定量生物学

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2025年07月18日， 星期五 (继续， 展示 最后 16 之 4 条目 )

[51] arXiv:2507.13176 (交叉列表自 eess.SP) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 利用深度迁移学习和压缩感知分离共现细胞事件 显示英文标题

标题： Disentangling coincident cell events using deep transfer learning and compressive sensing

Moritz Leuthner, Rafael Vorländer, Oliver Hayden

主题： 信号处理 (eess.SP) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[52] arXiv:2507.12699 (交叉列表自 cs.DS) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 计算和界定非热化学系统的平衡浓度 显示英文标题

标题： Computing and Bounding Equilibrium Concentrations in Athermic Chemical Systems

Hamidreza Akef, Minki Hhan, David Soloveichik

评论： 将发表于DNA31（第31届国际DNA计算与分子编程会议）

主题： 数据结构与算法 (cs.DS) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[53] arXiv:2507.12679 (交叉列表自 cs.CL) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用大型语言模型改进过量用药死亡监测中的药物识别 显示英文标题

标题： Improving Drug Identification in Overdose Death Surveillance using Large Language Models

Arthur J. Funnell, Panayiotis Petousis, Fabrice Harel-Canada, Ruby Romero, Alex A. T. Bui, Adam Koncsol, Hritika Chaturvedi, Chelsea Shover, David Goodman-Meza

评论： 30页，1图，4表，2个补充图，4个补充表，提交至《法医科学杂志》（JFS）

主题： 计算与语言 (cs.CL) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[54] arXiv:2507.12574 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： Assay2Mol：基于大语言模型的药物设计使用BioAssay上下文 显示英文标题

标题： Assay2Mol: large language model-based drug design using BioAssay context

Yifan Deng, Spencer S. Ericksen, Anthony Gitter

评论： 23页，10图

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 定量方法 (q-bio.QM)

2025年07月17日， 星期四 (展示 19 之 19 条目 )

[55] arXiv:2507.12417 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 在通过非侵入性脑机接口观看自我中心视频时自发的空间认知出现 显示英文标题

标题： Spontaneous Spatial Cognition Emerges during Egocentric Video Viewing through Non-invasive BCI

Weichen Dai, Yuxuan Huang, Li Zhu, Dongjun Liu, Yu Zhang, Qibin Zhao, Andrzej Cichocki, Fabio Babiloni, Ke Li, Jianyu Qiu, Gangyong Jia, Wanzeng Kong, Qing Wu

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 信号处理 (eess.SP)

[56] arXiv:2507.12395 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 转录调控的不变非平衡动力学优化信息流 显示英文标题

标题： Invariant non-equilibrium dynamics of transcriptional regulation optimize information flow

Benjamin Zoller, Alexis Bénichou, Thomas Gregor, Gašper Tkačik

评论： 13页，4图，10个补充材料图

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[57] arXiv:2507.12263 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于EEG融合的数字孪生脑在虚拟场景中的自动驾驶 显示英文标题

标题： EEG-fused Digital Twin Brain for Autonomous Driving in Virtual Scenarios

Yubo Hou, Zhengxin Zhang, Ziyi Wang, Wenlian Lu, Jianfeng Feng, Taiping Zeng

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[58] arXiv:2507.11950 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： RNAMunin：一种用于非编码RNA发现的深度机器学习模型 显示英文标题

标题： RNAMunin: A Deep Machine Learning Model for Non-coding RNA Discovery

Lauren Lui, Torben Nielsen

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 机器学习 (cs.LG)

[59] arXiv:2507.11896 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 城市登革热与空间依赖性：结合里约热内卢贫民窟数据的SAR模型 显示英文标题

标题： Urban Dengue and Spatial Dependence: A SAR Model Incorporating Favela Data in Recife, Brazil

Marcílio Ferreira dos Santos, Andreza dos Santos Rodrigues de Melo

评论： 32页，8图

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[60] arXiv:2507.11592 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 蜂群运动动力学中的临界相变可以使用二维细胞自动机进行建模 显示英文标题

标题： A critical phase transition in bee movement dynamics can be modeled using a 2D cellular automata

Ivan Shpurov, Tom Froese

评论： 10页，7图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 细胞自动机与格子气体 (nlin.CG)

[61] arXiv:2507.11588 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： SToFM：空间转录组学的多尺度基础模型 显示英文标题

标题： SToFM: a Multi-scale Foundation Model for Spatial Transcriptomics

Suyuan Zhao, Yizhen Luo, Ganbo Yang, Yan Zhong, Hao Zhou, Zaiqing Nie

评论： 被ICML 2024接受

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG)

[62] arXiv:2507.11578 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 有机肥料和纳米钙喷雾对品种waziri无花果果实生长、产量和贮藏特性的影响 显示英文标题

标题： Effect of organic fertilizer and nano calcium spray on growth, yield and storage characteristics of fig fruits cv. waziri

Aram Sabir Ahmed

评论： 硕士论文

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[63] arXiv:2507.12464 (交叉列表自 cs.CV) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： CytoSAE：用于血液学的可解释细胞嵌入 显示英文标题

标题： CytoSAE: Interpretable Cell Embeddings for Hematology

Muhammed Furkan Dasdelen, Hyesu Lim, Michele Buck, Katharina S. Götze, Carsten Marr, Steffen Schneider

评论： 11页，5图

主题： 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[64] arXiv:2507.12347 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 阈值感知在黏菌中产生最佳路径形成——但这种真菌并不知道 显示英文标题

标题： Threshold sensing yields optimal path formation in Physarum polycephalum -- but the mould does not know

Daniele Proverbio, Giulia Giordano

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[65] arXiv:2507.12312 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 当$B_2$不够时：评估简单指标预测内在无序蛋白质相分离的能力 显示英文标题

标题： When $B_2$ is Not Enough: Evaluating Simple Metrics for Predicting Phase Separation of Intrinsically Disordered Proteins

Wesley W. Oliver, William M. Jacobs, Michael A. Webb

评论： 46页，7图，支持信息

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[66] arXiv:2507.11972 (交叉列表自 cs.CL) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于大型语言模型和眼动生物标志的阅读理解分析图表示 显示英文标题

标题： Graph Representations for Reading Comprehension Analysis using Large Language Model and Eye-Tracking Biomarker

Yuhong Zhang, Jialu Li, Shilai Yang, Yuchen Xu, Gert Cauwenberghs, Tzyy-Ping Jung

主题： 计算与语言 (cs.CL) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[67] arXiv:2507.11958 (交叉列表自 math.DS) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 相互作用的宿主与微生物组交换：离散相互作用的元群落理论扩展 显示英文标题

标题： Interacting Hosts with Microbiome Exchange: An Extension of Metacommunity Theory for Discrete Interactions

Michael Johnson, Mason A. Porter

评论： 55页

主题： 动力系统 (math.DS) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[68] arXiv:2507.11848 (交叉列表自 cs.HC) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 交互式参数双投影杂交水稻育种 显示英文标题

标题： Interactive Hybrid Rice Breeding with Parametric Dual Projection

Changjian Chen, Pengcheng Wang, Fei Lyu, Zhuo Tang, Li Yang, Long Wang, Yong Cai, Feng Yu, Kenli Li

主题： 人机交互 (cs.HC) ; 人工智能 (cs.AI) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[69] arXiv:2507.11839 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： Protenix-Mini：通过紧凑架构、少步扩散和可切换pLM的高效结构预测器 显示英文标题

标题： Protenix-Mini: Efficient Structure Predictor via Compact Architecture, Few-Step Diffusion and Switchable pLM

Chengyue Gong, Xinshi Chen, Yuxuan Zhang, Yuxuan Song, Hao Zhou, Wenzhi Xiao

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[70] arXiv:2507.11789 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 在单细胞VAEs中强制潜在欧几里得几何用于流形插值 显示英文标题

标题： Enforcing Latent Euclidean Geometry in Single-Cell VAEs for Manifold Interpolation

Alessandro Palma, Sergei Rybakov, Leon Hetzel, Stephan Günnemann, Fabian J. Theis

评论： 31页，14图

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[71] arXiv:2507.11783 (交叉列表自 eess.SP) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 脑信号的基础模型：当前进展与未来方向的批判性综述 显示英文标题

标题： Foundation Models for Brain Signals: A Critical Review of Current Progress and Future Directions

Gayal Kuruppu, Neeraj Wagh, Yogatheesan Varatharajah

评论： 20页，5图，2表

主题： 信号处理 (eess.SP) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[72] arXiv:2507.11757 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 图中图学习框架用于药物-靶点相互作用预测 显示英文标题

标题： A Graph-in-Graph Learning Framework for Drug-Target Interaction Prediction

Yuehua Song, Yong Gao

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[73] arXiv:2507.11660 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： STAGED：用于学习细胞相互作用动力学的多智能体神经网络 显示英文标题

标题： STAGED: A Multi-Agent Neural Network for Learning Cellular Interaction Dynamics

Joao F. Rocha, Ke Xu, Xingzhi Sun, Ananya Krishna, Dhananjay Bhaskar, Blanche Mongeon, Morgan Craig, Mark Gerstein, Smita Krishnaswamy

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 多智能体系统 (cs.MA) ; 定量方法 (q-bio.QM)

2025年07月16日， 星期三 (展示 首先 16 之 2 条目 )

[74] arXiv:2507.11254 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于系统发生树的顺序相关性差异度量 显示英文标题

标题： Order-Dependent Dissimilarity Measures on Phylogenetic Trees

Simone Linz, Katherine St. John, Charles Semple, Kristina Wicke

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 组合数学 (math.CO)

[75] arXiv:2507.11176 (交叉列表自 physics.soc-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种可解释的人工智能框架，量化传统中医原则以增强并与现代生物医学整合 显示英文标题

标题： An Interpretable AI framework Quantifying Traditional Chinese Medicine Principles Towards Enhancing and Integrating with Modern Biomedicine

Haoran Li, Xingye Cheng, Ziyang Huang, Jingyuan Luo, Qianqian Xu, Qiguang Zhao, Tianchen Guo, Yumeng Zhang, Linda Lidan Zhong, Zhaoxiang Bian, Leihan Tang, Aiping Lyu, Liang Tian

评论： 31页，6图

主题： 物理与社会 (physics.soc-ph) ; 机器学习 (cs.LG) ; 其他定量生物学 (q-bio.OT) ; 机器学习 (stat.ML)