定量方法

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2025年07月21日， 星期一 (展示 2 之 2 条目 )

[1] arXiv:2507.13974 (交叉列表自 eess.IV) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 利用病理学基础模型进行H&E图像中黑色素瘤的全景分割 显示英文标题

标题： Leveraging Pathology Foundation Models for Panoptic Segmentation of Melanoma in H&E Images

Jiaqi Lv, Yijie Zhu, Carmen Guadalupe Colin Tenorio, Brinder Singh Chohan, Mark Eastwood, Shan E Ahmed Raza

评论： 被MIUA 2025接受

主题： 图像与视频处理 (eess.IV) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[2] arXiv:2507.13646 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于Transformer的蛋白质序列分析与设计语言模型综述 显示英文标题

标题： A Comprehensive Review of Transformer-based language models for Protein Sequence Analysis and Design

Nimisha Ghosh, Daniele Santoni, Debaleena Nawn, Eleonora Ottaviani, Giovanni Felici

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 定量方法 (q-bio.QM)

2025年07月18日， 星期五 (展示 5 之 5 条目 )

[3] arXiv:2507.13077 (交叉列表自 q-bio.QM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 蛋白质语言模型的持续领域特定预训练用于pMHC-I结合预测 显示英文标题

标题： Continued domain-specific pre-training of protein language models for pMHC-I binding prediction

Sergio E. Mares, Ariel Espinoza Weinberger, Nilah M. Ioannidis

评论： 被第20届机器学习在计算生物学（MLCB）会议收录 《机器学习研究会议论文集》

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[4] arXiv:2507.12500 (交叉列表自 q-bio.QM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： GLOMIA-Pro：一种可推广的纵向医学图像分析框架用于疾病进展预测 显示英文标题

标题： GLOMIA-Pro: A Generalizable Longitudinal Medical Image Analysis Framework for Disease Progression Prediction

Shuaitong Zhang, Yuchen Sun, Yong Ao, Xuehuan Zhang, Ruoshui Yang, Jiantao Xu, Zuwu Ai, Haike Zhang, Xiang Yang, Yao Xu, Kunwei Li, Duanduan Chen

评论： 此作品已提交给IEEE以供可能发表

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 图像与视频处理 (eess.IV)

[5] arXiv:2507.13176 (交叉列表自 eess.SP) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 利用深度迁移学习和压缩感知分离共现细胞事件 显示英文标题

标题： Disentangling coincident cell events using deep transfer learning and compressive sensing

Moritz Leuthner, Rafael Vorländer, Oliver Hayden

主题： 信号处理 (eess.SP) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[6] arXiv:2507.12679 (交叉列表自 cs.CL) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用大型语言模型改进过量用药死亡监测中的药物识别 显示英文标题

标题： Improving Drug Identification in Overdose Death Surveillance using Large Language Models

Arthur J. Funnell, Panayiotis Petousis, Fabrice Harel-Canada, Ruby Romero, Alex A. T. Bui, Adam Koncsol, Hritika Chaturvedi, Chelsea Shover, David Goodman-Meza

评论： 30页，1图，4表，2个补充图，4个补充表，提交至《法医科学杂志》（JFS）

主题： 计算与语言 (cs.CL) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[7] arXiv:2507.12574 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： Assay2Mol：基于大语言模型的药物设计使用BioAssay上下文 显示英文标题

标题： Assay2Mol: large language model-based drug design using BioAssay context

Yifan Deng, Spencer S. Ericksen, Anthony Gitter

评论： 23页，10图

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 定量方法 (q-bio.QM)

2025年07月17日， 星期四 (展示 8 之 8 条目 )

[8] arXiv:2507.11592 (交叉列表自 q-bio.QM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 蜂群运动动力学中的临界相变可以使用二维细胞自动机进行建模 显示英文标题

标题： A critical phase transition in bee movement dynamics can be modeled using a 2D cellular automata

Ivan Shpurov, Tom Froese

评论： 10页，7图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 细胞自动机与格子气体 (nlin.CG)

[9] arXiv:2507.12464 (交叉列表自 cs.CV) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： CytoSAE：用于血液学的可解释细胞嵌入 显示英文标题

标题： CytoSAE: Interpretable Cell Embeddings for Hematology

Muhammed Furkan Dasdelen, Hyesu Lim, Michele Buck, Katharina S. Götze, Carsten Marr, Steffen Schneider

评论： 11页，5图

主题： 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[10] arXiv:2507.12312 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 当$B_2$不够时：评估简单指标预测内在无序蛋白质相分离的能力 显示英文标题

标题： When $B_2$ is Not Enough: Evaluating Simple Metrics for Predicting Phase Separation of Intrinsically Disordered Proteins

Wesley W. Oliver, William M. Jacobs, Michael A. Webb

评论： 46页，7图，支持信息

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[11] arXiv:2507.11848 (交叉列表自 cs.HC) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 交互式参数双投影杂交水稻育种 显示英文标题

