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定量生物学

2009年12月 的作者和标题

总共 95 条目 : 1-50 51-95
显示最多 50 每页条目: 较少 | 更多 | 所有
[1] arXiv:0912.0037 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: β-发夹的主导折叠路径
标题: Dominant Folding Pathways of a Beta-Hairpin
Pietro Faccioli, Alice Lonardi, Henri Orland
评论: 6页,4图
主题: 生物大分子 (q-bio.BM)
[2] arXiv:0912.0041 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 在“无共同机制”的屋子里能否避免‘SIN’?
标题: Can we avoid 'SIN' in the house of 'No Common Mechanism'?
Mike Steel
评论: 33页,1图
主题: 种群与进化 (q-bio.PE) ; 定量方法 (q-bio.QM)
[3] arXiv:0912.0157 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 进化博弈中非消失选择下的固定性
标题: Fixation in Evolutionary Games under Non-Vanishing Selection
Mauro Mobilia, Michael Assaf
评论: 4幅图,将发表于《欧洲物理快报》(EPL)
期刊参考: EPL 第91卷,10002(2010)
主题: 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 定量方法 (q-bio.QM)
[4] arXiv:0912.0750 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 基于Adleman-Lipton模型的快速矩阵乘法技术
标题: Fast matrix multiplication techniques based on the Adleman-Lipton model
Aran Nayebi
评论: 将发表在《国际计算机工程研究杂志》上。对预印本进行了细微修改,使其尽可能接近已发表版本。
期刊参考: 《计算机工程研究国际期刊》,3(1):10-19,2012年1月
主题: 定量方法 (q-bio.QM) ; 数据结构与算法 (cs.DS) ; 新兴技术 (cs.ET)
[5] arXiv:0912.1079 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 蛋白质机械展开路径对拉伸速度的依赖性
标题: Dependence of protein mechanical unfolding pathways on pulling speeds
Mai Suan Li, Maksim Kouza
评论: 26页,9图,1表
期刊参考: J. Chem. Phys., 130, 145102 (2009)
主题: 生物大分子 (q-bio.BM)
[6] arXiv:0912.1080 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 蛋白质机械展开:非天然相互作用的重要性
标题: Protein mechanical unfolding: importance of non-native interactions
Maksim Kouza, Chin-Kun Hu, Hoang Zung, Mai Suan Li
评论: 27页,15图
期刊参考: J. Chem. Phys., 131, 215103 (2009)
主题: 生物大分子 (q-bio.BM)
[7] arXiv:0912.1175 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 尿素通过与核酸碱基形成堆积相互作用和多个氢键使RNA不稳定
标题: Urea destabilizes RNA by forming stacking interactions and multiple hydrogen bonds with nucleic acid bases
U. Deva Priyakumar, Changbong Hyeon, D. Thirumalai, Alexander D. MacKerell Jr
评论: 22页,17图
期刊参考: J. 美国化学会志 (2009) 第131卷,17759-17761
主题: 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph)
[8] arXiv:0912.1250 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: SIRS模型中的振荡现象
标题: Oscillations in SIRS model with distributed delays
S. Goncalves, G. Abramson, M. F. C. Gomes
评论: 18页,12图
期刊参考: 欧洲物理杂志 B 81 (2011) 363-371
主题: 种群与进化 (q-bio.PE)
[9] arXiv:0912.1277 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 用于寡核苷酸微阵列的快速背景减法线性模型
标题: Linear model for fast background subtraction in oligonucleotide microarrays
K. Myriam Kroll, Gerard T. Barkema, Enrico Carlon
评论: 21页,5图
期刊参考: 分子生物学算法 2009 年,4:15
主题: 定量方法 (q-bio.QM)
[10] arXiv:0912.1387 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 从傅里叶系数分布中计算空间信息
标题: Computing spatial information from Fourier coefficient distributions
William F. Heinz, Jeffrey L. Werbin, Eaton Lattman, Jan H. Hoh
评论: 23页,11图(其中4页和4图在辅助材料中)
主题: 定量方法 (q-bio.QM)
[11] arXiv:0912.1548 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 细胞凋亡中受体聚集引起的双稳态
标题: Bistability in Apoptosis by Receptor Clustering
Kenneth L. Ho, Heather A. Harrington
评论: 被PLoS Comput Biol接受
期刊参考: PLoS 计算生物学 6 (10): e1000956,2010
主题: 细胞行为 (q-bio.CB) ; 生物大分子 (q-bio.BM)
[12] arXiv:0912.1627 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 肿瘤进展过程中驱动突变和乘客突变的积累
标题: Accumulation of driver and passenger mutations during tumor progression
Ivana Bozic, Tibor Antal, Hisashi Ohtsuki, Hannah Carter, Dewey Kim, Sining Chen, Rachel Karchin, Kenneth W. Kinzler, Bert Vogelstein, Martin A. Nowak
期刊参考: PNAS 107,18545(2010)
主题: 种群与进化 (q-bio.PE)
[13] arXiv:0912.1637 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 快速非负反卷积用于从群体钙成像中推断尖峰序列
标题: Fast non-negative deconvolution for spike train inference from population calcium imaging
Joshua T. Vogelstein, Adam M. Packer, Tim A. Machado, Tanya Sippy, Baktash Babadi, Rafael Yuste, Liam Paninski
评论: 22页,10图
主题: 定量方法 (q-bio.QM) ; 神经与认知 (q-bio.NC)
[14] arXiv:0912.1672 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 心理属性是否依存于大脑属性?
