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定量生物学 > 基因组学

arXiv:2306.00944v1 (q-bio)
[提交于 2023年6月1日 ]

标题: pgMAP:一种用于从双靶向CRISPR筛选中实现引导RNA读段映射的流程

标题: pgMAP: a pipeline to enable guide RNA read mapping from dual-targeting CRISPR screens

Authors:Phoebe C. R. Parrish, Daniel J. Groso, James D. Thomas, Robert K. Bradley, Alice H. Berger
摘要: 我们开发了pgMAP,一个分析流程,用于映射双靶点CRISPR筛选中的gRNA测序读数。 pgMAP输出包括一个双gRNA读数计数表和质量控制指标,包括正确配对读数的比例以及所有时间点和样本中CRISPR文库的测序覆盖度。 pgMAP使用Snakemake实现,并在https://github.com/fredhutch/pgmap_pipeline下以MIT许可证开源可用。
摘要: We developed pgMAP, an analysis pipeline to map gRNA sequencing reads from dual-targeting CRISPR screens. pgMAP output includes a dual gRNA read counts table and quality control metrics including the proportion of correctly-paired reads and CRISPR library sequencing coverage across all time points and samples. pgMAP is implemented using Snakemake and is available open-source under the MIT license at https://github.com/fredhutch/pgmap_pipeline.
评论: 6页,1图,代码可在 https://github.com/fredhutch/pgmap_pipeline 获取
主题: 基因组学 (q-bio.GN)
引用方式: arXiv:2306.00944 [q-bio.GN]
  (或者 arXiv:2306.00944v1 [q-bio.GN] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.2306.00944
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI

提交历史

来自: Alice Berger [查看电子邮件]
[v1] 星期四, 2023 年 6 月 1 日 17:44:03 UTC (530 KB)
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