标题： Interactive Hybrid Rice Breeding with Parametric Dual Projection

Changjian Chen, Pengcheng Wang, Fei Lyu, Zhuo Tang, Li Yang, Long Wang, Yong Cai, Feng Yu, Kenli Li

主题： 人机交互 (cs.HC) ; 人工智能 (cs.AI) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[12] arXiv:2507.11839 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： Protenix-Mini：通过紧凑架构、少步扩散和可切换pLM的高效结构预测器 显示英文标题

标题： Protenix-Mini: Efficient Structure Predictor via Compact Architecture, Few-Step Diffusion and Switchable pLM

Chengyue Gong, Xinshi Chen, Yuxuan Zhang, Yuxuan Song, Hao Zhou, Wenzhi Xiao

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[13] arXiv:2507.11789 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 在单细胞VAEs中强制潜在欧几里得几何用于流形插值 显示英文标题

标题： Enforcing Latent Euclidean Geometry in Single-Cell VAEs for Manifold Interpolation

Alessandro Palma, Sergei Rybakov, Leon Hetzel, Stephan Günnemann, Fabian J. Theis

评论： 31页，14图

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[14] arXiv:2507.11757 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 图中图学习框架用于药物-靶点相互作用预测 显示英文标题

标题： A Graph-in-Graph Learning Framework for Drug-Target Interaction Prediction

Yuehua Song, Yong Gao

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[15] arXiv:2507.11660 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： STAGED：用于学习细胞相互作用动力学的多智能体神经网络 显示英文标题

标题： STAGED: A Multi-Agent Neural Network for Learning Cellular Interaction Dynamics

Joao F. Rocha, Ke Xu, Xingzhi Sun, Ananya Krishna, Dhananjay Bhaskar, Blanche Mongeon, Morgan Craig, Mark Gerstein, Smita Krishnaswamy

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 多智能体系统 (cs.MA) ; 定量方法 (q-bio.QM)

2025年07月16日， 星期三 (展示 5 之 5 条目 )

[16] arXiv:2507.10625 (交叉列表自 q-bio.QM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 战略控制耐药性HIV：具有诊断、依从性和治疗转换的多菌株建模 显示英文标题

标题： Strategic Control of Drug-Resistant HIV: Multi-Strain Modeling with Diagnosis, Adherence, and Treatment Switching

Ashish Poonia, Siddhartha P. Chakrabarty

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[17] arXiv:2507.10601 (交叉列表自 q-bio.QM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： AGFS-Tractometry：一种新的基于图谱的细粒度纤维追踪方法，用于利用扩散MRI纤维追踪进行沿纤维的组统计比较 显示英文标题

标题： AGFS-Tractometry: A Novel Atlas-Guided Fine-Scale Tractometry Approach for Enhanced Along-Tract Group Statistical Comparison Using Diffusion MRI Tractography

Ruixi Zheng, Wei Zhang, Yijie Li, Xi Zhu, Zhou Lan, Jarrett Rushmore, Yogesh Rathi, Nikos Makris, Lauren J. O'Donnell, Fan Zhang

评论： 31页和7图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 机器学习 (cs.LG) ; 图像与视频处理 (eess.IV) ; 方法论 (stat.ME)

[18] arXiv:2507.10953 (交叉列表自 cs.IR) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 高海拔疾病生物标志物前景的解析：基于文本挖掘构建的生物分子事件网络的见解 显示英文标题

标题： Unraveling the Biomarker Prospects of High-Altitude Diseases: Insights from Biomolecular Event Network Constructed using Text Mining

Balu Bhasuran, Sabenabanu Abdulkadhar, Jeyakumar Natarajan

主题： 信息检索 (cs.IR) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[19] arXiv:2507.10793 (交叉列表自 q-bio.PE) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 感染和疫苗接种后抗体动力学的概率建模：一种马尔可夫链方法 显示英文标题

标题： Probabilistic Modeling of Antibody Kinetics Post Infection and Vaccination: A Markov Chain Approach

Rayanne A. Luke, Prajakta Bedekar, Lyndsey M. Muehling, Glenda Canderan, Yesun Lee, Wesley A. Cheng, Judith A. Woodfolk, Jeffrey M. Wilson, Pia S. Pannaraj, Anthony J. Kearsley

评论： 34页，23幅图，补充材料（视频）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 概率 (math.PR) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 定量方法 (q-bio.QM) ; 方法论 (stat.ME)

[20] arXiv:2507.10714 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 一种用于随机Petri网模型的简单近似贝叶斯推断神经代理 显示英文标题

标题： A Simple Approximate Bayesian Inference Neural Surrogate for Stochastic Petri Net Models

