生物物理

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2025年07月11日， 星期五 (展示 3 之 3 条目 )

[1] arXiv:2507.07632 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 基于时变微滴微流控的生物膜形成的潜在空间量化 显示英文标题

标题： Latent Space-Driven Quantification of Biofilm Formation using Time Resolved Droplet Microfluidics

Daniela Pérez Guerrero, Jesús Manuel Antúnez Domínguez, Aurélie Vigne, Daniel Midtvedt, Wylie Ahmed, Lisa D. Muiznieks, Giovanni Volpe, Caroline Beck Adiels

主题： 生物物理 (physics.bio-ph)

[2] arXiv:2507.07470 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 无标记显微镜用于细胞的流变成像 显示英文标题

标题： Label-free microscope for rheological imaging of cells

Nicolas P. Mauranyapin, Marino Lara Alva, Daniel Yan, Zhe Yang, Jackson D. Lucas, Alex Terrasson, Michael A. Taylor, Rohan Teasdale, Yun Chen, Warwick P. Bowen

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 光学 (physics.optics)

[3] arXiv:2507.07295 (交叉列表自 cond-mat.stat-mech) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 非平衡生物物理系统中由热力学约束实现的局部不完善反馈控制 显示英文标题

标题： Local imperfect feedback control in non-equilibrium biophysical systems enabled by thermodynamic constraints

Carlos Floyd, Aaron R. Dinner, Suriyanarayanan Vaikuntanathan

评论： 27页

主题： 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 分子网络 (q-bio.MN)

2025年07月10日， 星期四 (展示 2 之 2 条目 )

[4] arXiv:2507.06407 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： GloBIAS：加强生物图像分析的基础 显示英文标题

标题： GloBIAS: strengthening the foundations of BioImage Analysis

A. A. Corbat (1), C. G. Walther (2 and 3), L. R. de la Ballina (4 and 5), N. D. Condon (6), A. A. Felder (7), M. Schätz (8 and 9), B. Schmerl (10), K. Sugawara (11), C. Prats (12), A. Klemm (1), F. Levet (13 and 14), K. Miura (15), P. Sampaio (16), C. Tischer (17), R. D'Antuono (18 and 19), B. A. Cimini (20), R. Haase (21) ((1) BioImage Informatics Unit, Science for Life Laboratory and Department of Information Technology, Uppsala University, Sweden, (2) German BioImaging, Gesellschaft für Mikroskopie und Bildanalyse e.V., Konstanz, Germany, (3) University of Vienna, Vienna, Austria, (4) Centre for Cancer Cell Reprogramming, Institute of Clinical Medicine, Faculty of Medicine, University of Oslo, Montebello, Oslo, Norway, (5) Department of Molecular Cell Biology, Institute for Cancer Research, The Norwegian Radium Hospital, Oslo University Hospital, Montebello, Oslo, Norway, (6) Institute for Molecular Bioscience, The University of Queensland, Brisbane, Queensland, Australia, (7) Sainsbury Wellcome Centre and Advanced Research Computing, University College London, London, United Kingdom, (8) Vinicna Microscopy Core Facility, Faculty of Science, Charles University, Prague, Czech Republic, (9) Department of Mathematics Informatics and Cybernetics, University of Chemistry and Technology, Prague, Czech Republic, (10) Picower Institute for Learning and Memory, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge MA, USA, (11) Laboratory for Developmental Dynamics, RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research, Kobe, Japan, (12) University of Copenhagen, (13) Univ. Bordeaux, CNRS, Interdisciplinary Institute for Neuroscience, Bordeaux, France, (14) Univ. Bordeaux, CNRS, INSERM, Bordeaux Imaging Center, Bordeaux, France, (15) Bioimage Analysis and Research, Heidelberg, Germany, (16) i3S - Instituto de Investigação e Inovação em Saúde, Universidade do Porto, Porto, Portugal, (17) EMBL, Data Science Centre, Heidelberg, Germany, (18) Crick Advanced Light Microscopy STP, The Francis Crick Institute, London, United Kingdom, (19) Department of Biomedical Engineering, School of Biological Sciences, University of Reading, Reading, UK, (20) Imaging Platform, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge MA, USA, (21) Center for Scalable Data Analytics and Artificial Intelligence, Universität Leipzig, Leipzig, Germany)

评论： A. A. Corbat、C. G. Walther 和 L. R. de la Ballina 贡献相同。N. D. Condon、A. A. Felder、M. Schätz、B. Schmerl 和 K. Sugawara 贡献相同，并按字母顺序排列。通讯作者：R. D'Antuono、B. A. Cimini 和 R. Haase。11 页，4 图，包括 1 页用于 1 个补充图。

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 其他定量生物学 (q-bio.OT)

[5] arXiv:2507.06273 (交叉列表自 physics.med-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 磁辐射建模和人工神经网络优化在狭窄动脉区域生物流体流动中的应用 显示英文标题

