定量生物学

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2025年10月21日， 星期二 (展示 首先 31 之 25 条目 )

[1] arXiv:2510.17593 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 吸引子网络中虚假重叠导致的容量悖论性增加 显示英文标题

标题： Paradoxical increase of capacity due to spurious overlaps in attractor networks

Marco Benedetti, Nicolas Brunel, Enzo Marinari, Ulises Pereira Obilinovic

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[2] arXiv:2510.17554 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 孟德尔随机化在多族裔世界中的应用：反思与实用建议 显示英文标题

标题： Mendelian randomization in a multi-ancestry world: reflections and practical advice

Amy M. Mason, Verena Zuber, Gibran Hemani, Elena Raffetti, Yu Xu, Amanda H.W Chong, Benjamin Woolf, Elias Allara, Dipender Gill, Opeyemi Soremekun, Stephen Burgess

评论： 20页，2图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 其他统计 (stat.OT)

[3] arXiv:2510.17492 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 无强外部电流下的自维持平衡状态理论 显示英文标题

标题： A theory for self-sustained balanced states in absence of strong external currents

David Angulo-Garcia, Alessandro Torcini

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 混沌动力学 (nlin.CD) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[4] arXiv:2510.17273 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 一种使用扩散映射研究创伤性脑损伤丘脑连接性的纤维追踪分析框架 显示英文标题

标题： A Tractography Analysis Framework Using Diffusion Maps to Study Thalamic Connectivity in Traumatic Brain Injury

Akul Sharma, Anand A. Joshi, Richard M. Leahy

评论： 评论：6页，1图。提交并被接受至IEEE医学与生物学工程会议（EMBC）2025

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[5] arXiv:2510.17154 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 一种感知抑制与视觉竞争中突破的最小定量模型 显示英文标题

标题： A Minimal Quantitative Model of Perceptual Suppression and Breakthrough in Visual Rivalry

Christopher J. Whyte, Hugh R. Wilson, Shay Tobin, Brandon R. Munn, Shervin Safavi, Eli J. Muller, Jayson Jeganathan, Matt Davidson, James M. Shine, David Alais

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[6] arXiv:2510.17016 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 伏击策略影响石头剪刀布模型中物种的主导性和共存 显示英文标题

标题： Ambush strategy impacts species predominance and coexistence in rock-paper-scissors models

J. Menezes, R. Barbalho

评论： 7页，6图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 模式形成与孤子 (nlin.PS) ; 应用物理 (physics.app-ph) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[7] arXiv:2510.16942 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 女性膝关节骨性关节炎步态中垂直地面反作用力波形平坦化 显示英文标题

标题： Vertical Ground Reaction Forces Waveform Flattening during Gait in Women with Knee Osteoarthritis

Georgios Bouchouras, Georgios Sofianidis, Syragoula Charisi, Charalampos Pavlopoulos, Vassilia Hatzitaki, Efthimios Samoladas

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[8] arXiv:2510.16536 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于大型语言模型的SNP变异和心电图表型的少标签多模态建模用于心血管风险分层 显示英文标题

标题： Few-Label Multimodal Modeling of SNP Variants and ECG Phenotypes Using Large Language Models for Cardiovascular Risk Stratification

Niranjana Arun Menon, Yulong Li, Iqra Farooq, Sara Ahmed, Muhammad Awais, Imran Razzak

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG)

[9] arXiv:2510.16510 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： CryoDyna：具有物理感知神经网络的冷冻电镜大分子动力学多尺度端到端建模 显示英文标题

标题： CryoDyna: Multiscale end-to-end modeling of cryo-EM macromolecule dynamics with physics-aware neural network

Chengwei Zhang, Shimian Li, Yihao Niu, Zhen Zhu, Sihao Yuan, Sirui Liu, Yi Qin Gao

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[10] arXiv:2510.16216 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过到覆盖空间的路径提升进行网格细胞活动的拓扑解码 显示英文标题

标题： Topological decoding of grid cell activity via path lifting to covering spaces

Yuxing Jared Yao, Iris H.R. Yoon

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[11] arXiv:2510.16130 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： BASIN：具有空间和稀疏性先验的非负分解中的贝叶斯矩阵变异正态模型 显示英文标题

标题： BASIN: Bayesian mAtrix variate normal model with Spatial and sparsIty priors in Non-negative deconvolution

Jiasen Zhang, Xi Qiao, Liangliang Zhang, Weihong Guo

评论： 26页，12图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 计算 (stat.CO)

[12] arXiv:2510.16093 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 利用核机器回归识别肺癌药物靶点的多组学相互作用 显示英文标题

标题： Identifying multi-omics interactions for lung cancer drug targets discovery using Kernel Machine Regression

Md. Imtyaz Ahmed, Md. Delwar Hossain, Md Mostafizer Rahman, Md. Ahsan Habib, Md. Mamunur Rashid, Md. Selim Reza, Md Ashad Alam

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 机器学习 (cs.LG)

[13] arXiv:2510.16082 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于大语言模型的可解释RNA-Seq聚类方法，采用代理证据基础框架 显示英文标题

标题： Interpretable RNA-Seq Clustering with an LLM-Based Agentic Evidence-Grounded Framework

Elias Hossain, Mehrdad Shoeibi, Ivan Garibay, Niloofar Yousefi

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG)

[14] arXiv:2510.16080 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： TriAgent：基于大语言模型多智能体协作的急性护理分诊深度研究基础自动化生物标志物发现 显示英文标题

标题： TriAgent: Automated Biomarker Discovery with Deep Research Grounding for Triage in Acute Care by LLM-Based Multi-Agent Collaboration

Kerem Delikoyun, Qianyu Chen, Win Sen Kuan, John Tshon Yit Soong, Matthew Edward Cove, Oliver Hayden

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 人工智能 (cs.AI)

[15] arXiv:2510.16013 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： AGNES：自适应图神经网络和动态规划混合框架用于实时纳米孔种子链式反应 显示英文标题

标题： AGNES: Adaptive Graph Neural Network and Dynamic Programming Hybrid Framework for Real-Time Nanopore Seed Chaining

Jahidul Arafat, Sanjaya Poudel, Fariha Tasmin, Md Kaosar Uddin, Eftakhar Ahmed Arnob

评论： 31页，12图，6表。提交至ACM生物信息学、计算生物学和健康信息学会议（ACM-BCB）。包含全面的评估，统计验证，消融研究和开源实现

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 机器学习 (cs.LG)

[16] arXiv:2510.15939 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： AlphaFold3中在生物过程残基中存在无序的固有无序蛋白质中的幻觉 显示英文标题

标题： Hallucinations in AlphaFold3 for Intrinsically Disordered Proteins with disorder in Biological Process Residues

Shreya Gopalan, Sundar Narayanan

评论： 10页

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[17] arXiv:2510.17754 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 波浪基底上上皮的厚度：测量与连续模型 显示英文标题

标题： Thickness of epithelia on wavy substrates: measurements and continuous models

Nicolas Harmand, Julien Dervaux, Christophe Poulard, Sylvie Hénon

期刊参考： 欧洲物理杂志E（2022）45:53

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[18] arXiv:2510.17701 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 活性凝胶在波浪膜上的曲率不稳定性 显示英文标题

标题： Curvature instability of an active gel growing on a wavy membrane

Kristiana Mihali, Dennis Wörthmüller, Pierre Sens

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[19] arXiv:2510.17187 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 使用加权集合采样的机器学习分子动力学标准化基准 显示英文标题

标题： A Standardized Benchmark for Machine-Learned Molecular Dynamics using Weighted Ensemble Sampling

Alexander Aghili, Andy Bruce, Daniel Sabo, Sanya Murdeshwar, Kevin Bachelor, Ionut Mistreanu, Ashwin Lokapally, Razvan Marinescu

评论： 37页（正文），10幅图，已提交至《物理化学杂志B》

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[20] arXiv:2510.16824 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： ProtoMol：通过原型引导的多模态学习增强分子属性预测 显示英文标题

标题： ProtoMol: Enhancing Molecular Property Prediction via Prototype-Guided Multimodal Learning

Yingxu Wang, Kunyu Zhang, Jiaxin Huang, Nan Yin, Siwei Liu, Eran Segal

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[21] arXiv:2510.16674 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 用PUMBA评估蛋白质结合界面 显示英文标题

标题： Evaluating protein binding interfaces with PUMBA

Azam Shirali, Giri Narasimhan

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[22] arXiv:2510.16656 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 无需仿真的随机动力学结构学习 显示英文标题

标题： Simulation-free Structure Learning for Stochastic Dynamics

Noah El Rimawi-Fine, Adam Stecklov, Lucas Nelson, Mathieu Blanchette, Alexander Tong, Stephen Y. Zhang, Lazar Atanackovic

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[23] arXiv:2510.16612 (交叉列表自 stat.ML) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 使用生成库模型在大规模屏幕上进行加速学习 显示英文标题

标题： Accelerated Learning on Large Scale Screens using Generative Library Models

Eli N. Weinstein, Andrei Slabodkin, Mattia G. Gollub, Elizabeth B. Wood

主题： 机器学习 (stat.ML) ; 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[24] arXiv:2510.16590 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 原子锚定的大型语言模型讲述化学：逆合成演示 显示英文标题

标题： Atom-anchored LLMs speak Chemistry: A Retrosynthesis Demonstration

Alan Kai Hassen, Andrius Bernatavicius, Antonius P. A. Janssen, Mike Preuss, Gerard J. P. van Westen, Djork-Arné Clevert

评论： 艾伦·凯·哈森和安德里乌斯·伯纳塔维丘斯对本研究的贡献相同

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[25] arXiv:2510.16347 (交叉列表自 eess.IV) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用磁共振成像和增强现实的计算机导航脊柱手术 显示英文标题

标题： Computer Navigated Spinal Surgery Using Magnetic Resonance Imaging and Augmented Reality

Songyuan Lu, Jingwen Hui, Jake Weeks, David B. Berry, Fanny Chapelin, Frank Talke

主题： 图像与视频处理 (eess.IV) ; 定量方法 (q-bio.QM)