标题: Are mental properties supervenient on brain properties?
Joshua T. Vogelstein, R. Jacob Vogelstein, Carey E. Priebe
评论: 9页,2图
主题: 其他定量生物学 (q-bio.OT) ; 应用 (stat.AP)
[15] arXiv:0912.2089 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 布尔模型的双稳态生物系统
标题: Boolean Models of Bistable Biological Systems
Franziska Hinkelmann, Reinhard Laubenbacher
主题: 分子网络 (q-bio.MN) ; 定量方法 (q-bio.QM)
[16] arXiv:0912.2108 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 网络结构决定了成年神经发生期间网络重组的模式
标题: Network structure determines patterns of network reorganization during adult neurogenesis
Casey M. Schneider-Mizell, Jack M. Parent, Eshel Ben-Jacob, Michal Zochowski, Leonard M. Sander
评论: 28页,10图
主题: 神经与认知 (q-bio.NC) ; 生物物理 (physics.bio-ph)
[17] arXiv:0912.2141 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 钾和氯离子通道的巨偶极子通过电子结构计算揭示
标题: Macrodipoles of potassium and chloride ion channels as revealed by electronic structure calculations
Fabio Pichierri
评论: 12页,4图
期刊参考: 分子结构杂志(理论化学)950 (2010) 79-82
主题: 生物大分子 (q-bio.BM)
[18] arXiv:0912.2171 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 过程性分子马达的货物运输随机模拟
标题: Stochastic simulations of cargo transport by processive molecular motors
Christian B. Korn, Stefan Klumpp, Reinhard Lipowsky, Ulrich S. Schwarz
评论: 40页,使用Revtex格式,包含13张图表,即将发表于《化学物理期刊》
期刊参考: J. Chem. Phys. 131:245107, 2009
主题: 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物大分子 (q-bio.BM)
[19] arXiv:0912.2241 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 通过扩展种群前沿的遗传漂变形成模式
标题: Pattern formation through genetic drift at expanding population fronts
Adnan Ali, Stefan Grosskinsky
评论: 17页,9图
期刊参考: 高级复合系统 13(3), 349-366 (2010)
主题: 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)
[20] arXiv:0912.2288 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 单个神经元中尖峰模式传递的信息
标题: The information transmitted by spike patterns in single neurons
Hugo Gabriel Eyherabide, Ines Samengo
评论: 发表于《巴黎生理学杂志》2009年
主题: 定量方法 (q-bio.QM) ; 神经与认知 (q-bio.NC)
[21] arXiv:0912.2326 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 基于能量依赖适应度模型的RNA宏观进化的大规模模拟
标题: Large-scale simulation of RNA macroevolution by an energy-dependent fitness model
Sheng Guo (1,2), Li-San Wang (1,3), Junhyong Kim (1,2, 4) ((1) Penn Center for Bioinformatics, (2) Genomics and Computational Biology Graduate Group, (3) Institute on Aging, (4) Penn Genome Frontiers Institute)
主题: 种群与进化 (q-bio.PE) ; 生物大分子 (q-bio.BM)
[22] arXiv:0912.2336 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 不同积分-放电神经元的比较研究:自发活动、动态响应和刺激诱导的相关性
标题: A comparative study of different integrate-and-fire neurons: spontaneous activity, dynamical response, and stimulus-induced correlation
Rafael D. Vilela, Benjamin Lindner
评论: 12页
期刊参考: 物理评论E 80, 031909 (2009)
主题: 神经与认知 (q-bio.NC) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO)
[23] arXiv:0912.2366 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 由白噪声驱动的积分-发放神经元的输入参数是否由速率和变异系数唯一确定?
