定量生物学

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2025年07月18日， 星期五 (展示 16 之 16 条目 )

[1] arXiv:2507.13253 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 生命找到一条路：自适应阈值网络中合作结构的出现 显示英文标题

标题： Life Finds A Way: Emergence of Cooperative Structures in Adaptive Threshold Networks

Sean P. Maley, Carlos Gershenson, Stuart A. Kauffman

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 社会与信息网络 (cs.SI)

[2] arXiv:2507.13077 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 蛋白质语言模型的持续领域特定预训练用于pMHC-I结合预测 显示英文标题

标题： Continued domain-specific pre-training of protein language models for pMHC-I binding prediction

Sergio E. Mares, Ariel Espinoza Weinberger, Nilah M. Ioannidis

评论： 被第20届机器学习在计算生物学（MLCB）会议收录 《机器学习研究会议论文集》

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[3] arXiv:2507.12966 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于异构数据源的疫情预测模型研究：一项为期两年的新冠疫情研究 显示英文标题

标题： Investigating Forecasting Models for Pandemic Infections Using Heterogeneous Data Sources: A 2-year Study with COVID-19

Zacharias Komodromos, Kleanthis Malialis, Panayiotis Kolios

评论： 关键词：流行病学，大流行预测，新冠疫情，感染，机器学习 被接受：IEEE 计算智能在生物信息学和计算生物学会议（CIBCB）2025

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 机器学习 (cs.LG)

[4] arXiv:2507.12915 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 检测营养盐-浮游植物-浮游动物系统的最可能转变现象 显示英文标题

标题： Detecting the most probable transition phenomenon of a nutrient-phytoplankton-zooplankton system

Hui Wang, Ying Wang, Xi Chen

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 动力系统 (math.DS)

[5] arXiv:2507.12858 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过循环神经网络中的互信息优化出现功能分化结构 显示英文标题

标题： Emergence of Functionally Differentiated Structures via Mutual Information Optimization in Recurrent Neural Networks

Yuki Tomoda, Ichiro Tsuda, Yutaka Yamaguti

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO)

[6] arXiv:2507.12625 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 脑中情感的映射：一种可解释深度学习的双半球神经模型 显示英文标题

标题： Mapping Emotions in the Brain: A Bi-Hemispheric Neural Model with Explainable Deep Learning

David Freire-Obregón, Agnieszka Dubiel, Prasoon Kumar Vinodkumar, Gholamreza Anbarjafari, Dorota Kamińska, Modesto Castrillón-Santana

评论： 已被23届国际图像分析与处理会议（ICIAP 2025）的神经启发人工智能研讨会接受

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 人机交互 (cs.HC) ; 信号处理 (eess.SP)

[7] arXiv:2507.12567 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用标准和振荡邻域SOM神经网络的神经发育障碍的认知建模方面 显示英文标题

标题： Cognitive Modelling Aspects of Neurodevelopmental Disorders Using Standard and Oscillating Neighbourhood SOM Neural Networks

Spyridon Revithis, Nadine Marcus

评论： 32页，11幅图，1张表。本文是Revithis, S., Wilson, W. H., 和 Marcus, N. "使用振荡拓扑邻域宽度函数的SOM认知建模：自闭症和精神分裂症特征" 的实质性修订和扩展版本。载于第35届认知科学学会年会论文集，M. Knauff, M. Pauen, N. Sebanz 和 I. Wachsmuth 编，CSS，2013年

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 神经与进化计算 (cs.NE)

[8] arXiv:2507.12500 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： GLOMIA-Pro：一种可推广的纵向医学图像分析框架用于疾病进展预测 显示英文标题

标题： GLOMIA-Pro: A Generalizable Longitudinal Medical Image Analysis Framework for Disease Progression Prediction

Shuaitong Zhang, Yuchen Sun, Yong Ao, Xuehuan Zhang, Ruoshui Yang, Jiantao Xu, Zuwu Ai, Haike Zhang, Xiang Yang, Yao Xu, Kunwei Li, Duanduan Chen

评论： 此作品已提交给IEEE以供可能发表

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 图像与视频处理 (eess.IV)

[9] arXiv:2507.12473 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通用大脑模块：基于微型柱假设的神经网络中的模块重复 显示英文标题

标题： The Generalist Brain Module: Module Repetition in Neural Networks in Light of the Minicolumn Hypothesis

Mia-Katrin Kvalsund, Mikkel Elle Lepperød

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 机器学习 (cs.LG) ; 神经与进化计算 (cs.NE)

[10] arXiv:2507.13330 (交叉列表自 math.AP) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 血管模型的层次结构，第二部分：3D-3D 到 3D-1D 和 1D 显示英文标题

标题： A hierarchy of blood vessel models, Part II: 3D-3D to 3D-1D and 1D

Laurel Ohm, Sarah Strikwerda

主题： 偏微分方程分析 (math.AP) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 流体动力学 (physics.flu-dyn) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[11] arXiv:2507.13316 (交叉列表自 math.AP) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 血管模型的层次结构，第一部分：三维一维到一维 显示英文标题

标题： A hierarchy of blood vessel models, Part I: 3D-1D to 1D

Laurel Ohm, Sarah Strikwerda

主题： 偏微分方程分析 (math.AP) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 流体动力学 (physics.flu-dyn) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[12] arXiv:2507.13310 (交叉列表自 physics.soc-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 在线参与对线下抗议的溢出效应建模：网络上的随机动力学和平均场近似 显示英文标题

标题： Modelling the spillover from online engagement to offline protest: stochastic dynamics and mean-field approximations on networks

