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凝聚态物理 > 统计力学

arXiv:1105.4734 (cond-mat)
[提交于 2011年5月24日 ]

标题: 使用具有短手部的分子构建体在单分子实验中提高信噪比分辨率

标题: Improving signal-to-noise resolution in single molecule experiments using molecular constructs with short handles

Authors:N. Forns, S. de Lorenzo, M. Manosas, K. Hayashi, J. M. Huguet, F. Ritort
摘要: 我们研究使用新设计的短双链DNA手柄(29 bp)在显示两个和三个状态的DNA发夹中展开/折叠力动力学。 我们展示了与传统的长手柄结构(约700 bp)相比,分子装置的更高刚度适度提高了跳跃实验中的信噪比(SNR)。 较短的结构导致信噪比更高和更慢的折叠/展开动力学,从而有助于检测原本快速的结构转变。 基于对折叠分支上力波动的高带宽测量,对分子装置弹性特性的新颖分析表明,使用短手柄所能达到的最高信噪比可能受到短连接复合物的有效持久长度和拉伸模量显著降低的限制。
摘要: We investigate unfolding/folding force kinetics in DNA hairpins exhibiting two and three states with newly designed short dsDNA handles (29 bp) using optical tweezers. We show how the higher stiffness of the molecular setup moderately enhances the signal-to-noise ratio (SNR) in hopping experiments as compared to conventional long handles constructs (approximately 700 bp). The shorter construct results in a signal of higher SNR and slower folding/unfolding kinetics, thereby facilitating the detection of otherwise fast structural transitions. A novel analysis of the elastic properties of the molecular setup, based on high-bandwidth measurements of force fluctuations along the folded branch, reveals that the highest SNR that can be achieved with short handles is potentially limited by the marked reduction of the effective persistence length and stretch modulus of the short linker complex.
评论: 主论文:20页和6个图。补充材料:25页
主题: 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph); 生物大分子 (q-bio.BM)
引用方式: arXiv:1105.4734 [cond-mat.stat-mech]
  (或者 arXiv:1105.4734v1 [cond-mat.stat-mech] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.1105.4734
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI
期刊参考: Biophysical Journal, 100 : 1765-1774 (2011)
相关 DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2011.01.071
链接到相关资源的 DOI

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来自: Sara Lorenzo [查看电子邮件]
[v1] 星期二, 2011 年 5 月 24 日 11:44:43 UTC (2,108 KB)
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