定量生物学

2016年02月 的作者和标题

[1] arXiv:1602.00024 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 斑马鱼（Danio rerio）在异质环境中的集体行为差异 显示英文标题

标题： Strains differences in the collective behaviour of zebrafish (Danio rerio) in heterogeneous environment

Axel Séguret, Bertrand Collignon, José Halloy

评论： 14页，21图，定量集体行为的研究

期刊参考： 2016. 英国皇家学会开放科学期刊 3：160451

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[2] arXiv:1602.00096 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 利用合成致死漏洞进行癌症治疗 显示英文标题

标题： Exploiting synthetic lethal vulnerabilities for cancer therapy

Sriganesh Srihari

评论： 5个图

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[3] arXiv:1602.00258 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 安慰剂反应由无条件刺激重新评估驱动：证据、神经生理学后果和定量模型 显示英文标题

标题： Placebo Response is Driven by UCS Revaluation: Evidence, Neurophysiological Consequences and a Quantitative Model

Luca Puviani, Sidita Rama

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[4] arXiv:1602.00282 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一个无突变者的固定概率在适应的无性种群中的作用 显示英文标题

标题： Role of epistasis on the fixation probability of a non-mutator in an adapted asexual population

Ananthu James

期刊参考： 《理论生物学杂志》407 (2016) 225-237

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[5] arXiv:1602.00444 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 微管驱动的轴突生长的高效模拟 显示英文标题

标题： Efficient simulations of tubulin-driven axonal growth

Stefan Diehl, Erik Henningsson, Anders Heyden

评论： 作者的接受版本（经同行评审后）。最终出版物（《计算神经科学杂志》）可通过 Springer 在 http://dx.doi.org/10.1007/s10827-016-0604-x 获取。

期刊参考： J. 计算神经科学 41(1) (2016) 45--63

主题： 细胞行为 (q-bio.CB)

[6] arXiv:1602.00467 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 微分网络分析与图分类：一种局部全局方法 显示英文标题

标题： Differential network analysis and graph classification: a glocal approach

Giuseppe Jurman, Michele Filosi, Samantha Riccadonna, Roberto Visintainer, Cesare Furlanello

评论： 提交至BMTL 2015会议论文集

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[7] arXiv:1602.00478 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 关于有限种群的随机演化 显示英文标题

标题： On the stochastic evolution of finite populations

Fabio A. C. C. Chalub, Max O. Souza

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[8] arXiv:1602.00509 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 空间非均匀搜索策略的最优性 显示英文标题

标题： Optimality of spatially inhomogeneous search strategies

Karsten Schwarz, Yannick Schröder, Bin Qu, Markus Hoth, Heiko Rieger

评论： 9页，6图（包括补充材料），已发表版本

期刊参考： 物理评论快报 117, 068101 (2016)

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[9] arXiv:1602.00536 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 由环境温度驱动的流感季节性动态预测：流感与普通感冒 显示英文标题

标题： Dynamical prediction of flu seasonality driven by ambient temperature: influenza vs. common cold

Eugene B. Postnikov

评论： 6页，5图

期刊参考： 欧洲物理杂志 B 89 (2016) 13

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 经典分析与常微分方程 (math.CA) ; 动力系统 (math.DS) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[10] arXiv:1602.00579 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 功能数据的上下文树选择 显示英文标题

标题： Context tree selection for functional data

A. Duarte, R. Fraiman, A. Galves, G. Ost, C. Vargas

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[11] arXiv:1602.00587 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 信息处理与费赫纳问题作为算术的选择 显示英文标题

标题： Information processing and Fechner's problem as a choice of arithmetic

Marek Czachor

评论： 将出现在《信息研究与跨学科性》一书中，M. Burgin编，世界科学出版社（2016年）

期刊参考： M. 布尔金和W. 霍夫基奇纳（编），《信息研究与跨学科探索：多元中的统一》，第363-372页，世界科学出版社，新加坡（2017）

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[12] arXiv:1602.00600 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过主正交分解区分潜在病原体与背景污染：乌干达新生儿脓毒症组中钩端螺旋体的证据 显示英文标题

标题： Separating Putative Pathogens from Background Contamination with Principal Orthogonal Decomposition: Evidence for Leptospira in the Ugandan Neonatal Septisome

Steven J. Schiff, Julius Kiwanuka, Gina Riggio, Lan Nguyen, Kevin Mu, Emily Sproul, Joel Bazira, Juliet Mwanga, Dickson Tumusiime, Eunice Nyesigire, Nkangi Lwanga, Kaleb T. Bogale, Vivek Kapur, James Broach, Sarah Morton, Benjamin C. Warf, Mary Poss

评论： 23页，2图

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[13] arXiv:1602.00650 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： MYCN在神经母细胞瘤中局部鲁棒性的定量分析 显示英文标题

标题： A Quantitative Analysis of Localized Robustness of MYCN in Neuroblastoma

Romeil Sandhu, Sarah Tannenbaum, Daniel Diolaiti, Alberto Ambesi-Impiombato, Andrew Kung, Allen Tannenbaum

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[14] arXiv:1602.00668 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 关于IsoRank节点相似性的结构和高效计算 显示英文标题

标题： On the Structure and Efficient Computation of IsoRank Node Similarities

Ehsan Kazemi, Matthias Grossglauser

评论： 8页和1图

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 计算工程、金融与科学 (cs.CE)

[15] arXiv:1602.00669 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 细胞趋化中的非线性次扩散模型 显示英文标题

标题： A non-linear subdiffusion model for a cell-cell adhesion in chemotaxis

Akram Al-Sabbagh

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[16] arXiv:1602.00681 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 瞬态网络中的持久记忆 显示英文标题

标题： Persistent memories in transient networks

Andrey Babichev, Yuri Dabaghian

评论： 8页，4图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[17] arXiv:1602.00723 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种体外模拟生物衰老演化的模型 显示英文标题

标题： An In Silico Model to Simulate the Evolution of Biological Aging

Arian Šajina, Dario Riccardo Valenzano

评论： 11页和7图，使用AIP分布的REVTeX 4，版本4.1的REVTeX；通讯作者（D.R.V。）电子邮件：dvalenzano@age.mpg.de

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[18] arXiv:1602.00776 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 拟南芥昼夜节律系统的遗传回路内核架构 显示英文标题

标题： Kernel Architecture of the Genetic Circuitry of the Arabidopsis Circadian System

Mathias Foo, David E. Somers, Pan-Jun Kim

评论： 补充材料可在期刊网站上获得

期刊参考： PLoS 计算生物学 12，e1004748 (2016)

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 亚细胞过程 (q-bio.SC)

[19] arXiv:1602.00808 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 脑机交互中的平衡效应 显示英文标题

标题： The balancing effect in brain-machine interaction

Fotini Pallikari

评论： 14页，5图

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[20] arXiv:1602.00933 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 解耦脑图：关于网络和连接分析混淆的一点说明 显示英文标题

标题： Disentangling Brain Graphs: A Note on the Conflation of Network and Connectivity Analyses

Sean L. Simpson, Paul J. Laurienti

评论： 即将发表，《大脑连接性》2016年

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 神经与认知 (q-bio.NC) ; 应用 (stat.AP) ; 方法论 (stat.ME)

[21] arXiv:1602.01191 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 精神分裂症的网络生物标志物：基于脑功能网络的图论研究 显示英文标题

标题： Network biomarkers of schizophrenia by graph theoretical investigations of Brain Functional Networks

Megha Singh, Rahul Badhwar, Ganesh Bagler

评论： 9页（包括补充材料），5张图。更新内容：修改预处理步骤；重新组织结果、摘要和讨论部分；增加新作者；增加新单位；并增加相关参考文献

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 医学物理 (physics.med-ph)

[22] arXiv:1602.01436 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 无路区域在刚果盆地原始森林景观中因采伐而大大减少 显示英文标题

标题： Roadless space is greatly diminished by logging in intact forest landscapes of the Congo Basin

Fritz Kleinschroth, John R. Healey, Sylvie Gourlet-Fleury, Frederic Mortier, Radu S. Stoica

期刊参考： 保护生物学 31 (2017) 469-480

主题： 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[23] arXiv:1602.01612 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 自私DNA的进化动力学产生了基因组的伪语言特征 显示英文标题

标题： Evolutionary dynamics of selfish DNA generates pseudo-linguistic features of genomes

Michael Sheinman, Anna Ramisch, Florian Massip, Peter F. Arndt

评论： 9页，5图

期刊参考： 《科学报告》6，文章编号：30851（2016）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[24] arXiv:1602.01672 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 广义隔离-迁移模型：多位点数据集的最大似然实现 显示英文标题

标题： The Generalised Isolation-With-Migration Model: a Maximum-Likelihood Implementation for Multilocus Data Sets

Rui J. Costa, Hilde Wilkinson-Herbots

评论： 正在开发用于拟合GIM模型的R代码

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 应用 (stat.AP)

[25] arXiv:1602.01730 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 确定性Kermack-McKendrick模型限制一般的随机流行病 显示英文标题

标题： The deterministic Kermack-McKendrick model bounds the general stochastic epidemic

Robert R. Wilkinson, Frank G. Ball, Kieran J. Sharkey

期刊参考： 《应用概率杂志》第53卷第4期（2016）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 概率 (math.PR) ; 物理与社会 (physics.soc-ph)

