定量生物学

2009年09月 的作者和标题

[1] arXiv:0909.0189 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过具有双峰分布的蛋白质相互作用网络放大和检测单分子构象波动 显示英文标题

标题： Amplification and detection of single molecule conformational fluctuation through a protein interaction network with bimodal distributions

Zhanghan Wu, Vlad Elgart, Hong Qian, Jianhua Xing

评论： 9页，5图

期刊参考： J. 物理化学 B，2009，113（36），第12375-12381页

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[2] arXiv:0909.0278 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 微管组装中可能的结构中间体的微管蛋白片状聚合物模拟 显示英文标题

标题： Simulations of tubulin sheet polymers as possible structural intermediates in microtubule assembly

Zhanghan Wu, Hong-Wei Wang, Weihua Mu, Zhongcan Ouyang, Eva Nogales, Jianhua Xing

评论： 43页，13张图。已提交；《PLoS ONE》2009年

期刊参考： PLoS ONE，2009，4（10）：e7291。

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[3] arXiv:0909.0400 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 稀有等位基因检测使用压缩测序 显示英文标题

标题： Rare-Allele Detection Using Compressed Se(que)nsing

Noam Shental, Amnon Amir, Or Zuk

评论： 29页，11图

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 信息论 (cs.IT) ; 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM) ; 应用 (stat.AP) ; 机器学习 (stat.ML)

[4] arXiv:0909.0466 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： G因子与核糖体L1柄之间的别构协同作用指导翻译过程中的tRNA运动 显示英文标题

标题： Allosteric collaboration between elongation factor G and the ribosomal L1 stalk directs tRNA movements during translation

Jingyi Fei, Jonathan E. Bronson, Jake M. Hofman, Rathi L. Srinivas, Chris H. Wiggins, Ruben L. Gonzalez Jr

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[5] arXiv:0909.0737 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用随机期望最大化 EM 训练和维特比训练来训练隐马尔可夫模型参数的高效算法 显示英文标题

标题： Efficient algorithms for training the parameters of hidden Markov models using stochastic expectation maximization EM training and Viterbi training

Tin Yin Lam, Irmtraud M. Meyer

评论： 32页，包括9幅图和2张表

期刊参考： BMC 分子生物学算法（2010）5:38

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (cs.LG) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[6] arXiv:0909.0889 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： PAKing up to the endothelium 显示英文标题

标题： PAKing up to the endothelium

Eva Maria Galan Moya (IC), Armelle Le Guelte (IC), Julie Gavard (IC)

评论： 细胞信号（2009）epub 先于印刷发表

主题： 细胞行为 (q-bio.CB)

[7] arXiv:0909.0925 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从多维 SNP 频率数据推断多个种群的联合人口历史 显示英文标题

标题： Inferring the joint demographic history of multiple populations from multidimensional SNP frequency data

Ryan N. Gutenkunst, Ryan D. Hernandez, Scott H. Williamson, Carlos D. Bustamante

评论： 17页，4张图，包含源文件的补充信息

期刊参考： PLoS Genetics 5:e1000695 (2009)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[8] arXiv:0909.1370 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： D2统计量的特性：生物序列中的单词匹配 显示英文标题

标题： Characterising the D2 statistic: word matches in biological sequences

Sylvain Foret, Susan R. Wilson, Conrad J. Burden

评论： 23页，3图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 基因组学 (q-bio.GN) ; 应用 (stat.AP)

[9] arXiv:0909.1411 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 分子振荡在简单遗传振荡系统中的噪声特性 显示英文标题

标题： Noise Characteristics of Molecular Oscillations in Simple Genetic Oscillatory Systems

Byungjoon Min, K.-I. Goh, I.-M. Kim

评论： 7页，6图，小修改，最终发表版本

期刊参考： J. 韩国物理学会 56, 911 (2010)

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[10] arXiv:0909.1442 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 关于遗传密码中误差最小化的一些数学改进 显示英文标题

标题： Some mathematical refinements concerning error minimization in the genetic code

Harry Buhrman, Peter T. S. van der Gulik, Steven M. Kelk, Wouter M. Koolen, Leen Stougie

评论： 与先前版本相比有重大修改。目前正在审阅中

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[11] arXiv:0909.1563 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 泊松神经元模型在缓慢刺激下的发放统计特性 显示英文标题

标题： The firing statistics of Poisson neuron models driven by slow stimuli

Eugenio Urdapilleta, Ines Samengo

评论： 15页，9张图，已被《生物控制论》（Springer）接收

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[12] arXiv:0909.1582 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蜂群在巢址选择中的独立性与相互依赖性：基于代理的模型、分析方法和模式形成 显示英文标题

标题： Independence and interdependence in the nest-site choice by honeybee swarms: agent-based models, analytical approaches and pattern formation

