定量生物学

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2025年07月22日， 星期二 (继续， 展示 最后 27 之 11 条目 )

[17] arXiv:2507.14413 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 计算与实验相结合，推动塑料酶解解聚的逐原子进展 显示英文标题

标题： Computations Meet Experiments to Advance the Enzymatic Depolymerization of Plastics One Atom at a Time

Francesco Colizzi, Paula Blázquez-Sánchez, Giovanni Bussi, Isabelle André, Federico Ballabio, Thomas Bayer, Federica Bertocchini, Erik Butenschön, Emanuele Carosati, Alessia De Piero, Ania Di Pede-Mattatelli, Leonardo Faggian, Lorenzo Favaro, Pedro Alexandrino Fernandes, Alfonso Ferretti, Peter Fojan, Andreas Gagsteiger, Eva García-Ruiz, Lucia Gardossi, Toni Giorgino, Norbert Graefe, Jonas Gunkel, Diego J. Jiménez, Malene Billeskov Keller, Georg Künze, Sierin Lim, Guy Lippens, Miguel A. Maria-Solano, Karolina Mitusińska, Vicent Moliner, Gianluca Molla, Marthinus Wessel Myburgh, Nicolas Panel, César A. Ramírez-Sarmiento, Dominique Rocher, Birgit Strodel, Belén Taroncher Ruiz, Onur Turak, Cristiano Varrone, Daniele Vezzini, Peter Westh, Wolfgang Zimmermann

评论： 欢迎发表评论

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[18] arXiv:2507.14375 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 使用自旋玻璃方法建模语言演化 显示英文标题

标题： Modeling Language Evolution Using a Spin Glass Approach

Hediye Yarahmadi, Giuseppe Longobardi, Alessandro Treves

评论： 11页，10图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[19] arXiv:2507.14269 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： MP-GCAN：一种高精度的分类器，用于$α$-螺旋膜蛋白和$β$-桶状蛋白 显示英文标题

标题： MP-GCAN: a highly accurate classifier for $α$-helical membrane proteins and $β$-barrel proteins

Kunyang Li, Hongfu Lou, Dinan Peng

评论： 8页，4图

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[20] arXiv:2507.14157 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 使用时滞微分方程预测听觉流中的感知边界 显示英文标题

标题： Predicting Perceptual Boundaries in Auditory Streaming using Delay Differential Equations

Asim Alawfi, Farzaneh Darki, Jan Sieber

评论： 已提交（12页，7图）

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[21] arXiv:2507.14156 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过离散流匹配的全原子逆向蛋白质折叠 显示英文标题

标题： All-atom inverse protein folding through discrete flow matching

Kai Yi, Kiarash Jamali, Sjors H. W. Scheres

评论： ICML 2025

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 人工智能 (cs.AI)

[22] arXiv:2507.15772 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 深度学习对植物应激分析中振动拉曼光谱的研究 显示英文标题

标题： Deep-Learning Investigation of Vibrational Raman Spectra for Plant-Stress Analysis

Anoop C. Patil, Benny Jian Rong Sng, Yu-Wei Chang, Joana B. Pereira, Chua Nam-Hai, Rajani Sarojam, Gajendra Pratap Singh, In-Cheol Jang, Giovanni Volpe

评论： *作者对本工作贡献相同。+监督了本工作。稿件中包含5幅主要图表和1幅扩展数据图。PDF包含补充材料。

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[23] arXiv:2507.15620 (交叉列表自 cs.CG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： TrajLens：跨样本探索中构建细胞发育轨迹的可视化分析 显示英文标题

标题： TrajLens: Visual Analysis for Constructing Cell Developmental Trajectories in Cross-Sample Exploration

Qipeng Wang, Shaolun Ruan, Rui Sheng, Yong Wang, Min Zhu, Huamin Qu

主题： 计算几何 (cs.CG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[24] arXiv:2507.14380 (交叉列表自 stat.ME) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 一种混合混合方法用于聚类和表征癌症数据 显示英文标题

标题： A Hybrid Mixture Approach for Clustering and Characterizing Cancer Data

Kazeem Kareem, Fan Dai

主题： 方法论 (stat.ME) ; 组织与器官 (q-bio.TO) ; 应用 (stat.AP) ; 计算 (stat.CO) ; 机器学习 (stat.ML)

[25] arXiv:2507.14368 (交叉列表自 cs.CV) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： DUSTrack：超声视频中的半自动点跟踪 显示英文标题