标题： Magneto-radiative modelling and artificial neural network optimization of biofluid flow in a stenosed arterial domain

S P Shivakumar, Gunisetty Ramasekhar, P Nimmy, Sujesh Areekara, L Thanuja, T V Smitha, S Devanathan, Ganesh R Naik, K V Nagaraja

主题： 医学物理 (physics.med-ph) ; 人工智能 (cs.AI) ; 数值分析 (math.NA) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

2025年07月09日， 星期三 (展示 5 之 5 条目 )

[6] arXiv:2507.05599 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 从全视野荧光单粒子轨迹中学习运动模型有多容易？ 显示英文标题

标题： How Easy Is It to Learn Motion Models from Widefield Fluorescence Single Particle Tracks?

Zachary H. Hendrix, Lance W.Q. Xu, Steve Presse

评论： 19页，3图

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 数据分析、统计与概率 (physics.data-an)

[7] arXiv:2507.05329 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 使用布里渊显微镜区分野生型和CRISPR修饰的结肠癌细胞 显示英文标题

标题： Differentiation of Wild-Type and CRISPR-Modified Colon Cancer Cells Using Brillouin Microscopy

Mykyta Kizilov, Vsevolod Cheburkanov, Vladislav V. Yakovlev

评论： APS 2025 年春季会议论文集。 https://summit.aps.org/events/OD01/12. arXiv 管理员注释：与 arXiv:2507.05186 有大量文本重叠

期刊参考： APS 2025年3月会议摘要 2025（2025）OD01-012

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 医学物理 (physics.med-ph) ; 光学 (physics.optics)

[8] arXiv:2507.05912 (交叉列表自 cond-mat.stat-mech) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过平均反向弛豫评估非平衡轨迹：长度和时间尺度的依赖性 显示英文标题

标题： Evaluating non-equilibrium trajectories via mean back relaxation: Dependence on length and time scales

Gabriel Knotz, Till M. Muenker, Timo Betz, Matthias Krüger

评论： 19页，10图

主题： 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[9] arXiv:2507.05907 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 现场自功能化应力传感器的设计与优化 显示英文标题

标题： Design and optimization of in situ self-functionalizing stress sensors

Olga Vasiljevic, Nicolas Harmand, Antoine Hubert, Lydia Kebbal, Volker Bormuth, Clara Hayn, Jonathan Fouchard, Marie Anne Breau, Lea-Laetitia Pontani

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 化学物理 (physics.chem-ph) ; 组织与器官 (q-bio.TO)

[10] arXiv:2507.05366 (交叉列表自 quant-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 纳米金刚石中氮空位中心同时确定局部磁场和传感器方向 显示英文标题

标题： Simultaneous Determination of Local Magnetic Fields and Sensor Orientation with Nitrogen-Vacancy Centers in Nanodiamond

Yizhou Wang, Haochen Shen, Zhongyuan Liu, Yue Yu, Shengwang Du, Chong Zu, Chuanwei Zhang

评论： 正文共8页，4图。附录共9页，4图

主题： 量子物理 (quant-ph) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

2025年07月08日， 星期二 (展示 12 之 12 条目 )

[11] arXiv:2507.03715 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 阿布鲁-安德罗对于主动波荡器的转变 显示英文标题

标题： Aubry-André Transition for an Active Undulator

Christopher J. Pierce, Tianyu Wang, Dmitri Kalinin, Andrew Zangwill, Daniel I. Goldman

主题： 生物物理 (physics.bio-ph)

[12] arXiv:2507.03025 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 基于机器学习的DNA功能化纳米颗粒多尺度设计用于双螺旋结构的靶向自组装 显示英文标题

标题： Machine Learning Guided Multiscale Design of DNA-functionalized Nanoparticles for Targeted Self-Assembly of the Double Gyroid

Luis Nieves-Rosado (1), Fernando Escobedo (1) ((1) Cornell University)

评论： 29页，5图

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 材料科学 (cond-mat.mtrl-sci)

[13] arXiv:2507.02936 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 热平衡中由空间相关噪声引起的示踪粒子水动力捕获 显示英文标题

标题： Hydrodynamic Trapping of Tracer Particles Induced by Spatially Correlated Noise in Thermal Equilibrium

Sijie Huang, Ayush Saurabh, Steve Presse

主题： 生物物理 (physics.bio-ph) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft)

[14] arXiv:2507.05186 (交叉列表自 physics.optics) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 使用布里渊光谱法对黑色素瘤细胞的粘弹性特性进行表征 显示英文标题

标题： Viscoelastic Characterization of Melanoma Cells Using Brillouin Spectroscopy

Mykyta Kizilov, Vsevolod Cheburkanov, Sujeong Jung, Vladislav V. Yakovlev

评论： APS 3月会议论文集。https://summit.aps.org/events/OD01/11

期刊参考： APS 3月会议摘要 2025 (2025) OD01--011

主题： 光学 (physics.optics) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[15] arXiv:2507.05183 (交叉列表自 q-bio.MN) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 高斯信息瓶颈方法的直观分解及其在最优预测中的应用 显示英文标题