标题: Are the input parameters of white-noise-driven integrate-and-fire neurons uniquely determined by rate and CV?
Rafael D. Vilela, Benjamin Lindner
期刊参考: J. 理论生物学 257, 90 (2009)
主题: 神经与认知 (q-bio.NC) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO)
[24] arXiv:0912.2531 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 重组与上位作用之间的竞争可能导致从等位基因选择到基因型选择的转变
标题: Competition between recombination and epistasis can cause a transition from allele to genotype selection
Richard A. Neher, Boris I. Shraiman
评论: 补充材料可在PNAS网站上获得
期刊参考: 《美国国家科学院院刊》,第106卷,第6866-6871页,2009年
主题: 种群与进化 (q-bio.PE)
[25] arXiv:0912.2536 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: HIV患者内进化中的重组率和选择强度
标题: Recombination rate and selection strength in HIV intra-patient evolution
Richard A. Neher, Thomas Leitner
评论: 将出现在《PLoS Computational Biology》上
期刊参考: PLoS 计算生物学,2010 年,6 卷 1 期:e1000660
主题: 种群与进化 (q-bio.PE)
[26] arXiv:0912.2774 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 年龄结构种群的频率响应:以太平洋鲑鱼为例
标题: Frequency responses of age-structured populations: Pacific salmon as an example
Lee Worden, Louis W. Botsford, Alan Hastings, Matthew D. Holland
评论: 大幅修订:被《理论人口学》接受的版本
主题: 种群与进化 (q-bio.PE)
[27] arXiv:0912.2905 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 按需滴落的微流控芯片
标题: Drop on demand in a microfluidic chip
Jie Xu, Daniel Attinger
期刊参考: 徐,J。和D。Attinger,微流控芯片上的按需液滴。《微机械与微工程杂志》,2008年。18:第065020页。
主题: 定量方法 (q-bio.QM)
[28] arXiv:0912.2955 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 基因组规模的计算机模拟在工业和医学生物技术中的成就
标题: Accomplishments in Genome-Scale In Silico Modeling for Industrial and Medical Biotechnology
Caroline B. Milne, Pan-Jun Kim, James A. Eddy, Nathan D. Price
评论: 被突出显示在《生物技术杂志》2009年第12期的“本期重点”栏目中
期刊参考: 生物技术杂志 4, 1653 (2009)
主题: 分子网络 (q-bio.MN) ; 定量方法 (q-bio.QM)
[29] arXiv:0912.3057 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 谷氨酸对星形胶质细胞中钙和IP3振荡和脉冲动力学的调节
标题: Glutamate regulation of calcium and IP3 oscillating and pulsating dynamics in astrocytes
Maurizio De Pitta` (1), Mati Goldberg (1), Vladislav Volman (2 and 3), Hugues Berry (4), Eshel Ben-Jacob (1 and 2) ((1) School of Physics and Astronomy, Tel Aviv University, Israel, (2) Center for Theoretical Biological Physics, UCSD, La Jolla, CA, USA, (3) Computational Neurobiology Lab, The Salk Institute, La Jolla, CA, USA, (4) Project-Team Alchemy, INRIA Saclay, Orsay, France)
评论: 42页,16图,1表。图的文件名与论文中的图顺序一致。图文件名结尾的“S”表示“补充图”。本文被选为1000生物学学院成员:"Genevieve Dupont: 1000生物学学院,2009年9月4日",网址为http://www.f1000biology.com/article/id/1163674/evaluation
期刊参考: J. Biol. Phys. 35(4) (2009) 383-411
主题: 神经与认知 (q-bio.NC) ; 分子网络 (q-bio.MN) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)
[30] arXiv:0912.3064 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 多模态编码在细胞内钙信号传导的简化模型中
标题: Multimodal encoding in a simplified model of intracellular calcium signaling
Maurizio De Pitta` (1), Vladislav Volman (2 and 3), Herbert Levine (2), Eshel Ben-Jacob (1 and 2) ((1) School of Physics and Astronomy, Tel Aviv University, Israel, (2) Center for Theoretical Biological Physics, UCSD, La Jolla, CA, USA, (3) Computational Neurobiology Lab, The Salk Institute, La Jolla, CA, USA)
