定量生物学

2019年06月 的作者和标题

[1] arXiv:1906.00092 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 信号编码与使用尖峰序列的完美重构 显示英文标题

标题： Signal Coding and Perfect Reconstruction using Spike Trains

Anik Chattopadhyay, Arunava Banerjee

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 神经与进化计算 (cs.NE)

[2] arXiv:1906.00511 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于腕带传感器数据的深度学习：迈向可穿戴、无创性癫痫预测 显示英文标题

标题： Deep learning from wristband sensor data: towards wearable, non-invasive seizure forecasting

Christian Meisel, Rima El Atrache, Michele Jackson, Sarah Schubach, Claire Ufongene, Tobias Loddenkemper

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 信号处理 (eess.SP)

[3] arXiv:1906.00537 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 将生物知识与因子图神经网络结合以实现可解释的深度学习 显示英文标题

标题： Incorporating Biological Knowledge with Factor Graph Neural Network for Interpretable Deep Learning

Tianle Ma, Aidong Zhang

评论： 12页，4图

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 机器学习 (cs.LG)

[4] arXiv:1906.00631 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 分岔与临界性 显示英文标题

标题： Bifurcation and Criticality

Indrani Bose, Sayantari Ghosh

评论： 13页，5图

期刊参考： 统计力学杂志：理论与实验，043403，2019

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO)

[5] arXiv:1906.00676 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于生物物理的电刺激下神经种群的平均场模型 显示英文标题

标题： Biophysically grounded mean-field models of neural populations under electrical stimulation

Caglar Cakan (1, 2), Klaus Obermayer (1, 2) ((1) Department of Software Engineering and Theoretical Computer Science, Technische Universität Berlin, Germany, (2) Bernstein Center for Computational Neuroscience Berlin, Germany)

评论： 一个包含AdEx均场模型实现的Python库可以在https://github.com/neurolib-dev/neurolib找到 - 用于模拟和数据分析的代码可以在https://github.com/caglarcakan/stimulus_neural_populations找到

期刊参考： PLOS 计算生物学 16，e1007822 (2020)

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO)

[6] arXiv:1906.00728 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 高阶状态空间中的推理意识 显示英文标题

标题： Awareness as inference in a higher-order state space

Stephen M. Fleming

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[7] arXiv:1906.00862 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 银屑病通过密度型数学模型的免疫病理发生机制 显示英文标题

标题： Immunopathogenesis in Psoriasis through a Density-type Mathematical Model

Biplab Chattopadhyay, Nirmalendu Hui

评论： 11页，9图，1表

期刊参考： 《WSEAS数学事务》，第5期，第11卷，2012年5月，第440-450页

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[8] arXiv:1906.00871 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 初始残余应力对分层主动脉生长和图案形成的影响 显示英文标题

标题： Influence of Initial Residual Stress on Growth and Pattern Creation for a Layered Aorta

Yangkun Du, Chaofeng Lü, Michel Destrade, Weiqiu Chen

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[9] arXiv:1906.00889 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 学习解决信用分配问题 显示英文标题

标题： Learning to solve the credit assignment problem

Benjamin James Lansdell, Prashanth Ravi Prakash, Konrad Paul Kording

评论： 18页；4张图。（ICLR 2020版）

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 神经与进化计算 (cs.NE)

[10] arXiv:1906.00944 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用Koopman算子的稀疏测量遗传网络中的最优报告器放置 显示英文标题

标题： Optimal reporter placement in sparsely measured genetic networks using the Koopman operator

Aqib Hasnain, Nibodh Boddupalli, Enoch Yeung

评论： 6页，3个图，将于2019年IEEE决策与控制会议（CDC）上发表

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 系统与控制 (eess.SY) ; 动力系统 (math.DS) ; 优化与控制 (math.OC)

[11] arXiv:1906.01036 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 死亡-出生更新图上的选择增强器和固定减少器 显示英文标题

标题： Transient amplifiers of selection and reducers of fixation for death-Birth updating on graphs

Benjamin Allen, Christine Sample, Robert Jencks, James Withers, Patricia Steinhagen, Lori Brizuela, Joshua Kolodny, Darren Parke, Gabor Lippner, Yulia A. Dementieva

评论： 51页，5图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 概率 (math.PR)

[12] arXiv:1906.01094 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 探索循环神经网络中权重初始化、解的多样性以及在时间与决策任务训练中的退化现象 显示英文标题

标题： Exploring weight initialization, diversity of solutions, and degradation in recurrent neural networks trained for temporal and decision-making tasks

Cecilia Jarne, Rodrigo Laje

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 神经与进化计算 (cs.NE)