Bright Kwaku Manu, Trevor Reckell, Beckett Sterner, Petar Jevtic

评论： 12页，10图，所有相关代码和文件请见 https://github.com/BrightManu-lang/SPN-param-recovery.git

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (stat.ML)

2025年07月15日， 星期二 (展示 10 之 10 条目 )

[21] arXiv:2507.10136 (交叉列表自 q-bio.QM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 一种用于发现黑色素瘤“撞击和逃跑”治疗策略的PBN-RL-XAI框架 显示英文标题

标题： A PBN-RL-XAI Framework for Discovering a "Hit-and-Run" Therapeutic Strategy in Melanoma

Zhonglin Liu

评论： 9页，5图。提交至IEEE国际生物信息学与生物医学会议（BIBM）2025。代码可在https://github.com/Liu-Zhonglin/pbn-melanoma-project获取。

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 人工智能 (cs.AI)

[22] arXiv:2507.09028 (交叉列表自 q-bio.QM) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从经典机器学习到新兴基础模型：癌症研究中多模态数据集成的综述 显示英文标题

标题： From Classical Machine Learning to Emerging Foundation Models: Review on Multimodal Data Integration for Cancer Research

Amgad Muneer, Muhammad Waqas, Maliazurina B Saad, Eman Showkatian, Rukhmini Bandyopadhyay, Hui Xu, Wentao Li, Joe Y Chang, Zhongxing Liao, Cara Haymaker, Luisa Solis Soto, Carol C Wu, Natalie I Vokes, Xiuning Le, Lauren A Byers, Don L Gibbons, John V Heymach, Jianjun Zhang, Jia Wu

评论： 6个图表，3个表格

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 人工智能 (cs.AI)

[23] arXiv:2507.08902 (交叉列表自 q-bio.QM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 使用扩散模型生成结构引导的pMHC-I文库 显示英文标题

标题： Generation of structure-guided pMHC-I libraries using Diffusion Models

Sergio Mares, Ariel Espinoza Weinberger, Nilah M. Ioannidis

评论： 被接受参加第二届生成人工智能与生物学研讨会 ICML 2025 研讨会

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 人工智能 (cs.AI)

[24] arXiv:2507.10400 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 用神经网络势能预测环化反应路径的专一性 显示英文标题

标题： Anticipating the Selectivity of Cyclization Reaction Pathways with Neural Network Potentials

Nicholas Casetti, Dylan Anstine, Olexandr Isayev, Connor W. Coley

评论： 32页，5图

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[25] arXiv:2507.09996 (交叉列表自 cs.CV) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 利用多壳扩散MRI增强阿尔茨海默病诊断的Swin变换器 显示英文标题

标题： Leveraging Swin Transformer for enhanced diagnosis of Alzheimer's disease using multi-shell diffusion MRI

Quentin Dessain, Nicolas Delinte, Bernard Hanseeuw, Laurence Dricot, Benoît Macq

主题： 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 神经与认知 (q-bio.NC) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[26] arXiv:2507.09947 (交叉列表自 q-bio.PE) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 用疫苗作为控制策略和季节性传播的霍乱动力学建模 显示英文标题

标题： Modeling Cholera Dynamics with Vaccination as the Control Strategy and Seasonal-forcing Transmission

Eric Herrison Gyamfi

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[27] arXiv:2507.09753 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 我们是否需要等变模型来进行分子生成？ 显示英文标题

标题： Do we need equivariant models for molecule generation?

Ewa M. Nowara, Joshua Rackers, Patricia Suriana, Pan Kessel, Max Shen, Andrew Martin Watkins, Michael Maser

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[28] arXiv:2507.09651 (交叉列表自 math.NA) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于表面pH数据的贝叶斯字典学习细胞膜渗透性估计 显示英文标题

标题： Bayesian dictionary learning estimation of cell membrane permeability from surface pH data

Alberto Bocchinfuso, Daniela Calvetti, Erkki Somersalo

主题： 数值分析 (math.NA) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[29] arXiv:2507.09466 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： La-Proteina：通过部分潜在流匹配生成原子蛋白 显示英文标题

标题： La-Proteina: Atomistic Protein Generation via Partially Latent Flow Matching

Tomas Geffner, Kieran Didi, Zhonglin Cao, Danny Reidenbach, Zuobai Zhang, Christian Dallago, Emine Kucukbenli, Karsten Kreis, Arash Vahdat

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[30] arXiv:2507.09011 (交叉列表自 cs.CL) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 超越生动性：诱导幻觉的内容分析揭示了视觉意象中个体差异的隐藏结构 显示英文标题

标题： Beyond vividness: Content analysis of induced hallucinations reveals the hidden structure of individual differences in visual imagery

Ana Chkhaidze, Reshanne R. Reeder, Connor Gag, Anastasia Kiyonaga, Seana Coulson

主题： 计算与语言 (cs.CL) ; 神经与认知 (q-bio.NC) ; 定量方法 (q-bio.QM)