评论: 27页,2个表格,17个图表。作为特邀稿件提交,旨在成为专刊《今日神经科学》的一部分(意大利佛罗伦萨,2007年3月25日至27日)
期刊参考: 认知处理,(2008)10(S1):55-70
主题: 神经与认知 (q-bio.NC) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)
[31] arXiv:0912.3093 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 使用高通量测序在单细胞水平上观察基因组动态
标题: Use of high throughput sequencing to observe genome dynamics at a single cell level
D. Parkhomchuk, V.S. Amstislavskiy, A. Soldatov, V. Ogryzko
评论: 22页,9图(包括5个补充图),1表
主题: 基因组学 (q-bio.GN) ; 细胞行为 (q-bio.CB)
[32] arXiv:0912.3208 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 风险分布曲线及其导数
标题: The Risk Distribution Curve and its Derivatives
Ralph Stern
评论: 11页,3图
主题: 定量方法 (q-bio.QM)
[33] arXiv:0912.3221 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: Langevin和Markov通道噪声模型在神经元信号生成中的比较
标题: Comparison of Langevin and Markov channel noise models for neuronal signal generation
B. Sengupta, S. B. Laughlin, J. E. Niven
主题: 神经与认知 (q-bio.NC)
[34] arXiv:0912.3225 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 从偏微分方程的角度看SIR流行病模型
标题: The SIR epidemic model from a PDE point of view
Fabio A. C. C. Chalub, Max O. Souza
期刊参考: 数学. 计算模型,53 (7-8),1568--1574 (2011)
主题: 种群与进化 (q-bio.PE)
[35] arXiv:0912.3426 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 突发生成不可约简的尖峰模式编码
标题: Bursts generate a non-reducible spike pattern code
Hugo Gabriel Eyherabide, Ariel Rokem, Andreas V.M. Herz, Ines Samengo
期刊参考: 神经科学前沿 第3卷 第1期 2009
主题: 神经与认知 (q-bio.NC) ; 定量方法 (q-bio.QM)
[36] arXiv:0912.3482 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 粒子步进周期在非对称排斥过程中的作用:mRNA翻译的模型
标题: Role of the particle's stepping cycle in an asymmetric exclusion process: A model of mRNA translation
L. Ciandrini, I. Stansfield, M. C. Romano
评论: 9页,9图
期刊参考: 物理评论E 81, 051904 (2010)
主题: 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 定量方法 (q-bio.QM)
[37] arXiv:0912.3513 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 刺激依赖的混沌在循环神经网络中的抑制
标题: Stimulus-Dependent Suppression of Chaos in Recurrent Neural Networks
Kanaka Rajan, L F Abbott, Haim Sompolinsky
评论: 12页,3图
期刊参考: 物理评论E 82,011903(2010)
主题: 神经与认知 (q-bio.NC) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 混沌动力学 (nlin.CD) ; 生物物理 (physics.bio-ph)
[38] arXiv:0912.3595 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 二价反离子介导的DNA-DNA静电相互作用的回滞行为
标题: Reentrant behavior of divalent counterion mediated DNA-DNA electrostatic interaction
SeIl Lee, Tung T Le, Toan T Nguyen
评论: 4页,3图,已发表于《物理评论快报》(2010)
期刊参考: 物理评论快报 105 (2010) 248101
主题: 生物大分子 (q-bio.BM) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)
[39] arXiv:0912.3832 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 递归神经网络中内在活动与刺激诱发活动之间的相互作用
标题: Interactions between Intrinsic and Stimulus-Evoked Activity in Recurrent Neural Networks
L F Abbott, Kanaka Rajan, Haim Sompolinsky
主题: 神经与认知 (q-bio.NC) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 混沌动力学 (nlin.CD) ; 生物物理 (physics.bio-ph)
[40] arXiv:0912.3941 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 细胞间生化反应变异的宏观动力学效应
标题: Macroscopic Kinetic Effect of Cell-to-Cell Variation in Biochemical Reactions
Pan-Jun Kim, Nathan D. Price
期刊参考: 物理评论快报 104, 148103 (2010)
主题: 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 分子网络 (q-bio.MN)
