定量生物学

2013年08月 的作者和标题

[101] arXiv:1308.5676 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 可变邻域对传播过程的影响 显示英文标题

标题： Effects of variable neighbourhood on spreading processes

Sarthok Sircar, Elizabeth Aisenbrey, Stephanie J. Bryant, David M. Bortz

期刊参考： 物理评论E 88, 062815 (2013)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[102] arXiv:1308.5718 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种用于淀粉样斑块形成的立方状态方程 显示英文标题

标题： A Cubic Equation of State for Amyloid Plaque Formation

Andrew J. Bordner, Barry Zorman

评论： 8页，2图，计算得到改进

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[103] arXiv:1308.4951 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 人类进化中的全基因组广泛正选择信号 显示英文标题

标题： Genome wide signals of pervasive positive selection in human evolution

Apara Ranjan, Liane Gabora, Brian O'Connor

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[104] arXiv:1308.5358 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过不对称鹰鸽博弈中的策略更新形成支配关系 显示英文标题

标题： Formation of Dominance Relationships via Strategy Updating in an Asymmetric Hawk-Dove Game

Madeleine Henderson, Liane Gabora

评论： 20页，3图（有些包含多个部分）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 动力系统 (math.DS) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO)

[105] arXiv:1308.6035 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： CXCR6，一种组织特异性干细胞不对称自我更新的新定义生物标志物，识别更具侵略性的人类黑色素瘤癌干细胞 显示英文标题

标题： CXCR6, a Newly Defined Biomarker of Tissue-Specific Stem Cell Asymmetric Self-Renewal, Identifies More Aggressive Human Melanoma Cancer Stem Cells

Alan Veliz-Cuba, Ajit Kumar, Kresimir Josic

期刊参考： PLoS ONE 5（12）：e15183，2010

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[106] arXiv:1308.6037 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 黑色素瘤细胞克隆的生长和形态 显示英文标题

标题： Growth and form of melanoma cell colonies

Thomas C. Scott-Phillips, Richard A. Blythe

期刊参考： J. Stat. Mech. (2013) P02032, 2013

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[107] arXiv:1308.6240 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 更长测序读长的映射能力提升的边际效应：人类基因组中k-mer分布的影响 显示英文标题

标题： Diminishing Return for Increased Mappability with Longer Sequencing Reads: Implications of the k-mer Distributions in the Human Genome

Samir Suweis, Filippo Simini, Jayanth R. Banavar, Amos Maritan

评论： 5个图形

期刊参考： BMC 生物信息学，15:2（2014）

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[108] arXiv:1308.4433 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用人类蛋白质复合物的基因组规模同源建模预测非中性错义突变及其生化后果 显示英文标题

标题： Predicting non-neutral missense mutations and their biochemical consequences using genome-scale homology modeling of human protein complexes

Christa Nilsen, John Paige, Olivia Warner, Benjamin Mayhew, Ryan Sutley, Matthew Lam, Andrew J. Bernoff, Chad M. Topaz

评论： 40页，9图

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[109] arXiv:1308.5826 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 肝脏铁代谢的计算模型 显示英文标题

标题： A Computational Model of Liver Iron Metabolism

David Enard, Philipp W. Messer, Dmitri Petrov

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[110] arXiv:1308.6367 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 慢性疾病在存在持续时间依赖性情况下的偏微分方程 显示英文标题

标题： Partial differential equation about the prevalence of a chronic disease in the presence of duration dependency

Liane Gabora, Anne Russon

评论： 10页，3图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[111] arXiv:1308.5124 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 不同的细胞形状决定精确的趋化性 显示英文标题

标题： Distinct cell shapes determine accurate chemotaxis

Liane Gabora

主题： 细胞行为 (q-bio.CB)

[112] arXiv:1308.6033 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： AQP1不仅仅是一种水通道：它通过Lin7/β-连环蛋白促进细胞迁移 显示英文标题

标题： AQP1 Is Not Only a Water Channel: It Contributes to Cell Migration through Lin7/Beta-Catenin

Sam Carroll, Kresimir Josic, Zachary P Kilpatrick

期刊参考： 《PLoS ONE》4(7): e6167，2009

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 定量方法 (q-bio.QM) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[113] arXiv:1308.4917 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 豌豆蚜虫的社会聚集：实验测量与随机建模 显示英文标题

标题： Social aggregation in pea aphids: Experimental measurement and stochastic modeling

Artem Kaznatcheev

评论： 19页，6图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[114] arXiv:1308.6243 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 评论 在欧洲农田中，Bt玉米花粉导致菜粉蝶幼虫死亡率增加，生态模型，2013 显示英文标题

标题： Comment on Increased mortality is predicted of Inachis io larvae caused by Bt-maize pollen in European farmland, Ecological Modelling, 2013

