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物理学 > 生物物理

arXiv:1102.4770 (physics)
[提交于 2011年2月23日 ]

标题: lambda-DNA的自动线跟踪用于单分子成像

标题: Automated Line Tracking of lambda-DNA for Single-Molecule Imaging

Authors:Juan Guan, Bo Wang, Steve Granick
摘要: 我们描述了一种直接的自动化线跟踪方法,以在光学分辨率下可视化线性大分子在布朗扩散和外部场(如电泳)作用下随时间重新排列形状的轮廓。 该方法基于三个连续的分析阶段:首先,“特征查找”以区分信号和噪声;其次,“线跟踪”将这些形状近似为线条;第三,“时间一致性检查”以区分时间域中合理与不合理的拟合构象。 这种数据分析的自动化特性使得积累大量数据变得简单,并且可以排除不可靠的部分。 我们在琼脂糖凝胶中的λ-DNA分子的荧光图像上实现了该分析,以展示其生成大规模数据集以供后续统计分析的能力。
摘要: We describe a straightforward, automated line tracking method to visualize within optical resolution the contour of linear macromolecules as they rearrange shape as a function of time by Brownian diffusion and under external fields such as electrophoresis. Three sequential stages of analysis underpin this method: first, "feature finding" to discriminate signal from noise; second, "line tracking" to approximate those shapes as lines; third, "temporal consistency check" to discriminate reasonable from unreasonable fitted conformations in the time domain. The automated nature of this data analysis makes it straightforward to accumulate vast quantities of data while excluding the unreliable parts of it. We implement the analysis on fluorescence images of lambda-DNA molecules in agarose gel to demonstrate its capability to produce large datasets for subsequent statistical analysis.
主题: 生物物理 (physics.bio-ph)
引用方式: arXiv:1102.4770 [physics.bio-ph]
  (或者 arXiv:1102.4770v1 [physics.bio-ph] 对于此版本)
  https://doi.org/10.48550/arXiv.1102.4770
通过 DataCite 发表的 arXiv DOI

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来自: Juan Guan [查看电子邮件]
[v1] 星期三, 2011 年 2 月 23 日 16:00:56 UTC (401 KB)
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