定量生物学

2011年05月 的作者和标题

[1] arXiv:1105.0126 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： α-银环蛇毒素的表面可及性通过一种新型顺磁探针进行监测 显示英文标题

标题： The surface accessibility of α-bungarotoxin monitored by a novel paramagnetic probe

Andrea Bernini, Vincenzo Venditti, Ottavia Spiga, Filippo Prischi, Mauro Botta, Angela Pui-Ling Tong, Wing-Tak Wong, Neri Niccolai

评论： 13页，4图，初步报告

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[2] arXiv:1105.0184 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 生命的解决方案并非理想 显示英文标题

标题： Life's Solutions are Not Ideal

Bob Eisenberg

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[3] arXiv:1105.0448 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种生物物理蛋白质折叠模型可以解释病毒中大多数突变的适应性效应 显示英文标题

标题： A biophysical protein folding model accounts for most mutational fitness effects in viruses

C Scott Wylie, Eugene I Shakhnovich

评论： 正文：12页，5图 补充信息：10页，5图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[4] arXiv:1105.0515 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 核心-边缘隔离在演化囚徒困境网络中的研究 显示英文标题

标题： Core-Periphery Segregation in Evolving Prisoner's Dilemma Networks

Yunkyu Sohn, Jung-Kyoo Choi, T.K. Ahn

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 社会与信息网络 (cs.SI) ; 物理与社会 (physics.soc-ph)

[5] arXiv:1105.0592 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 自适应路径与极值理论 显示英文标题

标题： Adaptive walks and extreme value theory

Johannes Neidhart, Joachim Krug

评论： 4页，2图；最终版本，将发表于《物理评论快报》

期刊参考： 物理评论快报 107，178102 (2011)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[6] arXiv:1105.0624 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 生化网络分解揭示绝对浓度鲁棒性 显示英文标题

标题： Biochemical network decomposition reveals absolute concentration robustness

Jost Neigenfind, Sergio Grimbs, Zoran Nikoloski

评论： 46页，13图，2表，93个公式 由于需要全面重写，作者已撤回本文

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 数据结构与算法 (cs.DS) ; 交换代数 (math.AC) ; 经典分析与常微分方程 (math.CA) ; 组合数学 (math.CO) ; 动力系统 (math.DS)

[7] arXiv:1105.0627 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 重复瓶颈下的连锁不平衡 显示英文标题

标题： Linkage disequilibrium under recurrent bottlenecks

E. Schaper, A. Eriksson, M. Rafajlovic, S. Sagitov, B. Mehlig

评论： 34页，7图

期刊参考： 遗传学 190，217 (2012)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[8] arXiv:1105.0695 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 七种物种海马神经发生全生命周期建模 显示英文标题

标题： Modelling hippocampal neurogenesis across the lifespan in seven species

Stanley E. Lazic

评论： 发表于《老化神经生物学》

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 应用 (stat.AP)

[9] arXiv:1105.0780 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 米氏动力学曲线的齐性检验及其在荧光共振能量转移数据中的应用 显示英文标题

标题： Homogeneity tests for Michaelis-Menten curves with application to fluorescence resonance energy transfer data

Amparo Baíllo, Laura Martínez-Muñoz, Mario Mellado

评论： 26页，2个图

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 定量方法 (q-bio.QM) ; 应用 (stat.AP)

[10] arXiv:1105.0818 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 选择最适应的作为物种形成机制 显示英文标题

标题： Choosing the fittest as a speciation mechanism

Susanne Schindler, Olaf Breidbach, Juergen Jost

评论： 22页，6图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[11] arXiv:1105.0864 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于模型的评估：用于高溶解性挥发性有机化合物呼气气体分析的等温再呼吸法 显示英文标题

标题： A modeling-based evaluation of isothermal rebreathing for breath gas analyses of highly soluble volatile organic compounds

Julian King, Karl Unterkofler, Gerald Teschl, Susanne Teschl, Pawel Mochalski, Helin Koc, Hartmann Hinterhuber, Anton Amann

评论： 21页

期刊参考： J. 呼吸医学 6, 016005, 11页 (2012)

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 医学物理 (physics.med-ph)

[12] arXiv:1105.0866 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 三元突触的数学模型：星形胶质细胞诱导的突触可塑性 显示英文标题

标题： A Mathematical Model of Tripartite Synapse: Astrocyte Induced Synaptic Plasticity

Shivendra Tewari, Kaushik Majumdar

评论： 42页，14图，《生物物理学杂志》（即将发表）

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 动力系统 (math.DS) ; 细胞行为 (q-bio.CB) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[13] arXiv:1105.0880 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于热力学机制的扩散型DNA靶点共定位 显示英文标题