Luke Tweedy, Börn Meier, Jürgen Stephan, Doris Heinrich, Robert G. Endres

评论： 5页

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[115] arXiv:1308.5037 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： “Neurds”的复仇：以记忆的结构和动态来表征创造性思维 显示英文标题

标题： Revenge of the 'Neurds': Characterizing Creative Thought in terms of the Structure and Dynamics of Memory

Denise Kühnert, Tanja Stadler, Timothy G. Vaughan, Alexei J. Drummond

评论： 25页，包括3张图表。arXiv管理员备注：与arXiv:1106.3600有大量文本重叠

期刊参考： 创造力研究期刊，22(1)，1-13 (2010)

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO)

[116] arXiv:1308.5050 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在尖峰吸引子中编码确定性 显示英文标题

标题： Encoding certainty in bump attractors

Marcio Argollo de Menezes, Edgardo Brigatti, Veit Schwämmle

评论： 23页，9图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[117] arXiv:1308.5140 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用出生死亡SIR模型从病毒序列中同时重建进化历史和流行病动力学 显示英文标题

标题： Simultaneous reconstruction of evolutionary history and epidemiological dynamics from viral sequences with the birth-death SIR model

Evan J. Molinelli (2 and 3), Anil Korkut (2), Weiqing Wang (2), Martin L. Miller (2), Nicholas P. Gauthier (2), Xiaohong Jing (2), Poorvi Kaushik (2 and 3), Qin He (2), Gordon Mills (4), David B. Solit (5 and 6), Christine A. Pratilas (5 and 7), Martin Weigt (1), Alfredo Braunstein (1), Andrea Pagnani (1), Riccardo Zecchina (1), Chris Sander (2 and 4) ((1) Politecnico di Torino and Human Genetics Foundation, (2) Computational Biology Program, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, (3) Tri-Institutional Program for Computational Biology and Medicine, (4) Department of Systems Biology, University of Texas MD Anderson Cancer Center, (5) Program in Molecular Pharmacology, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, (6) Human Oncology and Pathogenesis Program, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, and (7) Department of Pediatrics, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center)

评论： 期刊链接：http://rsif.royalsocietypublishing.org/content/11/94/20131106.full

期刊参考： J. R. Soc. 接口 2014 11，20131106，发表于2014年2月26日

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 概率 (math.PR) ; 应用 (stat.AP)

[118] arXiv:1308.5193 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 扰动生物学：推断细胞系统中的信号网络 显示英文标题

标题： Perturbation Biology: inferring signaling networks in cellular systems

Daniel B. Larremore, Aaron Clauset, Caroline O. Buckee

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[119] arXiv:1308.5365 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过流感加强接种提高群体免疫 显示英文标题

标题： Increasing Herd Immunity with Influenza Revaccination

Nicholas A. Christakis, James H. Fowler

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[120] arXiv:1308.5850 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 建模群体动态动物运动 显示英文标题

标题： Modelling group dynamic animal movement

Brian Tilston Smith, Michael G. Harvey, Brant C. Faircloth, Travis C. Glenn, Robb T. Brumfield

期刊参考： 生态学与进化方法，2014年，第5卷，第2期，第190-199页

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 应用 (stat.AP)

[121] arXiv:1308.6245 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用火山图和正则化卡方统计量进行遗传关联研究 显示英文标题

标题： Using Volcano Plots and Regularized-Chi Statistics in Genetic Association Studies

Jasvir K. Grewal, Cameron L. Hall, Mason A. Porter, Marian S. Dawkins

评论： 5个图形

期刊参考： 计算生物学与化学，48：77-83（2014）

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 应用 (stat.AP)

[122] arXiv:1308.4707 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 真实性的可识别性 显示英文标题

标题： The Recognizability of Authenticity

Eric Mooring, Shweta Bansal

评论： 6页

期刊参考： 第35届认知科学学会年会论文集（第2524-2529页）。奥斯汀，德克萨斯州：认知科学学会。（2013）

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[123] arXiv:1308.4780 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 为什么组合性通信在自然世界中很少见，而语言却是这一趋势的例外？ 显示英文标题

标题： Why is combinatorial communication rare in the natural world, and why is language an exception to this trend?

