定量生物学

2016年08月 的作者和标题

[1] arXiv:1608.00064 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过尖峰时间对神经元集合进行训练和自发强化 显示英文标题

标题： Training and spontaneous reinforcement of neuronal assemblies by spike timing

Gabriel Koch Ocker, Brent Doiron

评论： 共36页，6图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[2] arXiv:1608.00108 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过荧光探针测定法直接定量人血浆中来源于褐藻的硫酸多糖 显示英文标题

标题： Direct quantification of brown algae-derived fucoidans in human plasma by a fluorescent probe assay

Ulrich Warttinger, Christina Giese, Job Harenberg, Roland Krämer

评论： 文章，15页，2种方案，3张图，3张表

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[3] arXiv:1608.00431 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 自突触连接改变网络兴奋性和爆发性 显示英文标题

标题： Autaptic Connections Shift Network Excitability and Bursting

Laura Wiles, Shi Gu, Fabio Pasqualetti, Danielle S. Bassett, David F. Meaney

评论： 31页，6图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[4] arXiv:1608.00535 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用谷歌PageRank和遗传算法估计倾向参数 显示英文标题

标题： Estimating Propensity Parameters using Google PageRank and Genetic Algorithms

David Murrugarra, Jacob Miller, Alex Mueller

评论： 20页，4图，2表

期刊参考： 神经科学前沿，10:513，2016

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[5] arXiv:1608.00567 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于核苷酸分布均匀性的DNA序列重复识别 显示英文标题

标题： Identification of repeats in DNA sequences using nucleotide distribution uniformity

Changchuan Yin

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 数据结构与算法 (cs.DS)

[6] arXiv:1608.00603 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 帕累托高效生物防治在小成本下实现高效果 显示英文标题

标题： Pareto-efficient biological pest control enable high efficacy at small costs

Niklas L.P. Lundström, Hong Zhang, Åke Brännström

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[7] arXiv:1608.00903 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 真核细胞中的基因自残（基因组“自我伤害”）：对基因毒性应激的细胞防御反应 显示英文标题

标题： Genoautotomy (Genome 'Self-Injury') in Eukaryotic Cells: A Cellular Defence Response to Genotoxic Stress

Gao-De Li

评论： 4页

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[8] arXiv:1608.00930 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 干细胞：好的、坏的和丑的 显示英文标题

标题： Stem Cells: The Good, the Bad and the Ugly

Eric Werner

评论： 8页，解释为什么癌干细胞网络和正常干细胞网络大多相同，但却有非常不同的效果

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[9] arXiv:1608.00938 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 语言变化中的进化力量 显示英文标题

标题： Evolutionary forces in language change

Christopher A. Ahern, Mitchell G. Newberry, Robin Clark, Joshua B. Plotkin

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 计算与语言 (cs.CL)

[10] arXiv:1608.00942 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 分割得分：量化基因组规模数据中系统发育信号的工具 显示英文标题

标题： Split scores: a tool to quantify phylogenetic signal in genome-scale data

Elizabeth S. Allman, Laura S. Kubatko, John A. Rhodes

评论： 17页；对论述和图表进行小幅度修改

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[11] arXiv:1608.00985 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 癌症治疗调度与肿瘤酸度和血管生成的社会困境动态异质性 显示英文标题

标题： Cancer treatment scheduling and dynamic heterogeneity in social dilemmas of tumour acidity and vasculature

Artem Kaznatcheev, Robert Vander Velde, Jacob G. Scott, David Basanta

评论： 14个主页面（+10页附录），3个图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[12] arXiv:1608.01161 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 人类解剖脑网络的模块化结构：考虑布线成本 显示英文标题

标题： The modular organization of human anatomical brain networks: Accounting for the cost of wiring

Richard F. Betzel, John D. Medaglia, Lia Papadopoulos, Graham Baum, Ruben Gur, Raquel Gur, David Roalf, Theodore D. Satterthwaite, Danielle S. Bassett

评论： 22页，7图，9个补充图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[13] arXiv:1608.01179 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 自然气味的归一化神经表征 显示英文标题

标题： Normalized neural representations of natural odors

David Zwicker

评论： 10页，5图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[14] arXiv:1608.01473 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 超慢水介导的跨膜相互作用调节A$_{\text{2A}}$腺苷受体的激活 显示英文标题

标题： Ultraslow water-mediated transmembrane interactions regulate the activation of A$_{\text{2A}}$ adenosine receptor

Yoonji Lee, Songmi Kim, Sun Choi, Changbong Hyeon

评论： 21页，14图

期刊参考： 生物物理杂志（2016）第111卷，1180-1191页

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[15] arXiv:1608.01753 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： Sam2bam：高性能的NGS数据预处理工具框架 显示英文标题

