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定量生物学 > 生物大分子

arXiv:0906.1472 (q-bio)
[提交于 2009年6月8日 (v1) ,最后修订 2009年6月16日 (此版本, v2)]

标题: RNA冻结相变的场论

标题: Field Theory of the RNA Freezing Transition

Authors:Francois David, Kay Joerg Wiese
摘要: RNA的折叠受到熵与随机或看似随机的序列之间的竞争影响,其中熵在高温下起主导作用,而序列则决定了低温相。已知从数值模拟中得知,对于随机序列和生物序列,高温相和低温相是不同的,例如描述两个碱基配对概率的指数rho在高温相中为3/2,在低温(玻璃)相中约为4/3。在这里,我们为随机序列提出了一个场论,用于描述区分高温相和低温相的相变。我们通过证明其基础理论在微扰理论的所有阶次上都是可重整化的,从而确立了后者的存在。我们通过一个显式的二环计算验证了这一结果,该计算在相变点得到rho约为1.36,以及包括对外加外力(变性相变)的响应在内的多种其他临界指数。
摘要: Folding of RNA is subject to a competition between entropy, relevant at high temperatures, and the random, or random looking, sequence, determining the low- temperature phase. It is known from numerical simulations that for random as well as biological sequences, high- and low-temperature phases are different, e.g. the exponent rho describing the pairing probability between two bases is rho = 3/2 in the high-temperature phase, and approximatively 4/3 in the low-temperature (glass) phase. Here, we present, for random sequences, a field theory of the phase transition separating high- and low-temperature phases. We establish the existence of the latter by showing that the underlying theory is renormalizable to all orders in perturbation theory. We test this result via an explicit 2-loop calculation, which yields rho approximatively 1.36 at the transition, as well as diverse other critical exponents, including the response to an applied external force (denaturation transition).
评论: 96页,188张图。v2:小的更正
主题: 生物大分子 (q-bio.BM) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn); 基因组学 (q-bio.GN)
引用方式: arXiv:0906.1472 [q-bio.BM]
  (或者 arXiv:0906.1472v2 [q-bio.BM] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.0906.1472
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI
期刊参考: LPTENS 09/18, t09/074
相关 DOI: https://doi.org/10.1088/1742-5468/2009/10/P10019
链接到相关资源的 DOI

提交历史

来自: Kay Jörg Wiese [查看电子邮件]
[v1] 星期一, 2009 年 6 月 8 日 11:45:54 UTC (298 KB)
[v2] 星期二, 2009 年 6 月 16 日 17:12:22 UTC (298 KB)
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