Toni I. Gossmann, David Waxman, Adam Eyre-Walker

评论： 33页的PDF文件，包括补充信息和一张图表。将发表在《J Roy Soc Int》上

期刊参考： J. Roy. Soc. Interface (2013) 10 20130520

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[124] arXiv:1308.4807 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 生态互利网络的结构和动态性质的出现 显示英文标题

标题： Emergence of structural and dynamical properties of ecological mutualistic networks

Serge Dmitrieff, Pierre Sens

评论： 10页，4图

期刊参考： 自然，500 (449)，2013

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[125] arXiv:1308.6018 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 心率变异性动态指标 显示英文标题

标题： Dynamic Metrics of Heart Rate Variability

Artem S. Novozhilov, Vladimir P. Posvyanskii, Alexander S. Bratus

评论： 修订于2013年8月29日。4页，2图，1表

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[126] arXiv:1308.6028 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 衰老细胞在生长肿瘤中的情况：种群动力学和癌干细胞 显示英文标题

标题： Senescent Cells in Growing Tumors: Population Dynamics and Cancer Stem Cells

Richard Naud

期刊参考： PLoS 计算生物学 8(1): e1002316，2012

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[127] arXiv:1308.6074 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 全宏基因组测序样本的探索与检索 显示英文标题

标题： Exploration and retrieval of whole-metagenome sequencing samples

Sergei Taraskin, Francisco J. Pérez-Reche

评论： 16页；附加结果

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 信息检索 (cs.IR)

[128] arXiv:1308.4421 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 确定模拟关节软骨的聚乙二醇/硫酸软骨素凝胶中的平衡渗透压 显示英文标题

标题： Determining equilibrium osmolarity in Poly(ethylene glycol) / Chondrotin sulfate gels mimicking articular cartilage

Raul Ossada, José H. H. Grisi-Filho, Fernando Ferreira, Marcos Amaku

评论： 19页，6图

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft)

[129] arXiv:1308.5254 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种分析高度重组疟原虫基因的网络方法 显示英文标题

标题： A network approach to analyzing highly recombinant malaria parasite genes

J. C. Phillips

评论： 19页，8张图，6张补充图，4份补充文本。将发表于《PLoS计算生物学》

期刊参考： PLoS 计算生物学 9(10): e1003268, 2013

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 数据分析、统计与概率 (physics.data-an) ; 分子网络 (q-bio.MN) ; 种群与进化 (q-bio.PE) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[130] arXiv:1308.4758 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 分段线性和布尔化学反应网络模型 显示英文标题

标题： Piecewise linear and Boolean models of chemical reaction networks

Jemseena V., Manoj Gopalakrishnan (Department of Physics, IIT Madras)

评论： 这是对之前工作arXiv:1201.2072的扩展

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[131] arXiv:1308.5953 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从RNA-seq数据快速近似推断转录本表达水平 显示英文标题

标题： Fast Approximate Inference of Transcript Expression Levels from RNA-seq Data

Simon Mitchell, Pedro Mendes

评论： 本文已被作者撤回。请参阅经过大幅修改的版本 arXiv:1412.5995

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 应用 (stat.AP) ; 计算 (stat.CO)

[132] arXiv:1308.6004 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 完全悬浮生物细胞的机械流动性 显示英文标题

标题： Mechanical fluidity of fully suspended biological cells

Roland Langrock, J. Grant C. Hopcraft, Paul G. Blackwell, Victoria Goodall, Ruth King, Mu Niu, Toby A. Patterson, Martin W. Pedersen, Anna Skarin, Robert S. Schick

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[133] arXiv:1308.5631 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 复制者方程和空间 显示英文标题

标题： Replicator equations and space

James Hensman, Peter Glaus, Antti Honkela, Magnus Rattray

评论： 24页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 偏微分方程分析 (math.AP)

[134] arXiv:1308.6151 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 建模者与生态理论的遭遇。 或，什么是被称为“增长率”的东西？ 显示英文标题

标题： The modellers' encounter with ecological theory. Or, what is this thing called `growth rate'?

John M. Maloney, Eric Lehnhardt, Alexandra F. Long, Krystyn J. Van Vliet

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[135] arXiv:1308.6333 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： TreeOTU：基于系统发育树的操作分类单元分类 显示英文标题

标题： TreeOTU: Operational Taxonomic Unit Classification Based on Phylogenetic Trees

Robert Rosenbaum, Brent Doiron

评论： 23页，6图

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[136] arXiv:1308.6158 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 自催化二元聚合物模型中的序列选择 显示英文标题

标题： Sequence selection in an autocatalytic binary polymer model

Clinton F. Goss, Eric B. Miller

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO)

[137] arXiv:1308.5668 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种积分方程方法用于L2-3皮层神经元的动力学分析 显示英文标题

标题： An Integral Equation Approach to the Dynamics of L2-3 Cortical Neurons

Caterina A. M. La Porta, Stefano Zapperi, James P. Sethna

评论： 6页，4图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[138] arXiv:1308.5678 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在具有相同度分布的不同无标度网络中传染病动力学的建模 显示英文标题

标题： Modeling the Dynamics of Infectious Diseases in Different Scale-Free Networks with the Same Degree Distribution

