定量生物学

2019年04月 的作者和标题

[1] arXiv:1904.00088 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 乳腺癌细胞趋化过程中的精度和持续性的物理约束 显示英文标题

标题： Physical constraints on accuracy and persistence during breast cancer cell chemotaxis

Julien Varennes, Hye-ran Moon, Soutick Saha, Andrew Mugler, Bumsoo Han

主题： 细胞行为 (q-bio.CB)

[2] arXiv:1904.00099 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 随机矩阵分析 Ca$^{2+}$信号在$β$细胞群体中的情况 显示英文标题

标题： Random matrix analysis of Ca$^{2+}$ signals in $β$-cell collectives

Dean Korošak, Marjan Slak Rupnik

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[3] arXiv:1904.00117 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过最大似然系统发育学估计细胞谱系树 显示英文标题

标题： Estimation of cell lineage trees by maximum-likelihood phylogenetics

Jean Feng, William S DeWitt III, Aaron McKenna, Noah Simon, Amy Willis, Frederick A Matsen IV

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 应用 (stat.AP)

[4] arXiv:1904.00214 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 血清状态检测与登革热疫苗成本效益阈值 显示英文标题

标题： Serostatus Testing & Dengue Vaccine Cost-Benefit Thresholds

Carl A. B. Pearson, Kaja M. Abbas, Samuel Clifford, Stefan Flasche, Thomas J. Hladish

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[5] arXiv:1904.00232 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 发展过程中功能脑网络中模块化和核心-边缘结构的统一 显示英文标题

标题： Unifying Modular and Core-Periphery Structure in Functional Brain Networks over Development

Shi Gu, Cedric Huchuan Xia, Rastko Ciric, Tyler M. Moore, Ruben C. Gur, Raquel E. Gur, Theodore D. Satterthwaite, Danielle S. Bassett

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[6] arXiv:1904.00353 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 语音音节 /da/ 的听觉脑干反应中的长程时间相关性 显示英文标题

标题： Long-range temporal correlation in Auditory Brainstem Responses to Spoken Syllable /da/

Marjan Mozaffarilegha, S. M. S. Movahed

评论： 27页，8幅图和一张表

期刊参考： 《科学报告》，第9卷，文章编号：1751（2019）

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[7] arXiv:1904.00431 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 深度神经网络是否在人类-物体交互的神经表征中模拟非线性组合性？ 显示英文标题

标题： Do Deep Neural Networks Model Nonlinear Compositionality in the Neural Representation of Human-Object Interactions?

Aditi Jha, Sumeet Agarwal

评论： 4页，2图；在CCN 2019上发表

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[8] arXiv:1904.00445 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： KiTS19挑战数据集：包含临床背景、CT语义分割和手术结果的300个肾肿瘤病例 显示英文标题

标题： The KiTS19 Challenge Data: 300 Kidney Tumor Cases with Clinical Context, CT Semantic Segmentations, and Surgical Outcomes

Nicholas Heller, Niranjan Sathianathen, Arveen Kalapara, Edward Walczak, Keenan Moore, Heather Kaluzniak, Joel Rosenberg, Paul Blake, Zachary Rengel, Makinna Oestreich, Joshua Dean, Michael Tradewell, Aneri Shah, Resha Tejpaul, Zachary Edgerton, Matthew Peterson, Shaneabbas Raza, Subodh Regmi, Nikolaos Papanikolopoulos, Christopher Weight

评论： 13页，2图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (cs.LG) ; 机器学习 (stat.ML)

[9] arXiv:1904.00662 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 无偏的晶格域生长 显示英文标题

标题： Unbiased on-lattice domain growth

Cameron A. Smith, Cécile Mailler, Christian A. Yates

评论： 23页，10图

期刊参考： 物理评论E 100, 063307 (2019)

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[10] arXiv:1904.00825 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 科学基本方程之间的简单统一 显示英文标题

标题： Simple unity among the fundamental equations of science

Steven A. Frank

评论： arXiv管理员备注：与arXiv:1810.09262文本重叠

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 信息论 (cs.IT)

[11] arXiv:1904.00874 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 广泛性的顶级捕食者增强了元食物网的稳定性 显示英文标题

标题： Far-ranging generalist top predators enhance the stability of meta-foodwebs

Andreas Brechtel, Thilo Gross, Barbara Drossel

期刊参考： 《科学报告》第9卷，文章编号：12268（2019）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[12] arXiv:1904.00919 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种从有限元器官损伤模型（OTM）计算 AIS 伤害评分的确定性方法 显示英文标题

