定量生物学 > 定量方法
[提交于 2018年3月8日
(v1)
,最后修订 2019年3月6日 (此版本, v2)]
标题: SentRNA:通过结合人类设计策略的先验知识改进计算RNA设计
标题: SentRNA: Improving computational RNA design by incorporating a prior of human design strategies
摘要: 解决RNA逆折叠问题是在RNA设计中至关重要的前提,这是一个在生物工程中新兴的领域,具有从反应催化到癌症治疗的广泛应用。 尽管在开发基于机器的逆RNA折叠算法方面已经取得了显著进展,但目前的方法在为大型或复杂的目标设计序列时仍然存在困难。 另一方面,在线RNA设计游戏EteRNA的人类玩家在此方面表现出色,能够轻松设计出对机器算法来说具有挑战性的目标序列。 在这里,我们提出了一种新的RNA设计方法, SentRNA,一个由完全连接的神经网络组成的设计师代理,该网络通过使用人类设计的RNA序列进行端到端训练。 我们证明,通过这种方法,SentRNA可以解决之前任何基于机器的方法都无法解决的复杂目标,并在两个独立的具有挑战性的测试集上达到最先进的性能。 我们的结果表明,将人类设计策略纳入设计算法可以显著提升机器性能,并暗示了基于机器的RNA设计的新范式。
文献和引用工具
与本文相关的代码,数据和媒体
alphaXiv (什么是 alphaXiv?)
CatalyzeX 代码查找器 (什么是 CatalyzeX?)
DagsHub (什么是 DagsHub?)
Gotit.pub (什么是 GotitPub?)
Hugging Face (什么是 Huggingface?)
带有代码的论文 (什么是带有代码的论文?)
ScienceCast (什么是 ScienceCast?)
演示
推荐器和搜索工具
arXivLabs:与社区合作伙伴的实验项目
arXivLabs 是一个框架,允许合作伙伴直接在我们的网站上开发和分享新的 arXiv 特性。
与 arXivLabs 合作的个人和组织都接受了我们的价值观,即开放、社区、卓越和用户数据隐私。arXiv 承诺这些价值观,并且只与遵守这些价值观的合作伙伴合作。
有一个为 arXiv 社区增加价值的项目想法吗? 了解更多关于 arXivLabs 的信息.