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定量生物学 > 基因组学

arXiv:1106.4192 (q-bio)
[提交于 2011年6月21日 ]

标题: 更多发霉的数据:另一个支原体基因跨越硅屏障进入人类基因组

标题: More Mouldy Data: Another mycoplasma gene jumps the silicon barrier into the human genome

Authors:W. B. Langdon, M. J. Arno
摘要: 人类基因组序列数据库包含非常类似于支原体霉菌的DNA序列。 这些霉菌似乎不仅感染分子生物学实验室,而且实验人员从受污染的样本中将其提取出来,并作为人类序列插入到GenBank中。 至少有一个霉菌的EST(表达序列标签)已从公共数据库转移到商业工具(Affymetrix HG-U133 plus 2.0微阵列)。 我们报告了一个第二个例子(DA466599),并认为有必要清理基因组数据库,但担心目前的工具可能不足以捕捉已经跨越硅屏障的基因。
摘要: The human genome sequence database contains DNA sequences very like those of mycoplasma molds. It appears such moulds infect not only molecular Biology laboratories but were picked up by experimenters from contaminated samples and inserted into GenBank as if they were human. At least one mouldy EST (Expressed Sequence Tag) has transferred from public databases to commercial tools (Affymetrix HG-U133 plus 2.0 microarrays). We report a second example (DA466599) and suggest there is a need to clean up genomic databases but fear current tools will be inadequate to catch genes which have jumped the silicon barrier.
评论: 数据目录包含EBI在剑桥进行的AF241217和DA466599 blast运行的结果
主题: 基因组学 (q-bio.GN)
引用方式: arXiv:1106.4192 [q-bio.GN]
  (或者 arXiv:1106.4192v1 [q-bio.GN] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.1106.4192
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI
期刊参考: RN/11/14
相关 DOI: https://doi.org/10.1007/978-3-642-29066-4_22
链接到相关资源的 DOI

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来自: W B Langdon [查看电子邮件]
[v1] 星期二, 2011 年 6 月 21 日 13:16:42 UTC (865 KB)
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