Tobias Galla

评论： 13页，9图；已接受发表于《理论生物学杂志》修订版

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 物理与社会 (physics.soc-ph) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[13] arXiv:0909.1854 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于分组模型的2树混合的可识别性 显示英文标题

标题： Identifiability of 2-tree mixtures for group-based models

Elizabeth S. Allman, Sonja Petrović, John A. Rhodes, Seth Sullivant

评论： 13页，3图；已更新以反映即将发表版本中的小改动，参考文献包含计算的补充材料

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 代数几何 (math.AG)

[14] arXiv:0909.1918 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 细胞内 Ca$^{2+}$振荡在多位点 Ca$^{2+}$结合蛋白存在下的动力学 显示英文标题

标题： Dynamics of intracellular Ca$^{2+}$ oscillations in the presence of multisite Ca$^{2+}$-binding proteins

Roberto Chignola, Alessio Del Fabbro, Edoardo Milotti

评论： 4张图

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[15] arXiv:0909.1935 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 可切换的遗传振荡器在准稳定模式下运行 显示英文标题

标题： Switchable Genetic Oscillator Operating in Quasi-Stable Mode

Natalja Strelkowa, Mauricio Barahona

评论： 24页，5张主要图表

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[16] arXiv:0909.1945 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 具有社区结构的网络免疫化 显示英文标题

标题： Immunization of networks with community structure

Naoki Masuda

评论： 3个图，1个表

期刊参考： 新物理学杂志，11，123018（2009）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 物理与社会 (physics.soc-ph)

[17] arXiv:0909.2321 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： BAK1基因在主动脉和血液组织中的变异更简单的解释 显示英文标题

标题： A Simpler Explanation to BAK1 Gene Variation in Aortic and Blood Tissues

Michel Eduardo Beleza Yamagishi

评论： 2页

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[18] arXiv:0909.2417 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 新型甲型流感 A(H1N1) 的季节性传播潜力和活动高峰：基于人类流动性的蒙特卡洛似然分析 显示英文标题

标题： Seasonal transmission potential and activity peaks of the new influenza A(H1N1): a Monte Carlo likelihood analysis based on human mobility

Duygu Balcan, Hao Hu, Bruno Goncalves, Paolo Bajardi, Chiara Poletto, Jose J Ramasco, Daniela Paolotti, Nicola Perra, Michele Tizzoni, Wouter Van den Broeck, Vittoria Colizza, Alessandro Vespignani

评论： 论文：29页，3图和5表。补充信息：29页，5图和7表。印刷版：http://www.biomedcentral.com/1741-7015/7/45

期刊参考： BMC 医学 2009，7:45

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 物理与社会 (physics.soc-ph)

[19] arXiv:0909.2454 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 多位点突变率的进化约简原则 显示英文标题

标题： An Evolutionary Reduction Principle for Mutation Rates at Multiple Loci

Lee Altenberg

评论： v3：最终修正。v2：修改了标题，重新编写并扩展了引言和讨论部分，增加了推论，关于修饰符多态性的新结果，小幅修正。49页，64篇参考文献

期刊参考： 《数学生物学通报》73：1227-1270（2011）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 谱理论 (math.SP) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[20] arXiv:0909.2521 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 分子信号传导的门控窄逃逸时间 显示英文标题

标题： The Gated Narrow Escape Time for molecular signaling

Juergen Reingruber David Holcman

评论： 6页，5图

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[21] arXiv:0909.2594 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 体外指状突起的形成建模 显示英文标题

标题： Modeling the formation of in vitro filopodia

K.-C. Lee, A. Gopinathan, J. M. Schwarz

评论： 22页，16图

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[22] arXiv:0909.2676 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 生物系统中的相干与非相干光子通信 显示英文标题

标题： Coherent and Noncoherent Photonic Communications in Biological Systems

S.Mayburov

评论： 9页，PIERS-2009会议演讲，2009年8月在莫斯科举行，将发表在论文集上

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[23] arXiv:0909.2682 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 染色体尺度重组率的双参数表征 显示英文标题

标题： Two-Parameter Characterization of Chromosome-Scale Recombination Rate

Wentian Li, Jan Freudenberg

期刊参考： 基因组研究，19：2300-2307（2009）

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[24] arXiv:0909.2685 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 探索使用相图的病例对照遗传关联检验 显示英文标题

标题： Exploring Case-Control Genetic Association Tests Using Phase Diagrams

Wentian Li, Young Ju Suh, Yaning Yang

期刊参考： 计算生物学与化学，32(6):391-399 (2008)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[25] arXiv:0909.2688 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 分形特征在遗传关联研究中的MAX统计分布 显示英文标题

标题： Fractal Characterizations of MAX Statistical Distribution in Genetic Association Studies