Moyi Tian, P. Jeffrey Brantingham, Nancy Rodríguez

评论： 44页，33图

主题： 物理与社会 (physics.soc-ph) ; 社会与信息网络 (cs.SI) ; 动力系统 (math.DS) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[13] arXiv:2507.13176 (交叉列表自 eess.SP) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 利用深度迁移学习和压缩感知分离共现细胞事件 显示英文标题

标题： Disentangling coincident cell events using deep transfer learning and compressive sensing

Moritz Leuthner, Rafael Vorländer, Oliver Hayden

主题： 信号处理 (eess.SP) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[14] arXiv:2507.12699 (交叉列表自 cs.DS) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 计算和界定非热化学系统的平衡浓度 显示英文标题

标题： Computing and Bounding Equilibrium Concentrations in Athermic Chemical Systems

Hamidreza Akef, Minki Hhan, David Soloveichik

评论： 将发表于DNA31（第31届国际DNA计算与分子编程会议）

主题： 数据结构与算法 (cs.DS) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[15] arXiv:2507.12679 (交叉列表自 cs.CL) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用大型语言模型改进过量用药死亡监测中的药物识别 显示英文标题

标题： Improving Drug Identification in Overdose Death Surveillance using Large Language Models

Arthur J. Funnell, Panayiotis Petousis, Fabrice Harel-Canada, Ruby Romero, Alex A. T. Bui, Adam Koncsol, Hritika Chaturvedi, Chelsea Shover, David Goodman-Meza

评论： 30页，1图，4表，2个补充图，4个补充表，提交至《法医科学杂志》（JFS）

主题： 计算与语言 (cs.CL) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[16] arXiv:2507.12574 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： Assay2Mol：基于大语言模型的药物设计使用BioAssay上下文 显示英文标题

标题： Assay2Mol: large language model-based drug design using BioAssay context

Yifan Deng, Spencer S. Ericksen, Anthony Gitter

评论： 23页，10图

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 定量方法 (q-bio.QM)

2025年07月17日， 星期四 (展示 首先 19 之 9 条目 )

[17] arXiv:2507.12417 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 在通过非侵入性脑机接口观看自我中心视频时自发的空间认知出现 显示英文标题

标题： Spontaneous Spatial Cognition Emerges during Egocentric Video Viewing through Non-invasive BCI

Weichen Dai, Yuxuan Huang, Li Zhu, Dongjun Liu, Yu Zhang, Qibin Zhao, Andrzej Cichocki, Fabio Babiloni, Ke Li, Jianyu Qiu, Gangyong Jia, Wanzeng Kong, Qing Wu

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 信号处理 (eess.SP)

[18] arXiv:2507.12395 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 转录调控的不变非平衡动力学优化信息流 显示英文标题

标题： Invariant non-equilibrium dynamics of transcriptional regulation optimize information flow

Benjamin Zoller, Alexis Bénichou, Thomas Gregor, Gašper Tkačik

评论： 13页，4图，10个补充材料图

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[19] arXiv:2507.12263 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于EEG融合的数字孪生脑在虚拟场景中的自动驾驶 显示英文标题

标题： EEG-fused Digital Twin Brain for Autonomous Driving in Virtual Scenarios

Yubo Hou, Zhengxin Zhang, Ziyi Wang, Wenlian Lu, Jianfeng Feng, Taiping Zeng

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[20] arXiv:2507.11950 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： RNAMunin：一种用于非编码RNA发现的深度机器学习模型 显示英文标题

标题： RNAMunin: A Deep Machine Learning Model for Non-coding RNA Discovery

Lauren Lui, Torben Nielsen

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 机器学习 (cs.LG)

[21] arXiv:2507.11896 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 城市登革热与空间依赖性：结合里约热内卢贫民窟数据的SAR模型 显示英文标题

标题： Urban Dengue and Spatial Dependence: A SAR Model Incorporating Favela Data in Recife, Brazil

Marcílio Ferreira dos Santos, Andreza dos Santos Rodrigues de Melo

评论： 32页，8图

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[22] arXiv:2507.11592 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 蜂群运动动力学中的临界相变可以使用二维细胞自动机进行建模 显示英文标题

标题： A critical phase transition in bee movement dynamics can be modeled using a 2D cellular automata

Ivan Shpurov, Tom Froese

评论： 10页，7图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 细胞自动机与格子气体 (nlin.CG)

[23] arXiv:2507.11588 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： SToFM：空间转录组学的多尺度基础模型 显示英文标题

标题： SToFM: a Multi-scale Foundation Model for Spatial Transcriptomics

Suyuan Zhao, Yizhen Luo, Ganbo Yang, Yan Zhong, Hao Zhou, Zaiqing Nie

评论： 被ICML 2024接受

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG)

[24] arXiv:2507.11578 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 有机肥料和纳米钙喷雾对品种waziri无花果果实生长、产量和贮藏特性的影响 显示英文标题

标题： Effect of organic fertilizer and nano calcium spray on growth, yield and storage characteristics of fig fruits cv. waziri

Aram Sabir Ahmed

评论： 硕士论文

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[25] arXiv:2507.12464 (交叉列表自 cs.CV) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： CytoSAE：用于血液学的可解释细胞嵌入 显示英文标题

标题： CytoSAE: Interpretable Cell Embeddings for Hematology

Muhammed Furkan Dasdelen, Hyesu Lim, Michele Buck, Katharina S. Götze, Carsten Marr, Steffen Schneider

评论： 11页，5图

主题： 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)