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数学 > 概率

arXiv:0905.2349 (math)
[提交于 2009年5月14日 ]

标题: 一种系统发生树的随机模型

标题: A stochastic model for phylogenetic trees

Authors:T. M. Liggett, R. B. Schinazi
摘要: 我们提出了一个用于系统发育树的简单随机模型。新类型根据出生和死亡链产生和消失。每次出生时,将从固定分布中采样一个适应度分配给新类型。每次死亡时,适应度最小的类型被杀死。我们证明,如果出生率(即突变率)是亚临界的,我们得到的系统发育树与流感树一致(在任何给定时间只有少数类型,且有一个主导类型持续很长时间)。当出生率是超临界的,我们得到的系统发育树与HIV树一致(在任何给定时间有多种类型,但没有一种类型持续很长时间)。
摘要: We propose the following simple stochastic model for phylogenetic trees. New types are born and die according to a birth and death chain. At each birth we associate a fitness to the new type sampled from a fixed distribution. At each death the type with the smallest fitness is killed. We show that if the birth (i.e. mutation) rate is subcritical we get a phylogenetic tree consistent with an influenza tree (few types at any given time and one dominating type lasting a long time). When the birth rate is supercritical we get a phylogenetic tree consistent with an HIV tree (many types at any given time, none lasting very long).
主题: 概率 (math.PR) ; 种群与进化 (q-bio.PE)
引用方式: arXiv:0905.2349 [math.PR]
  (或者 arXiv:0905.2349v1 [math.PR] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.0905.2349
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI

提交历史

来自: Rinaldo Schinazi [查看电子邮件]
[v1] 星期四, 2009 年 5 月 14 日 15:16:58 UTC (7 KB)
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