[26] arXiv:1602.01743 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 从生物时间序列数据中推断扰动时间 显示英文标题

标题： Inferring the perturbation time from biological time course data

Jing Yang, Christopher A. Penfold, Murray R. Grant, Magnus Rattray

评论： 63页，20张图，论文已提交至《生物信息学》

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[27] arXiv:1602.01778 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 植物生长的动力学；基于黎曼几何的理论 显示英文标题

标题： Dynamics of Plant Growth; A Theory Based on Riemannian Geometry

Julia Pulwicki

评论： 博士论文，188页。2015年12月在加拿大卡尔加里大学被接受

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[28] arXiv:1602.01815 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 利用羽流结构通过金属氧化物气体传感器解码气体源距离 显示英文标题

标题： Exploiting plume structure to decode gas source distance using metal-oxide gas sensors

Michael Schmuker, Viktor Bahr, Ramón Huerta

评论： 41页，20图

期刊参考： 传感器和执行器B：化学 235:636-646 (2016)

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 数据分析、统计与概率 (physics.data-an) ; 其他统计 (stat.OT)

[29] arXiv:1602.01848 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 细胞生长的随机建模与对称或不对称分裂 显示英文标题

标题： Stochastic modeling of cell growth with symmetric or asymmetric division

Andrew Marantan, Ariel Amir

评论： 22页，11图

期刊参考： 物理评论E 94, 012405 (2016)

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[30] arXiv:1602.01875 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基因本体：陷阱、偏差、解决方案 显示英文标题

标题： Gene Ontology: Pitfalls, Biases, Remedies

Pascale Gaudet, Christophe Dessimoz

评论： 将出现在即将出版的书籍《基因本体手册》（Springer Humana）中

期刊参考： 基因本体论手册（Springer，纽约），189-205（2016）

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[31] arXiv:1602.01876 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基因本体论简介 显示英文标题

标题： Primer on the Gene Ontology

Pascale Gaudet, Nives Škunca, James C. Hu, Christophe Dessimoz

评论： 将出现在即将出版的书籍《基因本体手册》（Springer Humana）中

期刊参考： 基因本体论手册（Springer，纽约），25-37（2016）

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[32] arXiv:1602.01889 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 使用空间点过程混合模型发现神经元细胞类型及其基因表达特征 显示英文标题

标题： Discovering Neuronal Cell Types and Their Gene Expression Profiles Using a Spatial Point Process Mixture Model

Furong Huang, Animashree Anandkumar, Christian Borgs, Jennifer Chayes, Ernest Fraenkel, Michael Hawrylycz, Ed Lein, Alessandro Ingrosso, Srinivas Turaga

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 机器学习 (stat.ML)

[33] arXiv:1602.02190 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 位点特异性重组：利用Cre-lox系统进行原位细胞条形码编码 显示英文标题

标题： Site-specific recombinatorics: in situ cellular barcoding with the Cre Lox system

Tom S. Weber, Mark Dukes, Denise Miles, Stefan Glaser, Shalin Naik, Ken R. Duffy

期刊参考： BMC系统生物学，10:43，2016

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[34] arXiv:1602.02308 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 可控性分析与控制综合对于核糖体流动模型 显示英文标题

标题： Controllability analysis and control synthesis for the ribosome flow model

Yoram Zarai, Michael Margaliot, Eduardo D. Sontag, Tamir Tuller

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[35] arXiv:1602.02369 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 肌红蛋白在朗道-金兹堡-威尔逊方法中的热变性 显示英文标题

标题： Thermal unfolding of myoglobin in the Landau-Ginzburg-Wilson approach

Xubiao Peng, Adam Sieradzan, Antti J. Niemi

评论： 18页 16图

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 模式形成与孤子 (nlin.PS) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[36] arXiv:1602.02492 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于核磁共振的药代动力学代谢组学：一种用于评价传统草药药物的高效灵活工具 显示英文标题

标题： NMR based Pharmaco-metabolomics: An efficient and agile tool for therapeutic evaluation of Traditional Herbal Medicines

Dinesh Kumar, Atul Rawat, Durgesh Dubey, Umesh Kumar, Amit K Keshari, Sudipta Saha, Anupam Guleria

评论： 17页，8图和62参考文献

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 定量方法 (q-bio.QM)

[37] arXiv:1602.02569 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 传粉者觅食灵活性和竞争植物的共存 显示英文标题

标题： Pollinator foraging flexibility and coexistence of competing plants

Tomás A. Revilla, Vlastimil Křivan

评论： 29页，7个主要图表，2个附录图表

期刊参考： PLoS ONE 11（8）：e0160076（2016）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[38] arXiv:1602.02739 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 确定基于树的网络是否包含固定树 显示英文标题

标题： On Determining if Tree-based Networks Contain Fixed Trees

Maria Anaya, Olga Anipchenko-Ulaj, Aisha Ashfaq, Joyce Chiu, Mahedi Kaiser, Max Shoji Ohsawa, Megan Owen, Ella Pavlechko, Katherine St. John, Shivam Suleria, Keith Thompson, Corrine Yap

评论： 7页，4图

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 数据结构与算法 (cs.DS)

[39] arXiv:1602.02792 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 专制策略对于交替博弈 显示英文标题

标题： Autocratic strategies for alternating games

Alex McAvoy, Christoph Hauert

评论： 28页；最终版本

期刊参考： 理论人口生物学 第113卷，13-22（2017）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[40] arXiv:1602.02841 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 进化网络的组合评分 显示英文标题

标题： Combinatorial Scoring of Phylogenetic Networks

Nikita Alexeev, Max A. Alekseyev

评论： 12页；3图

期刊参考： 计算机科学讲座笔记 9797 (2016), 560-572

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 数据结构与算法 (cs.DS) ; 组合数学 (math.CO)

[41] arXiv:1602.02945 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 联结的大脑：因果性、模型与内在动力学 显示英文标题

标题： The connected brain: Causality, models and intrinsic dynamics

Adeel Razi, Karl Friston

评论： 52页，特征文章，已接受，IEEE信号处理杂志

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 动力系统 (math.DS) ; 应用 (stat.AP)

[42] arXiv:1602.03008 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 数据集的人类连接组项目的心理和连接组属性的关联映射与最大生成树方法 显示英文标题

标题： Mapping Correlations of Psychological and Connectomical Properties of the Dataset of the Human Connectome Project with the Maximum Spanning Tree Method

Balazs Szalkai, Balint Varga, Vince Grolmusz

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[43] arXiv:1602.03046 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过基因组交配的高效育种 显示英文标题

标题： Efficient Breeding by Genomic Mating

Deniz Akdemir, Julio Isidro Sanchez

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[44] arXiv:1602.03063 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 持续的胎儿克隆型影响成人人类T细胞受体库的结构和重叠 显示英文标题

标题： Persisting fetal clonotypes influence the structure and overlap of adult human T cell receptor repertoires

Mikhail V. Pogorelyy, Yuval Elhanati, Quentin Marcou, Anastasia L. Sycheva, Ekaterina A. Komech, Vadim I. Nazarov, Olga V. Britanova, Dmitriy M. Chudakov, Ilgar Z. Mamedov, Yuri B. Lebedev, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak

期刊参考： PLoS 计算生物学 13(7): e1005572 (2017)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 基因组学 (q-bio.GN)

[45] arXiv:1602.03086 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： RECKONER：基于KMC的读取错误校正器 显示英文标题

标题： RECKONER: Read Error Corrector Based on KMC

Maciej Dlugosz, Sebastian Deorowicz

评论： 7页 + 24页的补充材料

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 数据结构与算法 (cs.DS)

[46] arXiv:1602.03093 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 环境随机性对中性群落物种丰富度的影响 显示英文标题

标题： The effect of environmental stochasticity on species richness in neutral communities

Matan Danino, Nadav M. Shnerb, Sandro Azaele, William E. Kunin, David A. Kessler

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[47] arXiv:1602.03168 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于统计物理的无对齐蛋白质序列比较视角 显示英文标题

标题： A statistical physics perspective on alignment-independent protein sequence comparison

Amit K Chattopadhyay, Diar Nasiev, Darren R Flower

评论： 6页，3图；发表于《生物信息学杂志》，第31卷第15期，第2469-2474页；doi: 10.1093/bioinformatics/btv167

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 生物大分子 (q-bio.BM)

[48] arXiv:1602.03200 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在随机SIR模型中优化实时疫苗分配 显示英文标题

标题： Optimizing Real-Time Vaccine Allocation in a Stochastic SIR Model

Chantal Nguyen, Jean M. Carlson

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[49] arXiv:1602.03214 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 模型化多发性骨髓瘤对肾功能的影响 显示英文标题

标题： Modeling the Effects of Multiple Myeloma on Kidney Function

Julia C. Walk, Bruce P. Ayati, Sarah A. Holstein

评论： 包含无肿瘤情况下的模型版本，并进行了稳态分析，修正了有肿瘤模型中游离轻链和肾成纤维细胞的方程以反映稳态分析，更新了摘要，更新并添加了参考文献

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[50] arXiv:1602.03244 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过特殊细胞力学的癌症诱导血管生成的计算优化模型的发展 显示英文标题

标题： Development of a Computationally Optimized Model of Cancer-induced Angiogenesis through Specialized Cellular Mechanics

Dibya Jyoti Ghosh

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 应用 (stat.AP)