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定量生物学 > 其他定量生物学

arXiv:1803.03461 (q-bio)
[提交于 2018年3月9日 ]

标题: 关于雪松总转录组中三联体组成与组织来源之间关系的一些初步结果

标题: Some preliminary results on relation between triplet composition and tissue source in larch total transcriptome

Authors:Michael Sadovsky, Tatiana Guseva, Vladislav Birukov, Tatiana Shpagina, Victoria Fedotovskaya
摘要: 我们研究了西伯利亚落叶松转录组的结构化集合。 在64维空间中的聚类是通过$K$-means 技术识别的,其中要聚类的对象是基因组的不同片段。 发现了这些片段分布中的类似四面体的结构。 为每个类别确定了 Chargaff 的差异度量,以及类别之间的差异度量。 这揭示了类别的相对相似性。 结果已与每种组织的特定转录组的结果进行了比较。 此外,还开发了一个替代转录组,包括为特定组织组装的重叠群;后者与真实的总转录组进行了比较,并观察到了显著差异。
摘要: We studied the structuredness ensemble of transcriptome of Siberian larch. The clusters in 64-dimensional space were identified with $K$-means technique, where the objects to be clusterized are the different fragments of the genome. A tetrahedron like structure in distribution of these fragments was found. Chargaff's discrepancy measure was determined for each class, as well as that latter between the classes. It reveals a relative similitude of the classes. The results have been compared to those obtained for specific transcriptome of each tissue. Also, a surrogate transcriptome has been developed comprising the contigs assembled for specific tissues; that latter has been compared with the real total transcriptome, and significant difference has been observed.
主题: 其他定量生物学 (q-bio.OT)
引用方式: arXiv:1803.03461 [q-bio.OT]
  (或者 arXiv:1803.03461v1 [q-bio.OT] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.1803.03461
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI

提交历史

来自: Michael Sadovsky [查看电子邮件]
[v1] 星期五, 2018 年 3 月 9 日 10:49:06 UTC (463 KB)
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