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定量生物学 > 生物大分子

arXiv:2505.00600 (q-bio)
[提交于 2025年5月1日 (v1) ,最后修订 2025年7月7日 (此版本, v2)]

标题: 挫折、动力学和催化作用

标题: Frustration, dynamics and catalysis

Authors:R. Gonzalo Parra, Diego U. Ferreiro
摘要: 控制化学势的耗散是细胞生存的基本方式。 酶介导的催化作用使各种转化能够以生物相关的速率精确而高效地进行。 理论、实验和计算研究一致表明,局部挫折是一个有用的概念,可用于将蛋白质动力学与催化能力联系起来。 局部挫折产生了能量景观的不规则性,这些不规则性可以利用热涨落来引导功能性的蛋白质运动。 我们在此回顾蛋白质科学各个领域中这些关系的最新进展。 生物相关的动力学由蛋白质序列的进化调节,这些序列调节局部挫折模式至接近最优值。
摘要: The controlled dissipation of chemical potentials is the fundamental way cells make a living. Enzyme-mediated catalysis allows the various transformations to proceed at biologically relevant rates with remarkable precision and efficiency. Theory, experiments and computational studies coincide to show that local frustration is a useful concept to relate protein dynamics with catalytic power. Local frustration gives rise to the asperities of the energy landscapes that can harness the thermal fluctuations to guide the functional protein motions. We review here recent advances into these relationships from various fields of protein science. The biologically relevant dynamics is tuned by the evolution of protein sequences that modulate the local frustration patterns to near optimal values.
主题: 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft); 生物物理 (physics.bio-ph)
引用方式: arXiv:2505.00600 [q-bio.BM]
  (或者 arXiv:2505.00600v2 [q-bio.BM] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.2505.00600
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI

提交历史

来自: R. Gonzalo Parra [查看电子邮件]
[v1] 星期四, 2025 年 5 月 1 日 15:32:15 UTC (372 KB)
[v2] 星期一, 2025 年 7 月 7 日 19:07:56 UTC (3,345 KB)
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