标题： Sam2bam: High-Performance Framework for NGS Data Preprocessing Tools

Takeshi Ogasawara, Yinhe Cheng, Tzy-Hwa Kathy Tzeng

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[16] arXiv:1608.01912 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： DNA类似$-$电荷吸引和在二价共$-$离子存在下二价反离子的过量充电 显示英文标题

标题： DNA like$-$charge attraction and overcharging by divalent counterions in the presence of divalent co$-$ions

Nguyen Viet Duc, Toan T. Nguyen, Paolo Carloni

评论： 10页，6图

期刊参考： J. Biol. Phys. (2017)

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[17] arXiv:1608.01936 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 对因手机射频辐射导致大鼠、小鼠和人类癌症的解释 显示英文标题

标题： Explanation for Cancer in Rats, Mice and Humans due to Cell Phone Radiofrequency Radiation

Bernard J. Feldman

评论： 五页，无图表

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[18] arXiv:1608.01975 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 粘弹性与粘塑性本构关系在CFD生物流体模拟中的应用 显示英文标题

标题： On the Application of Viscoelastic & Viscoplastic Constitutive Relations in the CFD Bio-Fluid Simulations

S. M. Javid Mahmoudzadeh Akherat

评论： 8页

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 流体动力学 (physics.flu-dyn)

[19] arXiv:1608.02027 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过活动测量模型推断脑计算机制 显示英文标题

标题： Inferring brain-computational mechanisms with models of activity measurements

Nikolaus Kriegeskorte, Jörn Diedrichsen

评论： 25页，9图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[20] arXiv:1608.02038 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 回应关于地理种群结构（GPS）方法和阿什肯纳兹犹太人起源的查询——对Flegontov等人的回复 显示英文标题

标题： Responding to an enquiry concerning the geographic population structure (GPS) approach and the origin of Ashkenazic Jews - a reply to Flegontov et al

Ranajit Das, Paul Wexler, Mehdi Pirooznia, Eran Elhaik

评论： 32页，2图，2表

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[21] arXiv:1608.02375 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 核心基因组支架比较揭示了倒位事件与反向重复对的相关性 显示英文标题

标题： Core-genome scaffold comparison reveals the prevalence that inversion events are associated with pairs of inverted repeats

Dan Wang, Shuaicheng Li, Fei Guo, Lusheng Wang

评论： 8页，11图

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE)

[22] arXiv:1608.02574 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 端粒酶的关键活性对于不受控制的细胞生长 显示英文标题

标题： Critical Telomerase Activity for Uncontrolled Cell Growth

Neil L Wesch, Laura J Burlock, Robert J Gooding

期刊参考： 物理生物学 13 (2016) 046005

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[23] arXiv:1608.02621 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 自身构建的机器：Lisp家族语言的优势如何促进构建复杂和灵活的生物信息学模型 显示英文标题

标题： The Machine that Builds Itself: How the Strengths of Lisp Family Languages Facilitate Building Complex and Flexible Bioinformatic Models

Bohdan B. Khomtchouk, Edmund Weitz, Claes Wahlestedt

评论： 9页

期刊参考： 生物信息学简报，第19卷，第3期，2018年，第537-543页

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT) ; 软件工程 (cs.SE)

[24] arXiv:1608.02752 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： CRKL在乳腺癌转移中的作用：系统生物学的见解 显示英文标题

标题： The role of CRKL in Breast Cancer Metastasis: Insights from Systems Biology

Abderrahim Chafik

评论： 10页，2图

期刊参考： 系统与合成生物学 第9卷 第4期（2015），第 141-146页

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[25] arXiv:1608.02756 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： miR-34a-5p 和 miR-34a-3p 通过靶向重叠的基因集参与 p53 的信号传导通路 显示英文标题

标题： miR-34a-5p and miR-34a-3p contribute to the signaling pathway of p53 by targeting overlapping sets of genes

Abderrahim Chafik

评论： 15页，3图，1表

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[26] arXiv:1608.02795 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 随机异聚物的循环概率有助于理解生物聚合物的标度特性 显示英文标题

标题： The looping probability of random heteropolymers helps to understand the scaling properties of biopolymers

Y. Zhan, L. Giorgetti, G. Tiana

期刊参考： 物理评论E 94，032402（2016）

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[27] arXiv:1608.02806 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 血小板在人体中的正常和病理动力学 显示英文标题

标题： Normal and pathological dynamics of platelets in humans

Gabriel P. Langlois, Morgan Craig, Antony R. Humphries, Michael C. Mackey, Joseph M. Mahaffy, Jacques Bélair, Thibault Moulin, Sean R. Sinclair, Liangliang Wang

期刊参考： 数学生物学杂志 第75卷，第1411-1462页（2017）

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[28] arXiv:1608.02838 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 由短期突触可塑性驱动的闭环机器人：涌现的探索性运动与极限环运动 显示英文标题

标题： Closed-loop robots driven by short-term synaptic plasticity: Emergent explorative vs. limit-cycle locomotion

Laura Martin, Bulcsú Sándor, Claudius Gros

评论： 15页，12图

期刊参考： 前沿神经机器人学 10:12 (2016)

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 机器人技术 (cs.RO) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO)

[29] arXiv:1608.02976 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 六条链在F$_1$-ATPase中的先天灵活性比较，具有相同的二级和三级折叠结构；3种活性酶和3种结构蛋白 显示英文标题

标题： A comparison of the innate flexibilities of six chains in F$_1$-ATPase with identical secondary and tertiary folds; 3 active enzymes and 3 structural proteins

Monique M. Tirion

评论： 30页，9图

期刊参考： AIP结构动力学，4，044001，2017

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[30] arXiv:1608.03047 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一阶阻遏系统的计算限制 显示英文标题

标题： Computational Limitations of First-Order Repressor Systems

Emma Wentworth, John Wentworth

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 系统与控制 (eess.SY) ; 动力系统 (math.DS) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[31] arXiv:1608.03236 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 肌腱内胶原纤维半径的均匀空间分布意味着在单个纤维上局部激活了pC-胶原蛋白 显示英文标题

标题： Uniform spatial distribution of collagen fibril radii within tendon implies local activation of pC-collagen at individual fibrils

Andrew D Rutenberg, Aidan I Brown, Laurent Kreplak

评论： 10页，2图

期刊参考： 物理生物学，第13卷（2016年）046008

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[32] arXiv:1608.03425 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于深度学习的动态自然视觉的神经编码与解码 显示英文标题

标题： Neural Encoding and Decoding with Deep Learning for Dynamic Natural Vision

Haiguang Wen, Junxing Shi, Yizhen Zhang, Kun-Han Lu, Jiayue Cao, Zhongming Liu

评论： 27页，10图，1表

期刊参考： 大脑皮层。2017 年 第1-25页

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[33] arXiv:1608.03461 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 黑盒化和因果功率 显示英文标题

标题： Black-boxing and cause-effect power

William Marshall, Larissa Albantakis, Giulio Tononi

评论： 45页（32页正文，13页补充材料），14幅图（9幅正文，5幅补充材料）

期刊参考： PLOS 计算生物学 14.4 (2018): e1006114

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[34] arXiv:1608.03463 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 团拓扑揭示神经相关性中的内在几何结构：概述 显示英文标题

标题： Clique Topology Reveals Intrinsic Geometric Structure in Neural Correlations: An Overview

David Cox

评论： 10页，8图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[35] arXiv:1608.03464 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种用于实时脑机接口的脑电图噪声谱的新统计模型 显示英文标题

标题： A New Statistical Model of Electroencephalogram Noise Spectra for Real-time Brain-Computer Interfaces

Alan Paris, George Atia, Azadeh Vosoughi, Stephen Berman

评论： 修订后的投稿至IEEE EMBS Trans. Biomed. Eng. 12页，9图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[36] arXiv:1608.03465 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 神经科学领域数据分析的未来 显示英文标题

标题： The Future of Data Analysis in the Neurosciences

Danilo Bzdok, B. T. Thomas Yeo

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 机器学习 (stat.ML)

[37] arXiv:1608.03467 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 突触可塑性和神经元的不应期导致神经元级联的标度行为 显示英文标题

标题： Synaptic plasticity and neuronal refractory time cause scaling behaviour of neuronal avalanches

L. Michiels van Kessenich, L. de Arcangelis, H. J. Herrmann

评论： 9页，4幅图，即将发表在《科学报告》上

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO)

[38] arXiv:1608.03471 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 人口噪声可以逆转确定性选择的方向 显示英文标题

标题： Demographic noise can reverse the direction of deterministic selection

George W. A. Constable, Tim Rogers, Alan J. McKane, Corina E. Tarnita

评论： 25页，12图

期刊参考： Proceedings of the National Academy of Sciences, 113:E4745-E4754 (2016)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[39] arXiv:1608.03477 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 感觉信息处理的调节由线虫中的神经球蛋白 显示英文标题

