定量生物学

2009年10月 的作者和标题

[1] arXiv:0910.0143 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 复杂形成和解离在大型蛋白质相互作用网络中的生成功能分析 显示英文标题

标题： Generating functional analysis of complex formation and dissociation in large protein interaction networks

A.C.C. Coolen, S. Rabello

评论： 14页，将在京都举行的IW-SMI-2009会议论文集（《物理会议系列》期刊）中发表

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[2] arXiv:0910.0219 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 无性大种群中的进化速度 显示英文标题

标题： The speed of evolution in large asexual populations

Su-Chan Park, Damien Simon, Joachim Krug

评论： 33页，10图

期刊参考： J. Stat. Phys. 138, 381 (2010)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[3] arXiv:0910.0297 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 杂食性既可以增强也可以减弱食物网中的扰动 显示英文标题

标题： Omnivory can both enhance and dampen perturbations in food webs

Iaroslav Ispolatov, Michael Doebeli

评论： 24页，12图

期刊参考： 理论生态学（2011）4：55

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[4] arXiv:0910.0387 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用简单的尺寸结构模型理解森林动态和人工林转换 显示英文标题

标题： Understanding forest dynamics and plantation transformation using a simple size-structured model

Tom Adams (1), Graeme Ackland (1), Glenn Marion (2), Colin Edwards (3) ((1) University of Edinburgh, (2) Biomathematics and Statistics Scotland, (3) Forest Research)

评论： 27页，6图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[5] arXiv:0910.0429 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 关于稀有密码子的聚类及其对翻译的影响 显示英文标题

标题： On the clustering of rare codons and its effect on translation

Lalit Ponnala

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[6] arXiv:0910.0509 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 布尔网络与广义渠道规则的稳定性 显示英文标题

标题： The Stability of Boolean Networks with Generalized Canalizing Rules

Andrew Pomerance, Michelle Girvan, Ed Ott

评论： 20页，3图

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[7] arXiv:0910.0789 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 像素复用用于高速多分辨率荧光成像 显示英文标题

标题： Pixel multiplexing for high-speed multi-resolution fluorescence imaging

Gil Bub, Matthias Tecza, Michiel Helmes, Peter Lee, Peter Kohl

评论： 3页，2图，已提交至《自然方法》

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[8] arXiv:0910.0835 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 模型化细菌鞭毛马达的转矩与速度、散粒噪声和旋转扩散 显示英文标题

标题： Modeling torque versus speed, shot noise, and rotational diffusion of the bacterial flagellar motor

Thierry Mora, Howard Yu, Ned S. Wingreen

期刊参考： 《物理评论快报》103, 248102 (2009)

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[9] arXiv:0910.0977 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白质结构比较中的最大团 显示英文标题

标题： Maximum Cliques in Protein Structure Comparison

Noël Malod-Dognin (INRIA - Irisa), Rumen Andonov (INRIA - Irisa), Nicola Yanev

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[10] arXiv:0910.1068 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 空间生态模型中的灾难性相变和早期预警 显示英文标题

标题： Catastrophic Phase Transitions and Early Warnings in a Spatial Ecological Model

Ariel Fernandez, Hugo Fort

期刊参考： J. 统计力学 (2009) P09014

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[11] arXiv:0910.1167 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用快速组LARS的多个aCGH轮廓联合分割 显示英文标题

标题： Joint segmentation of many aCGH profiles using fast group LARS

Kevin Bleakley (CBIO), Jean-Philippe Vert (CBIO)

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[12] arXiv:0910.1178 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 关于（薛定谔的）寻找生命新物理的探索 显示英文标题

标题： On (Schröedinger's) quest for new physics for life

Alfredo Iorio

评论： 9页，5页，第四届国际研讨会DICE2008

期刊参考： 物理学期刊：会议系列 174 (2009) 012036

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[13] arXiv:0910.1219 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 延迟在生物系统延迟随机模拟中的解释 显示英文标题

标题： On the Interpretation of Delays in Delay Stochastic Simulation of Biological Systems

Roberto Barbuti (University of Pisa), Giulio Caravagna (University of Pisa), Paolo Milazzo (University of Pisa), Andrea Maggiolo-Schettini (University of Pisa)

期刊参考： EPTCS 6，2009年，第17-29页

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE)

[14] arXiv:0910.1415 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 对细菌趋化性中随机波动和鞭毛数量之间联合相互作用的研究 显示英文标题

标题： A study on the combined interplay between stochastic fluctuations and the number of flagella in bacterial chemotaxis

Daniela Besozzi, Paolo Cazzaniga, Matteo Dugo, Dario Pescini, Giancarlo Mauri

期刊参考： EPTCS 6，2009年，第47-62页

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE)