[41] arXiv:0912.3952 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 使其成为可能:从有限轨迹构建可靠机制
标题: Making it possible: constructing a reliable mechanism from a finite trajectory
Ophir Flomenbom
评论: 将出现在:《化学物理进展》(2010年)
主题: 定量方法 (q-bio.QM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft)
[42] arXiv:0912.3954 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 核小体定位和能量学:基因组和计算研究的最新进展
标题: Nucleosome positioning and energetics: Recent advances in genomic and computational studies
Denis Tolkunov, Alexandre V. Morozov
评论: 41页,11图
期刊参考: 《蛋白质化学与结构生物学进展,第79卷》(2010年)第1-57页
主题: 基因组学 (q-bio.GN) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物大分子 (q-bio.BM) ; 定量方法 (q-bio.QM)
[43] arXiv:0912.4060 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 离子通道通用模型中的历史依赖动力学 - 一个分析研究
标题: History dependent dynamics in a generic model of ion channels - an analytic study
Daniel Soudry, Ron Meir
评论: 对上一版本进行了若干小的修改和更正,以回应审稿人的意见。唯一的主要改动是——我们在方法部分(第4.1.4节和4.3.3节)增加了两个进一步的子节,并在补充信息中增加了一个章节(G)。
期刊参考: Frontiers in Computational Neuroscience 4:3.(2010)
主题: 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 神经与认知 (q-bio.NC) ; 定量方法 (q-bio.QM)
[44] arXiv:0912.4189 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 解开流行病传播与传播网络动态之间的相互作用
标题: Untangling the interplay between epidemic spreading and transmission network dynamic
Christel Kamp
评论: 16页,3图
期刊参考: PLoS 计算生物学 6(11): e1000984 (2010)
主题: 种群与进化 (q-bio.PE)
[45] arXiv:0912.4196 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 祖先基因组重建中连续一性质的最小冲突集
标题: Minimal Conflicting Sets for the Consecutive Ones Property in ancestral genome reconstruction
Cedric Chauve, Utz-Uwe Haus, Tamon Stephen, Vivija P. You
评论: 20页,3图
期刊参考: J Comput Biol. 2010 年 9 月;17(9):1167-81
主题: 基因组学 (q-bio.GN) ; 数据结构与算法 (cs.DS)
[46] arXiv:0912.4283 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 人细胞在微波辐射后的恢复
标题: Human cell recovery after microwave irradiation
Y.G. Shckorbatov, V.N. Pasiuga, V.A. Grabina, N.N. Kolchigin, D.D. Ivanchenko, V.N.Bykov
评论: 12页,18图,16参考文献
主题: 细胞行为 (q-bio.CB)
[47] arXiv:0912.4391 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 校准和验证描述\emph{果蝇}早期发育中间隙基因蛋白Hunchback产生的遗传调控网络模型
标题: Calibration and validation of a genetic regulatory network model describing the production of the gap gene protein Hunchback in \emph{Drosophila} early development
R. Dil√£o, D. Muraro
评论: 25页,10图
主题: 分子网络 (q-bio.MN)
[48] arXiv:0912.4465 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 一种量子自旋方法用于组蛋白动力学
标题: A quantum spin approach to histone dynamics
C. Gils, J.L. Wrana, W.K. Abou Salem
评论: 12页,6图
主题: 分子网络 (q-bio.MN) ; 生物大分子 (q-bio.BM)
[49] arXiv:0912.4472 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 从联合种群中无根基因树分布识别有根物种树
标题: Identifying the Rooted Species Tree from the Distribution of Unrooted Gene Trees under the Coalescent
Elizabeth S. Allman, James H. Degnan, John A. Rhodes
评论: 附加材料将结果扩展到多态物种树
主题: 种群与进化 (q-bio.PE)
[50] arXiv:0912.4502 [中文pdf, pdf, 其他]
标题: 关于从簇构造系统发生网络的可解性的简要说明
标题: A short note on the tractability of constructing phylogenetic networks from clusters
Leo van Iersel, Steven Kelk
主题: 种群与进化 (q-bio.PE)
总共 95 条目 : 1-50 51-95
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