标题： Modulation of sensory information processing by a neuroglobin in C. elegans

Shigekazu Oda, Yu Toyoshima, Mario de Bono

评论： 29页，5图，11个补充图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[40] arXiv:1608.03520 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 人脑连接组中的团簇和腔体 显示英文标题

标题： Cliques and Cavities in the Human Connectome

Ann Sizemore, Chad Giusti, Ari Kahn, Richard F. Betzel, Danielle S. Bassett

评论： 19页，6图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 代数拓扑 (math.AT) ; 组合数学 (math.CO)

[41] arXiv:1608.03583 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 人类运动选择的模式 I：运动效用、代谢能量和正常步行步态 显示英文标题

标题： Patterns of Selection of Human Movements I: Movement Utility, Metabolic Energy, and Normal Walking Gaits

Stuart Hagler

评论： 21页，4图

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[42] arXiv:1608.03594 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 随机竞争排斥导致一系列物种灭绝 显示英文标题

标题： Stochastic competitive exclusion leads to a cascade of species extinctions

Jose A. Capitan, Sara Cuenda, David Alonso

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[43] arXiv:1608.03616 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 用于功能连接研究中运动伪影控制的混淆回归策略基准测试 显示英文标题

标题： Benchmarking confound regression strategies for the control of motion artifact in studies of functional connectivity

Rastko Ciric, Daniel H. Wolf, Jonathan D. Power, David R. Roalf, Graham Baum, Kosha Ruparel, Russell T. Shinohara, Mark A. Elliott, Simon B. Eickhoff, Christos Davatzikos, Ruben C. Gur, Raquel E. Gur, Danielle S. Bassett, Theodore D. Satterthwaite

评论： 16页，5图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[44] arXiv:1608.03619 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 结构脑网络的模块化分离支持青少年执行功能的发展 显示英文标题

标题： Modular Segregation of Structural Brain Networks Supports the Development of Executive Function in Youth

Graham L. Baum, Rastko Ciric, David R. Roalf, Richard F. Betzel, Tyler M. Moore, Russel T. Shinohara, Ari E. Kahn, Megan Quarmley, Philip A. Cook, Mark A. Elliot, Kosha Ruparel, Raquel E. Gur, Ruben C. Gur, Danielle S. Bassett, Theodore D. Satterthwaite

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[45] arXiv:1608.03655 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 谷氨酸能胶质递质对突触可塑性的调节：建模研究 显示英文标题

标题： Modulation of synaptic plasticity by glutamatergic gliotransmission: A modeling study

Maurizio De Pittà, Nicolas Brunel

评论： 55页，7图，1表

期刊参考： 神经可塑性，第2016卷（2016），文章编号7607924

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[46] arXiv:1608.03993 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 鉴定多稳态的参数区域 显示英文标题

标题： Identifying parameter regions for multistationarity

Carsten Conradi, Elisenda Feliu, Maya Mincheva, Carsten Wiuf

评论： 在这版中，论文已被大幅改写和重新编排。定理 1 已经被重新表述，且添加了推论 1。

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 代数几何 (math.AG) ; 动力系统 (math.DS)

[47] arXiv:1608.04005 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 非线性统计数据同化用于鸟类鸣叫系统中的HVC$_{\text{RA}}$神经元 显示英文标题

标题： Nonlinear Statistical Data Assimilation for HVC$_{\text{RA}}$ Neurons in the Avian Song System

Nirag Kadakia, Eve Armstrong, Daniel Breen, Uriel Morone, Arij Daou, Daniel Margoliash, Henry DI Abarbanel

评论： 19页，14图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 数据分析、统计与概率 (physics.data-an)

[48] arXiv:1608.04054 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： PB-AM：一个开源的完全解析的线性泊松-玻尔兹曼求解器 显示英文标题

标题： PB-AM: An Open-Source, Fully Analytical Linear Poisson-Boltzmann Solver

Lisa E. Feldberg, David H. Brookes, Eng-Hui Yap, Elizabeth Jurrus, Nathan Baker, Teresa Head-Gordon

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[49] arXiv:1608.04059 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： Scout-It：使用修改的Scout采集的内部断层扫描 显示英文标题

标题： Scout-It: Interior tomography using modified scout acquisition

Kriti Sen Sharma

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV)

[50] arXiv:1608.04098 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于Klimontovich方法的大规模随机电导基础脉冲神经元相互作用种群的平均场分析 显示英文标题

标题： Mean field analysis of large-scale interacting populations of stochastic conductance-based spiking neurons using the Klimontovich method

Daniel Gandolfo, Roger Rodriguez, Henry C. Tuckwell

评论： 20页

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)