标题： DUSTrack: Semi-automated point tracking in ultrasound videos

Praneeth Namburi, Roger Pallarès-López, Jessica Rosendorf, Duarte Folgado, Brian W. Anthony

主题： 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[26] arXiv:2507.14245 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 百万规模的数据集和可泛化的基础模型用于纳米材料-蛋白质相互作用 显示英文标题

标题： A million-scale dataset and generalizable foundation model for nanomaterial-protein interactions

Hengjie Yu, Kenneth A. Dawson, Haiyun Yang, Shuya Liu, Yan Yan, Yaochu Jin

评论： 31页，6图

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 材料科学 (cond-mat.mtrl-sci) ; 人工智能 (cs.AI) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[27] arXiv:2507.14147 (交叉列表自 eess.SP) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 图卷积神经网络用于建模失眠的大脑 显示英文标题

标题： Graph Convolutional Neural Networks to Model the Brain for Insomnia

Kevin Monteiro, Sam Nallaperuma-Herzberg, Martina Mason, Steve Niederer

评论： 12页，6图。此版本已被接受为2025年医疗健康人工智能（AIiH）会议的完整论文

主题： 信号处理 (eess.SP) ; 机器学习 (cs.LG) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

2025年07月21日， 星期一 (展示 11 之 11 条目 )

[28] arXiv:2507.14062 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 进化生态网络中的方向性度量：来自复杂自然模型的见解 显示英文标题

标题： Directionality measures in evolutionary ecological networks: Insights from the Tangled Nature model

Andrea Marchetti, Henrik Jeldtoft Jensen

评论： 两个补充信息文件已提供

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO)

[29] arXiv:2507.13941 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 大脑和模型中视觉表征的收敛变换 显示英文标题

标题： Convergent transformations of visual representation in brains and models

Pablo Marcos-Manchón, Lluís Fuentemilla

评论： 有关关联代码，请参见 https://github.com/memory-formation/convergent-transformations

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 人工智能 (cs.AI) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 图像与视频处理 (eess.IV)

[30] arXiv:2507.13638 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 状态空间模型自然产生行进波、时间细胞，并扩展到抽象认知功能 显示英文标题

标题： State Space Models Naturally Produce Traveling Waves, Time Cells, and Scale to Abstract Cognitive Functions

Sen Lu, Xiaoyu Zhang, Mingtao Hu, Eric Yeu-Jer Lee, Soohyeon Kim, Wei D. Lu

评论： 卢森和张晓宇贡献相同。卢伟是通讯作者。15页中包含4幅图。

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 机器学习 (cs.LG)

[31] arXiv:2507.13580 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 一种整合大型语言模型和化学片段空间的协作框架：对先导化合物设计的相互启发 显示英文标题

标题： A Collaborative Framework Integrating Large Language Model and Chemical Fragment Space: Mutual Inspiration for Lead Design

Hao Tuo, Yan Li, Xuanning Hu, Haishi Zhao, Xueyan Liu, Bo Yang

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 机器学习 (cs.LG)

[32] arXiv:2507.13531 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 半代数假设检验方法论考虑因素与不完整U统计量 显示英文标题

标题： Methodological considerations for semialgebraic hypothesis testing with incomplete U-statistics

David Barnhill, Marina Garrote-López, Elizabeth Gross, Max Hill, Bryson Kagy, John A. Rhodes, Joy Z. Zhang

评论： 26页 + 11页 补充材料

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 方法论 (stat.ME)

[33] arXiv:2507.14056 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于去甲肾上腺素的增益调制减少联合训练中的稳定性差距 显示英文标题

标题： Noradrenergic-inspired gain modulation attenuates the stability gap in joint training

Alejandro Rodriguez-Garcia, Anindya Ghosh, Srikanth Ramaswamy

评论： 18页，5图，1表，1伪代码

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[34] arXiv:2507.13974 (交叉列表自 eess.IV) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 利用病理学基础模型进行H&E图像中黑色素瘤的全景分割 显示英文标题

标题： Leveraging Pathology Foundation Models for Panoptic Segmentation of Melanoma in H&E Images

Jiaqi Lv, Yijie Zhu, Carmen Guadalupe Colin Tenorio, Brinder Singh Chohan, Mark Eastwood, Shan E Ahmed Raza

评论： 被MIUA 2025接受

主题： 图像与视频处理 (eess.IV) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[35] arXiv:2507.13950 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： MoDyGAN：将分子动力学与生成对抗网络结合以研究蛋白质构象空间 显示英文标题

标题： MoDyGAN: Combining Molecular Dynamics With GANs to Investigate Protein Conformational Space

