定量生物学

2011年12月 的作者和标题

[1] arXiv:1112.0045 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： CytoITMprobe：用于Cytoscape的网络信息流插件 显示英文标题

标题： CytoITMprobe: a network information flow plugin for Cytoscape

Aleksandar Stojmirović, Alexander Bliskovsky, Yi-Kuo Yu

评论： 16页，6图。第二版

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 数据库 (cs.DB) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[2] arXiv:1112.0121 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于随机基因表达两阶段模型的切换开关的稳定性与多吸引子动力学 显示英文标题

标题： Stability and multi-attractor dynamics of a toggle switch based on a two-stage model of stochastic gene expression

Michael K. Strasser, Fabian J. Theis, Carsten Marr

评论： 将出现在《生物物理杂志》上

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[3] arXiv:1112.0270 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 激活级联的线性模型：延迟信号转导的解析解和粗粒化 显示英文标题

标题： Linear models of activation cascades: analytical solutions and coarse-graining of delayed signal transduction

Mariano Beguerisse-Diaz, Radhika Desikan, Mauricio Barahona

评论： 18页，7图

期刊参考： J. R. Soc. Interface 2016 13 20160409

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 动力系统 (math.DS) ; 优化与控制 (math.OC) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[4] arXiv:1112.0464 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于亲和力的给药系统中肝素结合生长因子缓慢被动释放的最佳条件 显示英文标题

标题： Optimal conditions for slow passive release of heparin-binding growth factors from an affinity-based delivery system

Tuoi Vo T.N., Martin G. Meere

评论： 21页，10图

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[5] arXiv:1112.0465 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 上皮接触抑制中的集体行为和单细胞行为 显示英文标题

标题： Collective and single cell behavior in epithelial contact inhibition

Alberto Puliafito, Lars Hufnagel, Pierre Neveu, Sebastian Streichan, Alex Sigal, Deborah K. Fygenson, Boris I. Shraiman

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[6] arXiv:1112.0639 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 两个故事的叙述：星形胶质细胞对突触抑制和增强的调节 显示英文标题

标题： A tale of two stories: astrocyte regulation of synaptic depression and facilitation

Maurizio De Pittà, Vladislav Volman, Hugues Berry, Eshel Ben-Jacob

评论： 93页，手稿+补充文本，10张主要图表，11张补充图表，1张表格

期刊参考： PLoS 计算生物学（2011）7（12）：e1002293

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[7] arXiv:1112.0651 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 拆解梅尔特检验 显示英文标题

标题： Dismantling the Mantel tests

Gilles Guillot, François Rousset

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[8] arXiv:1112.0778 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 前额叶皮层和基底神经节中抑制控制的计算模型 显示英文标题

标题： A computational model of inhibitory control in frontal cortex and basal ganglia

Thomas V. Wiecki, Michael J. Frank

评论： 第三次提交（现已被《心理评论》接受）。删除了switch-DDM和一些其他数据点，重新整理了一些图形。增加了对速度-准确率权衡的系统性准确性-反应时间分析。

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[9] arXiv:1112.0796 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 出生时预期寿命，荷兰（女性）的估计值和预测值 显示英文标题

标题： Life Expectancy at Birth, Estimates and Forecasts in the Netherlands (Females)

Christos H. Skiadas

评论： 20页，12图，10表

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[10] arXiv:1112.1330 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 情感控制——高级人工智能的必要条件吗？ 显示英文标题

标题： Emotional control - conditio sine qua non for advanced artificial intelligences?

Claudius Gros

评论： PT-AI 2011论文集

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 人工智能 (cs.AI)

[11] arXiv:1112.1391 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 模块性，噪声和自然选择 显示英文标题

标题： Modularity, Noise and natural selection

Gabriel Marroig, Diogo Melo, Guilherme Garcia

期刊参考： 进化，第66卷，第5期，第1506--1524页（威利出版社，2012年5月）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[12] arXiv:1112.1393 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 手性聚合在开放系统中来自手性选择性反应速率 显示英文标题

标题： Chiral Polymerization in Open Systems From Chiral-Selective Reaction Rates

Marcelo Gleiser, Bradley J. Nelson, Sara Imari Walker

评论： 15页，6图，已接受发表于《生命起源与生物演化》

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[13] arXiv:1112.1510 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种利用癌症基因相互作用组和基因本体分析识别骨转移特异性靶标的的方法 显示英文标题

标题： An approach for the identification of targets specific to bone metastasis using cancer genes interactome and gene ontology analysis

