生物大分子

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• 2025年09月09日， 星期二
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2025年09月09日， 星期二 (展示 5 之 5 条目 )

[1] arXiv:2509.06849 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： BLAST相似性搜索中E值的规范化――蛋白质序列度量空间中的不相似性度量和距离函数 显示英文标题

标题： Canonicalization of the E value from BLAST similarity search -- dissimilarity measure and distance function for a metric space of protein sequences

Boryeu Mao

评论： 34页，4图，3表

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[2] arXiv:2509.06271 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过氨基酸溶液热力学预测增强细胞培养基中营养物沉淀的计算预测 显示英文标题

标题： Computational predictions of nutrient precipitation for intensified cell 1 culture media via amino acid solution thermodynamics

Jayanth Venkatarama Reddy, Nelson Ndahiro, Lateef Aliyu, Ashwin Dravid, Tianxin Xang, Jinke Wu, Michael Betenbaugh, Marc Donohue

评论： 32页，8图

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[3] arXiv:2509.05517 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于物理方法的冷冻电子显微镜数据以获得更好的结构模型 显示英文标题

标题： Towards better structural models from cryo-electron microscopy data with physics-based methods

Hande Boyaci Selcuk, Gabriella Reggiano, Jacob Robson-Tull, Lichirui Zhang, João P. G. L. M. Rodrigues

评论： 13页，2图。提交至FEBS Letters

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[4] arXiv:2509.05302 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 芝麻：打开蛋白质口袋的大门 显示英文标题

标题： Sesame: Opening the door to protein pockets

Raúl Miñán, Carles Perez-Lopez, Javier Iglesias, Álvaro Ciudad, Alexis Molina

评论： 发表于《第二届生成与实验视角在生物分子设计中的研讨会论文集》。ICLR 2025

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI)

[5] arXiv:2509.06465 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： CAME-AB：用于抗体结合位点预测的跨模态注意力与专家混合模型 显示英文标题

标题： CAME-AB: Cross-Modality Attention with Mixture-of-Experts for Antibody Binding Site Prediction

Hongzong Li, Jiahao Ma, Zhanpeng Shi, Fanming Jin, Ye-Fan Hu, Jian-Dong Huang

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

2025年09月08日， 星期一 (展示 1 之 1 条目 )

[6] arXiv:2509.04998 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过嵌入空间中的贝叶斯优化对蛋白质进行定向进化 显示英文标题

标题： Directed Evolution of Proteins via Bayesian Optimization in Embedding Space

Matouš Soldát, Jiří Kléma

评论： 8页，2图

期刊参考： 2024年IEEE生物信息学与生物医学国际会议论文集，葡萄牙里斯本，2024年，第91-98页

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

2025年09月05日， 星期五

此时间段没有更新。

2025年09月04日， 星期四 (展示 2 之 2 条目 )

[7] arXiv:2509.03084 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： SurGBSA：从分子动力学模拟中学习表示 显示英文标题

标题： SurGBSA: Learning Representations From Molecular Dynamics Simulations

Derek Jones, Yue Yang, Felice C. Lightstone, Niema Moshiri, Jonathan E. Allen, Tajana S. Rosing

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[8] arXiv:2509.03487 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： SafeProtein：蛋白质基础模型的对抗测试框架和基准 显示英文标题

标题： SafeProtein: Red-Teaming Framework and Benchmark for Protein Foundation Models

Jigang Fan, Zhenghong Zhou, Ruofan Jin, Le Cong, Mengdi Wang, Zaixi Zhang

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 密码学与安全 (cs.CR) ; 生物大分子 (q-bio.BM) ; 定量方法 (q-bio.QM)

2025年09月03日， 星期三 (展示 4 之 4 条目 )

[9] arXiv:2509.02196 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 超越集成方法：在学习的潜在空间中模拟全原子蛋白质动力学 显示英文标题

标题： Beyond Ensembles: Simulating All-Atom Protein Dynamics in a Learned Latent Space

Aditya Sengar, Ali Hariri, Pierre Vandergheynst, Patrick Barth

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI)

[10] arXiv:2509.02060 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于掩码条件生成建模的形态特异性肽发现 显示英文标题

标题： Morphology-Specific Peptide Discovery via Masked Conditional Generative Modeling

Nuno Costa, Julija Zavadlav

评论： 17页，4图，2表

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[11] arXiv:2509.01550 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： OTMol：通过最优传输的鲁棒分子结构比较 显示英文标题

标题： OTMol: Robust Molecular Structure Comparison via Optimal Transport

Xiaoqi Wei, Xuhang Dai, Yaqi Wu, Yanxiang Zhao, Yingkai Zhang, Zixuan Cang

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 优化与控制 (math.OC)

[12] arXiv:2509.01038 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 用多尺度高斯学习残基水平的蛋白质动力学 显示英文标题

标题： Learning residue level protein dynamics with multiscale Gaussians

Mihir Bafna, Bowen Jing, Bonnie Berger

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)