标题： A Deterministic Method to Calculate the AIS Trauma Score from a Finite Element Organ Trauma Model (OTM)

C. Bastien, C. Neal-Sturgess, J. Christensen, L. Wen

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[13] arXiv:1904.00986 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 自然界中检测混沌的简单方法 显示英文标题

标题： A simple method for detecting chaos in nature

Daniel Toker, Friedrich T. Sommer, Mark D'Esposito

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 混沌动力学 (nlin.CD)

[14] arXiv:1904.00997 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 癌细胞的定量相位显微镜空间特征 显示英文标题

标题： Quantitative phase microscopy spatial signatures of cancer cells

Darina Roitshtain, Lauren Wolbromsky, Evgeny Bal, Hayit Greenspan, Lisa L. Satterwhite, Natan T. Shaked

期刊参考： 流式细胞术 A. 2017 年 5 月；91(5):482-493

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[15] arXiv:1904.01096 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 深入挖掘：线虫高内涵表型分析和知识抽象的方法学 显示英文标题

标题： Digging Deeper: Methodologies for High-Content Phenotyping and Knowledge-Abstraction in C. elegans

Nan Xu, Dhaval S. Patel, Hang Lu

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[16] arXiv:1904.01166 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 中枢神经系统中输送大分子的血管周围系统的配置（预印本） 显示英文标题

标题： The Configuration of the Perivascular System Transporting Macromolecules in the CNS (PREPRINT)

Beata Durcanova, Janine Appleton, Nyshidha Gurijala, Vasily Belov, Pilar Giffenig, Elisabeth Moeller, Matthew Hogan, Fredella Lee, Mikhail Papisov

评论： 16页，6图，61参考文献

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[17] arXiv:1904.01208 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在重复囚徒困境游戏中，观察误差下强制线性收益关系的策略 显示英文标题

标题： Strategies that enforce linear payoff relationships under observation errors in Repeated Prisoner's Dilemma game

Azumi Mamiya, Genki Ichinose

评论： 19页，3图

期刊参考： 《理论生物学杂志》477卷，63-76页（2019年）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 物理与社会 (physics.soc-ph)

[18] arXiv:1904.01235 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： BPPart 和 BPMax：针对碱基对计数模型的 RNA-RNA 相互作用分区函数和结构预测 显示英文标题

标题： BPPart and BPMax: RNA-RNA Interaction Partition Function and Structure Prediction for the Base Pair Counting Model

Ali Ebrahimpour-Boroojeny, Sanjay Rajopadhye, Hamidreza Chitsaz

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[19] arXiv:1904.01485 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 屠宰猪胸膜炎的替代评分方法：初步研究 显示英文标题

标题： Alternative Scoring Method of Pleurisy in Slaughtered Pigs: Preliminary Investigations

Giuseppe Marruchella, Michael Odintzov Vaintrub, Andrea Di Provvido, Elena Farina, Giorgio Fragassi, Giorgio Vignola

评论： SIPAS论文集，2018

期刊参考： SIPAS，2018，375-380

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[20] arXiv:1904.01637 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从异构基因组数据源中学习临床结果 显示英文标题

标题： Learning Clinical Outcomes from Heterogeneous Genomic Data Sources

Safoora Yousefi, Amirreza Shaban, Mohamed Amgad, Ramraj Chandradevan, Lee A. D. Cooper

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[21] arXiv:1904.01655 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于自然语言处理的癌症相关电子健康记录注释的框架语义概述 显示英文标题

标题： A frame semantic overview of NLP-based information extraction for cancer-related EHR notes

Surabhi Datta, Elmer V Bernstam, Kirk Roberts

评论： 2个图，4个表

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 计算与语言 (cs.CL)

[22] arXiv:1904.01847 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 聚合酶与-35/-10启动子位点结合的亲和力如何影响基因表达 显示英文标题

标题： How the Avidity of Polymerase Binding to the -35/-10 Promoter Sites Affects Gene Expression

Tal Einav, Rob Phillips

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[23] arXiv:1904.01862 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 呼吸交感神经调节在慢性肾脏病中增强 显示英文标题

标题： Respiratory sympathetic modulation is augmented in chronic kidney disease

Manash Saha, Clément Menuet (INMED - INSERM U1249), Qi-Jian Sun, Peter Burke (NeuRA), Cara Hildreth, Andrew Allen, Jacqueline Phillips

期刊参考： 呼吸生理学与神经生物学，爱思唯尔，待发表

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[24] arXiv:1904.01903 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： PyRod -- 在分子动力学模拟中追踪水分子 显示英文标题

标题： PyRod -- Tracing Water Molecules in Molecular Dynamics Simulations

David Schaller, Szymon Pach, Gerhard Wolber

期刊参考： J. Chem. Inf. Model. (2019) 2818-2829

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[25] arXiv:1904.01988 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一类生化反应网络的路径互信息 显示英文标题

标题： Path mutual information for a class of biochemical reaction networks

Lorenzo Duso, Christoph Zechner

评论： 6页，2图

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[26] arXiv:1904.02049 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 跨尺度上没有鱼类生物多样性对珊瑚礁生态系统功能的影响证据 显示英文标题

标题： No evidence of fish biodiversity effects on coral reef ecosystem functioning across scales

Tarik C. Gouhier, Pradeep Pillai

期刊参考： 生态与进化前沿 7 (2019) 212

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[27] arXiv:1904.02145 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用种群密度和捕食率数据拟合随机捕食者-被捕食者模型 显示英文标题

标题： Fitting stochastic predator-prey models using both population density and kill rate data

Frederic Barraquand, Olivier Gimenez

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 定量方法 (q-bio.QM) ; 应用 (stat.AP)

[28] arXiv:1904.02523 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 解释与描述人类决策 决策理论中的希尔伯特空间结构 显示英文标题

标题： Explaining versus Describing Human Decisions. Hilbert Space Structures in Decision Theory

Sandro Sozzo

评论： 16页，1图，LateX

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 人工智能 (cs.AI) ; 量子物理 (quant-ph)

[29] arXiv:1904.02576 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 拉伸扭转受限DNA中序列依赖结构基序的出现 显示英文标题

标题： The emergence of sequence-dependent structural motifs in stretched, torsionally constrained DNA

Jack W Shepherd, Robert J Greenall, Matt I J Probert, Agnes Noy, Mark C Leake

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[30] arXiv:1904.02600 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 大规模物种树估计 显示英文标题

标题： Large-scale Species Tree Estimation

Erin Molloy, Tandy Warnow

评论： 25页，无图表，作为章节提交给由Lacey Knowles和Laura Kubatko编辑的书籍

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[31] arXiv:1904.02610 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 不同的社区表现得像典型的随机生态系统 显示英文标题

标题： Diverse communities behave like typical random ecosystems

Wenping Cui, Robert Marsland III, Pankaj Mehta

评论： 24页

期刊参考： 物理评论E 104, 034416 (2021)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[32] arXiv:1904.02741 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 用V1的神经动力学模型模拟自下而上和自上而下的注意 显示英文标题

标题： Modeling Bottom-Up and Top-Down Attention with a Neurodynamic Model of V1

David Berga, Xavier Otazu

评论： 27页，19图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[33] arXiv:1904.02866 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 人类腹侧颞叶皮层中生命性组织的性质 显示英文标题

标题： The nature of the animacy organization in human ventral temporal cortex

Sushrut Thorat, Daria Proklova, Marius V. Peelen

评论： 16页，5张图表，代码和数据见 - https://doi.org/10.17605/OSF.IO/VXWG9 更新 - 增加了补充结果 并修改了摘要

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[34] arXiv:1904.02979 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种基于个体的随机模型，用于探讨空间相互作用和抗原识别在对抗实体肿瘤的免疫反应中的作用 显示英文标题

标题： A stochastic individual-based model to explore the role of spatial interactions and antigen recognition in the immune response against solid tumours

Fiona R Macfarlane, Mark AJ Chaplain, Tommaso Lorenzi

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 动力系统 (math.DS)

[35] arXiv:1904.02983 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种对磷酸化循环无限多稳定性证明 显示英文标题

标题： A proof of unlimited multistability for phosphorylation cycles

Elisenda Feliu, Alan D. Rendall, Carsten Wiuf

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 动力系统 (math.DS)

[36] arXiv:1904.02995 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 当一个动作由内部引发时？ 模拟代理中导致动作的因果链量化 显示英文标题

标题： When is an action caused from within? Quantifying the causal chain leading to actions in simulated agents

Bjørn Erik Juel, Renzo Comolatti, Giulio Tononi, Larissa Albantakis

评论： 已提交并被Alife 2019会议接受。修订版本：修改包括增加更多相关工作的参考文献，并回应审稿人意见对一些细节进行了澄清。

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[37] arXiv:1904.03093 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 耦合动力系统中的结构学习与动态因果建模 显示英文标题

标题： Structure Learning in Coupled Dynamical Systems and Dynamic Causal Modelling

Amirhossein Jafarian, Peter Zeidman, Vladimir Litvak, Karl Friston

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[38] arXiv:1904.03102 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 被动颈椎韧带在活体头部撞击中提供稳定性 显示英文标题

标题： Passive Cervical Spine Ligaments Provide Stability during Head Impacts in Vivo

Calvin Kuo, Jodie Sheffels, Michael Fanton, Ina Bianca Yu, Rosa Hamalainen, David Camarillo

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[39] arXiv:1904.03133 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 倒置六方相的全局小角散射数据分析 显示英文标题

标题： Global Small-Angle Scattering Data Analysis of Inverted Hexagonal Phases

Moritz P. K. Frewein, Michael Rumetshofer, Georg Pabst

期刊参考： J. 应用晶体学 52, 403-414 (2019)

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft)

[40] arXiv:1904.03236 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 受限蚂蚁的超统计学：从平静到恐慌 显示英文标题

标题： The Superstatistics of confined ants: From serenity to panic

A. Reyes, M. Curbelo, F. Tejera, A. Rivera, O. Ramos, M.S. Turner, E. Altshuler

评论： 10页，6图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[41] arXiv:1904.03290 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于组合创新的出生-死亡过程的动力学 显示英文标题

标题： Dynamics of a birth-death process based on combinatorial innovation

Mike Steel, Wim Hordijk, Stuart A. Kauffman

评论： 21页，4图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[42] arXiv:1904.03328 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过非对称纤维取向分布减轻皮质纤维追踪中的脑回偏差 显示英文标题

标题： Mitigating Gyral Bias in Cortical Tractography via Asymmetric Fiber Orientation Distributions

Ye Wu, Yoonmi Hong, Yuanjing Feng, Dinggang Shen, Pew-Thian Yap

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE)

[43] arXiv:1904.03399 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 人脑连接组的功能几何学与性别差异的鲁棒性 显示英文标题

标题： Functional Geometry of Human Connectome and Robustness of Gender Differences

Bosiljka Tadic, Miroslav Andjelkovic, Roderick Melnik

评论： 13页，7图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 代数拓扑 (math.AT)

[44] arXiv:1904.03410 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 剂量密度在联合癌症化疗中的作用 显示英文标题

标题： The role of dose-density in combination cancer chemotherapy

Álvaro G. López, Kelly C. Iarosz, Antonio M. Batista, Jesús M. Seoane, Ricardo L. Viana, Miguel A. F. Sanjuán

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[45] arXiv:1904.03531 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从抓握期间感觉运动皮层种群反应中解码手的运动学 显示英文标题

标题： Decoding hand kinematics from population responses in sensorimotor cortex during grasping

Elizaveta V. Okorokova, James M. Goodman, Nicholas G. Hatsopoulos, Sliman J. Bensmaia

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[46] arXiv:1904.03653 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 相互作用中间体在人眼晶状体蛋白中导致白内障相关聚集的构象催化 显示英文标题

标题： Conformational catalysis of cataract-associated aggregation by interacting intermediates in a human eye lens crystallin

Eugene Serebryany, Rostam Razban, Eugene I Shakhnovich

评论： 26页，6图+补充材料

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[47] arXiv:1904.03675 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 琐事追求 显示英文标题

标题： Trivial pursuits

Tarik C. Gouhier, Pradeep Pillai

期刊参考： 生态学与进化前沿 7 (2019) 236

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[48] arXiv:1904.03801 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： pdbmine：用于RCSB蛋白质数据银行（PDB）的Node.js API 显示英文标题

标题： pdbmine: A Node.js API for the RCSB Protein Data Bank (PDB)

Newlyn N. Joseph, Raktim N. Roy, Thomas A. Steitz

评论： 1 幅

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[49] arXiv:1904.03826 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用ASTRAL进行物种树估计：实际考虑因素 显示英文标题

标题： Species Tree Estimation Using ASTRAL: Practical Considerations

Siavash Mirarab

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[50] arXiv:1904.03910 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： EntOptLayout Cytoscape 插件用于蛋白质-蛋白质相互作用和信号网络中主要蛋白质复合物的高效可视化 显示英文标题

标题： The EntOptLayout Cytoscape plug-in for the efficient visualization of major protein complexes in protein-protein interaction and signalling networks

Bence Agg, Andrea Csaszar, Mate Szalay-Beko, Daniel V. Veres, Reka Mizsei, Peter Ferdinandy, Peter Csermely, Istvan A. Kovacs

期刊参考： 生物信息学 2019 35, 4490-4492

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 生物物理 (physics.bio-ph)