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凝聚态物理 > 软凝聚态物理

arXiv:2411.03072 (cond-mat)
[提交于 2024年11月5日 ]

标题: 更热并不意味着更快的熔化RNA发夹结构

标题: Hotter isn't faster for a melting RNA hairpin

Authors:Huaping Li, Ekrem Mert Bahçeci, Mehmet Sayar, Alkan Kabakçıoğlu
摘要: 我们通过粗粒度RNA发夹模型的大量分子动力学模拟,研究了核酸的变性动力学。 显然与阿伦尼乌斯定律相矛盾,我们的研究结果表明,对于长度超过几个持久长度的分子,RNA发夹的变性时间是温度的非单调函数,在熔点以上的一个最优温度 $T_m$时,变性发生得最快。 这种异常现象源于两种不同的路径:从一端到另一端的“单向”解链,在接近 $T_m$时占优,以及在较高温度下从两端同时开始的“双向”变性。 这两种模式在熔化时间 \textit{vs.}与长度 $L$之间表现出不同的标度规律,并由一个交叉温度 $T_\times$分隔,其中 $(T_\times-T_m) \sim L^{-1}$。 这些结果突显了螺旋结构在RNA/DNA变性非平衡动力学中的重要作用,并揭示了一个几十年老问题中的多个意外发现。
摘要: We investigate the denaturation dynamics of nucleic acids through extensive molecular dynamics simulations of a coarse-grained RNA hairpin model. In apparent contradiction with Arrhenius' law, our findings reveal that the denaturation time of RNA hairpins is a non-monotonous function of temperature for molecules longer than few persistence lengths, with an optimal temperature above the melting point, $T_m$, at which denaturation occurs fastest. This anomaly arises from the existence of two distinct pathways: ``unidirectional'' unzipping, progressing from one end to the other and favored near $T_m$, and ``bidirectional'' denaturation, where competing unzipping events initiate from both ends at higher temperatures. The two regimes manifest distinct scaling laws for the melting time \textit{vs.} length, $L$, and are separated by a crossover temperature $T_\times$, with $(T_\times-T_m) \sim L^{-1}$. The results highlight the significant role of the helical structure in the out-of-equilibrium dynamics of RNA/DNA denaturation and unveil multiple surprises in a decades-old problem.
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主题: 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物大分子 (q-bio.BM)
引用方式: arXiv:2411.03072 [cond-mat.soft]
  (或者 arXiv:2411.03072v1 [cond-mat.soft] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.2411.03072
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI
期刊参考: Phys. Rev. Lett. 134, 098401 (2025)
相关 DOI: https://doi.org/10.1103/PhysRevLett.134.098401
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来自: Alkan Kabakçioğlu [查看电子邮件]
[v1] 星期二, 2024 年 11 月 5 日 13:10:36 UTC (8,142 KB)
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