基因组学

2025年10月 的作者和标题

[1] arXiv:2510.00392 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于GPT-2 XL和NVIDIA H100的癫痫基因组分析深度学习流水线 显示英文标题

标题： A Deep Learning Pipeline for Epilepsy Genomic Analysis Using GPT-2 XL and NVIDIA H100

Muhammad Omer Latif, Hayat Ullah, Muhammad Ali Shafique, Zhihua Dong

评论： 12页

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 机器学习 (cs.LG)

[2] arXiv:2510.01935 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 胎盘滋养层细胞的单细胞测序以及BeWo b30细胞中的化学缺氧揭示了EBI3、COL17A1、miR-27a-5p和miR-193b-5p作为缺氧反应标志物 显示英文标题

标题： Single-cell sequencing of trophoblasts in preeclampsia and chemical hypoxia in BeWo b30 cells reveals EBI3, COL17A1, miR-27a-5p, and miR-193b-5p as hypoxia-response markers

Evgeny Knyazev (1 and 2), Timur Kulagin (1), Ivan Antipenko (1), Alexander Tonevitsky (1 and 2) ((1) Faculty of Biology and Biotechnology, HSE University, Moscow, Russia, (2) Laboratory of Microfluidic Technologies for Biomedicine, Shemyakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry of the Russian Academy of Sciences, Moscow, Russia)

评论： 27页，10图，2表

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 细胞行为 (q-bio.CB) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[3] arXiv:2510.02416 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 跨平台的Group 3 & 4髓母细胞瘤八种分子亚型的DNA甲基化分类器 显示英文标题

标题： Cross-Platform DNA Methylation Classifier for the Eight Molecular Subtypes of Group 3 & 4 Medulloblastoma

Omer Abid, Gholamreza Rafiee

评论： 9页，5图，5表

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 人工智能 (cs.AI)

[4] arXiv:2510.03359 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过深度学习预测细胞特异性基因表达谱和敲除影响 显示英文标题

标题： Predicting cell-specific gene expression profile and knockout impact through deep learning

Yongjian He, Vered Klein, Orr Levy, Xu-Wen Wang

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[5] arXiv:2510.03629 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： RawBench：一种用于原始纳米孔信号分析技术的全面基准测试框架 显示英文标题

标题： RawBench: A Comprehensive Benchmarking Framework for Raw Nanopore Signal Analysis Techniques

Furkan Eris, Ulysse McConnell, Can Firtina, Onur Mutlu

评论： 已被ACM BCB 2025接收

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[6] arXiv:2510.06290 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于软证据融合的图神经网络用于跨多视角生物图的癌症驱动基因识别 显示英文标题

标题： Soft-Evidence Fused Graph Neural Network for Cancer Driver Gene Identification across Multi-View Biological Graphs

Bang Chen, Lijun Guo, Houli Fan, Wentao He, Rong Zhang

评论： 8页

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG)

[7] arXiv:2510.10950 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 氯扫描：从宏基因组数据中恢复质体基因组片段 显示英文标题

标题： ChloroScan: Recovering plastid genome bins from metagenomic data

Yuhao Tong, Vanessa Rossetto Marcelino, Robert Turnbull, Heroen Verbruggen

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[8] arXiv:2510.12384 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 全表型多组学整合揭示了人类衰老的不同类型 显示英文标题

标题： Phenome-Wide Multi-Omics Integration Uncovers Distinct Archetypes of Human Aging

Huifa Li, Feilong Tang, Haochen Xue, Yulong Li, Xinlin Zhuang, Bin Zhang, Eran Segal, Imran Razzak

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 人工智能 (cs.AI)

[9] arXiv:2510.12617 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 相同模型，更好性能：洗牌对DNA语言模型基准测试的影响 显示英文标题

标题： Same model, better performance: the impact of shuffling on DNA Language Models benchmarking

Davide Greco, Konrad Rawlik

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 机器学习 (cs.LG)

[10] arXiv:2510.13816 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： GQVis：用于生成式人工智能的基因组数据问题和可视化数据集 显示英文标题

标题： GQVis: A Dataset of Genomics Data Questions and Visualizations for Generative AI