Wentian Li, Yaning Yang

期刊参考： 复杂系统进展，12（2009）513-531

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[26] arXiv:0909.2832 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 第一类肽：原始氨基酸与早期蛋白质之间的进化过渡 显示英文标题

标题： The first peptides: the evolutionary transition between prebiotic amino acids and early proteins

Peter van der Gulik, Serge Massar, Dimitri Gilis, Harry Buhrman, Marianne Rooman

评论： 22页，2张图，J. Theor. Biol.（2009）待发表

期刊参考： 《理论生物学杂志》261（2009）531-539

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[27] arXiv:0909.2889 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 对网络动态影响更大的蛋白质进化得更慢，但并不更重要 显示英文标题

标题： Proteins with greater influence on network dynamics evolve more slowly but are not more essential

Ryan N. Gutenkunst

评论： 7页，3图，2表。补充数据和文本可从源代码分发中获得。更改为修复图3的轻微标签错误

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[28] arXiv:0909.2985 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 校准自疏法则 显示英文标题

标题： Calibrating the self-thinning frontier

Jerome K. Vanclay, Peter J. Sands

评论： 拼写错误已更正，缺失的参考文献已添加

期刊参考： 森林生态学与管理 259 (2009) 81-85

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[29] arXiv:0909.3129 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过累积图检测拷贝数变异和拷贝数改变区域 显示英文标题

标题： Copy-number-variation and copy-number-alteration region detection by cumulative plots

Wentian Li, Annette Lee, Peter K Gregersen

期刊参考： BMC 生物信息学，10（增刊1）：S67（2009）

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[30] arXiv:0909.3132 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 偏相关分析表明人类基因组中GC含量、外显子密度和重组率之间存在因果关系 显示英文标题

标题： Partial correlation analysis indicates causal relationships between GC-content, exon density and recombination rate in the human genome

Jan Freudengerb, Mingyi Wang, Yaning Yang, Wentian Li

期刊参考： BMC 生物信息学，10（增刊1），S66（2009）

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[31] arXiv:0909.3506 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 表型遗传和多效性对进化适应的影响 显示英文标题

标题： Impact of Epistasis and Pleiotropy on Evolutionary Adaptation

Bjørn Østman, Arend Hintze, Christoph Adami

评论： 20页，8张图，加10张支持性图

期刊参考： 《皇家学会学报B》 279 (2012) 247-256

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[32] arXiv:0909.3691 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 压缩基因分型 显示英文标题

标题： Compressed Genotyping

Yaniv Erlich, Assaf Gordon, Michael Brand, Gregory J. Hannon, Partha P. Mitra

评论： 提交至《IEEE信息理论汇刊》——分子生物学与神经科学特刊

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[33] arXiv:0909.4015 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 子网络中由化学计量生成元定义的多个正稳态 显示英文标题

标题： Multiple positive steady states in subnetworks defined by stoichiometric generators

Carsten Conradi

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[34] arXiv:0909.4043 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 过度自信的演变 显示英文标题

标题： The Evolution of Overconfidence

Dominic D. P. Johnson, James H. Fowler

评论： 补充信息包含在内

期刊参考： 自然 477，317--320 (2011年9月15日)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[35] arXiv:0909.4158 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 电泳分离在蛋白质组学策略中的优势与局限性 显示英文标题

标题： Power and limitations of electrophoretic separations in proteomics strategies

Thierry Rabilloud (BBSI), Ali R Vaezzadeh, Noelle Potier, Cécile Lelong (BBSI), Emmanuelle Leize-Wagner, Mireille Chevallet (BBSI)

期刊参考： 质谱评论 28，5 (2009) 816-43

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[36] arXiv:0909.4239 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： mRNA 扩散解释了\textit{果蝇}早期发育中的蛋白质梯度 显示英文标题

标题： mRNA diffusion explains protein gradients in \textit{Drosophila} early development

Rui Dilão, Daniele Muraro

评论： 14页，2图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[37] arXiv:0909.4248 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 遗传调控网络中的涌现阈值：果蝇形态发生中的蛋白质模式 显示英文标题

标题： Emergent thresholds in genetic regulatory networks: Protein patterning in Drosophila morphogenesis

Rui Dilão, Daniele Muraro

评论： 28页，9图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[38] arXiv:0909.4380 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 局部稳定性与遗传密码的演变 显示英文标题

标题： Local stability and evolution of the genetic code

V. R. Chechetkin, V.V. Lobzin

评论： 16页，4图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[39] arXiv:0909.4485 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一篇关于 Erik Volz 的论文 [arXiv:0705.2092] 的注记：随机网络中的 SIR 动态 显示英文标题

标题： A note on a paper by Erik Volz [arXiv:0705.2092]: SIR dynamics in random networks

Joel C. Miller

评论： 与早期草稿相比，已简化了分析并重新安排了一些部分。这些公式现在比早期草稿更简单。

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[40] arXiv:0909.4596 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 新的伤害预测与预防的普遍理论 显示英文标题

标题： New Universal Theory of Injury Prediction and Prevention

Vladimir G. Ivancevic

评论： 5页，3图

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[41] arXiv:0909.4702 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 淋巴趋化因子：一种蛋白质如何采用两种折叠形式 显示英文标题

标题： Lymphotactin: how a protein can adopt two folds

Carlo Camilloni, Ludovico Sutto

评论： 14页，4图

期刊参考： J. Chem. Phys. 131 (2009) 245105-245110

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[42] arXiv:0909.4710 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 最大似然和单一受体 显示英文标题

标题： Maximum likelihood and the single receptor

Robert G. Endres, Ned S. Wingreen

评论： 5页，1图；已接受发表于《物理评论快报》

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[43] arXiv:0909.5117 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 冗余变量和格兰杰因果关系 显示英文标题

标题： Redundant variables and Granger causality

L. Angelini, M. de Tommaso, D. Marinazzo, L. Nitti, M. Pellicoro, S. Stramaglia

评论： 4页，5图。已接受发表于《物理评论E》

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[44] arXiv:0909.5125 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 共振激活：对抗细菌持久性的策略 显示英文标题

标题： Resonant activation: a strategy against bacterial persistence

Yan Fu, Meng Zhu, Jianhua Xing

评论： 21页，12图，已提交

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[45] arXiv:0909.0115 (交叉列表自 physics.ao-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 东部边界上升流系统的表层混合和生物活动 显示英文标题

标题： Surface mixing and biological activity in the four Eastern Boundary Upwelling Systems

V. Rossi (1,2), C. Lopez (2), E. Hernandez-Garcia (2), J. Sudre (1), V. Garcon (1), Y. Morel (3) ((1) LEGOS, Toulouse. (2) IFISC, Palma de Mallorca. (3) SHOM, Toulouse)

评论： 12页。关于“海洋和大气流动中的非线性过程”的NPG特刊。开放获取论文，也可在出版商网站上查阅：http://www.nonlin-processes-geophys.net/16/557/2009/

期刊参考： 非线性地球物理过程 16, 557-568 (2009)

主题： 大气与海洋物理 (physics.ao-ph) ; 混沌动力学 (nlin.CD) ; 流体动力学 (physics.flu-dyn) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[46] arXiv:0909.0156 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 脂质膜自由边缘的形状方程与边界条件之间的相容性 显示英文标题

标题： Compatibility between shape equation and boundary conditions of lipid membranes with free edges

Z. C. Tu

评论： 6篇期刊文章，4幅图表

期刊参考： J. Chem. Phys. 132, 084111 (2010)

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 其他凝聚态物理 (cond-mat.other) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[47] arXiv:0909.0392 (交叉列表自 math.NA) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 关于从实验数据校准尺寸结构种群模型 显示英文标题

标题： On the Calibration of a Size-Structured Population Model from Experimental Data

Marie Doumic Jauffret (INRIA Rocquencourt, LJLL), Pedro Maia (UCI), Jorge P. Zubelli (UCI)

期刊参考： 《生物理论学报》58，4 (2010) 405-413

主题： 数值分析 (math.NA) ; 偏微分方程分析 (math.AP) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[48] arXiv:0909.0630 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于肌动蛋白的推进：材料特性与生长过程之间的有趣相互作用 显示英文标题

标题： Actin based propulsion: Intriguing interplay between material properties and growth processes

Karin John, Denis Caillerie, Philippe Peyla, Mourad Ismail, Annie Raoult, Jacques Prost

评论： 16页，14张图，书籍《细胞力学：从单尺度模型到多尺度建模》中的章节

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[49] arXiv:0909.0637 (交叉列表自 math.AP) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 慢性髓性白血病简化但完整的模型的稳定性分析 显示英文标题

标题： Stability Analysis of a Simplified Yet Complete Model for Chronic Myelegenous Leukemia

Marie Doumic Jauffret (INRIA Rocquencourt), Peter S. Kim, Benoît Perthame (INRIA Rocquencourt, LJLL)

期刊参考： 《数学生物学通报》72，7（2010）1732-1759

主题： 偏微分方程分析 (math.AP) ; 数值分析 (math.NA) ; 细胞行为 (q-bio.CB) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[50] arXiv:0909.0638 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 生物医学数据集的中位地形图 显示英文标题

标题： Median topographic maps for biomedical data sets

Barbara Hammer, Alexander Hasenfuß, Fabrice Rossi (LTCI)

期刊参考： 基于相似性的聚类，Villmann, Th.; Biehl, M.; Hammer, B; Verleysen, M. (编) (2009) 92-117

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)