[13] arXiv:1906.01224 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 对开放场测试视频的分布依赖性分析 显示英文标题

标题： A distribution-dependent analysis of open-field test movies

Tomokazu Konishi, Haruna Ohrui

评论： 30页，3图，包括补充数据

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[14] arXiv:1906.01464 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 骨量形成理论模型中的研究 显示英文标题

标题： Studies on Bone-mass Formation within a Theoretical Model

Nirmalendu Hui, Biplab Chattopadhyay

评论： 14页，11图，1表。arXiv管理员注：与arXiv:1307.5833有大量文本重叠

期刊参考： IOSR药学与生物科学杂志，第9卷，第4期 第二版（2014年7-8月），第07-20页

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[15] arXiv:1906.01586 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 系统发生网络 显示英文标题

标题： Phylogenetic Networks

Elizabeth Gross, Colby Long, Joseph Rusinko

评论： 26页，8幅图。该章节已提交给《数学本科生研究基础》一书，由帕梅拉·哈里斯、埃里克·因斯科和艾伦·伍顿编辑

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[16] arXiv:1906.01663 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过目标物耗尽提高DNA表面杂交生物传感器的性能 显示英文标题

标题： Enhancing the performance of DNA surface-hybridization biosensors through target depletion

Stefanos K. Nomidis, Michal Szymonik, Tom Venken, Enrico Carlon, Jef Hooyberghs

评论： 27页，4图

期刊参考： 朗缪尔 35，12276（2019）

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 化学物理 (physics.chem-ph)

[17] arXiv:1906.01678 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 热力学神经网络 显示英文标题

标题： Thermodynamic Neural Network

Todd Hylton

评论： 26页，16图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 物理与社会 (physics.soc-ph)

[18] arXiv:1906.01700 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 睡眠中皮层觉醒的自动检测及其对日间嗜睡的贡献 显示英文标题

标题： Automatic Detection of Cortical Arousals in Sleep and their Contribution to Daytime Sleepiness

Andreas Brink-Kjaer, Alexander Neergaard Olesen, Paul E. Peppard, Katie L. Stone, Poul Jennum, Emmanuel Mignot, Helge B.D. Sorensen

评论： 40页，13图，9表

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 神经与进化计算 (cs.NE)

[19] arXiv:1906.01703 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 大脑的基本神经单元：神经元、突触和动作电位 显示英文标题

标题： Basic Neural Units of the Brain: Neurons, Synapses and Action Potential

Jiawei Zhang

评论： 38页，23图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[20] arXiv:1906.01704 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种新的双半球差异模型用于EEG情感识别 显示英文标题

标题： A Novel Bi-hemispheric Discrepancy Model for EEG Emotion Recognition

Yang Li, Wenming Zheng, Lei Wang, Yuan Zong, Lei Qi, Zhen Cui, Tong Zhang, Tengfei Song

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 信号处理 (eess.SP)

[21] arXiv:1906.01767 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 代码、通信和认知 显示英文标题

标题： Codes, communication and cognition

Stevan Harnad

评论： 4页，无图表，7篇参考文献

期刊参考： 行为与脑科学 42 (2019) e231

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[22] arXiv:1906.01775 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 生物医学科学中自然定律的数学发现：一种新方法论 显示英文标题

标题： Mathematical Discovery of Natural Laws in Biomedical Sciences: A New Methodology

Leonid Hanin

评论： 15页，1个嵌入图，34篇参考文献

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[23] arXiv:1906.02086 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 微生物电解池的DAE模型中的竞争排斥 显示英文标题

标题： Competitive Exclusion in a DAE Model for Microbial Electrolysis Cells

Harry J. Dudley, Zhiyong Jason Ren, David M. Bortz

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 经典分析与常微分方程 (math.CA) ; 动力系统 (math.DS)

[24] arXiv:1906.02241 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种用于体外多电极阵列记录分类的深度学习框架 显示英文标题

标题： A Deep Learning Framework for Classification of in vitro Multi-Electrode Array Recordings

Yun Zhao, Elmer Guzman, Morgane Audouard, Zhuowei Cheng, PaulK. Hansma, Kenneth S. Kosik, Linda Petzold

评论： 14页，发表于ICDM 2019

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 机器学习 (cs.LG) ; 信号处理 (eess.SP)

[25] arXiv:1906.02308 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 无需模板的自动逆合成路径规划 显示英文标题

标题： Automatic Retrosynthetic Pathway Planning Using Template-free Models

Kangjie Lin, Youjun Xu, Jianfeng Pei, Luhua Lai

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[26] arXiv:1906.02321 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： DOT：通过结合去相关关联统计量进行基因集分析 显示英文标题

标题： DOT: Gene-set analysis by combining decorrelated association statistics

Olga A Vsevolozhskaya, Min Shi, Fengjiao Hu, Dmitri V Zaykin

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 应用 (stat.AP)

[27] arXiv:1906.02411 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 根植系统发生树上的偏序关系和聚类相似性度量 显示英文标题

标题： A partial order and cluster-similarity metric on rooted phylogenetic trees

Michael Hendriksen, Andrew Francis

评论： 23页，11图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 组合数学 (math.CO)

[28] arXiv:1906.02487 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在通过深度卷积神经网络（DCNN）建模IT皮层时对象表示的非唯一性现象 显示英文标题

标题： Non-uniqueness phenomenon of object representation in modelling IT cortex by deep convolutional neural network (DCNN)

Qiulei Dong, Bo Liu, Zhanyi Hu

评论： 24页，5图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 神经与进化计算 (cs.NE)

[29] arXiv:1906.02558 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 集成神经认知康复平台（INCRPs）的底物 显示英文标题

标题： The Substrates of Integrated Neurocognitive Rehabilitation Platforms (INCRPs)

Iman Ghodratitoostani, Ali-Mohammad Kamali, Mahshid Tahamtan, Neda Mohammadi, Hadi Aligholi, Mohammad Nami

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[30] arXiv:1906.02598 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 生物序列中多元分布建模的统一框架 显示英文标题

标题： Unified framework for modeling multivariate distributions in biological sequences

Justas Dauparas, Haobo Wang, Avi Swartz, Peter Koo, Mor Nitzan, Sergey Ovchinnikov

评论： 2019年ICML计算生物学研讨会

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[31] arXiv:1906.02603 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 分形分支血管后向散射的一阶统计特性 显示英文标题

标题： The first order statistics of backscatter from the fractal branching vasculature

Kevin J. Parker

评论： 26页，14幅图。本文已提交至《美国声学学会杂志》。发表后，可在 http://asa.scitation.org/journal/jas 查阅。

期刊参考： 《美国声学学会杂志》146卷第5期，第3318-3326页，2019年

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 信号处理 (eess.SP)

[32] arXiv:1906.02710 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 柔性癌症相关染色质构型（CACC）可能是癌症难以治愈的根本原因 显示英文标题

标题： Flexible Cancer-Associated Chromatin Configuration (CACC) Might Be the Fundamental Reason Why Cancer Is So Difficult to Cure

Gao-De Li

评论： 8页

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[33] arXiv:1906.02757 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 区分神经元的苹果和橘子：神经组织模拟的分析性能建模 显示英文标题

标题： Telling neuronal apples from oranges: analytical performance modeling of neural tissue simulations

Francesco Cremonesi, Felix Schürmann

评论： 44页，9图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 计算物理 (physics.comp-ph)

[34] arXiv:1906.02785 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 自然选择放大器在死亡-出生更新下的限制 显示英文标题

标题： Limits on amplifiers of natural selection under death-Birth updating

Josef Tkadlec, Andreas Pavlogiannis, Krishnendu Chatterjee, Martin A. Nowak

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 概率 (math.PR)

[35] arXiv:1906.02863 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 双广义线性模型揭示高智力者在皮层厚度上更为相似 显示英文标题

标题： Double Generalized Linear Model Reveals Those with High Intelligence are More Similar in Cortical Thickness

Qi Zhao, Lingli Zhang, Chun Shen, Jie Zhang, Jianfeng Feng

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 应用 (stat.AP)

[36] arXiv:1906.02968 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用数据挖掘探索钙调素文献 显示英文标题

标题： Using Data Mining to Explore Calmodulin Bibliography

Jacques Haiech, Marie-Claude Kilhoffer (LIT)

期刊参考： 钙结合蛋白EF手超家族：从基础到医学应用，第3-14页，2019年

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[37] arXiv:1906.03078 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 轴突和细胞外空间的电扩散模型使用泊松-纳尔斯特-普朗克方程 显示英文标题

标题： Electrodiffusion Models of Axon and Extracellular Space Using the Poisson-Nernst-Planck Equations

Jurgis Pods

评论： 博士论文，2014年，海德堡大学，大学图书馆开放获取出版物的永久链接：http://www.ub.uni-heidelberg.de/archiv/17128

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[38] arXiv:1906.03087 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 无监督的DNA序列表示学习 显示英文标题

标题： Unsupervised Representation Learning of DNA Sequences

Vishal Agarwal, N Jayanth Kumar Reddy, Ashish Anand

评论： 已被2019年ICML计算生物学研讨会接受

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 机器学习 (cs.LG)

[39] arXiv:1906.03183 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从1955年到2017年神经病学病例报告中疾病和综合征的文本挖掘研究 显示英文标题

标题： Exploring Diseases and Syndromes in Neurology Case Reports from 1955 to 2017 with Text Mining

Amir Karami, Mehdi Ghasemi, Souvik Sen, Marcos Moraes, Vishal Shah

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 计算与语言 (cs.CL) ; 信息检索 (cs.IR) ; 应用 (stat.AP)

[40] arXiv:1906.03226 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 预测帕金森病患者痴呆症的发病 显示英文标题

标题： Predicting Onset of Dementia in Parkinson's Disease Patients

Dhruv Agarwal, Abhishek Srivastava, Edward W Huang

评论： 7页

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 应用 (stat.AP)

[41] arXiv:1906.03314 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 大脑的奥秘：大脑解剖结构和生物功能导论 显示英文标题

标题： Secrets of the Brain: An Introduction to the Brain Anatomical Structure and Biological Function

Jiawei Zhang

评论： 34页，19图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 神经与进化计算 (cs.NE)

[42] arXiv:1906.03316 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 细胞图像分类：比较概述 显示英文标题

标题： Cell image classification: a comparative overview

Mohammad Shifat-E-Rabbi, Xuwang Yin, Cailey Elizabeth Fitzgerald, Gustavo K. Rohde

评论： 5个图形

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[43] arXiv:1906.03542 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： Circuitscape在Julia中：高性能连通性建模以支持保护决策 显示英文标题

标题： Circuitscape in Julia: High Performance Connectivity Modelling to Support Conservation Decisions

Ranjan Anantharaman, Kimberly Hall, Viral Shah, Alan Edelman

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[44] arXiv:1906.03660 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白质的温度-压力-拥挤相图中的临界现象 显示英文标题

标题： Critical phenomena in the temperature-pressure-crowding phase diagram of a protein

Andrei G. Gasic, Mayank M. Boob, Maxim B. Prigozhin, Dirar Homouz, Caleb M. Daugherty, Martin Gruebele, Margaret S. Cheung

评论： 5个数字

期刊参考： 物理评论X 9，041035（2019）

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[45] arXiv:1906.03848 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 太平洋岛屿考古学中的进化论 显示英文标题

标题： Evolutionary Theory in Pacific Island Archaeology

Ethan Cochrane

评论： 声明添加：本文在与拟议的出版商和图书编辑讨论之前，作者已将其上传至arxiv

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[46] arXiv:1906.03919 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于最大熵原理的动态代谢资源分配 显示英文标题

标题： Dynamic metabolic resource allocation based on the maximum entropy principle

David S. Tourigny

评论： 36页包括4幅图、附录和参考文献：v5修正了错别字，更新了期刊引用和代码链接 https://gitlab.com/davidtourigny/resource-allocation

期刊参考： 《数学生物学杂志》2020年；80卷，2395-2430页

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 动力系统 (math.DS) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[47] arXiv:1906.03931 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 托里克化学反应网络族 显示英文标题

标题： Families of Toric Chemical Reaction Networks

Michael F. Adamer, Martin Helmer

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 代数几何 (math.AG)

[48] arXiv:1906.03958 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用TensorFlow进行生物神经网络的并行可扩展模拟：入门指南 显示英文标题

标题： Parallel scalable simulations of biological neural networks using TensorFlow: A beginner's guide

Rishika Mohanta, Collins Assisi

评论： 下载相关教程，请访问 https://github.com/neurorishika/PSST 或 http://doi.org/10.17605/OSF.IO/YBZKQ。您也可以在此处在线找到它们作为JupyterBook：https://neurorishika.github.io/PSST。修订说明：根据NBDT审稿人的建议，手稿和在线教程已进行了清晰度和可读性的编辑和增强。

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[49] arXiv:1906.04202 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 群体在灭绝转变中的利他主义 显示英文标题

标题： Altruism in populations at the extinction transition

Konstantin Klemm, Nagi Khalil

评论： 14页，5图

期刊参考： 物理评论研究 2, 013374 (2020)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 物理与社会 (physics.soc-ph)

[50] arXiv:1906.04266 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 系统进化相关性足以从序列中推断蛋白质伙伴 显示英文标题

标题： Phylogenetic correlations can suffice to infer protein partners from sequences

Guillaume Marmier, Martin Weigt, Anne-Florence Bitbol

评论： 31页，14图

期刊参考： PLoS 计算生物学 15(10): e1007179 (2019)

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 定量方法 (q-bio.QM)