定量生物学

2018年10月 的作者和标题

[1] arXiv:1810.00224 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 生物多样性信息学综述：概念、实践与挑战 显示英文标题

标题： A survey of biodiversity informatics: Concepts, practices, and challenges

Luiz M. R. Gadelha Jr., Pedro C. de Siracusa, Artur Ziviani, Eduardo Couto Dalcin, Helen Michelle Affe, Marinez Ferreira de Siqueira, Luís Alexandre Estevão da Silva, Douglas A. Augusto, Eduardo Krempser, Marcia Chame, Raquel Lopes Costa, Pedro Milet Meirelles, Fabiano Thompson

期刊参考： 威利数据挖掘与知识发现（2020）

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 数据库 (cs.DB)

[2] arXiv:1810.00387 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 渐进动力学在结构化种群中产生稳健的预测 显示英文标题

标题： Aspiration dynamics generate robust predictions in structured populations

Lei Zhou, Bin Wu, Jinming Du, Long Wang

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[3] arXiv:1810.00398 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于向量量化谱聚类的大豆全基因组序列应用 显示英文标题

标题： Vector Quantized Spectral Clustering applied to Soybean Whole Genome Sequences

Aditya A. Shastri, Kapil Ahuja, Milind B. Ratnaparkhe, Aditya Shah, Aishwary Gagrani, Anant Lal

评论： 10页，3表，2图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (cs.LG) ; 机器学习 (stat.ML)

[4] arXiv:1810.00478 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 计算与分子分析一个X-box顺式调控模块 显示英文标题

标题： Computational and molecular dissection of an X-box cis-Regulatory module

Timothy Burton Warrington

评论： 博士论文，西蒙弗雷泽大学（2015）

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[5] arXiv:1810.00499 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 空间随机建模与MCell和CellBlender 显示英文标题

标题： Spatial Stochastic Modeling with MCell and CellBlender

Sanjana Gupta, Jacob Czech, Robert Kuczewski, Thomas M. Bartol, Terrence J. Sejnowski, Robin E. C. Lee, James R. Faeder

评论： 穆斯基等，《定量生物学：理论、计算方法和模型》，麻省理工学院出版社，2018年

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[6] arXiv:1810.00501 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 遗传、文化与道德进化研究中的平行与有前景的方向 显示英文标题

标题： Parallels and promising directions in the study of genetic, cultural, and moral evolution

Rohan Maddamsetti, Jacob Bower-Bir

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[7] arXiv:1810.00546 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 细胞集落生长的接触抑制控制 显示英文标题

标题： Control of cell colony growth by contact inhibition

Simon K. Schnyder, John J. Molina, Ryoichi Yamamoto

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[8] arXiv:1810.00611 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 分子和结构生物学中的解析光散射方法：实验方面和结果 显示英文标题

标题： Analytical light scattering methods in molecular and structural biology: Experimental aspects and results

Bernard Lorber

评论： 附有补充材料，7幅图，11幅补充图和42篇参考文献

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[9] arXiv:1810.00613 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 冰岛水域海洋食物网的概述，使用Ecopath与Ecosim 显示英文标题

标题： An overview of the marine food web in Icelandic waters using Ecopath with Ecosim

Joana P.C. Ribeiro, Bjarki Þ. Elvarsson, Erla Sturludóttir, Gunnar Stefánsson

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[10] arXiv:1810.00727 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种持续引入额外食物的方法不会在有限时间内消灭害虫 显示英文标题

标题： A Constant Introduction of Additional Food Does Not Yield Pest Eradication in Finite Time

Rana D. Parshad, Sureni Wickramsooriya, Susan Bailey

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[11] arXiv:1810.00785 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 纤维动力学和细胞粘附在移动边界癌症侵袭中的多尺度建模 显示英文标题

标题： Multiscale Modelling of Fibres Dynamics and Cell Adhesion within Moving Boundary Cancer Invasion

Robyn Shuttleworth, Dumitru Trucu

评论： 44页，17图

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 细胞行为 (q-bio.CB)

[12] arXiv:1810.00786 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在MEEG源连通性分析中密封泄漏效应 显示英文标题

标题： Caulking the Leakage Effect in MEEG Source Connectivity Analysis

Eduardo Gonzalez-Moreira, Deirel Paz-Linares, Ariosky Areces-Gonzalez, Rigel Wang, Jorge Bosch-Bayard, Maria Luisa Bringas-Vega, Pedro A. Valdes-Sosa

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 方法论 (stat.ME)

[13] arXiv:1810.00816 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 大脑皮层两种慢波之间的胆碱能转换 显示英文标题

标题： Cholinergic switch between two types of slow waves in cerebral cortex

Trang-Anh E. Nghiem, Núria Tort-Colet, Tomasz Górski, Ulisse Ferrari, Shayan Moghimyfiroozabad, Jennifer S. Goldman, Bartosz Teleńczuk, Cristiano Capone, Thierry Bal, Matteo di Volo, Alain Destexhe