标题： Intuitive dissection of the Gaussian information bottleneck method with an application to optimal prediction

Vahe Galstyan, Age Tjalma, Pieter Rein ten Wolde

主题： 分子网络 (q-bio.MN) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 信息论 (cs.IT) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[16] arXiv:2507.05058 (交叉列表自 cond-mat.soft) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 《微分动态显微镜的指南》 显示英文标题

标题： The Hitchhiker's Guide to Differential Dynamic Microscopy

Enrico Lattuada, Fabian Krautgasser, Maxime Lavaud, Fabio Giavazzi, Roberto Cerbino

评论： 正文 + 补充信息

主题： 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 数据分析、统计与概率 (physics.data-an) ; 光学 (physics.optics)

[17] arXiv:2507.04111 (交叉列表自 quant-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 量子计算在基因组学中的应用：概念性挑战与实际视角 显示英文标题

标题： Quantum computing for genomics: conceptual challenges and practical perspectives

Aurora Maurizio, Guglielmo Mazzola

评论： 14页，5图

主题： 量子物理 (quant-ph) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 医学物理 (physics.med-ph)

[18] arXiv:2507.04097 (交叉列表自 physics.chem-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 光合作用反应中心的激子能 显示英文标题

标题： Ergotropy of a Photosynthetic Reaction Center

Trishna Kalita, Manash Jyoti Sarmah, Javed Akhtar, Himangshu Prabal Goswami

主题： 化学物理 (physics.chem-ph) ; 中尺度与纳米尺度物理 (cond-mat.mes-hall) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 量子物理 (quant-ph)

[19] arXiv:2507.03615 (交叉列表自 cond-mat.stat-mech) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 跃迁粒子的局部熵产生率 显示英文标题

标题： Local entropy production rate of run-and-tumble particles

Matteo Paoluzzi, Andrea Puglisi, Luca Angelani

评论： 25页，6图

主题： 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 软凝聚态物理 (cond-mat.soft) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[20] arXiv:2507.03472 (交叉列表自 q-bio.TO) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 肠道绒毛和隐窝密度最大化营养吸收 显示英文标题

标题： Intestinal villi and crypts density maximizing nutrient absorption

Martin Garic, Rohan Vernekar, Dácil I. Yánez Martín, Stéphane Tanguy, Clément de Loubens, Claude Loverdo

主题： 组织与器官 (q-bio.TO) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

[21] arXiv:2507.03174 (交叉列表自 cs.LG) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 潜在热力学流：从有限数据中统一表示学习和生成建模温度依赖行为 显示英文标题

标题： Latent Thermodynamic Flows: Unified Representation Learning and Generative Modeling of Temperature-Dependent Behaviors from Limited Data

Yunrui Qiu, Richard John, Lukas Herron, Pratyush Tiwary

主题： 机器学习 (cs.LG) ; 统计力学 (cond-mat.stat-mech) ; 生物物理 (physics.bio-ph) ; 化学物理 (physics.chem-ph)

[22] arXiv:2507.03039 (交叉列表自 q-bio.QM) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 通过图信号处理和基于GNN的生成建模增强群体对威胁的耐用性 显示英文标题

标题： Enhancing Swarms Durability to Threats via Graph Signal Processing and GNN-based Generative Modeling

Jonathan Karin, Zoe Piran, Mor Nitzan

主题： 定量方法 (q-bio.QM) ; 机器学习 (cs.LG) ; 生物物理 (physics.bio-ph)

2025年07月04日， 星期五 (展示 2 之 2 条目 )

[23] arXiv:2507.02150 (交叉列表自 physics.bio-ph) [中文pdf, pdf, html, 其他]

标题： 转录沉默的建模及其与三维基因组组织的耦合 显示英文标题

标题： Modelling transcriptional silencing and its coupling to 3D genome organisation

Massimiliano Semeraro, Giuseppe Negro, Davide Marenduzzo, Giada Forte

主题： 生物物理 (physics.bio-ph)

[24] arXiv:2507.00884 (交叉列表自 physics.chem-ph) [中文pdf, pdf, 其他]

标题： 通过线性张量化四边形注意力的可扩展且量子精确的生物分子力场基础模型 显示英文标题

标题： A Scalable and Quantum-Accurate Foundation Model for Biomolecular Force Field via Linearly Tensorized Quadrangle Attention

Qun Su, Kai Zhu, Qiaolin Gou, Jintu Zhang, Renling Hu, Yurong Li, Yongze Wang, Hui Zhang, Ziyi You, Linlong Jiang, Yu Kang, Jike Wang, Chang-Yu Hsieh, Tingjun Hou

主题： 化学物理 (physics.chem-ph)