Shikha Vashisht, Ganesh Bagler

评论： 54页（19页正文；11幅图；26页补充信息）。经过严格评审后修订。已接受发表于《PLoS ONE》

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[14] arXiv:1112.1528 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： Chargaff的“生物学语法”：新的分形规则 显示英文标题

标题： Chargaff's "Grammar of Biology": New Fractal-like Rules

Michel Eduardo Beleza Yamagishi, Roberto H. Herai

评论： 17页

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 离散数学 (cs.DM)

[15] arXiv:1112.1679 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 濒危边缘的种群动态 显示英文标题

标题： Metapopulation dynamics on the brink of extinction

A. Eriksson, F. Elias-Wolff, B. Mehlig

评论： 修订版，已发表。66页，15图，1表

期刊参考： 理论人口生物学 83, 101-122 (2013)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[16] arXiv:1112.1733 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 多适应博弈中的合作、结构和层次 显示英文标题

标题： Cooperation, structure and hierarchy in multiadaptive games

Sungmin Lee, Petter Holme, Zhi-Xi Wu

期刊参考： 物理评论E 84, 061148 (2011)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[17] arXiv:1112.1814 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 长期护理危机。 一种可能的根除情景 显示英文标题

标题： On the Long-term Health Care Crisis. A Possible Eradication Scenario

Raul Isea, Er W. Bai, Karl E. Lonngren

评论： 8页，2图，10参考文献

期刊参考： WebmedCentral 流行病学 2011;2(12):WMC002550

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 计算机与社会 (cs.CY)

[18] arXiv:1112.2013 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 欧亚大陆人口历史的再分析：古代DNA证据中的人口亲缘关系 显示英文标题

标题： A Reanalysis of Eurasian Population History: Ancient DNA Evidence of Population Affinities

Casey Bennett, Frederika Kaestle

评论： 关键词：d-loop，中国，蒙古，古DNA，线粒体DNA，伊朗

期刊参考： 人体生物学。（2006）。78：413-440

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[19] arXiv:1112.2014 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 西伯利亚西部古代DNA的研究和萨尔加特文化 显示英文标题

标题： Investigation of Ancient DNA from Western Siberia and the Sargat Culture

Casey Bennett, Frederika Kaestle

评论： 关键词：d-loop，俄罗斯，西伯利亚，古DNA，线粒体DNA，萨尔加特，库尔干

期刊参考： 人体生物学。（2010）。82（2）：143-156

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[20] arXiv:1112.2072 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 长脉冲脉冲法用于脉冲波改良电休克治疗 显示英文标题

标题： Long Brief Pulse Method for Pulse-wave modified Electroconvulsive Therapy

Hiroaki Inomata, Harima Hirohiko, Masanari Itokawa

评论： 5页，3图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 医学物理 (physics.med-ph)

[21] arXiv:1112.2317 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 宏观左右不对称性的可能来源 显示英文标题

标题： Possible origins of macroscopic left-right asymmetry in organisms

Christopher L. Henley

评论： 42页，6幅图，重新提交至《J. Stat. Phys.》特刊。主要重写，重新排列章节/小节，新增图3和图6，第2.4节和第3.4.1节有新的物理内容，新增第5节及第4节的子节

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[22] arXiv:1112.2363 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通道作为酶：矛盾修辞法和同义反复 显示英文标题

标题： Channels as Enzymes: Oxymoron and Tautology

Bob Eisenberg

评论： 修订用于更正拼写错误

期刊参考： 膜生物学杂志 115，1-12（1990）

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[23] arXiv:1112.2464 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： Gibbs分布分析视网膜神经节细胞的时间相关结构 显示英文标题

标题： Gibbs distribution analysis of temporal correlations structure in retina ganglion cells

J. C. Vasquez, O. Marre, A. G. Palacios, M. J. Berry II, B. Cessac

评论： 将出现在《J. Physiol. Paris》中

期刊参考： 《巴黎生理学杂志》，第106卷，第3-4期，第120-127页，（2012）

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[24] arXiv:1112.2563 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 可多态基因通过非扩增基因组DNA上的ps分辨FRET测定对胰岛素依赖性糖尿病易感性进行分型 显示英文标题

标题： Polymorphic gene conferring susceptibility to insulin-dependent diabetes mellitus typed by ps-resolved FRET on nonamplified genomic DNA

Luca Nardo, Giovanna Tosi, Maria Bondani, Roberto S. Accolla, Alessandra Andreoni

评论： 10页，包括4幅图和1张表

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[25] arXiv:1112.2608 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 罗尔林距离与甲型流感病毒的进化：弱吸引子和前体 显示英文标题

标题： Rohlin Distance and the Evolution of Influenza A virus: Weak Attractors and Precursors

Raffaella Burioni, Riccardo Scalco, Mario Casartelli

评论： 13页，5+4图

期刊参考： PLoS ONE 6（12）：e27924（2011）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 其他凝聚态物理 (cond-mat.other) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[26] arXiv:1112.2630 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 广义函数与获取统计变量量的实验方法，这些变量量完全确定在选择丰富的环境中的偏好 显示英文标题

标题： Generalized Functions & Experimental Methods of Obtaining Statistical Variable-Quantities Which Fully Determine Preferences in Choice-Rich Environments

Leonid A. Shapiro

评论： 26页，1图，第3版（1月19日），第2版（12月31日），第1版（12月12日），正在审稿中

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO)

[27] arXiv:1112.2662 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： SIR和SIRS模型的全局稳定性与差异性死亡率 显示英文标题

标题： Global stability for SIR and SIRS models with differential mortality

Phillipe Adda, Derdei Bichara

评论： 第2页，一个图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 动力系统 (math.DS)

[28] arXiv:1112.2720 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从患病率数据推导发病率的新方法及其在德国痴呆症中的应用 显示英文标题

标题： A new method for deriving incidence rates from prevalence data and its application to dementia in Germany

Ralph Brinks

评论： 10页，1图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 种群与进化 (q-bio.PE) ; 方法论 (stat.ME)

[29] arXiv:1112.2741 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 自然选择。 III. 选择与传递以及选择的层次 显示英文标题

标题： Natural selection. III. Selection versus transmission and the levels of selection

Steven A. Frank

期刊参考： 进化生物学杂志 25:227-243 (2012)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[30] arXiv:1112.2771 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 酵母完整DNA序列中的全局可移动特性 显示英文标题

标题： Global transposable characteristics in the yeast complete DNA sequence

Zuo-Bing Wu

评论： 19页，5图，5表

期刊参考： 物理A 389 (2010) 5698-5705

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[31] arXiv:1112.2868 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 主导和共显性遗传标记在贝叶斯监督聚类中的信息量 显示英文标题

标题： On the informativeness of dominant and co-dominant genetic markers for Bayesian supervised clustering

Gilles Guillot, Alexandra Carpentier-Skandalis

期刊参考： 开放统计学与概率期刊，2011年，3期，7-12页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计理论 (math.ST)

[32] arXiv:1112.2933 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 进化中的不适应性和鲁棒性的悖论 显示英文标题

标题： Maladaptation and the paradox of robustness in evolution

Steven A. Frank

期刊参考： PLoS ONE（2007）2（10）：e1021

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[33] arXiv:1112.2994 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 离子通道电压敏感性的静电决定因素：滑动螺旋机制的模拟 显示英文标题

标题： Electrostatic determinants of voltage sensitivity in ion channels: Simulations of sliding-helix mechanisms

Alexander Peyser, Wolfgang Nonner

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[34] arXiv:1112.3046 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 合作与群体凝聚力的进化基础 显示英文标题

标题： Evolutionary foundations of cooperation and group cohesion

Steven A. Frank

期刊参考： 游戏、群体与全球福祉（2009），施普林格，3-40

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[35] arXiv:1112.3082 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： Kv通道的结构-功能关系的理论研究：电压感受器的静电学 显示英文标题

标题： Theoretical Studies of Structure-Function Relationships in Kv Channels: Electrostatics of the Voltage Sensor

Alexander Peyser

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[36] arXiv:1112.3298 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 竞争J结构域:Hsp70复合模型的评估，基于现有的突变和NMR数据 显示英文标题

标题： Evaluation of Competing J domain:Hsp70 Complex Models in Light of Existing Mutational and NMR Data

Rui Sousa, Jianwen Jiang, Eileen M. Lafer, Andrew P. Hinck, Liping Wang, Alexander B. Taylor, E. Guy Maes

主题： 生物大分子 (q-bio.BM)

[37] arXiv:1112.3322 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 具有网络约束的准物种动力学 显示英文标题

标题： Quasispecies dynamics with network constraints

Valmir C. Barbosa, Raul Donangelo, Sergio R. Souza

期刊参考： 《理论生物学杂志》312 (2012)，114-119

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[38] arXiv:1112.3357 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 公共资源困境的一般模型 显示英文标题