评论： 37页，5张主要图表，4张补充图表

期刊参考： 大脑皮层 2019

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 无序系统与神经网络 (cond-mat.dis-nn)

[14] arXiv:1810.00954 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 随机环境中的竞争排斥原理 显示英文标题

标题： The competitive exclusion principle in stochastic environments

Alexandru Hening, Dang H. Nguyen

评论： 26页，4幅图，将发表于《数学生物学杂志》

期刊参考： 数学生物学杂志，第80卷，1323-1351(2020)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 动力系统 (math.DS) ; 概率 (math.PR)

[15] arXiv:1810.01062 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基因组位点中包含59,732个候选人类特异性调控序列的进化起源分析，确定了大猿进化过程中遗传分化模式 显示英文标题

标题： Analysis of evolutionary origins of genomic loci harboring 59,732 candidate human-specific regulatory sequences identifies genetic divergence patterns during evolution of Great Apes

Gennadi Glinsky

评论： 4个图；8个表；6个补充表格

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[16] arXiv:1810.01142 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 在扩张种群中的风险分散策略 显示英文标题

标题： Bet-hedging strategies in expanding populations

Paula Villa Martín, Miguel A. Muñoz, Simone Pigolotti

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[17] arXiv:1810.01159 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一种基于模型的高精度注册方法用于神经元的FIB-SEM图像 显示英文标题

标题： A Highly Accurate Model Based Registration Method for FIB-SEM Images of Neurons

Hans Jacob Teglbjærg Stephensen, Sune Darkner, Jon Sporring

评论： 8页，5图。文章正在提交同行评审中

期刊参考： 通信生物学 3, 81 (2020)

主题： 定量方法 (q-bio.QM)

[18] arXiv:1810.01243 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于DNA甲基化状态区分癌症类型的深度自编码系统 显示英文标题

标题： A Deep Autoencoder System for Differentiation of Cancer Types Based on DNA Methylation State

Mohammed Khwaja, Melpomeni Kalofonou, Chris Toumazou

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (cs.LG) ; 机器学习 (stat.ML)

[19] arXiv:1810.01307 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 映射人类染色体构象捕获数据中的三维社区频谱 显示英文标题

标题： Mapping the spectrum of 3D communities in human chromosome conformation capture data

Sang Hoon Lee, Yeonghoon Kim, Sungmin Lee, Xavier Durang, Per Stenberg, Jae-Hyung Jeon, Ludvig Lizana

评论： 16页，2张图 + 6张补充图

期刊参考： 科学报告 9, 6859 (2019)

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 分子网络 (q-bio.MN)

[20] arXiv:1810.01412 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 确定性和随机的分 compartment 空间多斑块模型用于登革热 显示英文标题

标题： Compartmental Spatial Multi-Patch Deterministic and Stochastic Models for Dengue

Wolfgang Bock, Yashika Jayathunga

评论： 2幅图，6页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[21] arXiv:1810.01414 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： PromID：基于深度学习的人类启动子预测 显示英文标题

标题： PromID: human promoter prediction by deep learning

Ramzan Umarov, Hiroyuki Kuwahara, Yu Li, Xin Gao, Victor Solovyev

评论： 18页，8幅图，2张表格

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 机器学习 (cs.LG) ; 机器学习 (stat.ML)

[22] arXiv:1810.01452 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 一个随机选择的大种群的划分定理 显示英文标题

标题： A Partition Theorem for a Randomly Selected Large Population

Arni S.R. Srinivasa Rao

评论： 12页，4张图。种群动态的新结果

期刊参考： 生物理论学报（施普林格）2021

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[23] arXiv:1810.01484 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 实时监测原位杂交（FISH）动力学 显示英文标题

标题： Real-Time Monitoring of Fluorescence in situ Hybridization (FISH) Kinetics

Nadya Ostromohov, Deborah Huber, Moran Bercovici, Govind V. Kaigala

评论： 15页，4图

期刊参考： 发布于2018年

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[24] arXiv:1810.01485 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： PhoneMD：从智能手机数据中学习诊断帕金森病 显示英文标题

标题： PhoneMD: Learning to Diagnose Parkinson's Disease from Smartphone Data

Patrick Schwab, Walter Karlen

评论： 人工智能协会会议2019

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 机器学习 (cs.LG)

[25] arXiv:1810.01505 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 翻译模型的平动自调节 显示英文标题

标题： Kinetic Model of Translational Autoregulation

Vivian Tyng, Michael E. Kellman

评论： 30页，包括8幅图和目录图。提交至《J. Phys. Chem. B》

主题： 分子网络 (q-bio.MN)

[26] arXiv:1810.01643 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 单细胞去顶：探究天然膜的拓扑结构和纳米力学特性 显示英文标题

标题： Single-cell unroofing: probing topology and nanomechanics of native membranes

Nicola Galvanetto

评论： 3个主要图表，5个补充图表

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[27] arXiv:1810.01682 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 物种丰富群落中快速表型分化的生态进化模型 显示英文标题

标题： Eco-evolutionary Model of Rapid Phenotypic Diversification in Species-Rich Communities

Paula Villa Martín, Jorge Hidalgo, Rafael Rubio de Casas, Miguel A. Muñoz

期刊参考： PLoS 计算生物学，2016 年，第 12 卷，第 10 期，第 e1005139 页

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[28] arXiv:1810.01747 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 人工神经网络动力学的拓扑探索 显示英文标题

标题： Topological exploration of artificial neuronal network dynamics

Jean-Baptiste Bardin, Gard Spreemann, Kathryn Hess

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 代数拓扑 (math.AT)

[29] arXiv:1810.01984 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 平面上皮单层中的机械不稳定性导致细胞挤出 显示英文标题

标题： A Mechanical Instability in Planar Epithelial Monolayers Leads to Cell Extrusion

Satoru Okuda, Koichi Fujimoto

评论： 16页，5张图。《生物物理杂志》（2020）

主题： 细胞行为 (q-bio.CB) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[30] arXiv:1810.02046 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 蛋白质拷贝数的最优控制 显示英文标题

标题： Optimal control of protein copy number

Steven Blaber, David A. Sivak

评论： 10页，4图

期刊参考： 物理评论E 101, 022118 (2020)

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[31] arXiv:1810.02107 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 不同EEG采集解决方案的比较框架 显示英文标题

标题： A framework for the comparison of different EEG acquisition solutions

Aurore Bussalb, Marie Prat, David Ojeda, Quentin Barthélemy, Julien Bonnaud, Louis Mayaud

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 数据分析、统计与概率 (physics.data-an)

[32] arXiv:1810.02391 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 制定精准肿瘤学报告的设计指南 显示英文标题

标题： Developing Design Guidelines for Precision Oncology Reports

Selim Kalaycı, Çağatay Demiralp, Zeynep H. Gümüş

评论： 正文（4页），包括2个图表， plus 4个额外的补充文件合并成一个PDF文件

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 人机交互 (cs.HC)

[33] arXiv:1810.02476 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 神经与认知架构用于从少量样本中学习 显示英文标题

标题： The neural and cognitive architecture for learning from a small sample

Aurelio Cortese, Benedetto De Martino, Mitsuo Kawato

主题： 神经与认知 (q-bio.NC)

[34] arXiv:1810.02687 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 结构化种群中的固定概率和固定时间 显示英文标题

标题： Fixation probability and fixation time in structured populations

Josef Tkadlec, Andreas Pavlogiannis, Krishnendu Chatterjee, Martin A. Nowak

主题： 种群与进化 (q-bio.PE) ; 离散数学 (cs.DM)

[35] arXiv:1810.02842 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 跨被试迁移学习提高了脑机接口在现实世界应用中的实用性 显示英文标题

标题： Cross-Subject Transfer Learning Improves the Practicality of Real-World Applications of Brain-Computer Interfaces

Kuan-Jung Chiang, Chun-Shu Wei, Masaki Nakanishi, Tzyy-Ping Jung

评论： 4页，3图，1表。用于NER'19

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 人机交互 (cs.HC) ; 机器学习 (cs.LG) ; 信号处理 (eess.SP)

[36] arXiv:1810.02883 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过模拟分子计算进行时间模式识别 显示英文标题

标题： Temporal pattern recognition through analog molecular computation

Jackson O'Brien, Arvind Murugan

评论： 7页，5图+附录

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 适应性与自组织系统 (nlin.AO) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[37] arXiv:1810.03044 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 人工智能在糖尿病病例管理中的应用：身体与心理健康交汇处 显示英文标题

标题： Artificial Intelligence for Diabetes Case Management: The Intersection of Physical and Mental Health

Casey C. Bennett

评论： arXiv管理员注：此版本因版权侵权已被arXiv管理员移除

期刊参考： 医学信息学解锁，2019

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 人工智能 (cs.AI) ; 机器学习 (cs.LG) ; 机器学习 (stat.ML)

[38] arXiv:1810.03098 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 金纳米颗粒在纳秒激光照射下对细胞膜通透性的重要因素 显示英文标题

标题： Important factors for cell-membrane permeabilization by gold nanoparticles activated by nanosecond-laser irradiation

Cuiping Yao, Florian Rudnitzki, Gereon Huettmann, Zhenxi Zhang, Ramtin Rahmanzadeh

期刊参考： 国际纳米医学杂志。2017年8月7日；12:5659-5672

主题： 生物大分子 (q-bio.BM) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[39] arXiv:1810.03158 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于意识的干预措施对控制麻风树镶嵌病的影响建模 显示英文标题

标题： Modelling the effects of awareness-based interventions to control the mosaic disease of Jatropha curcas

F. Al Basir, K.B. Blyuss, S. Ray

评论： 18页，6图

期刊参考： 生态学与复杂性 36, 92-100 (2018)

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[40] arXiv:1810.03205 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： CTCF降解导致小鼠胚胎干细胞中上游外显子使用增加 显示英文标题

标题： CTCF Degradation Causes Increased Usage of Upstream Exons in Mouse Embryonic Stem Cells

Boyi Yang, Nabil Aounallah

评论： 9页，4图，提交至基因组学、蛋白质组学与生物信息学

主题： 基因组学 (q-bio.GN)

[41] arXiv:1810.03282 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 信息处理在一个简单的单步级联中 显示英文标题

标题： Information processing in a simple one-step cascade

Mintu Nandi, Ayan Biswas, Suman K Banik, Pinaki Chaudhury

评论： 26页，5图

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[42] arXiv:1810.03317 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 有界随机性下的逻辑系统相图 显示英文标题

标题： Phase diagram for a logistic system under bounded stochasticity

Yitzhak Yahalom, Nadav M. Shnerb

期刊参考： 物理评论快报 122, 108102 (2019)

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[43] arXiv:1810.03371 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： FtsZ丝状物动力学和Z环形成的随机模型 显示英文标题

标题： A Stochastic model for dynamics of FtsZ filaments and the formation of Z-ring

Arabind Swain, A.V. Anil Kumar, Sumedha

评论： 替换为已发布版本

期刊参考： 欧洲物理杂志E（2020）43：43

主题： 亚细胞过程 (q-bio.SC) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech)

[44] arXiv:1810.03435 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 跟腱断裂康复的同步测量填补与结果预测 显示英文标题

标题： Simultaneous Measurement Imputation and Outcome Prediction for Achilles Tendon Rupture Rehabilitation

Charles Hamesse, Ruibo Tu, Paul Ackermann, Hedvig Kjellström, Cheng Zhang

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (cs.LG) ; 机器学习 (stat.ML)

[45] arXiv:1810.03442 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 面向潜在转录组 显示英文标题

标题： Towards the Latent Transcriptome

Assya Trofimov, Francis Dutil, Claude Perreault, Sebastien Lemieux, Yoshua Bengio, Joseph Paul Cohen

评论： 7个数字

主题： 基因组学 (q-bio.GN) ; 机器学习 (cs.LG) ; 机器学习 (stat.ML)

[46] arXiv:1810.03602 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 单细胞测序数据中的准普遍性 显示英文标题

标题： Quasi-universality in single-cell sequencing data

Luis Aparicio, Mykola Bordyuh, Andrew J. Blumberg, Raul Rabadan

评论： 正文有18页和5张图。补充材料（方法）有21页和16张图

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 概率 (math.PR) ; 应用物理 (physics.app-ph) ; 数据分析、统计与概率 (physics.data-an)

[47] arXiv:1810.03661 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 突触钟机制的主观时间感知 显示英文标题

标题： A mechanism of synaptic clock underlying subjective time perception

Bartosz Jura

评论： 21页，4图

期刊参考： 神经科学前沿 13: 716 (2019)

主题： 神经与认知 (q-bio.NC) ; 种群与进化 (q-bio.PE)

[48] arXiv:1810.03666 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 系统发育共识方法稳定性的不可能结果 显示英文标题

标题： Impossibility results on stability of phylogenetic consensus methods

Emanuele Delucchi, Linard Hoessly, Giovanni Paolini

期刊参考： 系统生物学 69 (3)，第 557-565 页，2020

主题： 种群与进化 (q-bio.PE)

[49] arXiv:1810.03687 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 顺序使用Wnt激动剂然后使用Wnt拮抗剂治疗可加速组织修复并最小化纤维化 显示英文标题

标题： Sequential Wnt Agonist then Antagonist Treatment Accelerates Tissue Repair and Minimizes Fibrosis

Xiao-Jun Tian, Dong Zhou, Haiyan Fu, Rong Zhang, Xiaojie Wang, Sui Huang, Youhua Liu, Jianhua Xing

主题： 组织与器官 (q-bio.TO)

[50] arXiv:1810.03766 [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 参考环境：计算生物学中重现性的通用工具 显示英文标题

标题： Reference environments: A universal tool for reproducibility in computational biology

Daniel G. Hurley, Joseph Cursons, Matthew Faria, David M. Budden, Vijay Rajagopal, Edmund J. Crampin

主题： 定量方法 (q-bio.QM)