Jingbo Liang, Bruna Jacobson

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[36] arXiv:2507.13762 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： MolPIF：一种用于分子生成的参数插值流模型 显示英文标题

标题： MolPIF: A Parameter Interpolation Flow Model for Molecule Generation

Yaowei Jin, Junjie Wang, Wenkai Xiang, Duanhua Cao, Dan Teng, Zhehuan Fan, Jiacheng Xiong, Xia Sheng, Chuanlong Zeng, Mingyue Zheng, Qian Shi

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[37] arXiv:2507.13646 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于Transformer的蛋白质序列分析与设计语言模型综述 显示英文标题

标题： A Comprehensive Review of Transformer-based language models for Protein Sequence Analysis and Design

Nimisha Ghosh, Daniele Santoni, Debaleena Nawn, Eleonora Ottaviani, Giovanni Felici

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[38] arXiv:2507.13501 (交叉列表自 cs.CL) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 在函数空间中对句法对象和合并操作进行编码 显示英文标题

标题： Encoding syntactic objects and Merge operations in function spaces

Matilde Marcolli, Robert C. Berwick

评论： 40页，LaTeX，4个png图表

主题： 计算与语言 (cs.CL) ; 环与代数 (math.RA) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

2025年07月18日， 星期五 (展示 16 之 16 条目 )

[39] arXiv:2507.13253 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 生命找到一条路：自适应阈值网络中合作结构的出现 显示英文标题

标题： Life Finds A Way: Emergence of Cooperative Structures in Adaptive Threshold Networks

Sean P. Maley, Carlos Gershenson, Stuart A. Kauffman

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 社会与信息网络 (cs.SI)

[40] arXiv:2507.13077 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 蛋白质语言模型的持续领域特定预训练用于pMHC-I结合预测 显示英文标题

标题： Continued domain-specific pre-training of protein language models for pMHC-I binding prediction

Sergio E. Mares, Ariel Espinoza Weinberger, Nilah M. Ioannidis

评论： 被第20届机器学习在计算生物学（MLCB）会议收录 《机器学习研究会议论文集》

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[41] arXiv:2507.12966 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于异构数据源的疫情预测模型研究：一项为期两年的新冠疫情研究 显示英文标题

标题： Investigating Forecasting Models for Pandemic Infections Using Heterogeneous Data Sources: A 2-year Study with COVID-19

Zacharias Komodromos, Kleanthis Malialis, Panayiotis Kolios

评论： 关键词：流行病学，大流行预测，新冠疫情，感染，机器学习 被接受：IEEE 计算智能在生物信息学和计算生物学会议（CIBCB）2025

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 机器学习 (cs.LG)

[42] arXiv:2507.12915 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 检测营养盐-浮游植物-浮游动物系统的最可能转变现象 显示英文标题

标题： Detecting the most probable transition phenomenon of a nutrient-phytoplankton-zooplankton system

Hui Wang, Ying Wang, Xi Chen

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 动力系统 (math.DS)

[43] arXiv:2507.12858 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过循环神经网络中的互信息优化出现功能分化结构 显示英文标题

标题： Emergence of Functionally Differentiated Structures via Mutual Information Optimization in Recurrent Neural Networks

Yuki Tomoda, Ichiro Tsuda, Yutaka Yamaguti

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO)

[44] arXiv:2507.12625 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 脑中情感的映射：一种可解释深度学习的双半球神经模型 显示英文标题

标题： Mapping Emotions in the Brain: A Bi-Hemispheric Neural Model with Explainable Deep Learning

David Freire-Obregón, Agnieszka Dubiel, Prasoon Kumar Vinodkumar, Gholamreza Anbarjafari, Dorota Kamińska, Modesto Castrillón-Santana

评论： 已被23届国际图像分析与处理会议（ICIAP 2025）的神经启发人工智能研讨会接受

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 人机交互 (cs.HC) ; 信号处理 (eess.SP)

[45] arXiv:2507.12567 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用标准和振荡邻域SOM神经网络的神经发育障碍的认知建模方面 显示英文标题

标题： Cognitive Modelling Aspects of Neurodevelopmental Disorders Using Standard and Oscillating Neighbourhood SOM Neural Networks

Spyridon Revithis, Nadine Marcus

评论： 32页，11幅图，1张表。本文是Revithis, S., Wilson, W. H., 和 Marcus, N. "使用振荡拓扑邻域宽度函数的SOM认知建模：自闭症和精神分裂症特征" 的实质性修订和扩展版本。载于第35届认知科学学会年会论文集，M. Knauff, M. Pauen, N. Sebanz 和 I. Wachsmuth 编，CSS，2013年

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 神经与进化计算 (cs.NE)

[46] arXiv:2507.12500 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： GLOMIA-Pro：一种可推广的纵向医学图像分析框架用于疾病进展预测 显示英文标题

标题： GLOMIA-Pro: A Generalizable Longitudinal Medical Image Analysis Framework for Disease Progression Prediction

Shuaitong Zhang, Yuchen Sun, Yong Ao, Xuehuan Zhang, Ruoshui Yang, Jiantao Xu, Zuwu Ai, Haike Zhang, Xiang Yang, Yao Xu, Kunwei Li, Duanduan Chen

评论： 此作品已提交给IEEE以供可能发表

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 图像与视频处理 (eess.IV)

[47] arXiv:2507.12473 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通用大脑模块：基于微型柱假设的神经网络中的模块重复 显示英文标题

标题： The Generalist Brain Module: Module Repetition in Neural Networks in Light of the Minicolumn Hypothesis

Mia-Katrin Kvalsund, Mikkel Elle Lepperød

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 机器学习 (cs.LG) ; 神经与进化计算 (cs.NE)

[48] arXiv:2507.13330 (交叉列表自 math.AP) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 血管模型的层次结构，第二部分：3D-3D 到 3D-1D 和 1D 显示英文标题

标题： A hierarchy of blood vessel models, Part II: 3D-3D to 3D-1D and 1D

Laurel Ohm, Sarah Strikwerda

主题： 偏微分方程分析 (math.AP) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 流体动力学 (physics.flu-dyn) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[49] arXiv:2507.13316 (交叉列表自 math.AP) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 血管模型的层次结构，第一部分：三维一维到一维 显示英文标题

标题： A hierarchy of blood vessel models, Part I: 3D-1D to 1D

Laurel Ohm, Sarah Strikwerda

主题： 偏微分方程分析 (math.AP) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 流体动力学 (physics.flu-dyn) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[50] arXiv:2507.13310 (交叉列表自 physics.soc-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在网络上的参与对线下抗议的溢出效应建模：随机动力学和平均场近似 显示英文标题

标题： Modelling the spillover from online engagement to offline protest: stochastic dynamics and mean-field approximations on networks

Moyi Tian, P. Jeffrey Brantingham, Nancy Rodríguez

评论： 44页，33图

主题： 物理与社会 (physics.soc-ph) ; 社会与信息网络 (cs.SI) ; 动力系统 (math.DS) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[51] arXiv:2507.13176 (交叉列表自 eess.SP) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 利用深度迁移学习和压缩感知分离共现细胞事件 显示英文标题

标题： Disentangling coincident cell events using deep transfer learning and compressive sensing

Moritz Leuthner, Rafael Vorländer, Oliver Hayden

主题： 信号处理 (eess.SP) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[52] arXiv:2507.12699 (交叉列表自 cs.DS) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 计算和界定非热化学系统的平衡浓度 显示英文标题

标题： Computing and Bounding Equilibrium Concentrations in Athermic Chemical Systems

Hamidreza Akef, Minki Hhan, David Soloveichik

评论： 将发表于DNA31（第31届国际DNA计算与分子编程会议）

主题： 数据结构与算法 (cs.DS) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[53] arXiv:2507.12679 (交叉列表自 cs.CL) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用大型语言模型改进过量用药死亡监测中的药物识别 显示英文标题

标题： Improving Drug Identification in Overdose Death Surveillance using Large Language Models

Arthur J. Funnell, Panayiotis Petousis, Fabrice Harel-Canada, Ruby Romero, Alex A. T. Bui, Adam Koncsol, Hritika Chaturvedi, Chelsea Shover, David Goodman-Meza

评论： 30页，1图，4表，2个补充图，4个补充表，提交至《法医科学杂志》（JFS）

主题： 计算与语言 (cs.CL) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[54] arXiv:2507.12574 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： Assay2Mol：基于大语言模型的药物设计使用BioAssay上下文 显示英文标题

标题： Assay2Mol: large language model-based drug design using BioAssay context

Yifan Deng, Spencer S. Ericksen, Anthony Gitter

评论： 23页，10图

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 人工智能 (cs.AI) ; 定量方法 (q-bio.QM)

2025年07月17日， 星期四 (展示 首先 19 之 12 条目 )

[55] arXiv:2507.12417 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 在通过非侵入性脑机接口观看自我中心视频时自发的空间认知出现 显示英文标题

