第97卷，第7期，2009年10月7日，第1917-1925页

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[19] arXiv:0910.1830 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 广义 Buneman 剪枝用于推断最简约多状态系统发育树 显示英文标题

标题： Generalized Buneman pruning for inferring the most parsimonious multi-state phylogeny

Navodit Misra, Guy Blelloch, R. Ravi, Russell Schwartz

评论： 15页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[20] arXiv:0910.1892 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 菲尔德曼-卡尔林关于进化系统中平衡点最大数量的猜想证明 显示英文标题

标题： Proof of the Feldman-Karlin Conjecture on the Maximum Number of Equilibria in an Evolutionary System

Lee Altenberg

评论： 9页，1图；v.4：最终的小修订，更正，增加内容；v.3：将定理扩展以涵盖所有情况，从而不需要v.2中可约/不可约的区别；增加了以下内容：对Lyubich（1992）的讨论，达到上限的例子，以及同伦延续方法

期刊参考： 理论人口生物学，第77卷，第4期，2010年6月，第263-269页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 代数几何 (math.AG)

[21] arXiv:0910.1916 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 病毒衣壳自组装的建模 显示英文标题

标题： Modelling the Self-Assembly of Virus Capsids

Iain G. Johnston, Ard A. Louis, Jonathan P. K. Doye

评论： 16页，11图

期刊参考： J. Phys.: 凝聚态物质 22 104101 (2010)

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[22] arXiv:0910.1949 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 该假设认为腔棘鱼是四足动物最近的现存亲属3被基于三种基因组规模的方法所拒绝 显示英文标题

标题： The hypothesis that coelacanth is the closest living relative of tetrapods 3 was rejected based on three genome-scale approaches

Yunfeng Shan, Xiu-Qing Li, Robin Gras

评论： 27页，2图和3表

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[23] arXiv:0910.1951 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于基因组规模的方法证明，在共祖模型下，肺鱼-腔棘鱼姐妹群是四足动物最近的现存亲属，使用贝叶斯方法。 显示英文标题

标题： Genome-scale approach proofs that the lungfish-coelacanth sister group is the closest living relative of tetrapods with Bayesian method under coalescence model

Yunfeng Shan, Robin Gras

评论： 1页，0图和0表

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[24] arXiv:0910.1953 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基因支持 最大基因支持树方法用于物种系统发育推断 显示英文标题

标题： GeneSupport Maximum Gene-Support Tree Approach to Species Phylogeny Inference

Yunfeng Shan, Xiu-Qing Li

评论： 应用说明

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[25] arXiv:0910.2008 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 过去流行病对未来疾病动态的影响 显示英文标题

标题： The Impact of Past Epidemics on Future Disease Dynamics

Shweta Bansal, Lauren Ancel Meyers

期刊参考： 《理论生物学杂志》，第309卷，2012年9月21日，第176-184页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[26] arXiv:0910.2043 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在大分子拥挤效应下的最优细胞质密度和通量平衡模型 显示英文标题

标题： Optimal cytoplasmatic density and flux balance model under macromolecular crowding effects

Alexei Vazquez

评论： 4页，3图

期刊参考： J Theor Biol 264, 356-359 (2010)

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[27] arXiv:0910.2084 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 信号转导模型在\emph{哈氏弧菌}的群体感应中 显示英文标题

标题： A model for signal transduction during quorum sensing in \emph{Vibrio harveyi}

Suman K Banik, Andrew T Fenley, Rahul V Kulkarni

评论： 18页，5张图，包含IOP格式文件

期刊参考： 物理生物学 6 (2009) 046008

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[28] arXiv:0910.2278 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 多物种随机模型：小RNA对基因表达的调控 显示英文标题

标题： Multi-species stochastic models: small RNA regulation of gene expression

Vlad Elgart

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[29] arXiv:0910.2436 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： X染色体失活中的X染色体配对机制和动力学 显示英文标题

标题： Mechanics and Dynamics of X-Chromosome Pairing at X Inactivation

A. Scialdone, M. Nicodemi

期刊参考： PLoS 计算生物学 4，e1000244 (2008)

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[30] arXiv:0910.2526 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 温室世界笔记：共生进化、行星可持续性与群落结构的研究 显示英文标题

标题： Notes from the Greenhouse World: A Study in Coevolution, Planetary Sustainability, and Community Structure

Lee Worden

评论： 将发表在《生态经济学》特刊上，以纪念理查德·B·诺加德

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[31] arXiv:0910.2559 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 离散能量景观的高效探索 显示英文标题

标题： Efficient exploration of discrete energy landscapes

Martin Mann, Konstantin Klemm

评论： 7页，5图

期刊参考： 物理评论E 83, 011113 (2011)

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 计算物理 (physics.comp-ph)

[32] arXiv:0910.2621 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 生命为何出现？ 显示英文标题

标题： Why did life emerge?