标题： A general model of the public goods dilemma

Steven A. Frank

期刊参考： 进化生物学杂志 23:1245-1250 (2010)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[39] arXiv:1112.3370 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 人口学与公地悲剧 显示英文标题

标题： Demography and the tragedy of the commons

Steven A. Frank

期刊参考： 进化生物学杂志 23:32-39 (2010)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[40] arXiv:1112.3529 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 生成给定分支长度的马尔可夫进化矩阵 显示英文标题

标题： Generating Markov evolutionary matrices for a given branch length

Marta Casanellas, Anna Kedzierska

评论： 22页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[41] arXiv:1112.3544 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： RNASEQR - 一种简化且准确的RNA测序序列分析程序 显示英文标题

标题： RNASEQR - A streamlined and accurate RNA-seq sequence analysis program

Abner C.-Y. Huang, Leslie Y Chen, Kuo-Chen Wei, Kai Wang, Chiung-Yin Huang, Danielle Yi, Chuan Yi Tang, David J. Galas, Leroy E. Hood

评论： 论文已被作者撤回。在重新发布论文之前，需要进行进一步的工作和评审。

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[42] arXiv:1112.3574 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 具有进化神经结构的智能体的理想自由分布 显示英文标题

标题： Ideal Free Distribution in Agents with Evolved Neural Architectures

Virgil Griffith, Larry S. Yaeger

评论： 7页

期刊参考： 人工生命X：第十届生物系统模拟与合成国际会议论文集。372-378。麻省理工出版社。马萨诸塞州剑桥市。2006

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[43] arXiv:1112.3640 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 斑马鱼胚胎中传播的左右不对称性：一维模型 显示英文标题

标题： Propagating left/right asymmetry in the zebrafish embryo: one-dimensional model

Hanrong Chen, C. L. Henley, B. Xu

评论： 13页，5图

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[44] arXiv:1112.3663 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 关于进化博弈论的连续混合策略模型 显示英文标题

标题： On a continuous mixed strategies model for evolutionary game theory

A. Boccabella, R. Natalini, L. Pareschi

期刊参考： 运动论及相关模型 4，187-213 (2011)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 偏微分方程分析 (math.AP)

[45] arXiv:1112.3867 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 信息论在进化生物学中的应用 显示英文标题

标题： The use of information theory in evolutionary biology

Christoph Adami

评论： 25页，7图。将发表于《进化生物学年度回顾》，纽约科学院年鉴系列

期刊参考： 《纽约科学院年鉴》1256卷（2012年）49-65页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 信息论 (cs.IT) ; 神经与认知 (q-bio.NC)

[46] arXiv:1112.3900 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 捕食性海鸟觅食过程中检测模式的空间异质猎物分布影响 显示英文标题

标题： The effects of spatially heterogeneous prey distributions on detection patterns in foraging seabirds

Octavio Miramontes, Denis Boyer, Frederic Bartumeus

评论： 首次提交给PLoS-ONE的时间是2011年9月26日。最终版本发布于2012年4月14日。

期刊参考： PLoS ONE 7(4) e34317, 2012

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[47] arXiv:1112.3968 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 动态有效连接的脑区间脑回路 显示英文标题

标题： Dynamic effective connectivity of inter-areal brain circuits

Demian Battaglia, Annette Witt, Fred Wolf, Theo Geisel

评论： 53页，包括9个主图，4个支持性图表和1个支持性附录；已提交发表

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn)

[48] arXiv:1112.3988 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 交互网络中的信息流 显示英文标题

标题： Information Flow in Interaction Networks

Aleksandar Stojmirović, Yi-Kuo Yu

评论： 30页，5张图。本文发表于2007年的《计算生物学杂志》。此处发布的版本不包含同行评审后的修改。

期刊参考： J. Comput. Biol.，14 (8)：1115-1143，2007

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[49] arXiv:1112.3991 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 帝王蝶的短期和长期种群动态 显示英文标题

标题： Short and Long Range Population Dynamics of the Monarch

Komi Messan, Kyle Smith, Shawn Tsosie, Shuchen Zhu, Sergei Suslov

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[50] arXiv:1112.4059 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 同步混沌和最小多层初级视觉皮层模型中的宽带伽马节律 显示英文标题

标题： Synchronous chaos and broad band gamma rhythm in a minimal multi-layer model of primary visual cortex

Demian Battaglia, David Hansel

评论： 49页，11图，7表

期刊参考： 发表于《PLoS计算生物学》7(10): e1002176 (2011)

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn)