定量生物学 > 基因组学
[提交于 2025年1月4日
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标题: iTARGET:可解释的定制年龄回归用于分组表观遗传特征
标题: iTARGET: Interpretable Tailored Age Regression for Grouped Epigenetic Traits
摘要: 从DNA甲基化模式准确预测 chronological age 对于推进生物年龄估计至关重要。 然而,表观遗传相关性漂移(ECD)和CpGs之间的异质性(HAC)使这项任务变得具有挑战性,它们反映了不同生命阶段甲基化与年龄之间的动态关系。 为了解决这些问题,我们提出了一种新的两阶段算法。 第一阶段使用相似性搜索按年龄组对甲基化图谱进行聚类,第二阶段使用可解释增强机(EBM)进行精确的、组特定的预测。 我们的方法不仅提高了预测准确性,还揭示了关键的与年龄相关的CpG位点,检测了衰老速率的年龄特异性变化,并识别了CpG位点之间的成对相互作用。 实验结果表明,我们的方法优于传统的表观遗传时钟和机器学习模型,为生物年龄估计提供了一个更准确且可解释的解决方案,对衰老研究具有重要意义。
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