Skylar Sargent Walters, Arthea Valderrama, Thomas C. Smits, David Kou≈ôil, Huyen N. Nguyen, Sehi L'Yi, Devin Lange, Nils Gehlenborg

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 人工智能 (cs.AI) ; 人机交互 (cs.HC) ; 机器学习 (cs.LG)

[11] arXiv:2510.16013 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： AGNES：自适应图神经网络和动态规划混合框架用于实时纳米孔种子链式反应 显示英文标题

标题： AGNES: Adaptive Graph Neural Network and Dynamic Programming Hybrid Framework for Real-Time Nanopore Seed Chaining

Jahidul Arafat, Sanjaya Poudel, Fariha Tasmin, Md Kaosar Uddin, Eftakhar Ahmed Arnob

评论： 31页，12图，6表。提交至ACM生物信息学、计算生物学和健康信息学会议（ACM-BCB）。包含全面的评估，统计验证，消融研究和开源实现

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 机器学习 (cs.LG)

[12] arXiv:2510.16093 (交叉列表自 q-bio.GN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 利用核机器回归识别肺癌药物靶点的多组学相互作用 显示英文标题

标题： Identifying multi-omics interactions for lung cancer drug targets discovery using Kernel Machine Regression

Md. Imtyaz Ahmed, Md. Delwar Hossain, Md Mostafizer Rahman, Md. Ahsan Habib, Md. Mamunur Rashid, Md. Selim Reza, Md Ashad Alam

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 机器学习 (cs.LG)

[13] arXiv:2510.00353 (交叉列表自 q-bio.QM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 多变量SEM-PGS模型：使用多基因评分来研究跨特征遗传养育和选择性婚配 显示英文标题

标题： The Multivariate SEM-PGS Model: Using Polygenic Scores to Investigate Cross-Trait Genetic Nurture and Assortative Mating

Xuanyu Lyu, Jared Balbona, Tong Chen, Matthew C. Keller

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 基因组学 (q-bio.GN) ; 应用 (stat.AP)

[14] arXiv:2510.02734 (交叉列表自 q-bio.BM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： SAE-RNA：一种用于解释RNA语言模型表示的稀疏自编码器模型 显示英文标题

标题： SAE-RNA: A Sparse Autoencoder Model for Interpreting RNA Language Model Representations

Taehan Kim, Sangdae Nam

评论： 预印本

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[15] arXiv:2510.05777 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： DP-SNP-TIHMM：用于合成全基因组关联数据集的差分隐私时间非齐次隐马尔可夫模型 显示英文标题

标题： DP-SNP-TIHMM: Differentially Private, Time-Inhomogeneous Hidden Markov Models for Synthesizing Genome-Wide Association Datasets

Shadi Rahimian, Mario Fritz

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 密码学与安全 (cs.CR) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[16] arXiv:2510.07653 (交叉列表自 stat.AP) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 大规模空间变量基因图谱用于空间转录组学 显示英文标题

标题： Large-scale spatial variable gene atlas for spatial transcriptomics

Jiawen Chen, Jinwei Zhang, Dongshen Peng, Yutong Song, Aitong Ruan, Yun Li, Didong Li

主题： 应用 (stat.AP) ; 数据库 (cs.DB) ; 基因组学 (q-bio.GN) ; 组织与器官 (q-bio.TO) ; 计算 (stat.CO)

[17] arXiv:2510.08655 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于图神经网络的罕见疾病诊断知识图谱稀疏化 显示英文标题

标题： Knowledge Graph Sparsification for GNN-based Rare Disease Diagnosis

Premt Cara, Kamilia Zaripova, David Bani-Harouni, Nassir Navab, Azade Farshad

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[18] arXiv:2510.12776 (交叉列表自 q-bio.QM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 一种用于建模单细胞转录组的量子生成框架，考虑基因-基因和细胞-细胞相互作用 显示英文标题

标题： A Quantum Generative Framework for Modeling Single-Cell Transcriptomes with Gene-Gene and Cell-Cell Interactions

Selim Romero, Vignesh Kumar, Robert S. Chapkin, James J. Cai

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 新兴技术 (cs.ET) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 基因组学 (q-bio.GN)