[15] arXiv:0910.1418 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 用SCLS模拟铵转运蛋白 显示英文标题

标题： Modelling an Ammonium Transporter with SCLS

Mario Coppo (Dipartimento di Informatica, Universitá di Torino), Ferruccio Damiani (Dipartimento di Informatica, Universitá di Torino), Elena Grassi (Molecular Biotechnology Center, Dipartimento di Genetica, Biologia e Biochimica and Dipartimento di Informatica, Universitá di Torino), Mike Guether (Dipartimento di Biologia Vegetale, Università di Torino), Angelo Troina (Dipartimento di Informatica, Universitá di Torino)

期刊参考： EPTCS 6，2009年，第77-92页

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[16] arXiv:0910.1577 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 分级响应到二元响应在激活子-抑制子系统中的转换 显示英文标题

标题： Conversion of graded to binary response in an activator-repressor system

Rajesh Karmakar

评论： 12页，已接受发表于《物理评论E》

期刊参考： 物理评论E 81, 021905 (2010)

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[17] arXiv:0910.1637 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用小RNA量化mRNA的合成和降解速率 显示英文标题

标题： Quantifying mRNA synthesis and decay rates using small RNAs

Vlad Elgart, Tao Jia, Rahul Kulkarni

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 分子网络 (q-bio.MN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[18] arXiv:0910.1736 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 富含精氨酸的肽破坏细胞膜，与细胞穿透肽的孔形成转位机制一致 显示英文标题

标题： Arginine-rich peptides destabilize the plasma membrane, consistent with a pore formation translocation mechanism of cell penetrating peptides

H. D. Herce, A. E. Garcia, J. Litt, R. S. Kane, P. Martin, N. Enrique, A. Rebolledo, V. Milesi

评论： 这是已发表文稿的扩展版本，在出版前必须缩短以符合期刊要求的页数。

期刊参考： 生物物理杂志，第97卷，第7期，2009年10月7日，第1917-1925页

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[19] arXiv:0910.1830 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 广义 Buneman 剪枝用于推断最简约多状态系统发育树 显示英文标题

标题： Generalized Buneman pruning for inferring the most parsimonious multi-state phylogeny

Navodit Misra, Guy Blelloch, R. Ravi, Russell Schwartz

评论： 15页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[20] arXiv:0910.1892 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 菲尔德曼-卡尔林关于进化系统中平衡点最大数量的猜想证明 显示英文标题

标题： Proof of the Feldman-Karlin Conjecture on the Maximum Number of Equilibria in an Evolutionary System

Lee Altenberg

评论： 9页，1图；v.4：最终的小修订，更正，增加内容；v.3：将定理扩展以涵盖所有情况，从而不需要v.2中可约/不可约的区别；增加了以下内容：对Lyubich（1992）的讨论，达到上限的例子，以及同伦延续方法

期刊参考： 理论人口生物学，第77卷，第4期，2010年6月，第263-269页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 代数几何 (math.AG)

[21] arXiv:0910.1916 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 病毒衣壳自组装的建模 显示英文标题

标题： Modelling the Self-Assembly of Virus Capsids

Iain G. Johnston, Ard A. Louis, Jonathan P. K. Doye

评论： 16页，11图

期刊参考： J. Phys.: 凝聚态物质 22 104101 (2010)

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[22] arXiv:0910.1949 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 该假设认为腔棘鱼是四足动物最近的现存亲属3被基于三种基因组规模的方法所拒绝 显示英文标题

标题： The hypothesis that coelacanth is the closest living relative of tetrapods 3 was rejected based on three genome-scale approaches

Yunfeng Shan, Xiu-Qing Li, Robin Gras

评论： 27页，2图和3表

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[23] arXiv:0910.1951 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于基因组规模的方法证明，在共祖模型下，肺鱼-腔棘鱼姐妹群是四足动物最近的现存亲属，使用贝叶斯方法。 显示英文标题

标题： Genome-scale approach proofs that the lungfish-coelacanth sister group is the closest living relative of tetrapods with Bayesian method under coalescence model

Yunfeng Shan, Robin Gras

评论： 1页，0图和0表

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[24] arXiv:0910.1953 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基因支持 最大基因支持树方法用于物种系统发育推断 显示英文标题

标题： GeneSupport Maximum Gene-Support Tree Approach to Species Phylogeny Inference

Yunfeng Shan, Xiu-Qing Li

评论： 应用说明

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[25] arXiv:0910.2008 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 过去流行病对未来疾病动态的影响 显示英文标题

标题： The Impact of Past Epidemics on Future Disease Dynamics

Shweta Bansal, Lauren Ancel Meyers

期刊参考： 《理论生物学杂志》，第309卷，2012年9月21日，第176-184页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 定量方法 (q-bio.QM)