定量生物学

2011年10月 的作者和标题

[101] arXiv:1110.4477 (交叉列表自 physics.data-an) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过拓扑嵌入图的分层信息聚类 显示英文标题

标题： Hierarchical information clustering by means of topologically embedded graphs

Won-Min Song, T. Di Matteo, Tomaso Aste

评论： 33页，18图，5表

期刊参考： PLoS ONE 7（2012）e31929

主题： 数据分析、统计与概率 (physics.data-an) ; 数据结构与算法 (cs.DS) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 定量方法 (q-bio.QM) ; 计算金融 (q-fin.CP)

[102] arXiv:1110.4700 (交叉列表自 math.ST) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 贝叶斯模型选择的相关统计量 显示英文标题

标题： Relevant statistics for Bayesian model choice

J.-M. Marin (Universite Montpellier), N. Pillai (Harvard University), C.P. Robert (Universite Paris Dauphine, University of Warwick, and CREST), J. Rousseau (ENSAE, Universite Paris Dauphine and CREST)

评论： 30页，8图，1表

主题： 统计理论 (math.ST) ; 种群与进化 (q-bio.PE) ; 计算 (stat.CO) ; 方法论 (stat.ME)

[103] arXiv:1110.4955 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种用于生物丝状物多态动力学的可解模型 显示英文标题

标题： A Solvable Model for Polymorphic Dynamics of Biofilaments

Hervé Mohrbach, Igor M. Kulić

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[104] arXiv:1110.5124 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白质结合中的结构波动和构象变化 显示英文标题

标题： Structure fluctuations and conformational changes in protein binding

Anatoly M. Ruvinsky, Tatsiana Kirys, Alexander V. Tuzikov, Ilya A. Vakser

评论： 13页，6图

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[105] arXiv:1110.5414 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 细胞骨架诱导的脂质膜泡状变形的计算机模拟 显示英文标题

标题： Computer Simulation of Cytoskeleton-Induced Blebbing in Lipid Membranes

Eric J. Spangler, Cameron W. Harvey, Joel D. Revalee, P.B. Sunil Kumar, Mohamed Laradji

评论： 将出现在《物理评论E》上

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[106] arXiv:1110.5433 (交叉列表自 nlin.AO) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 时标与噪声在自组织临界自适应网络中的最优性 显示英文标题

标题： Time-Scale and Noise Optimality in Self-Organized Critical Adaptive Networks

Christian Kuehn

评论： 4页，6图；修订版中对阐述和重点进行了若干修改，并侧重于应用

主题： 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 动力系统 (math.DS) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[107] arXiv:1110.5481 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 趋化细胞聚集和分散的表观理解 显示英文标题

标题： Phenomenological understanding of aggregation and dispersion of chemotactic cells

Masatomo Iwasa, Ryosuke Ishiwata

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[108] arXiv:1110.5593 (交叉列表自 math.AP) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 拮抗微生物群落相互作用的趋化模型：前缘渐近分析与数值模拟 显示英文标题

标题： A chemotactic model for interaction of antagonistic microflora colonies: front asymptotics and numerical simulations

Carlos Malaga, Antonmaria Minzoni, Ramon G. Plaza, Chiara Simeoni

评论： 新更新版本：2012年4月24日。替代之前的版本2011年10月25日。新增参考文献。注意标题有更改。

主题： 偏微分方程分析 (math.AP) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[109] arXiv:1110.5613 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 各向异性半柔性聚合物的热涨落 显示英文标题

标题： Thermal Fluctuations of Anisotropic Semiflexible Polymers

Sander L. Poelert, Harrie H. Weinans, Amir A. Zadpoor

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[110] arXiv:1110.5997 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： DNA序列如何影响转录响应的Hill曲线 显示英文标题

标题： How the DNA sequence affects the Hill curve of transcriptional response

M. Sheinman, Y. Kafri

评论： 9页，7图

期刊参考： 物理生物学 9 (2012) 056006

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[111] arXiv:1110.5998 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 药物作用的热力学：在林氏生命细胞模型背景下，电子受体化合物对活化或受损细胞的作用 显示英文标题

标题： Thermodynamics of pharmacological action for electron-accepting compounds on activated or damaged cell in the context of Ling's model of the living cell

V.V. Matveev, D.V. Prokhorenko

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[112] arXiv:1110.6044 (交叉列表自 cond-mat.stat-mech) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 酶分子在介观浓度下的催化活性中的非更新统计学 显示英文标题

标题： Non-renewal statistics in the catalytic activity of enzyme molecules at mesoscopic concentrations

Soma Saha, Somdeb Ghose, R. Adhikari, Arti Dua

评论： 5页，4图，将发表于《物理评论快报》

期刊参考： 物理评论快报 107, 218301 (2011)

主题： 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[113] arXiv:1110.6078 (交叉列表自 math.OC) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 关于由质量作用动力学控制的平衡化学反应网络的数学结构 显示英文标题

标题： On the Mathematical Structure of Balanced Chemical Reaction Networks Governed by Mass Action Kinetics

Arjan van der Schaft, Shodhan Rao, Bayu Jayawardhana

主题： 优化与控制 (math.OC) ; 系统与控制 (eess.SY) ; 动力系统 (math.DS) ; 化学物理 (physics.chem-ph) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[114] arXiv:1110.6467 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基因表达噪声独立于突变促进适应性和药物抗性 显示英文标题

标题： Gene Expression Noise Facilitates Adaptation and Drug Resistance Independently of Mutation

Daniel A. Charlebois, Nezar Abdennur, Mads Kaern

评论： 5页，3图

期刊参考： 物理评论快报，107，218101（2011）

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[115] arXiv:1110.6469 (交叉列表自 physics.comp-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基因表达和异质种群动态的随机模拟算法 显示英文标题

标题： An Algorithm for the Stochastic Simulation of Gene Expression and Heterogeneous Population Dynamics

Daniel A. Charlebois, Jukka Intosalmi, Dawn Fraser, Mads Kaern

评论： 24页，9图

期刊参考： 《计算物理中的通信》，9(1)：89-112（2011）

主题： 计算物理 (physics.comp-ph) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[116] arXiv:1110.6565 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 亚阈值和超阈值I型神经元集合中的异质性诱导的抑制相干性 显示英文标题

标题： Heterogeneity-Induced Inhibitory Coherence in An Ensemble of Subthreshold and Suprathreshold Type-I Neurons

Duk-Geun Hong, Sang-Yoon Kim, Woochang Lim

评论： 12页，7图

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[117] arXiv:1110.6568 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 准周期强迫下Hindmarsh-Rose神经元中的奇异非混沌爆发 显示英文标题

标题： Strange Nonchaotic Bursting in A Quasiperiodially-Forced Hindmarsh-Rose Neuron

Woochang Lim, Sang-Yoon Kim

评论： 7页，5图

期刊参考： J. 韩国物理学会 57, 1356 (2010)

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 混沌动力学 (nlin.CD) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[118] arXiv:1110.6617 (交叉列表自 cond-mat.stat-mech) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 开放生化反应网络中随机 quasi-steady-state 近似的局限性 显示英文标题

标题： Limitations of the stochastic quasi-steady-state approximation in open biochemical reaction networks

Philipp Thomas, Arthur V. Straube, Ramon Grima

评论： 正文（5页，1图）和补充信息（2页），已被《J. Chem. Phys.》（通讯）接收

期刊参考： 化学物理杂志 135, 181103 (2011)

主题： 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 化学物理 (physics.chem-ph) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[119] arXiv:1110.6927 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 抑制性亚阈值神经元群体中随机尖峰一致性的统计力学度量 显示英文标题

标题： Statistical-Mechanical Measure of Stochastic Spiking Coherence in A Population of Inhibitory Subthreshold Neurons

Woochang Lim, Sang-Yoon Kim

评论： 16页，5张图，将发表于《J. Comput. Neurosci》

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 神经与认知 (q-bio.NC)