标题： Diffusion-based DNA target colocalization by thermodynamic mechanisms

Antonio Scialdone, Mario Nicodemi

期刊参考： 开发 137:3877 (2010)

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[14] arXiv:1105.0900 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过自-自分析从比较基因组杂交数据中去除系统噪声 显示英文标题

标题： Removing System Noise from Comparative Genomic Hybridization Data by Self-Self Analysis

Yoon-ha Lee, Michael Ronemus, Jude Kendall, B. Lakshmi, Anthony Leotta, Dan Levy, Diane Esposito, Vladimir Grubor, Kenny Ye, Michael Wigler, Boris Yamrom

评论： 10张图；3张表

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[15] arXiv:1105.0955 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过表达数据去卷积实现细胞群体的体外同步化 显示英文标题

标题： In Silico Synchronization of Cellular Populations Through Expression Data Deconvolution

Marisa C. Eisenberg, Joshua N. Ash, Dan Siegal-Gaskins

评论： 被第48届ACM/IEEE设计自动化会议接受

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[16] arXiv:1105.0981 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 关于反应扩散复制者系统：空间模式和渐近行为 显示英文标题

标题： On the reaction-diffusion replicator systems: Spatial patterns and asymptotic behavior

Artem S. Novozhilov, Vladimir P. Posvyanskii, Alexander S. Bratus

评论： 10页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 偏微分方程分析 (math.AP)

[17] arXiv:1105.1117 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从贝叶斯估计和概率匹配看集体动物行为 显示英文标题

标题： Collective Animal Behavior from Bayesian Estimation and Probability Matching

Alfonso Pérez-Escudero, Gonzalo G. de Polavieja

评论： 19页，包括补充图表和补充文本。即将发表于《PLoS计算生物学》

期刊参考： PLoS 计算生物学 7(11): e1002282 (2011)

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 社会与信息网络 (cs.SI) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 数据分析、统计与概率 (physics.data-an) ; 物理与社会 (physics.soc-ph) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[18] arXiv:1105.1157 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 两种类型分支过程的精确解：肿瘤进展模型 显示英文标题

标题： Exact solution of a two-type branching process: Models of tumor progression

Tibor Antal, P. L. Krapivsky

评论： 11页，3图

期刊参考： J. Stat. Mech. (2011) P08018

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[19] arXiv:1105.1217 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 大脑解剖区域的标记基因：来自 Allen 基因表达图谱的见解 显示英文标题

标题： Marker Genes for Anatomical Regions in the Brain: Insights from the Allen Gene Expression Atlas

Pascal Grange, Partha P. Mitra

评论： 26页，LaTeX

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[20] arXiv:1105.1275 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 脉冲刺激下神经元兴奋性的慢动态 显示英文标题

标题： Slow dynamics of neuronal excitability under pulse stimulation

Daniel Soudry, Ron Meir

评论： 该版本的论文现已过时。请参阅完整的论文，标题为“基于电导的神经元模型与兴奋性的慢动态（2012），《计算神经科学前沿》”

主题： 细胞行为 (q-bio.CB)

[21] arXiv:1105.1302 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种用于单粒子电子显微镜中非圆形投影无参考图像对齐的改进互相关算法 显示英文标题

标题： A Modified Cross Correlation Algorithm for Reference-free Image Alignment of Non-Circular Projections in Single-Particle Electron Microscopy

Wooram Park, Gregory S. Chirikjian

评论： 29页

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 计算机视觉与模式识别 (cs.CV) ; 数值分析 (math.NA)

[22] arXiv:1105.1483 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 空间竞争与时间变化环境中稀有性的动态 显示英文标题

标题： Spatial competition and the dynamics of rarity in a temporally varying environment

Lauren O'Malley, G. Korniss, Sai Satya Praveen Mungara, Thomas Caraco

评论： 原始文章可在 www.evolutionary-ecology.com/issues/v12/n03/ccar2546.pdf 获取

期刊参考： 进化生态学研究 12：279-305（2010）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[23] arXiv:1105.1513 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 计算基因组规模生化网络中非平衡通量和势能的变分原理 显示英文标题

标题： A variational principle for computing nonequilibrium fluxes and potentials in genome-scale biochemical networks

Ronan M. T. Fleming, Christopher M. Maes, Michael A. Saunders, Yinyu Ye, Bernhard Ø. Palsson

评论： 17页，1图

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[24] arXiv:1105.1647 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 对流、扩散和网络上的输送 显示英文标题

标题： Advection, diffusion and delivery over a network

Luke L. M. Heaton, Eduardo Lopez, Philip K. Maini, Mark D. Fricker, Nick S. Jones

评论： 54页，包括附录，10张图

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 数学物理 (math-ph) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[25] arXiv:1105.1788 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用粗粒度正则模态分析的淀粉样纤维机械特性研究 显示英文标题

