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凝聚态物理 > 软凝聚态物理

arXiv:1507.00114 (cond-mat)
[提交于 2015年7月1日 ]

标题: 关于DNA分子的断裂

标题: On the rupture of DNA molecule

Authors:R. K. Mishra, T. Modi, D. Giri, S. Kumar
摘要: 使用Langevin动力学模拟,我们研究了剪切力对双链DNA分子断裂的影响。 此处研究的模型包含两个相互作用的单链二嵌段共聚物。 二嵌段共聚物各个单独片段的弹性常数被认为是不同的。 我们表明,断裂力的大小取决于力是施加在$3'-3'-$端还是$5'-5'-$端。 沿链的氢键和共价键的伸展分布显示出显著的差异。 受最近实验的启发,我们还计算了不同链长下断裂力的变化。 从模拟中获得的结果已通过基于DNA梯子模型的解析计算进行了验证。
摘要: Using Langevin Dynamic simulations, we study effects of the shear force on the rupture of a double stranded DNA molecule. The model studied here contains two single diblock copolymers interacting with each other. The elastic constants of individual segments of the diblock copolymer are considered to be different. We showed that the magnitude of the rupture force depends on whether the force is applied at $3'-3'-$ends or $5'-5'-$ends. Distributions of extension in hydrogen bonds and covalent bonds along the chain show the striking differences. Motivated by recent experiments, we have also calculated the variation of rupture force for different chain lengths. Results obtained from simulations have been validated with the analytical calculation based on the ladder model of DNA.
评论: 7页和4图
主题: 软凝聚态物理 (cond-mat.soft)
引用方式: arXiv:1507.00114 [cond-mat.soft]
  (或者 arXiv:1507.00114v1 [cond-mat.soft] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.1507.00114
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI
期刊参考: Journal of Chemical Physics 142, 174910 (2015)

提交历史

来自: Rakesh Mishra [查看电子邮件]
[v1] 星期三, 2015 年 7 月 1 日 05:55:22 UTC (29 KB)
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