Arto Annila, Erkki Annila

评论： 17页，1图

期刊参考： 《国际天体生物学杂志》，7：293-300（2008）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[33] arXiv:0910.2660 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于时间的哺乳动物类似分布式代码的序列再现、单次试验学习和模仿 显示英文标题

标题： Sequence reproduction, single trial learning, and mimicry based on a mammalian-like distributed code for time

J. J. Hopfield, Carlos D. Brody

评论： 18页

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[34] arXiv:0910.2678 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 细胞核中基因组空间组织的热力学途径 显示英文标题

标题： Thermodynamic pathways to genome spatial organization in the cell nucleus

Mario Nicodemi, Antonella Prisco

期刊参考： 生物物理杂志 96, 2168 (2009)

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[35] arXiv:0910.2741 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 神经系统中的分形：理论神经科学的概念意义 显示英文标题

标题： Fractals in the Nervous System: conceptual Implications for Theoretical Neuroscience

Gerhard Werner

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[36] arXiv:0910.2783 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： K.P.P. 方程的有限元实现用于模拟靠近野生动物保护区的采采蝇控制措施 显示英文标题

标题： The Finite Element Implementation of a K.P.P. Equation for the Simulation of Tsetse Control Measures in the Vicinity of a Game Reserve

S. J. Childs

评论： 31页，14图，4表

期刊参考： 数学生物科学，227：29--43，2010

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[37] arXiv:0910.2903 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 结合天然无序蛋白的预测因子以检测通用数据集中的有序与无序之间的模糊区域 显示英文标题

标题： Combining predictors of natively unfolded proteins to detect a twilight zone between order and disorder in generic datasets

Antonio Deiana, Andrea Giansanti

评论： 标题已更改，以更清晰地反映论文的内容，并修正了一些之前印刷错误的公式。已向BMC Bioinformatics提交了略有不同的稿件版本。

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[38] arXiv:0910.2938 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 如何通过分解细胞来理解细胞：基因扰动筛选的网络分析 显示英文标题

标题： How to understand the cell by breaking it: network analysis of gene perturbation screens

Florian Markowetz

评论： 基于ISMB 2009教程的评审；经过两轮修订

期刊参考： PLOS 计算生物学，2010 年 2 月 26 日；6(2)：e1000655

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[39] arXiv:0910.3082 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 系统发育网络不需要复杂：使用更少的网状结构来表示冲突的簇 显示英文标题

标题： Phylogenetic Networks Do not Need to Be Complex: Using Fewer Reticulations to Represent Conflicting Clusters

Leo van Iersel, Steven Kelk, Regula Rupp, Daniel Huson

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[40] arXiv:0910.3146 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种基于代理和微分方程的体型效应在病原体复制和免疫系统反应中的混合模型 显示英文标题

标题： A Hybrid Agent Based and Differential Equation Model of Body Size Effects on Pathogen Replication and Immune System Response

Soumya Banerjee, Melanie Moses

评论： 3页

期刊参考： 第八届国际人工免疫系统会议（ICARIS），第5666-014卷，14-18，2009

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[41] arXiv:0910.3226 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 上皮伤口愈合过程中细胞间信号传递的数学模型 显示英文标题

标题： A mathematical model of intercellular signaling during epithelial wound healing

Filippo Posta, Tom Chou

主题： 细胞行为 (q-bio.CB)

[42] arXiv:0910.3516 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过使用递归定量分析方法识别DNA序列编码和非编码片段的可能差异 显示英文标题

标题： Identification of possible differences in coding and non-coding fragments of DNA sequences by using the method of the Recurrence Quantification Analysis

Sergio Conte, Alessandro Giuliani

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[43] arXiv:0910.3572 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： Starr: Affymetrix ChIP-chip数据的简单tiling数组分析 显示英文标题

标题： Starr: Simple Tiling Array Analysis of Affymetrix ChIP-chip data

Benedikt Zacher, Achim Tresch

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[44] arXiv:0910.3810 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 重建细胞骨架道路：主动运输引起的细胞极性化 显示英文标题

标题： Rebuilding cytoskeleton roads: Active-transport-induced polarization of cells

Rhoda J. Hawkins, Olivier Benichou, Matthieu Piel, Raphael Voituriez

评论： 4页 4图

期刊参考： 物理评论E 80, 040903(R) (2009)

主题： 细胞行为 (q-bio.CB)

[45] arXiv:0910.4015 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 溶剂粘度对酶促反应的影响模型 显示英文标题

标题： Model for solvent viscosity effect on enzymatic reactions

A.E. Sitnitsky

评论： 16页LaTeX文档，5张eps图形

期刊参考： 化学物理学期刊 2010 年，第 369 卷，第 1 期，第 37-42 页

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[46] arXiv:0910.4067 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种用于重建层次1系统发生网络的实用算法 显示英文标题

标题： A Practical Algorithm for Reconstructing Level-1 Phylogenetic Networks

Katharina T. Huber, Leo van Iersel, Steven Kelk, Radoslaw Suchecki

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[47] arXiv:0910.4077 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 模型网络中的基因调控稀疏关键相互作用 显示英文标题

标题： Sparse essential interactions in model networks of gene regulation

Z. Burda, A. Krzywicki, O. C. Martin, M. Zagorski

评论： 9页，5图

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[48] arXiv:0910.4193 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从双等位基因遗传标记直接推断物种树：在完整的共祖分析中绕过基因树 显示英文标题

标题： Inferring Species Trees Directly from Biallelic Genetic Markers: Bypassing Gene Trees in a Full Coalescent Analysis

David Bryant, Remco Bouckaert, Joseph Felsenstein, Noah Rosenberg, Arindam RoyChoudhury

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[49] arXiv:0910.4253 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 进化复制-创新-丢失模型中用于基因组水平蛋白质结构域库的平均场方法 显示英文标题

标题： Mean-field methods in evolutionary duplication-innovation-loss models for the genome-level repertoire of protein domains

A. Angelini, A. Amato, G. Bianconi, B. Bassetti, M. Cosentino Lagomarsino

评论： 10 图，2 表

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[50] arXiv:0910.4468 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基因调控网络中的波动作为高斯色噪声 显示英文标题

标题： Fluctuations in Gene Regulatory Networks as Gaussian Colored Noise

Ming-Chang Huang, Jinn-Wen Wu, Yu-Pin Luo, Karen G. Petrosyan

评论： 10页，4图

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 生物物理 (physics.bio-ph)