标题： Spontaneous Spatial Cognition Emerges during Egocentric Video Viewing through Non-invasive BCI

Weichen Dai, Yuxuan Huang, Li Zhu, Dongjun Liu, Yu Zhang, Qibin Zhao, Andrzej Cichocki, Fabio Babiloni, Ke Li, Jianyu Qiu, Gangyong Jia, Wanzeng Kong, Qing Wu

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 信号处理 (eess.SP)

[56] arXiv:2507.12395 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 转录调控的不变非平衡动力学优化信息流 显示英文标题

标题： Invariant non-equilibrium dynamics of transcriptional regulation optimize information flow

Benjamin Zoller, Alexis Bénichou, Thomas Gregor, Gašper Tkačik

评论： 13页，4图，10个补充材料图

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[57] arXiv:2507.12263 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于EEG融合的数字孪生脑在虚拟场景中的自动驾驶 显示英文标题

标题： EEG-fused Digital Twin Brain for Autonomous Driving in Virtual Scenarios

Yubo Hou, Zhengxin Zhang, Ziyi Wang, Wenlian Lu, Jianfeng Feng, Taiping Zeng

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[58] arXiv:2507.11950 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： RNAMunin：一种用于非编码RNA发现的深度机器学习模型 显示英文标题

标题： RNAMunin: A Deep Machine Learning Model for Non-coding RNA Discovery

Lauren Lui, Torben Nielsen

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 机器学习 (cs.LG)

[59] arXiv:2507.11896 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 城市登革热与空间依赖性：结合里约热内卢贫民窟数据的SAR模型 显示英文标题

标题： Urban Dengue and Spatial Dependence: A SAR Model Incorporating Favela Data in Recife, Brazil

Marcílio Ferreira dos Santos, Andreza dos Santos Rodrigues de Melo

评论： 32页，8图

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[60] arXiv:2507.11592 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 蜂群运动动力学中的临界相变可以使用二维细胞自动机进行建模 显示英文标题

标题： A critical phase transition in bee movement dynamics can be modeled using a 2D cellular automata

Ivan Shpurov, Tom Froese

评论： 10页，7图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 细胞自动机与格子气体 (nlin.CG)

[61] arXiv:2507.11588 [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： SToFM：空间转录组学的多尺度基础模型 显示英文标题

标题： SToFM: a Multi-scale Foundation Model for Spatial Transcriptomics

Suyuan Zhao, Yizhen Luo, Ganbo Yang, Yan Zhong, Hao Zhou, Zaiqing Nie

评论： 被ICML 2024接受

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG)

[62] arXiv:2507.11578 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 有机肥料和纳米钙喷雾对品种waziri无花果果实生长、产量和贮藏特性的影响 显示英文标题

标题： Effect of organic fertilizer and nano calcium spray on growth, yield and storage characteristics of fig fruits cv. waziri

Aram Sabir Ahmed

评论： 硕士论文

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[63] arXiv:2507.12464 (交叉列表自 cs.CV) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： CytoSAE：用于血液学的可解释细胞嵌入 显示英文标题

标题： CytoSAE: Interpretable Cell Embeddings for Hematology

Muhammed Furkan Dasdelen, Hyesu Lim, Michele Buck, Katharina S. Götze, Carsten Marr, Steffen Schneider

评论： 11页，5图

主题： 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 机器学习 (cs.LG) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[64] arXiv:2507.12347 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 阈值感知在黏菌中产生最佳路径形成——但这种真菌并不知道 显示英文标题

标题： Threshold sensing yields optimal path formation in Physarum polycephalum -- but the mould does not know

Daniele Proverbio, Giulia Giordano

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[65] arXiv:2507.12312 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 当$B_2$不够时：评估简单指标预测内在无序蛋白质相分离的能力 显示英文标题

标题： When $B_2$ is Not Enough: Evaluating Simple Metrics for Predicting Phase Separation of Intrinsically Disordered Proteins

Wesley W. Oliver, William M. Jacobs, Michael A. Webb

评论： 46页，7图，支持信息

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[66] arXiv:2507.11972 (交叉列表自 cs.CL) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于大型语言模型和眼动生物标志的阅读理解分析图表示 显示英文标题

标题： Graph Representations for Reading Comprehension Analysis using Large Language Model and Eye-Tracking Biomarker

Yuhong Zhang, Jialu Li, Shilai Yang, Yuchen Xu, Gert Cauwenberghs, Tzyy-Ping Jung

主题： 计算与语言 (cs.CL) ; 神经与认知 (q-bio.NC)