标题： Mechanical Characterization of Amyloid Fibrils Using Coarse-Grained Normal Mode Analysis

Gwonchan Yoon, Jinhak Kwak, Jae In Kim, Sungsoo Na, Kilho Eom

期刊参考： 先进功能材料 2011

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 医学物理 (physics.med-ph)

[26] arXiv:1105.2071 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 复杂生态系统稳定性准则 显示英文标题

标题： Stability Criteria for Complex Ecosystems

Stefano Allesina, Si Tang

评论： 12页 7图 1表

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[27] arXiv:1105.2352 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 脑电图场对钙动量波的影响 显示英文标题

标题： Electroencephalographic field influence on calcium momentum waves

Lester Ingber, Marco Pappalepore, Ronald R. Stesiak

评论： 最终稿。http://ingber.com/smni14_eeg_ca.pdf 可能会更频繁地更新

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[28] arXiv:1105.2359 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 保质量且质量作用化学反应网络中正稳态的存在性具有单一终端连接类 显示英文标题

标题： Existence of Positive Steady States for Mass Conserving and Mass-Action Chemical Reaction Networks with a Single Terminal-Linkage Class

Santiago Akle, Onkar Dalal, Ronan M. T. Fleming, Michael Saunders, Nicole Taheri, Yinyu Ye

评论： 17页，7张图片

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 优化与控制 (math.OC)

[29] arXiv:1105.2362 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白质光折叠和量子折叠理论 显示英文标题

标题： Protein Photo-folding and Quantum Folding Theory

Liaofu Luo

评论： 17页，1图

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[30] arXiv:1105.2459 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过意外揭示网络社区结构 显示英文标题

标题： Deciphering Network Community Structure by Surprise

Rodrigo Aldecoa, Ignacio Marín

评论： 7页，5图

期刊参考： PLoS ONE 6(9): e24195 (2011)

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 社会与信息网络 (cs.SI) ; 物理与社会 (physics.soc-ph)

[31] arXiv:1105.2530 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 白血病和淋巴瘤细胞中同时抑制Bcl-2和XIAP对凋亡承诺的非线性调节 显示英文标题

标题： Nonlinear regulation of commitment to apoptosis by simultaneous inhibition of Bcl-2 and XIAP in leukemia and lymphoma cells

Joanna Skommer, Somkanya C Das, Arjun Nair, Thomas Brittain, Subhadip Raychaudhuri

评论： 21页；6图

期刊参考： 凋亡 16:619-26 (2011)

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[32] arXiv:1105.2559 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 疟疾传播中的生物学和统计异质性 显示英文标题

标题： Biological and Statistical Heterogeneity in Malaria Transmission

Brian G. Williams, Christopher Dye

评论： 更新了文本，使AIC与似然比之间的联系更加明确

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[33] arXiv:1105.2767 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： HIV流行病学中急性期有多重要？ 显示英文标题

标题： How important is the acute phase in HIV epidemiology?

Brian G. Williams

评论： 一个pdf文件。图1的x轴单位是“年”，但应为“天”。已更正。

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[34] arXiv:1105.2823 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 面向HIV长期行为的建模 显示英文标题

标题： Towards Modeling HIV Long Term Behavior

Esteban A. Hernandez-Vargas, Dhagash Mehta, Richard H. Middleton

评论： 被接受为第18届IFAC世界大会论文集的一部分，米兰，2011年8月28日至9月2日（特邀贡献：医学和生物系统中的建模方法与临床应用I）。6页，7图

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 动力系统 (math.DS)

[35] arXiv:1105.2830 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 自组装和相变中的动力学捕获机制 显示英文标题

标题： Mechanisms of kinetic trapping in self-assembly and phase transformation

Michael F. Hagan, Oren M. Elrad, Robert L. Jack

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[36] arXiv:1105.2893 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 概率算法的副本过程作为基因复制的模型 显示英文标题

标题： Replica procedure for probabilistic algorithms as a model of gene duplication

S.V. Kozyrev, A.Yu. Khrennikov

期刊参考： 数学通报，84（2011）第2期，726--729

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[37] arXiv:1105.2933 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 热休克部分解离酵母蛋白质相互作用网络的重叠模块：适应的系统级模型 显示英文标题

标题： Heat shock partially dissociates the overlapping modules of the yeast protein-protein interaction network: a systems level model of adaptation

Agoston Mihalik, Peter Csermely

评论： 24页，6图，2表，70参考文献 + 附录中的22页，8图，4表和8参考文献

期刊参考： PLOS 计算生物学 7，e1002187 (2011)

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[38] arXiv:1105.3106 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 竞争电路网络的集体稳定性 显示英文标题