C.A.M. La Porta, S Zapperi

评论： 13页，7图

期刊参考： 《理论物理高级研究》第7卷，2013年，第16期，759-771页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 社会与信息网络 (cs.SI) ; 物理与社会 (physics.soc-ph)

[139] arXiv:1308.5778 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 微管灾难来自原纤维动态 显示英文标题

标题： Microtubule catastrophe from protofilament dynamics

Elena Monzani, Riccardo Bazzotti, Carla Perego, Caterina A. M. La Porta

评论： 17页，文本和图3有小的修改，物理评论E的接受版本

期刊参考： 物理评论E 88, 032717 (2013)

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[140] arXiv:1308.6480 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 突变率变异和遗传多样性在人类疾病结构中的作用 显示英文标题

标题： The role of mutation rate variation and genetic diversity in the architecture of human disease

Rouzbeh Taghizadeh, Minsoo Noh, Yang Hoon Huh, Emilio Ciusani, Luca Sigalotti, Michele Maio, Beatrice Arosio, Maria R. Nicotra, PierGiorgio Natali, James L. Sherley, Caterina A. M. La Porta

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[141] arXiv:1308.6014 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 具有空间依赖性递归连接的平衡脉冲神经元网络 显示英文标题

标题： Balanced networks of spiking neurons with spatially dependent recurrent connections

Massimiliano Maria Baraldi, Alexander A Alemi, James P Sethna, Sergio Caracciolo, Caterina A M La Porta, Stefano Zapperi

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[142] arXiv:1308.6031 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 癌细胞会经历表型转换吗？ 对于不完美的癌症干细胞标志物的案例 显示英文标题

标题： Do cancer cells undergo phenotypic switching? The case for imperfect cancer stem cell markers

Sohan Seth, Niko Välimäki, Samuel Kaski, Antti Honkela

期刊参考： 科学报告 | 2：441，2012

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[143] arXiv:1308.5257 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 友谊与自然选择 显示英文标题

标题： Friendship and Natural Selection

Michael Deveau, Richard Karsten, Holger Teismann

期刊参考： PNAS 2014年7月22日 第111卷 增刊3 10796-10801

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[144] arXiv:1308.5342 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 目标捕获和超保守元件（UCEs）的大规模并行测序用于浅层进化时间尺度的比较研究 显示英文标题

标题： Target capture and massively parallel sequencing of ultraconserved elements (UCEs) for comparative studies at shallow evolutionary time scales

Shinpei Tanaka, Harold Fellermann, Steen Rasmussen

评论： 53页，2张表格，4张图表，5张补充表格，11张补充图表

期刊参考： （2014）系统生物学 63：83-95

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[145] arXiv:1308.5034 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 智能的演变 显示英文标题

标题： The Evolution of Intelligence

Wentian Li, Jan Freudenberg, Pedro Miramontes

评论： 25页。arXiv管理员注释：与arXiv:1106.3386有大量文本重叠

期刊参考： 在R. 斯腾伯格和S. 卡夫曼（编），《剑桥智力手册》（第328-350页）。英国剑桥：剑桥大学出版社（2011）

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[146] arXiv:1308.5094 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 静态适应度景观中进化均衡的复杂性 显示英文标题

标题： Complexity of evolutionary equilibria in static fitness landscapes

Francesco Camastra, Angelo Ciaramella, Antonino Staiano

评论： 14页，3图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 神经与进化计算 (cs.NE)

[147] arXiv:1308.5163 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 用于多样性生成和模式识别的进化细胞自动机：确定性策略与随机策略 显示英文标题

标题： Evolving cellular automata for diversity generation and pattern recognition: deterministic versus random strategy

Wentian Li, Jan Freudenberg, Young Ju Suh, Yaning Yang

评论： 12页，7图

期刊参考： J. Stat. Mech. (2013) P08006

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 细胞自动机与格子气体 (nlin.CG)

[148] arXiv:1308.5430 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 波动选择模型和麦当劳-克雷特曼类型分析 显示英文标题

标题： Fluctuating selection models and McDonald-Kreitman type analyses

Dongying Wu, Ladan Doroud, Jonathan A. Eisen

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[149] arXiv:1308.5548 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 膜结合细胞器成熟过程中的瞬时域形成 显示英文标题

标题： Transient domain formation in membrane-bound organelles undergoing maturation

Ralph Brinks

评论： 7页，6图

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[150] arXiv:1308.4706 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 艺术理念的跨领域再诠释 显示英文标题

标题： The Cross-Domain Re-interpretation of Artistic Ideas

Ying Chen Eyre-Walker, Adam Eyre-Walker

评论： 6页

期刊参考： 第35届认知科学学会年会论文集（第3251-3256页）。奥斯汀，德克萨斯州：认知科学学会。（2013）

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)