标题： Collective stability of networks of winner-take-all circuits

Ueli Rutishauser, Rodney J. Douglas, Jean-Jacques Slotine

评论： 7个数字

期刊参考： 神经计算 23(3):735-773, 2011

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 神经与进化计算 (cs.NE)

[39] arXiv:1105.3295 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 解析细菌双组分信号中蛋白质-蛋白质相互作用的特异性：孤儿和交叉反应 显示英文标题

标题： Dissecting the Specificity of Protein-Protein Interaction in Bacterial Two-Component Signaling: Orphans and Crosstalks

Andrea Procaccini, Bryan Lunt, Hendrik Szurmant, Terence Hwa, Martin Weigt

评论： 可在此处获取补充信息 http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0019729

期刊参考： PLoS ONE 6（5）：e19729（2011）

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[40] arXiv:1105.3502 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 形态发生素梯度的自相似动力学 显示英文标题

标题： Self-similar dynamics of morphogen gradients

Cyrill B. Muratov, Peter V. Gordon, Stanislav Y. Shvartsman

评论： 17页，5图

期刊参考： 物理评论E 84, 041916 (2011)

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 偏微分方程分析 (math.AP) ; 精确可解与可积系统 (nlin.SI)

[41] arXiv:1105.3580 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种在mRNA翻译期间核糖体动态的Max-Plus模型 显示英文标题

标题： A Max-Plus Model of Ribosome Dynamics During mRNA Translation

Chris A. Brackley, David Broomhead, M. Carmen Romano, Marco Thiel

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 环与代数 (math.RA)

[42] arXiv:1105.3669 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 用联合抗病毒药物治疗的丙型肝炎病毒动力学建模：干扰素和利巴韦林 显示英文标题

标题： Modeling the dynamics of Hepatitis C Virus with combined antiviral drug therapy: Interferon and Ribavirin

Sandip Banerjee, Ram Keval, S. Gakkhar

主题： 细胞行为 (q-bio.CB)

[43] arXiv:1105.3726 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 用补偿性扰动控制复杂网络 显示英文标题

标题： Controlling Complex Networks with Compensatory Perturbations

Sean P. Cornelius, William L. Kath, Adilson E. Motter

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn) ; 社会与信息网络 (cs.SI) ; 混沌动力学 (nlin.CD) ; 物理与社会 (physics.soc-ph)

[44] arXiv:1105.3758 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 前生物RNA反应器中信息传输的出现 显示英文标题

标题： Emergence of information transmission in a prebiotic RNA reactor

B. Obermayer, H. Krammer, D. Braun, U. Gerland

评论： 被《物理评论快报》接受

期刊参考： 物理评论快报 107, 018101 (2011)

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[45] arXiv:1105.3908 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 玻尔兹曼因子、DNA熔化和布朗棘轮：面向生物学和预医学学生的入门物理课程主题 显示英文标题

标题： The Boltzmann factor, DNA melting, and Brownian ratchets: Topics in an introductory physics sequence for biology and premedical students

S. G. J. Mochrie

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[46] arXiv:1105.4242 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 空间捕食者-被捕食者模型中的随机种群振荡 显示英文标题

标题： Stochastic population oscillations in spatial predator-prey models

Uwe C. Tauber (Virginia Tech)

评论： 14页，6图，提交至《J. Phys C: Conf. Ser.》（2011）

期刊参考： J. Phys.: Conf. Ser. 319 (2011) 012019

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[47] arXiv:1105.4335 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 物理方法在基因电路动力学中的应用：教程 显示英文标题

标题： Physical approaches to the dynamics of genetic circuits: A tutorial

Jordi Garcia-Ojalvo

评论： 36页，8张图，153篇参考文献，即将发表在《当代物理》上

期刊参考： 当代物理学 第52卷 第5期，439-464 (2011)

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[48] arXiv:1105.4386 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过简单的进化过程获得的嵌套结构 显示英文标题

标题： Nested structure acquired through simple evolutionary process

Kazuhiro Takemoto, Masanori Arita

评论： 12页，4图

期刊参考： J. 理论生物学 264, 782 (2010)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 数据分析、统计与概率 (physics.data-an)

[49] arXiv:1105.4387 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 物种间代谢物分布的全局架构及其形成机制 显示英文标题

标题： Global architecture of metabolite distributions across species and its formation mechanisms

Kazuhiro Takemoto

评论： 14页，5图

期刊参考： 生物系统 100，8 (2010)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 数据分析、统计与概率 (physics.data-an)

[50] arXiv:1105.4425 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 飞秒蛋白动力学的功能状态依赖性 显示英文标题

标题： Functional State Dependence of Picosecond Protein Dynamics

J.Y. Chen, D.K. George, Yunfen He, J.R.Knab, A. G. Markelz

评论： 4个主页面，3个图，1个表，2个补充表

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft)